05 How can we check a patient's DNA for gene mutations?

Question 1

Metodeja (spesifin) sekvenssimuutoksen havaitsemiseen? (3)

Answer 1

1. ASO-koettimet (allele-specific oligonucleotide). PCR-tuote hybridisoidaan ASO:n kanssa, sillä vain yhden emäksen mismatch estää hybridisaation.
2. Alleelispesifi PCR. PCR-alukkeen 3’ nukleotidi on kriittinen, ilman sen pariutumista aluke ei pariudu, vaikka muuten alukkeen ei tarvi olla täydellinen match joka nukleotidin kohdalla. Tätä hyväksikäyttäen saadaan tietoon, mikä alleeli lokuksessa on. Hyvä testi esim sirppisoluanemiaan.
3. Digestio restriktioentsyymillä, jos mutaatio on entsyymin katkaisukohdan sisällä, saadaan mutaatio testattua helposti. digestio + PCR + geeliajo kombotuksella. Geelillä nähdään fragmenttien kokojen perusteella, pystyikö entsyymi leikkaamaan vai ei.

Question 2

Mikä ero on NGS-menetelmillä vanhempiin menetelmiin?

Answer 2

Ne on massively-pararrel = suorittaa miljoonia erillisiä sekvenssireaktioita, teknologiasta riippuen miljoonilla pienillä helmillä, mikroarray-sirun soluilla, emulsiopisaroilla tai membraanikalvon pinnalla.