תרגום Flashcards
מהו תהליך התרגום?
תהליך יצירת חלבונים מmRNA
איפה קורה תהליך התרגום?
בציטופלזמה
מה תוצאת תהליך התרגום?
פוליפפטיד=חלבון= פולימר של חומצות אמינו
על ידי מי נעשה תהליך התרגום?
על ידי הריבוזום (אנזים)
מה זה קודון?
קודון הוא רצף של שלושה נוקלאוטידים (אבני הבניין של חומצות גרעין כמו DNA ו-RNA) שמקודד לחומצה אמינית ספציפית במהלך תהליך התרגום של חלבונים. רצפים אלו נמצאים ב-RNA שליח (mRNA), וכל קודון מתאים לחומצה אמינית אחת או לאות עצירה בתהליך בניית החלבון.
מה זה אנטיקודון ?
אנטיקודון הוא רצף של שלושה נוקלאוטידים ב-tRNA (RNA מוביל), שהוא מולקולה המשתתפת בתהליך התרגום של חלבונים. האנטיקודון מזהה ומתאים לקודון המקביל ב-mRNA באמצעות זיווג בסיסים משלים. כל tRNA נושא חומצה אמינית ספציפית, והאנטיקודון שלו נקשר לקודון המתאים ב-mRNA, ובכך מבטיח שהחומצה האמינית הנכונה תתווסף לשרשרת הפוליפפטידית ההולכת ונבנית. לדוגמה, אם הקודון ב-mRNA הוא AUG, האנטיקודון המתאים ב-tRNA יהיה UAC.
איך קוראים את הטבלה שממירה מקידומים לאנטיקודונים?
מכיוון של 5׳ ל3׳ בmRNA כאשר:
עמדה 1 - ציר שמאל
עמדה 2- אמצע
עמדה 3- מימין
לשים לב! הtRNA ״בכיוון ההפוך״- איפה שה5׳ של הmRNA יהיה הצד של ה3׳ של הtRNA וההפך
איך בנוי הריבוזום?
Small subunit (40s)
מעליו
Large subunit (60s)
מתיישבים על הmRNA
יש אתרים A,P,E
(E for exit)
מהו שלה האיניציאציה בתרגום? (תהליך ההלבשה של הריבוזום הקטן והגדול על הmRNA?
על הmRNA מולבש פקטור איניציאציה
נוצרת יציבות טרמודינמית דינמית בין ה5׳cap לבין תת היחידה הקטנה עם הmet בתוכה (בזכות פקטור האינציאציה)
Linear scanning עד שתת היחידה הקטנה עם
הmet עוברת ליד קודון AUG בפעם הראשונה
לאחר ההתייצבות של תת היחידה הקטנה עם הmet על קודון AUG אשר בmRNA, מגיעה תת היחידה הגדולה 60s ונקשרת לתת היחידה הקטנה, כאשר הtRNA של met נמצא בעמדה P (מתוך APE) של תת היחידה הגדולה.
איך קוראים לרכיב שמאפשר את היציאה של הmRNA אל מחוץ לגרעין?
Nuclear transport receptor
אחרי שמוציא את הרנא חוזר לגרעין
מה קורה ל5׳cap אחרי שהmRNA יצא מהגרעין?
יש החלפת חלבונים-
במקומו שמים
Initiation factor for protein synthesis שמסמן איפה להתחיל את התרגום
מה מאפיין את ה3’ end של הtRNA?
CCA
אל הסיומת הזו נקשרת החומצה האמינית
מהם שני החלקים מהם מורכב ריבוזום ומה המשקל שלהם?
Small subunit (40s)
Large subunit (60s)
בתת היחידה הגדולה של הריבוזום יש 3 אתרים. מה הם? ומה השוני ביניהם
A P E
Aminoacyl-t-RNA
Peptidyl-t-RNA
Exit
מייצגים שלבים שונים בתהליך התרגום הנקודתי
מה עשה יונת גילתה?
גיבשה את מבנה החלבון של הריבוזום החיידקי
כדי לדעת איך לתקוף את החיידקים ולא את האנשים
מהם 3 השלבים בתהליך התרגום?
בדיוק כמו השלבים של שכפול:
Initation
Elongation
Termination
מה תמיד תהיה החומצה האמינית הראשונה בחלבון?
Metionin (met)
הסיבה לכך היא שתמיד הנוקלאוטידים 1,2,3 יהיו ATG כמו שראינו
מה זה linear scanning בתהליך התרגום של דנ״א
השלב בו הריבוזום סורק את רצף ה-mRNA בצורה ליניארית, מתחילת הקצה ה-5’ עד שהוא מזהה את קודון ההתחלה (AUG), בו מתחיל תהליך התרגום עצמו, ביצורים איאוקריוטיים.
לאחר שה-mRNA נוצר בגרעין התא ועובר עיבוד, הריבוזום נקשר ל-mRNA בקצה ה-5’, ואז מתחיל את תהליך הסריקה. ברגע שהריבוזום מזהה את קודון ההתחלה, הוא מתחיל לבנות את שרשרת הפפטידים בהתאם לרצף קודוני ה-mRNA.
באיזה עמדה הtRNA של met נמצא ?
בעמדה P (האמצעית) של היחידה הגדולה של הריבוזום
מה זה peptidyl-t-RNA
מולקולת tRNA
(שמשתמשים בה) שהיא לא הראשונה
ונמצאת בעמדה P
מה זה peptidyl transferase
אנזים שהתפקיד שלו הוא ליצור את הקשר הפפטידי בין חומצות האמינו ובכך לחבר את חומצת האמינו החדשה לשרשרת הנבנית.
בתהליך נפלטת מולקולת מים ( condensation קונדנציה-דחיסה)
מה כולל שלב הelongation בתהליך התרגום?
- אמינו אציל tRNA מגיע לעמדה A של הריבוזום הגדול
- מגיע האנזים peptidyl transferase ומעניק אנרגיה ליצירת הקשר הפפטידי להארכת הפולימר הנבנה
- כתוצאה מיצירת הקשר הפפטידי, תת היחידה הגדולה מחליקה הצידה (ימינה בציור) ביחס לתת היחידה הקטנה, כך שהtRNA שהיה בעמדה P מגיע לעמדה E
מה זה amino acil tRNA?
Aminoacyl-tRNA
הוא tRNA שמחובר לחומצת אמינו בתהליך התרגום של חלבונים. זהו השלב בו כל tRNA נטען בחומצת האמינו המתאימה לו, תהליך שמתרחש באמצעות האנזים aminoacyl-tRNA synthetase.
נקרא ככה כשלא נמצא בתהליך בתוך הריבוזום! בריבוזום בוא כבר נקרא-
Peptidyl t RNA
איך קוראים לתהליך בו הpeptydil t RNA מסולק מהריבוזום בעמדה E בחזרה לציטופלזמה?
Translocation
טרנסלוקציה
איך עובד תהליך הטרמינציה של תהליך התרגום?
תהליך הטרמינציה של תהליך התרגום הוא השלב שבו סינתזת החלבון מסתיימת והחלבון המוגמר משתחרר. התהליך מתרחש כאשר הריבוזום נתקל בקודון סיום (stop codon) על ה-mRNA. הנה הצעדים העיקריים בתהליך:
- זיהוי קודון הסיום: הריבוזום ממשיך להחליף את ה-tRNA ומגיע לקודון סיום על ה-mRNA. יש שלושה קודוני סיום עיקריים: UAA, UAG ו-UGA.
- קישור פקטור טרמינציה: כאשר קודון הסיום נכנס לאתר ה-A של הריבוזום, הוא מזוהה על ידי פקטור טרמינציה (release factor). הפקטור הזה לא נושא חומצת אמינו, אלא מפעיל תגובה שמביאה לסיום התהליך.
- הידרוליזה של הקשר הפפטידי: פקטור הטרמינציה מפעיל הידרוליזה על הקשר הפפטידי שמחבר את חומצת האמינו האחרונה ל-tRNA שנמצא בעמדה ה-P. זה משחרר את שרשרת הפפטידים מה-tRNA.
- שחרור החלבון: החלבון המוגמר משתחרר מהריבוזום ונפלט לתוך התא.
- הפסקת הריבוזום: הריבוזום מתפצל לשתי תתי-היחידות שלו, וה-mRNA יחד עם ה-tRNA המשותף משתחררים, מה שמסמן את סיום התהליך.
מה המשמעות של c terminus
N terminus
דרך לזכור:
N
תחיל
C
יום
ה-C-terminus ו-N-terminus מתייחסים לקצוות השונים של שרשרת הפפטידים או החלבון:
- N-terminus: זהו הקצה של החלבון שבו נמצא הקצה האמיני (amine group) של חומצת האמינו הראשונה בשרשרת. זהו הקצה שבו התהליך של סינתזת החלבון מתחיל, ומכאן שמו “N-terminus” (הקצה האמיני).
- C-terminus: זהו הקצה של החלבון שבו נמצא הקצה הקרבוקסילי (carboxyl group) של החומצה האמינית האחרונה בשרשרת. זהו הקצה שבו התהליך מסתיים, ומכאן שמו “C-terminus” (הקצה הקרבוקסילי).
המונחים הללו חשובים להבנת מבנה החלבון ותפקודו, מכיוון שהקצוות משפיעים על אופן קיפול החלבון ותכונותיו הפיזיולוגיות.
שמות של המבנים של חלבונים
Primary protein structure
פשוט רצף של חומצות אמינו בשרשרת
Second
קיפול לוקאלי של השרשרת סביב עצמה
שני סוגים:
α helix- כמו תלתל
β pleated sheet- כמו אקורדיון, יחסית ישר
