תרגום

Question 1

מהו תהליך התרגום?

Answer 1

תהליך יצירת חלבונים מmRNA

Question 2

איפה קורה תהליך התרגום?

Answer 2

בציטופלזמה

Question 3

מה תוצאת תהליך התרגום?

Answer 3

פוליפפטיד=חלבון= פולימר של חומצות אמינו

Question 4

על ידי מי נעשה תהליך התרגום?

Answer 4

על ידי הריבוזום (אנזים)

Question 5

מה זה קודון?

Answer 5

קודון הוא רצף של שלושה נוקלאוטידים (אבני הבניין של חומצות גרעין כמו DNA ו-RNA) שמקודד לחומצה אמינית ספציפית במהלך תהליך התרגום של חלבונים. רצפים אלו נמצאים ב-RNA שליח (mRNA), וכל קודון מתאים לחומצה אמינית אחת או לאות עצירה בתהליך בניית החלבון.

Question 6

מה זה אנטיקודון ?

Answer 6

אנטיקודון הוא רצף של שלושה נוקלאוטידים ב-tRNA (RNA מוביל), שהוא מולקולה המשתתפת בתהליך התרגום של חלבונים. האנטיקודון מזהה ומתאים לקודון המקביל ב-mRNA באמצעות זיווג בסיסים משלים. כל tRNA נושא חומצה אמינית ספציפית, והאנטיקודון שלו נקשר לקודון המתאים ב-mRNA, ובכך מבטיח שהחומצה האמינית הנכונה תתווסף לשרשרת הפוליפפטידית ההולכת ונבנית. לדוגמה, אם הקודון ב-mRNA הוא AUG, האנטיקודון המתאים ב-tRNA יהיה UAC.

Question 7

איך קוראים את הטבלה שממירה מקידומים לאנטיקודונים?

Answer 7

מכיוון של 5׳ ל3׳ בmRNA כאשר:
עמדה 1 - ציר שמאל
עמדה 2- אמצע
עמדה 3- מימין

לשים לב! הtRNA ״בכיוון ההפוך״- איפה שה5׳ של הmRNA יהיה הצד של ה3׳ של הtRNA וההפך

Question 8

איך בנוי הריבוזום?

Answer 8

Small subunit (40s)
מעליו
Large subunit (60s)
מתיישבים על הmRNA

יש אתרים A,P,E
(E for exit)

Question 9

מהו שלה האיניציאציה בתרגום? (תהליך ההלבשה של הריבוזום הקטן והגדול על הmRNA?

Answer 9

על הmRNA מולבש פקטור איניציאציה

נוצרת יציבות טרמודינמית דינמית בין ה5׳cap לבין תת היחידה הקטנה עם הmet בתוכה (בזכות פקטור האינציאציה)

Linear scanning עד שתת היחידה הקטנה עם
הmet עוברת ליד קודון AUG בפעם הראשונה

לאחר ההתייצבות של תת היחידה הקטנה עם הmet על קודון AUG אשר בmRNA, מגיעה תת היחידה הגדולה 60s ונקשרת לתת היחידה הקטנה, כאשר הtRNA של met נמצא בעמדה P (מתוך APE) של תת היחידה הגדולה.

Question 10

איך קוראים לרכיב שמאפשר את היציאה של הmRNA אל מחוץ לגרעין?

Answer 10

Nuclear transport receptor

אחרי שמוציא את הרנא חוזר לגרעין

Question 11

מה קורה ל5׳cap אחרי שהmRNA יצא מהגרעין?

Answer 11

יש החלפת חלבונים-
במקומו שמים
Initiation factor for protein synthesis שמסמן איפה להתחיל את התרגום

Question 12

מה מאפיין את ה3’ end של הtRNA?

Answer 12

CCA
אל הסיומת הזו נקשרת החומצה האמינית

Question 13

מהם שני החלקים מהם מורכב ריבוזום ומה המשקל שלהם?

Answer 13

Small subunit (40s)
Large subunit (60s)

Question 14

בתת היחידה הגדולה של הריבוזום יש 3 אתרים. מה הם? ומה השוני ביניהם

Answer 14

A P E

Aminoacyl-t-RNA
Peptidyl-t-RNA
Exit

מייצגים שלבים שונים בתהליך התרגום הנקודתי

Question 15

מה עשה יונת גילתה?

Answer 15

גיבשה את מבנה החלבון של הריבוזום החיידקי

כדי לדעת איך לתקוף את החיידקים ולא את האנשים

Question 16

מהם 3 השלבים בתהליך התרגום?

Answer 16

בדיוק כמו השלבים של שכפול:
Initation
Elongation
Termination

Question 17

מה תמיד תהיה החומצה האמינית הראשונה בחלבון?

Answer 17

Metionin (met)
הסיבה לכך היא שתמיד הנוקלאוטידים 1,2,3 יהיו ATG כמו שראינו

Question 18

מה זה linear scanning בתהליך התרגום של דנ״א

Answer 18

השלב בו הריבוזום סורק את רצף ה-mRNA בצורה ליניארית, מתחילת הקצה ה-5’ עד שהוא מזהה את קודון ההתחלה (AUG), בו מתחיל תהליך התרגום עצמו, ביצורים איאוקריוטיים.

לאחר שה-mRNA נוצר בגרעין התא ועובר עיבוד, הריבוזום נקשר ל-mRNA בקצה ה-5’, ואז מתחיל את תהליך הסריקה. ברגע שהריבוזום מזהה את קודון ההתחלה, הוא מתחיל לבנות את שרשרת הפפטידים בהתאם לרצף קודוני ה-mRNA.

Question 19

באיזה עמדה הtRNA של met נמצא ?

Answer 19

בעמדה P (האמצעית) של היחידה הגדולה של הריבוזום

Question 20

מה זה peptidyl-t-RNA

Answer 20

מולקולת tRNA
(שמשתמשים בה) שהיא לא הראשונה
ונמצאת בעמדה P

Question 21

מה זה peptidyl transferase

Answer 21

אנזים שהתפקיד שלו הוא ליצור את הקשר הפפטידי בין חומצות האמינו ובכך לחבר את חומצת האמינו החדשה לשרשרת הנבנית.

בתהליך נפלטת מולקולת מים ( ‏condensation קונדנציה-דחיסה)

Question 22

מה כולל שלב הelongation בתהליך התרגום?

Answer 22

1. אמינו אציל tRNA מגיע לעמדה A של הריבוזום הגדול
2. מגיע האנזים peptidyl transferase ומעניק אנרגיה ליצירת הקשר הפפטידי להארכת הפולימר הנבנה
3. כתוצאה מיצירת הקשר הפפטידי, תת היחידה הגדולה מחליקה הצידה (ימינה בציור) ביחס לתת היחידה הקטנה, כך שהtRNA שהיה בעמדה P מגיע לעמדה E

Question 23

מה זה amino acil tRNA?

Answer 23

Aminoacyl-tRNA
הוא tRNA שמחובר לחומצת אמינו בתהליך התרגום של חלבונים. זהו השלב בו כל tRNA נטען בחומצת האמינו המתאימה לו, תהליך שמתרחש באמצעות האנזים aminoacyl-tRNA synthetase.
נקרא ככה כשלא נמצא בתהליך בתוך הריבוזום! בריבוזום בוא כבר נקרא-
Peptidyl t RNA

Question 24

איך קוראים לתהליך בו הpeptydil t RNA מסולק מהריבוזום בעמדה E בחזרה לציטופלזמה?

Answer 24

Translocation
טרנסלוקציה

Question 25

איך עובד תהליך הטרמינציה של תהליך התרגום?

Answer 25

תהליך הטרמינציה של תהליך התרגום הוא השלב שבו סינתזת החלבון מסתיימת והחלבון המוגמר משתחרר. התהליך מתרחש כאשר הריבוזום נתקל בקודון סיום (stop codon) על ה-mRNA. הנה הצעדים העיקריים בתהליך:

1. זיהוי קודון הסיום: הריבוזום ממשיך להחליף את ה-tRNA ומגיע לקודון סיום על ה-mRNA. יש שלושה קודוני סיום עיקריים: UAA, UAG ו-UGA.
2. קישור פקטור טרמינציה: כאשר קודון הסיום נכנס לאתר ה-A של הריבוזום, הוא מזוהה על ידי פקטור טרמינציה (release factor). הפקטור הזה לא נושא חומצת אמינו, אלא מפעיל תגובה שמביאה לסיום התהליך.
3. הידרוליזה של הקשר הפפטידי: פקטור הטרמינציה מפעיל הידרוליזה על הקשר הפפטידי שמחבר את חומצת האמינו האחרונה ל-tRNA שנמצא בעמדה ה-P. זה משחרר את שרשרת הפפטידים מה-tRNA.
4. שחרור החלבון: החלבון המוגמר משתחרר מהריבוזום ונפלט לתוך התא.
5. הפסקת הריבוזום: הריבוזום מתפצל לשתי תתי-היחידות שלו, וה-mRNA יחד עם ה-tRNA המשותף משתחררים, מה שמסמן את סיום התהליך.

Question 26

מה המשמעות של c terminus
N terminus

Answer 26

דרך לזכור:
N
תחיל

C
יום

ה-C-terminus ו-N-terminus מתייחסים לקצוות השונים של שרשרת הפפטידים או החלבון:

• N-terminus: זהו הקצה של החלבון שבו נמצא הקצה האמיני (amine group) של חומצת האמינו הראשונה בשרשרת. זהו הקצה שבו התהליך של סינתזת החלבון מתחיל, ומכאן שמו “N-terminus” (הקצה האמיני).
• C-terminus: זהו הקצה של החלבון שבו נמצא הקצה הקרבוקסילי (carboxyl group) של החומצה האמינית האחרונה בשרשרת. זהו הקצה שבו התהליך מסתיים, ומכאן שמו “C-terminus” (הקצה הקרבוקסילי).

המונחים הללו חשובים להבנת מבנה החלבון ותפקודו, מכיוון שהקצוות משפיעים על אופן קיפול החלבון ותכונותיו הפיזיולוגיות.

Question 27

שמות של המבנים של חלבונים

Answer 27

Primary protein structure
פשוט רצף של חומצות אמינו בשרשרת

Second
קיפול לוקאלי של השרשרת סביב עצמה
שני סוגים:
α helix- כמו תלתל
β pleated sheet- כמו אקורדיון, יחסית ישר