רצף ומבנה

Question 1

מי זכה בפרס נובל על ייסוד הקשר בין חומצות אמינו בחלבון לקונפורמציה הפעילה שלו ?

Answer 1

כריסטיאן אנפסין

Question 2

כמה ציסטאינים מכיל ריבונוקלאז ?

Answer 2

8 שיוצרים 4 קשרים דיסולפידים

Question 3

איך הוכיחו שיש קשר בין חומצות האמינו לקונפורמציה ?

Answer 3

לקחו ריבונוקלאז , פירקו את הקשרים הדיבולפידים ועשו דנטורציה . ראו שכשאר מחזירים את הקשרים ואז את המבנה לא חוזרת הפעילות של החלבון אבל הפוך כן .

Question 4

קשרי הדיסולפיד יכולים להיווצר מחדש רק תחת תנאים מסויימים?

Answer 4

כן

Question 5

איך יודעים את השפעת חומצות האמינו על הרצף?

Answer 5

מחליפים כל אחת ורואים את היציבות של החלבון אחרי כל החלפה

Question 6

איך בודקים יציבות של חלבון ?

Answer 6

חימום איטי -כאשר שינוי קטן בטמפרטורה גורם לשינוי גדול באחוז החלבון שאניו מקופל, הרי שמדובר בטווח הערכים בו היציבות שלו מתעררת באופן הגדול ביותר

Question 7

ההפרש בין האנתלפיה והנטרופיה הוא גדול ?

Answer 7

לא הערכים שלה םגדולים אבל ההפרש קטן ולכן קל לחשב אותו

Question 8

TM

Answer 8

טמפרטורת התחכה - בעזרתה מודדים את יציבות החלבון
זו הטמפרטורה שבה חצי מכמות החלבון בדיוק אינה מקופלת

Question 9

חלבון יציב שווה טמפרטורת התחכה

Answer 9

גבוהה יותר

Question 10

בטמפרטות ההתכה קבוע שווי המשקל הוא

Answer 10

-1
זה אומר שלחלבון אין העדפה אם להיות מקופל או לא

Question 11

התכה היא תהליך…

Answer 11

קופרטיבי
התערערות של חלק אחד בחלבון גוררת התערערות של חלקים אחרים .

Question 12

תהליל התערערות של מבנה החלבון הוא

Answer 12

אקספוננציאלי

Question 13

Dichroism Circular

Answer 13

מאפשרת לקבוע טמפרטורת התכה על ידי קביעת המבנה השינוי
בשיטה הזו מעבירים אור מקוטב בחלבון וכתלות בתכולת הדגימה יתקבל אור מקוטב - המולקולה תבלע אותו בכיוון אחד יותר מאשר בכיוונים אחרים .
לכל מבנה שניוני ישנה רגישות שונה לאורך באורך גל מסוים
מזה אפשר לחשב עבור כל מוטציה עד כמה היא מש]יעה על האנרגיה החופשית של החלבון ומכאן על היציבות שלו

Question 14

מה המרכיבים שמשפיעים על היווצרות המבנה השניוני ?

Answer 14

חומצות האמינו
רצף/מוטיב של חומצות אמינו
ההקשר המרחבי של החלבון

Question 15

איך בודקים השפעה של חומצה אמינית נתונה על המבנה השניוני ?

Answer 15

1.סופרים כמה כל חומצה אמינית מופיעה באלפא הליקס או בבטא שיטת ולעשות את הדישה הססטיסית
2. בצורה ניסויית לוקחים מבנה שניוני ידוע , בוחרים עמדה ומחליפים אותה בכל 19 חומצות האמינו האחרות , אחת כל פעם .

Question 16

איזה חומצות אמינו מעדיפות הליקס ?

Answer 16

אלנין, לאוצין , ארגנין , מתיונין וליזין

Question 17

אילו לא נותות להיות באלפא הליקס ?

Answer 17

ציסטאין , אספרטט , תריאונין ואספרגין

Question 18

אילו חומצות אמינו יש בקצוות המבנה האלפא הליקס ?

Answer 18

גליצין , ולין ואיזולאוצין- ב סיבוב הראשון
לאוצין ומתיונין מעדיפות את אמצע הפפטיד

Question 19

אילו חומצות אמינו מעדיפות להיות בבטא שיט ?

Answer 19

הארומטיות - טירוזין , פנילאלנין וטריפטופן
הן גדולות וממלאות היטב את המרחב שבין העמדות במבנה השניוני
תריאונין ואיזולאוצין גם גדולות

Question 20

אילו חומצות אמינו לא משתתפות בבטא שיט ?

Answer 20

גליצין

Question 21

מה יותר חשוב הדגם של החומצות האמינו או האופי של חוצות האמינו בקביעת מבנה ?

Answer 21

הדגם של חומצות המאינו - הpattern

Question 22

רצף זיקית

Answer 22

רצף שיכול להתקפל לשני המבנים השניונים אבל לבד הוא לא מתקפל בכלל .

Question 23

מה יש יותר מבנים או רצפים?

Answer 23

רצפים

Question 24

איך לומדים מה המרכיבים ברצף שחשובים למבנה ?

Answer 24

• אבולוציה של חלבונים
  -בדיקת של מוטציות נקודתיות על המבנה
  -אבולוציה in vitro

Question 25

דרך ללמוד על רצף-מבנה של חלבון : אבולוציה של חלבונים

Answer 25

לוקחים חבלון שמשתנה לאורך האבולוציה כמו המוגלובין שתפקידו ידוע .

Question 26

האם המוגלובין שמור בטבע ?

Answer 26

לא

Question 27

תוצאות שטי השיטות של הבנת המבנה דרך הרצף , האם הם יתנו תוצאות דומות ?

Answer 27

לא בהכרח , כי לאבולוציה ישנם שיקולים נוספים משום שהיא מתרחשת ברמת האורגניזם השלם. יכולה להיות עמדה בחלבון ששמורה מאוד אבל לא תורמת ליציבות שלו וזאת עקב פעילות שיש לה בהקשר אחר.

Question 28

אבולוציה in vitro

Answer 28

עושים סלקציה של החלבון על פי היכולת שלו לקשור חלבון אחר . אפשר לבצע את התהליך על ספריה נרחבת של רצפים מוטנטים וכך לבדוק אילו מוטציות משפרות את הקישור לאותו החלבון .כך ניתן לזהות בהדרגה רצפים שקורים את החלבון חזק יותר ויותר .

Question 29

כמה הליקסים יש להמוגלובין?

Answer 29

8

Question 30

בדיקת שינוי הפונקציה של הליזוזום

Answer 30

החליפו כל חומצה אעמינית באלנין שיש לה זיקה להליקס וזה גרם לכל הליקס להתארך . אבל זה לא פגע בתפקוד של הליזוזום כי כנראה לא דרושה הרבה יציבות כדי לעשות את הפעילות אלא רק מספיק

Question 31

שינוי חומצה אמינית בליבה של החלבון גורמת ל

Answer 31

הרבה פעמים לפגיעה ביציבות במיוחד אם מחליפים חומצה אמינית גדולה בקטנה . לא תמיד אבל כי לפעמיים החלבון יכול להסתדר מחדש ולסתום את החור שנוצר .

Question 32

איך עושה אבולוציה in vitro מוטציות ובדיקה על ההשפעה

Answer 32

על ידי phage display

Question 33

איך פועל phage display

Answer 33

מבטאים את החלבונים המוטנטים בפאגים , יוצרים חרוזים ועליהם פפטיד שקושר את החלבון המקורי ומבצעים סלקציה בפאגים על פי היכולת שלהם לקשור את החלבון המקורי . ניתן לקחת כל פעם את הפאגים שקשרו את החלבון המקורי הכי חזק ולהעביר אותם עוד ניסוי פעם נוספת בתנאים שנעשים קשים יותר ויותר עד שמקבלים את הפאגים בעלי יכולת הקישור החזקה ביותר לחלבון.