חיזוי מבנה

Question 1

Sampling Carlo Monte

Answer 1

שיטת חיפוש שמבצעת שינויים אקראיים בחלבון ורואים אם המבנה משתפר ואם כן שומרת אותו
שיטה שלא תמיג מגיעה למבנה הנטיבי ולוקחת הרבה זמן

Question 2

Picker Fragment

Answer 2

לוקחים אוזריםן שקרובים ברצף שבהכרח יהיו קרובים במבנה ומחפשת במבנים פתורים מבנה שניוני לאזור הזה . חוזרים על התהליך הזה באזורים שונים על כל רצף של החלבון

Question 3

על איזה שיטות בנייה מבוססת Rosetta?

Answer 3

על
Sampling Carlo Monte
Picker Fragment
כלומר הדגימה היא בין זוויות שבין מבני הפרגמנטים השונים ולא בין חומצות אמינו. זה מוריד את זמן ההרצה
אחרי מימיזציה הגלובלית של האנרגיה (הזוויות בין הפרגמנטים) עושים מימיזציה של אנרגיה בתוך הפרגמנטים עצמם כך שיתאימו למבנה הכולל בצורה הכי טובה.

Question 4

קו אבולוציה

Answer 4

שינוי של כמה עמדות ביחס זו לזו. אם אחת משתנה לחיובית השנייה לשללילית כדי להתאים לה.

Question 5

Rosetta GREMLIN

Answer 5

ניתוח קו אבולוציה של רוזטה שמצמצם עוד את מרחב הדגימה

Question 6

Map Contact

Answer 6

תיאור של החלבון על ידי נקודות המגע בין חומצות האמינו השונות.
יייצוג דו מימדי של מידע תלת מימדי כמו תמונה

Question 7

מה מטרת הקו אבולוציה ?

Answer 7

לשחזר את הMap Contact
של החלבון הנחקר.

Question 8

Matrix Covariance

Answer 8

נוצר מה MSA
איפה נמצאת כל חומצה אמינית לפי כל מידע והיא נכנסת לרשת הניורנונים של אלפא פולד
מידת הקשר בין העמדות

Question 9

Contours

Answer 9

אזורים שיש בהם הבדלים משמעותים ( אזורים לא מוגדרים עם קשר בחלבון לבין אזורים משמעותים) מחפשים אותם כדי להוריד את האוזרים שיש בהם פחות אינפורמציה

Question 10

trRosetta

Answer 10

מוסיפים קונסטריינס לאחר שהרוזטה מייצר תמודל ראשוני ואז דוחפת את המבנה לפי קונסטריינס שנוצרו מרשת ניורונים

Question 11

אינפוט של AF

Answer 11

רצף

Question 12

אחרי הכנסה של רצף מה אלפא פולד עושה ?

Answer 12

יוצרת MSA
ממנו יוצרת מטריצה באורך ורוחב של הרצף שבה יש אינפורמציה על כל זוג עמדות Representation Pair
Maps Contact ממבנים קיימים דומים , על ידי ממוצע המרחקים הידועים בין השיירים

Question 13

Evoformers

Answer 13

AF
סדרה של 48 מערכות שהן הופכות א ה MSA וRepresentation Pair
לייצוג של המידע החשוב עבור הרצף הנחקר, כולל מידע על אופי העמדה עצמה וכן על אופן בו העמדות האחרות משפיעות עליה .
כל שכבה יודעת לזהות סוג אחר של מיד -המשקלים שהוא מתחשב בהם שונים מאחרים.

Question 14

מה קורה אחרי ה Evoformers

Answer 14

Module Structure

Question 15

Module Structure

Answer 15

שמונה שכבות , שהופך את ה MSA והRepresentation Pair
למבנה.

Question 16

מה קורה אחרי Module Structure

Answer 16

3 מחזורי מחזור

Question 17

אאוטפוט של אלפא פולד ?

Answer 17

מבנה בצבעים שונים

Question 17

Recycling

Answer 17

3 מחזורים שהמידע עובר שוב דרך
Evoformers
על מנת לעדן את המבנה ולהגיע להתכנסות של חזרות

Question 18

האם אלפא פפולד יודע לנבות טוב אזורים לא סדורים?

Answer 18

פחות

Question 19

על איזה מבנים אלפא פולד אומנה ?

Answer 19

מה שהיה לפני 2018

Question 20

Score Confidence

Answer 20

כמה אלפא פולד בטוח במבנה בעמדה מסויימת ככל שהוא נמוך יותר זה אומר שה MSA
לא איכותי מספיק בעמדה דבר שקורה באזורים לא מסודרים

Question 21

pLDDT

Answer 21

חלק ממד ה ביטחון של אלפא פולד
0-100 עבור כל עמדה שמעד עד כמה התוכנה בטוחה באיזה מבנה העמדה נמצאת

Question 22

pAE

Answer 22

חלק ממד ה ביטחון של אלפא פולד
עבור כל זוג עמדות -עד כמה התוכנה בטוחה בחיזוי המיקום היחסי שלהם זו ביחס לזו

Question 23

ESMFold

Answer 23

(Processing Language Natural על ידי פייסבוק
הלמידה היא על ידי כיסוי של מילים שונות באקראי בכל פעם וניסוי לשחזר אותן

Question 24

אינפוט ESMFold

Answer 24

רצף

Question 25

Embedding

Answer 25

מטריצה שעוזרת לחזות את המילה ב NLP היא באורך הרצף וברחוב מספר מסויים שמספיק לחיזוי העמדה בצורה מושלמת.

Question 25

האם יש MSA בשיטה של פייסבוק ?

Answer 25

לא

Question 26

השוואה בין Embeddings של רצפים שונים נותנת?

Answer 26

דמיון שהוא בקורלציה לדמיון בתפקיד