werkcolleges Flashcards
waarom is flagelline een goed molecuul om te kiezen voor het triggeren van een immuunrespons?
het is geconserveerd DNA (dus muteerd weinig, omdat het belangrijk voor de fitness is en random mutaties ervoor zorgen dat er fouten ontstaan in de ontwikkeling van de flagel?)
het is op het celoppervlak
een flagel is iets wat niet voorkomt bij plantencellen, dus de plant weet sws dat het niet lichaamseigen is.
waar worden effectoren door type III en type IV secretiesystemen geïnjecteerd?
in de apoplast of het cytoplasma
wat betekend het als bij een GUS reposter system het deel blauw kleurt?
dat betekend dat daar genexpressie is van het onderzochte gen, het kleurt blauw omdat het GUSgen (dat gekoppeld is aan het gewenste gen) na expressie het enzym GUS maakt, wat het substraat X-gluc splitst.
een van de producten daarvan is een indigo kleurstof, wat de plaats waar genexpressie van GUS plaatsvind een blauwe kleur geeft.
voor welke groep MOs is 16s rDNA amplicon sequencing?
voor bacteriën
naar welke regios wordt gekeken bij de 16S regio?
hypervariabele regio’s, dit is handig omdat je zo diversiteit tussen verschillende bacteriën kan identificeren. de regio’s zijn V3-V7.
wat is het probleem met mitochondria en chloroplasten bij het analyseren van het plant microbioom?
deze organellen waren ooit prokaryoten die zelfstandig leefden, hierdoor hebben ze dezelfde 16S rDNA marker, waardoor je resultaten voor een groot deel zullen bestaan uit mito/chloro data.
wat voor soort molecuul is een Nod-factor/Myc-factor?
een acylated lipochitooligosacharide (LCO)
met welke twee stoffen komen Nod- en Myc-factoren overheen? hoe kan de plant onderscheid maken?
met chitine en peptidoglycaan. de plant kan onderscheid maken tussen symbiosevorming en PTI reactie doordat er variatie is in de co-receptor tussen symbiose en immuunrespons (SYMRK vs BAK1) en ook een kleine variatie in de LysM domeinen.
wanneer NFR1 en NFR5 teveel gestimuleerd worden kan alsnog de defense pathway aangezet worden.
hoe heeft Rhizobium sp. NGR234 zo’n brede hostrange?
de bacterie produceerd verschillende Nod-factoren
hoe kan je de kans verlagen dat de belager de resistentie doorbreekt? (als je resistentiegenen in een plant kan inbrengen)
door het gewas op kleinere schaal te produceren
door verschillende soorten resistentiegenen in te brengen>kans dat de belager op verschillende punten het DNA tegelijkertijd muteert is zeer klein.
