W1

Question 1

W jaki sposób regulowany jest poziom konkretnego białka w komórce? (4)

Answer 1

szybkość syntezy, degradacji i translacji mRNA, szybkość degradacji białka

Question 2

jaka jest zmienność genomu?

Answer 2

w komórkach jednego organizmu genom jest z grubsza taki sam - ale różne komórki będą nabywać mutacje w różnym tempie

Question 3

jaka jest zmienność proteomu i transkryptomu?

Answer 3

nie ma między nimi zgodności, określają poziom białek i transkryptów w danej komórce, w danym czasie i warunkach

Question 4

co bada projekt HUPO?

Answer 4

proteom człowieka - tzn wszystkie białka z ich polimorfizmami, formami splicingowymi i modyfikacjami potranslacyjnymi

Question 5

na czym polega podejście b/dHPP w projekcie HUGO?

Answer 5

poznawanie białek związanych np. z konkretną tkanką bądź chorobą – np. białka mózgu, białka związane z rozwojem cukrzycy

Question 6

na czym polega podejście cHPP w projekcie HUGO?

Answer 6

poznawanie białek przez geny kodowane na kolejnych chromosomach

Question 7

skąd bierze się różnorodność białek? Na etapie transkrypcji i potranslacyjnej obróbki (3)

Answer 7

alternatywny splicing, różne miejsca startu transkrypcji, redagowanie mRNA

Question 8

skąd bierze się różnorodność białek? Na etapie translacji (2)

Answer 8

różne miejsca startu translacji, alternatywna proteoliza białek

Question 9

skąd bierze się różnorodność białek? Na etapie modyfikacji potranslacyjnych (wzór)

Answer 9

różne stany (ilość typów modyfikacji+1)^ilość miejsc mogących ulegać modyfikacji

Question 10

etapy biosyntezy białka

Answer 10

translacja, fałdowanie, tworzenie oligomerów, potranslacyjne modyfikacje

Question 11

za tworzenie jakiej struktury białka odpowiadają kolejne etapy biosyntezy białka

Answer 11

translacja - pierwszorzędowa, fałdowanie - drugo i trzecio, tworzenie oligomerów - czwarto, potranslacyjne modyfikacje

Question 12

w jakim momencie zachodzą modyfikacje potranslacyjne?

Answer 12

w trakcie nabywania funkcjonalnej struktury - są nieodwracalne; gdy białko jest dojrzałe - są odwracalne

Question 13

jak bezpośrednio sekwencja nukleotydowa determinuje sekwencje białka?

Answer 13

sekwencja mRNA danego łańcucha polipeptydowego

Question 14

jak pośrednio sekwencja nukleotydowa determinuje sekwencje białka?

Answer 14

sekwencja genu kodującego białko

Question 15

po co jest mRNA? Czemu translacja nie zachodzi na nici kodującej DNA? (2, pytanie z wykładu)

Answer 15

więcej możlwiości regulacji poziomu białek w odpowiedzi na bodźce, możliwość usuwania intronów

Question 16

nić kodująca i matrycowa

Answer 16

terminy te odnoszą się do konkretnego fragmentu DNA kodującego dany gen, (wstawić zdjęcie)

Question 17

rybosomy - podstawowe cechy

Answer 17

środowisko kontrolujące oddziaływania mRNA-aminoacylo-tRNA, rybozym prowadzący reakcje tworzenia wiązań peptydowych

Question 18

jakie są masy (S) podjednostki dużej i małej u prokariota?

Answer 18

70S = 30S(mała) + 50S(duża)

Question 19

jakie są masy (S) podjednostki dużej i małej u eukariota?

Answer 19

80S=40S(mała)+60S(duża)

Question 20

Jakie rRNA ma mała podjednostka rybosomu prokariotycznego?

Answer 20

16S

Question 21

Jakie rRNA ma duża podjednostka rybosomu prokariotycznego? (2)

Answer 21

23S i 5S

Question 22

Jakie rRNA ma mała podjednostka rybosomu eukariotycznego?

Answer 22

18S

Question 23

Jakie rRNA ma duża podjednostka rybosomu eukariotycznego? (3)

Answer 23

28S, 5S, 8S

Question 24

Ile białek ma mała podjednostka rybosomu prokariotycznego?

Answer 24

22

Question 25

Ile białek ma duża podjednostka rybosomu prokariotycznego?

Answer 25

31 (34)

Question 26

Ile białek ma mała podjednostka rybosomu eukariotycznego?

Answer 26

33

Question 27

Ile białek ma duża podjednostka rybosomu eukariotycznego?

Answer 27

46 (49)

Question 28

Jak badać strukturę drugorzędową rRNA?

Answer 28

cięcie i sekwencjonowanie

Question 29

Jakie są najczęstsze modyfikacje nukleotydów w rRNA? (3)

Answer 29

Metylacja zasad, metylacja -OH rybozy przy C2, występowanie pseudourydyny

Question 30

Jak często u człowieka (w porównaniu do E.coli) modyfikowane są nukleotydy w rRNA? W jakich miejscach one występują?

Answer 30

Człowiek - 3%, E.coli - 0,8%. Występują w miejscach funkcjonalnych rybosomu

Question 31

Miejsca funkcjonalne rybosomu - 4 cechy

Answer 31

Miejsca oddziaływania tRNA z rybosomem, Centrum aktywne peptydylotransferazy, Tunel, przez który przechodzi rosnący łańcuch polipeptydowy, Powierzchnia oddziaływania podjednostek rybosomu

Question 32

Białka rybosomów u prokariota

Answer 32

4xL12 (2 są zmodyfikowane - acetylowana seryna na N-końcu - nazywają się wtedy L7)

Question 33

białka L7/L12

Answer 33

są zakotwiczone w białku L10 - w kciuku dużej podjednostki rybosomu

Question 34

Białka rybosomów u eukariota (odpowiednik 4xL12)

Answer 34

2P1/2P2

Question 35

Jaką techniką badano białka rybosomów?

Answer 35

Dwukierunkowa elektroforeza białek, wstawić zdjęcie

Question 36

rybosomy mitochondrialne - porównanie do cytozolowych

Answer 36

utraciły cześć rRNA i niektóre białka, mają dodatkowe białka; ogólnie - mniejsze od cytozolowych

Question 37

jakie masy mają podjedostki rybosomów mitochondrialnych

Answer 37

mała - 28-44S, duża - 39-60S, całość - 55-80S

Question 38

w jakim kierunku ewoluuje rybosom mitochondrialny?

Answer 38

tak, aby białka rybosomalne przejęły funkcję rRNA

Question 39

funkcjonowanie rybosomu

Answer 39

Rrna i białka tworzą jedną, interaktywną strukturę; kilka miejsc funkcjonalnych działa w kontekście całego rybosomu

Question 40

hipoteza nt początków życia i roli rybosomu

Answer 40

rybosom to pozostałość pierwotnego genomu, który pozwalał na samoreplikację i autokatalizę ogniwa będącego między makromolekułami a komórkami. Jak przepiszemy sekwencje rRNA na białko (w różnych ramkach odczytu) to znajdziemy elementy kodujące białka o różnej funkcji – prageny odpowiadające współczesnym białkom

Question 41

elektroforeza RNA, jak ma się rRNA do całości RNA w komórce?

Answer 41

(wstawić zdjęcie), rRNA to 80% całego RNA, w genomie jest wiele kopii genów dla rRNA. Na obrazie z elektroforezy widzimy bardzo słabe prążki od mRNA

Question 42

co to jest translacja?

Answer 42

tworzenie wiązań peptydowych pomiędzy aminokwasami, których sekwencja determinowana jest przez sekwencję mRNA

Question 43

budowa dojrzałego mRNA

Answer 43

czapeczka, 5' UTR, egzony (w tym kodony start i stop), 3' UTR, ogon poliA