Virologie Flashcards
Pourquoi on étudie la virologie ?
Médiacaments antiviraux
Vaccins
Virus sont très petits
300 nm
Transfert horizontal des gènes
Quand un organisme intègre le matériel génétique d’un autre organisme sans en être le descendant
Virus ont une grand … et sont …
Diversité génétique
Mutés rapidement
1er virus animal identifié
Virus de la fièvre aphteuse
Mimivirus
Mimicking Microbe Virus
« Virus géant »
Spoutnik
Appelé virophage par analogie avec bactériophage
5 critères pour différencier virus d’un autre organisme vivant
1) 1 seul type d’acide nucléique (ADN vs ARN)
2) Se reproduit à partir de son seul acide nucléique
3) Incapable de croitre et de subir des divisions binaires
4) Contient aucune information génétique concernant les enzymes du métabolisme intermédiaire producteur d’énergie
5) Pour se multiplier, a besoin des structures de la cellule hôte (surtout ribosomes) –> parasite intracellulaire obligatoire
Définition biologique d’un virus
1) Intracellulaire variable
2) Extracellulaire: le virion
C’est quoi le virion
- contient l’acide nucléique
- c’est la particule virale complète
- représente l’unité structuale du virus
Qu’est-ce que la partie la + externe du virion détermine ?
infectiosité
tropisme
3 types de symétrie + exemples
1) Hélicoïdale (grippe + mosaïque du tabac)
2) Icosaédrique (adénovirus + polyomavirus)
3) Complexe (poxvirus + bactériophage)
Le nom donné aux + grands virus des animaux ?
Poxvirus
Capside constituée de …
Capsomères (= unités protéiques identiques entre elles) qui sont reliées de façon non covalente = protomères
Phages caudés ont …
T2, T4, T6
Symétrie binaire: tête icosaédrique + queue hélicoïdale
5 formes de base des particules virales ?
- icosaédrique nu
- icosaédrique enveloppé
- hélicoïdale nu
- hélicoïdale enveloppé
- complexe
Enveloppe/péplos formée de …
combinaison de protéines + glucides + lipides
Dérive des membranes cellulaires d’origine plasmique, nucléaire ou d’autres organites
Glycoprotéines virales (spicules ou péplomères)
- spicules = anti-R viraux
Fonctions de l’enveloppe
Hémagglutinante Enzymatique Morphologique Antigénique Site d'attachement Fusion
Fonction des spicules
Fixation
Fusion
Activités enzymatiques
Une même spicule peut faire fixation + fusion
Quels virus sont + fragiles, nus ou enveloppés ?
Enveloppés
Nus résistent mieux dans le milieu extérieur et n’ont pas de prédominance saisonnière particulière (vs virus enveloppés qui sont surtout transmis pendant les saisons froides)
L’information génétique est proportionnelle …
à la taille du virus
à la taille du génome viral
types de génomes viraux
ADN simple brin = monocaténaire
ADN double brin = bicaténaire
ARN simple brin
ARN double brin
ARN + ou sens
peut être directement traduit en protéine
ARN - ou antisens
Doit d’abord être traduit en ARN + pour ensuite pouvoir être traduit en protéine
Caractéristiques virus à ADN
Stable biochimiquement
Stable génétiquement
Taux de mutations sont très faibles
Servent directement de matrice à la réplication + formation de l’ARNm
Caractéristiques virus à ARN
Peu stable biochimiquement
Peu stable génétiquement
Taux de mutations sont très élevés
Jouent un double rôle de matrice pour la formation d’ARNm + ARN
Arbovirus
Virus qui se transmet d’un vertébré à un vertébré par un arthropode hématophage qui joue le rôle de vecteur
Système universel de classification
1) nature de l’acide nucléique
2) symétrie de la nucléocapside
3) présence / absence enveloppe
4) nb de capsomères pour les virus à nucléocapside icosaédrique ou diamètre de la nucléocapside pour les virus hélicoïdaux
Classifcation de Baltimore
7 groupes
selon particularités du génome
Agents infectieux plus simples que des virus
Viroïdes
- ARN simple brin
- sans capside
Virusoïdes
- VHD ne code pas pour sa propre protéine de fixation
Prions
- agent infectieux de nature protéine: c’est une glycoprotéine dont les chaines sont repliées incorrectement
- ni un virus ni une bactérie
- absence de matériel génétique
- impliqué dans des maladies du cerveau: encéphalopathie spongiforme
Agents infectieux peuvent-ils exister sans génome ?
oui
= protéines infectieuses (ex. prions)
Étapes de la réplication virale
Précoces
- fixation = glycoprotéine (spicule/péplomère) - Rcell ou protéines (capsomère/protomères) - Rcell
- pénétration
- décapsidation
Stade de synthèse
- réplication, transcription, traduction
Tardives
- assemblage et maturation
- libération
Voies de pénétration (dans le cycle de la réplication virale)
1) injection (pour virus nus + bactériophages)
2) endocytose
3) fusion (pour tous les virus enveloppés)
Fusion peut se faire:
- directement à la membrane plasmique après l’attachement du virus au R cell (ex. VIH)
- après l’internalisation du virus par endocytose (ex. virus de l’influenza)
Où se fait l’étape d’assemblage + maturation (dans le cycle de réplication virale) ?
Virus à ADN : dans le noyau
Virus à ARN : cytoplasme
Comment se fait la libération (dernière étape cycle de réplication virale)
1) lyse cellulaire
2) bourgeonnement cytoplasmique
3) bourgeonnement nucléaire (pour virus enveloppés)
Cellule infectée produit 100-1000 particules virales mais ne sont pas nécessairement infectieuses
4 types d’interaction virus-cellule
1) interaction abortive: le virus, une fois dans la cellule, ne peut pas se répliquer
2) interaction productive: virus entraine la destruction de la cellule infectée
3) interaction persistante: cellule résiste à l’infection et produit un virus sans être lysée
4) transformation maligne des cellules
Qu’est-ce qu’un oncogène
Gène responsable des cancers
Capable de former des tumeurs par la transformation cellulaire
Qu’est-ce qu’un oncovirus
Virus capable de causer des cancers (ex. polyomavirus)
Qu’est-ce que le tropisme d’hôte
gamme d’hôtes
Exemples zoonose
maladie de lyme
ebola
rage
Concept de l’iceberg
Plusieurs virus nous infectent sans qu’on s’en rende compte. On voit seulement une faible proportion des virus (la point de l’iceberg) = virus pathogènes connus
Facteurs qui déterminent si les virus sont à risque (capable de causer infection)
Pathogénicité
Gamme d’hôtes
Mode de transmission
Dose infectieuse
Virus des groupes 2, 3 et 4 …
sont considérés comme des agents biologiques pathogènes
types cellulaires possibles lors d’une infection virale
Cellule résistante = ne possède par de R permettant l’entrée du virus ( ou ne permet pas la réplication virale)
Cellule susceptible = possède 1 ou plusieurs R, mais le virus ne va pas nécessairement pouvoir se répliquer
Cellule permissive = permet la réplication du virus
Qu’est-ce qui influence les modes de transmission
Humidité relative
Température
Infectivité des virus
Intensité de production de virus
Conséquences transmission verticale ?
Avortements, malformations, immunotolérance envers le virus
Transmission horizontale peut se faire comment ?
Directe:
- contact physique
- transmission sexuelle
Indirecte:
- objets contaminés
- sol
- aliments et boissons
- insectes et vecteurs piqueurs
Excrétion virale se fait a/n …
Voie digestive Tractus uro-génital Tractus GI Système nerveux Sang Peau et muqueuses
Infection localisée
réplication virale reste localisée près du site d’entrée du virus (ex. peau, système GI, système respiratoire)
localisation de l’organe cible: porte d’entrée
durée de l’incubation : quelques jours
Infection généralisée (systémique)
Virémie primaire: propagation à d’autres organes sensibles (foie, rate) par circulation sanguine
Virémie secondaire: multiplication du virus à des sites secondaiers
**Virémie = présence du virus dans le sang
localisation organe cible: à distance de la porte d’entrée
durée de l’incubation: plusieurs semaines
Site de réplication primiare =
site a/n duquel le virus se réplique au début de l’infection
types d’infection virale ?
1) infection abortive: échec, élimination
2) infection aiguë : majorité des infection virales
- rapide et autolimant: production rapide de virus et élimination de l’infection
3) infection persistante : quand les défenses de l’hôte sont modulées ou contournées
- latente = version extrême d’infection persistante
- chronique = réplication virale en continue
- chronique lente
En quoi consiste une infection latente (dans la catégorie d’infection persistante)
Pas une grande production de virions
Présence du génome viral intact
Virus latents peuvent se réactiver
Réponse immunitaire réduite/absente
Système de défense de l’hôte
Barrières anatomiques, chimiques ou physiques
Défense intrinsèque
Immunité innée
Imunnité acquise
Types d’infection
Type d’interactions virus-cellule
Type de cellules lors d’infection
interaction:
- abortive
- aiguë
- persistante
interaction:
- abortive
- productive
- persistante
- TMC
cellules:
- résistante
- susceptible
- permissive
Définition symptôme
signe clinique qui représente une maladie, tel qu’exprimé et ressenti par le patient
Période d’incubation
temps entre l’entrée d’un agent pathogène et l’apparition de signes/symptômes
Virulence virale
quels types de trait
dépend de ?
trait quantitatif: représente l’étendue de la pathologie
Peut aussi être un trait relatif: différences dans le degré de pathologie causé par les souches du même pathogène
**Vs pathogénicité = trait qualitatif
Dépende de :
- capacité à entrer dans la cellule
- capacité à croitre dans la cellule
- capacité à combattre les mécanismes de défense de l’hôte
- capacité à produire des dommages temporaires ou permanents chez l’hôte
Transmissibilité
efficacité avec laquelle un pathogène est transmis à un hôte sain
Défenses intrinsèques de l’hôte
- Absence d’expression d’un R
- Autophagie
- Apoptose
- Protéines antivirales
Où sont localisés NLRs, TLRs et RLRs ?
TLRs = membranaire
RLRs + NLRs = cytosolique
Mécanismes d’action des Ac neutralisants
1) Vont inhiber l’attachement du virus au R cell
2) Blocage de l’internalisation de la particule virale dans la cellule
3) Inhiber la décapsidation ou localiser les virus dans les endosomes incompétents pour la décapsidation
4) bloquer la réplication virale
5) agrégations de particules virales
ADE avec virus de la Dengue
ADE = antibody-disease enhancement (anticorps facilitant)
Les Ac dirigés contre le virus de la Dengue vont stimuler l’infection
Stratégies virales pour éviter la réponse immunitaire
- infection latente
- mutation
- cibler les cytokines de l’hôte
- lyse des cellules immunitaires
- inhiber le complément
- inhiber la reconnaissance immunitaire
Facteurs viraux et de l’hôte qui vont affecter la pathogenèse
hôte:
- réponse immunitaire
- stabilité
virus:
- dosage
- vitesse de réplication
- voies d’entrée
- virulence
Qu’est-ce que la pathogenèse virale
mécanisme par lequel les virus vont endommager de petites ou grandes populations de cellules de divers organes menant aux signes/symptômes d’une maladie
Mécanismes de la pathogenèse virale
1) Dérégulation du cycle cellulaire et de l’apoptose: inactivation des suppresseurs de tumeurs
2) Oncogène viral: virus exprime 1 ou +sieurs protéines perturbant la divsion cellulaire
3) Mutagenèse insertionnelle: intégration du génome viral dans le génome cellulaire est susceptible d’entrainer une prolifération incontrôlée de cellules
2 types de variations génétiques (donc antigéniques)
saut antigénique
dérive antigénique
Réassortiments sont à l’origine de …
nouveaux sous-types
Définition dx direct + 4 approches possibles
mettre en évidence virus ou un de ses constituants
1) microscopie électronique (concentration crtitique de virions détectable = 10^6 par mL)
2) hybridation des acides nucléiques
3) isolement viral
4) hémagglutination
Définition dx indirect
on recherche les immunoglobulines spécifiques dirigés contre un virus en particulier
ELISA direct, indirect, sandwich
direct: rapide
indirect: +sensible
sandwich: antigène entre 2 Ac
PCR avantage désavantage
Avantage:
- spécifique et sensible
- coût faible à moyen
- rapide
Désavantage:
- contamination qui risque de donner des résultats faux positifs
Bénéfices du test d’agglutination
rapide
précis
permet de déterminer la quantité relative de certains virus
isolement viral et culture de cellules
Culture sur animaux Culture sur oeufs de poules embryonnés Culture cellulaire: - primaire - diploïdes - d'organe - en lignée continue
Définition effet cytopathogène ou cytopathique (ECP) et ça dépend de quoi
changements morphologiques visibles des cellules lors d’une multiplication virale
Dépend :
- virus
- nature de la cellule infectée
Syncytia
Cellule géante polynucléaire
formée par la fusion de plusieurs cellules
Seule méthode d’observation directe
ME
Méthodes indirectes, séropositivité et séroconversion
ELISA, PCR, qPCR, RT-PCR, hémagglutination, détection ECP
Séropositivité: présence d’Ac
Séroconversion: apparition d’Ac sur 2 sérums successifs
Quelles méthodes ne quantifient pas les particules infectieuses
ME, ELISA, agglutination
Formule pour quantifier titre infectieux
UFP / mL
nb de plages de lyse x dilution) / Volume (en ml
DICC50
Dose infectieuse en culture de cellules = dilution virale ayant un effet cytopathogène sur 50% des cellules en culture
DL50
Dose létale = dilution limite à laquelle 50% des organismes hôtes sont détruits / morts
Que permet de détecter un test de neutralisation ?
les Ac neutralisants spécifiques au virus dans l’échantillon
Nouvelles opportunités environnements
- augmentation des échanges internationaux
- changements climatiques
- augmentation migration + déplacements humains
- urbanisation, augmentation de la densité de la population
- invasion d’endroits où les humains ne sont jamais allés
Quel type d’interaction virus-cellule est in vitro l’équivalent de l’ECP ?
interaction productive
