Vecka 1 - Genen Flashcards
Vilka nukleotider bine der varandra? Med hur många vätebindningar?
AT
GC
GC 3 bindningar
AT 2 bindningar
Vilka nukleotider är puriner?
A och G
Var i B-format DNA binder transkriptionsfaktorer in?
Major groove. Öppnare struktur än minor groove.
Enklaste packningsformen DNA?
DNA upplindat runt histoner
Vad är definition på nukleosom?
Hur många nt ingår i nukleosomen?
Histonprotein + DNA som är lindat runt den.
Totalt 200 nt i nukleosom, då ingår linker DNA.
Hur många nt i en nucleosome core particle?
147 st.
Vad består en histonkärna av? Vilka protiener?
En oktamer av dimerer.
2 av varje: H2A H2B H3 H4
Vilka bindningar finns mellan histonkärnor och DNA?
Vätebindningar
Vad är histon 1?
Vad är histonsvansar?
Histon 1
- Ett protein som drar åt DNA runt histonkärnan
Histonsvans
- varje histonprotein i histonkärnan har histonsvansar.
- Dessa binder olika delar av nukleosomstrukturen och drar ihop nukleosomerna med varandra för att packa ytterligare.
- Bidrar till att skapa kromatinfiber.
Beskriv organisation av en kromsom i storleksordning.
Kromosom -> nukleosomer packade tätt med varandra -> heterokromatin.
Eukromatin
- nukleosomer är glesare från varandra.
- DNA helixen är lindad runt nukleosomen.
Vad innehåller en centromer för packning av kromatin?
Vad innehåller telomer för packning av kromatin?
Vilken packning har kromsomarmarna?
Båda heterokromatin. Centromeren har inga gener.
Kromsomarmarna, mellan centromer och telomer, eukromatin. Men även heterokromatin beroende på celltyp.
Vilken packningsform har DNA under interfas?
Eukromatin relativt till mitos.
Hur lokaliseras en kromsosom i interfas, där gener ska uttryckas i cellkärnan?
Aktiv transkription
Mer centralt kommer dem homologa kromosomerna att finnas med eukromatin mer centralt i kärnan. (för den gen som uttrycks)
Om genen inte transkiberas är kromosomen per perifiert
Vad är en gen?
En informationsbärande enhet som kan koda för ett mRNA eller funktionellt RNA.
En gen associeras också av DNA sekvenser som reglerar uttrycket av genen, t.ex. enhancers, introner.
En haploid kromosomuppsättning. Hur många baspar?
3,2 miljarder
Totalt 6 miljarder i en diploid cell
Hur ser en typisk proteinkodande gen ut? Beskriv delarna.
Kommer UTR finnas med i proteinet?
Promotor
- Första och sista exonet innhåller UTR.
5 UTR
exon
intron
3 UTR
UTR finns inte med i proteinet, men i mRNA finns dem. Translateras inte. Behövs för initieringen.
UTR tillhör exon-definition.
Hur stora är gener (minst till störst)
1000 baspar - 2 Mb
Vilka två modifieringar är intimt förknippade med epigenetik?
- Metylering på C
2. Acetylering/Metylering på histoner.
Vad är en CpG island?
Ett område med CG rika områden som är mellan 300 - 3000 baspar långa. De ligger ofta i anslutning till promotorer av gener, och är ofta hypometylerade. T.ex. gällande house keeping gener, hjälper CpG islands till med att öka transkriptionell aktivitet för att underhålla cellens basala funktioner.
Detta är en epigenetisk modifiering som gör det möjligt att hosue keeping gener blir aktiva i alla celler, bestämmer därmed en del av cellens uttryck.
Hur stor andel av CpG områden förutom islands är hypermetylerade?
70-80 %. Kromatin packas ner.
Vilka enzymer metylerar cytosin i DNA?
DNMT 1, 3 A/B.
DNA metyl transferaser.
Vad gör DNMT1?
När är den aktiv?
Metylerar C i 5 prim regionen, med mall från den ena strängen i DNA.
Sker i samband med replikation. Då hjälper denna till att metylera den nya strängen.
Vad gör DNMT3 A och B?
Metylerar helt ometylerat ds-DNA.
Sker vid behov när vi vill stänga ner kromatin/gener.
Förutom på DNA, kan modifieringar göras på proteiner som dessa är lindade runt som påverkar packningsgrad. Epigenetik.
Vilka proteiner och strukturer?
Nämn vad olika modifieringar leder till på en specifik histonprotein.
Histonsvansarna kan modifieras på sina aa.
- modifieringar skapar interaktionsmöjligheter för proteiner.
- modifieringar påverkar hur strukturen ska vara packad.
På H3 svans, finns lysin i position 9.
- Metylering = stängt
- Acetylering = öppet = akitiv gen.
Vad är den gemensamma nämnaren för acetylering och metylering på histoner?
Nämn vilka enzymer som modifierar histonsvansar.
Hur många metylgrupper kan sättas på histon 3?
Att det påverkar packingsgraden av kromatin och därmed transkriptionell aktivitet av gener som ligger angränsade.
HAT - histon acetyl transferas
HDAC - histon deacetylaser
HMT - histon metyltransferaser
- både metylering och demetylering.
Upp till 3. metylgrupper kan sättas på lysin i histon 3, pos 9, lysin.
