Vecka 1 - DNA replikation och reparation (ej antecknat om homolog rekombinering) Flashcards
Vad är skillnaden på deoxyribos och ribos?
Ingen OH-grupp i position 2 i riboset (DNA)
Vilka pyrimidiner har vi?
Uracil, Cytosin, Tymin
Hur binds DNA och RNA ihop med sina sockergrupper?
Genom fosfodiesterbindningar.
I 5 prim har vi en fosfatgrupp, i 3 prim en OH.
Kol 3 har en OH-grupp som kopplar ihop med en fostatgrupp till Kol 5 på näta ribos.
Varför är RNA instabil i vatten?
Fosfatgruppen på kol 5 kan reagera i ena riboset med nästkommande OH-grupp i kol 2 på nästa ribos.
Hur många nt är minor och major groove?
10 nt.
Vad är funktionen av en centromer?
Hålla ihop systerkromatider inför mitos
Vilka steg är reversibla enligt centrala dogmen?
Alla steg fram till att ett protein har bildats.
ett RNA kan vara templat för DNA med ett reverse transkiptas.
Vilken jon är med som kofaktor i DNA-polymeras? Vilken energirik molekyl spjälkas vid syntes av DNA?
Mg2+
PPi spjälkas bort. En dxTP –> dxMP + PPi.
Hur definieras Watson och Cricksträngen?
Watson - 5´på den korta armen
Crick- 3´på den korta armen
Beskriv hur replikationsgaffeln kommer till, och hur syntesen av leading strand sker. Alla proteiner ska med!!!
- DNA-helikas öppnar vätebindningarna.
- RP-A sätter sig vid DNA-helikas så inte vätebindningarna binder igen. Binder enkelsträngat DNA på leading och lagging strand.
Leading strand
- Primas sätter på en RNA-primer i 3 prim änden - behövs för en OHgrupp att syntetisera på.
2.
- DNA-pol alfa sätter på 20 nt
- DNA pol delta kör lite till.
- DNA pol epsilon elongerar leading strand.
Beskriv hur lagging strand syntetiseras.
Isoformer av polymeras ska med.
- 3 prim änden ligger mot replikationsgaffeln. En RNA-primer sätts på först av Primas för varje okazakifragment.
- Syntes av okazakifragment från denna, 200 nt.
- DNA pol alfa 20 nt
- DNA pol delta elongerar - RNas H tar bort primer
- Förlägning med DNA-pol delta
- Okazakifragment ligeras med DNA ligas 1
Vad är topoisomeras 1?
- Enzym som sitter framför replikationsgaffeln.
- Känner av spänningen i ds-DNA
Skapar ett enkelsträngsbrott, så att DNA kan snurra runt sin egen axel och lätta på spänningen, har en tyrosin i active site med en OH, en fosfodiesterbindning skapas få mellan DNA-strängen och topoisomeras.
- Topisomeras ligerar sen ihop igen med fosfodiesterbindning.
Vilka två system har vi för replikationsrättning vid misstag?
- Missmatch repair
2. Proof reading
Beskriv hur proof reading går till.
Hur många gånger minskar felfrekvensen med detta?
- Elongerande DNA polymeras (delta och epsilon) kan läsa av så att rätt nt har skapats från templatet.
- Exonukleas 3-5 prim klipper bort nt.
- DNA pol börjar då om efter det.
Minskar risken 1000 gånger för fel. Istället för 1/1000 fel, blir det 1/1000 000
Beskriv hur miss match repair går till hos bakterier.
Nyreplikerat DNA är ometylerat. Bara templatet än så länge som är det, därmed känner systemet igen vilken sträng som är ny.
- MutS skannar av strängen och böjer den lite vid felsatt nt.
- MutH skapar en nick där, ett enkelsträngsbrott.
- MutL skannar efter nicken och bryter ner från 3-5 prim till nicken
Hur sker miss match repair hos människa?
- Okazakifragment har nickar innan ligering. MutS skannar efter felsatta nt, genom att känna igen den nya strängen genom nickarna.
- MutL bryter ner 3-5 riktning.
- Syntes igen, ligering.
Okänt hur det går till på leading strand.
Hur mycket minskar risken för fel med miss match repair?
1000 gånger.
Vilken sjukdom associeras med mutation i miss match. repair systemet?
Kolorektalcancer.
Vilka är våra vanligaste spontana skador på DNA?
Som också kan leda till punktmutationer om dem inte repareras?
- Depurinering - bortfall av nt. (guanin, adenin) pga hydrolytisk attack.
- Hydrolytisk attack –> Deaminering av cytosin –> blir en uracil som registreras som Thymin.
Vilken UV-inducerad DNA skada är vanlig?
Vad leder detta till?
Dimerisering av TT
Men också T-C och C-C
Vi får förändrad struktur i DNA som påverkar replikationen och transkription.
Vid skador på DNA som uppstår i celler under interfas. Hur kan dem repareras innan dem replikeras?
- Enbas-förändringar base excision repair
- deaminerad C
- Depurinering.
- Uracil DNA glykosylas klyer bort Uracil
- Endonukleas och fosfodiesteras klyver bort sockeret.
- DNA pol beta eller lambda fyller i hålet.
- DNA ligas 3 ligerar.
- Nucleotide excision repair
- böjt DNA, pga dimerbildning av UV-ljus.
- 30 nt runt dimeren klyvs bort. Med excision nukleas
- Helikas bryter vätebindningarna så den skadade strängen faller bort
- DNA pol delta, epsilon eller kappa, och ligas 3 återskapar.
- Om inte DNA-skada kan lagas - Translesion.
Syntes av DNA pol sker över DNA-templat som är skadat. Om replikation inte kan ske, faller DNA-pol delta eller epsilon bort.
- Då kommer istället DNA-pol translesion.
- Apoptos om det inte funkar.
- Hög felfrekvens.
Vid DSB måste DNA lagas. Kan ske om t.ex. ett DNA pol stöter på ett skadat templat under replikation.
Viktigt att reparera DNA så inte kromosomala rearrangemang sker.
Vilka två typer av DSB lagning finns i cellen?
- Icke homolog rekombinering
- mellan systerkromatider. - Homolog rekombinering.
Beskriv hur icke homolog rekombinering går till. När används denna?
Hur tolkas inte kromosomändar som DSB?
Denna metod används vid DNA-skada, DSB.
- Ku- heterodimerkoplexet känner igen DSB. Dessa tar bort lite nt.
- Lägger in nt på måfå. - Rekryterar ytterligare proteiner
- ligering
Pga att vi ha telomerer tolkas inte dessa som DSB
