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MMD 1042 Examen 3 > Technologies de l'ADN > Flashcards

Technologies de l'ADN Flashcards

Rédigé par Séverine Lemieux Révisé par: Diana

1
Q

Enzyme clivant les liaisons phosphodiesters entre deux nucléotides

A

Nucléase

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2
Q

Types de nucléase (2)

A

Exonucléase

Endonucléase

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3
Q

Nucléase coupant à partir d’une extrémité (5’ vers 3’ ou 3’ vers 5’)

A

Exonucléase

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4
Q

Nucléase coupant au milieu de la chaîne

A

Endonucléase

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5
Q

Rôle des enzymes/endonucléases de restriction chez les bactéries

A

Défense contre les virus en coupant l’ADN étranger

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6
Q

Selon quoi sont nommées les enzymes de restriction?

A

Selon l’espèce de bactérie de laquelle elles ont été isolées

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7
Q

Séquence reconnue par la majorité des enzymes de restriction

A

Séquence palindromique

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8
Q

Définir séquence palindromique

A

Séquence qui se lit de la même façon dans les deux directions

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9
Q

Méthode de séparation des fragments d’ADN

A

Électrophorèse sur Gel d’Agarose

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10
Q

L’échantillon d’ADN est déposé plus près de la cathode (pôle négatif) ou de l’anode (pôle positif)?

A

De la cathode (-)

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11
Q

Vrai ou faux.

Les fragments d’ADN plus longs se déplacent plus rapidement vers l’anode (pôle positif)

A

Faux.

Les plus petits fragments se déplacent plus rapidement.

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12
Q

Pourquoi l’ADN est il attiré par le pôle positif?

A

Il est chargé négativement.

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13
Q

Molécule de fluorescence s’intercalant à l’intérieur de la double hélice facilicitant l’analyse

A

Bromure d’Ethidium

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14
Q

Enzyme catalysant la formation d’un nouveau lien phosphodiester

A

Ligase

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15
Q

Type de fragments d’ADN obtenus suite au clivage par enzymes de restriction (2)

A

Bouts francs

Bouts collants

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16
Q

L’appariement de quel type de bouts est le plus efficace? Pourquoi?

A

Bouts collants.

Car les contacts entre deux bouts francs dépendent de collisions aléatoires.

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17
Q

Vrai ou faux.

Il est possible de faire une ligation d’extrémités franches coupés par des enzymes différentes.

A

Vrai

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18
Q

Définir “cloning”

A

Insertion d’ADN dans un vecteur d’ADN qui peut se répliquer de façon autonome et illimitée

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19
Q

Cercle d’ADN bicaténaire qui peut se répliquer de façon autonome dans organisme hôte

A

Plasmide

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20
Q

Composantes du plasmide nécessaires à sa réplication autonome (2)

A

Origine de réplication

Gène codant pour des protéines de réplication

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21
Q

Séquences d’ADN du plasmide pertinentes au clonage (3)

A

Origine de réplication
Gène de résistance à un antibiotique
Sites de restriction (de multicolonage)

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22
Q

Rôle du gène de résistance à un antibiotique

A

Éliminer les bactéries ne contenant pas le vecteur/plasmide

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23
Q

Définir “insert”

A

Nouveau fragment d’ADN à être cloné

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24
Q

Exemples de protéines recombinantes produites par le clonage d’un fragment d’ADN (5)

A 
Insuline
Hormone de croissance (HGH)
Facteurs de coagulation
Immunogènes (vaccin)
Lactase
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25
Processus d'introduction d'un plasmide dans une souche de bactérie ou levure
Transformation
26
Taux d'efficacité de transformation
1/2000 au mieux
27
Composantes étudiées grâce à Green Fluorescent Protein (GFP) (4)
Niveaux de transcription d'un gène Niveaux de traduction Localisation cellulaire de protéine Co-localisation cellulaire
28
Origine GFP
Méduse Aequorea victoria
29
Amorce pour réplication d'ADN in vitro
Oligonucléotide complémentaire au brin d'ADN matrice synthétisée dans laboratoire
30
Brin matrice pour réplication d'ADN in vitro
Simple brin synthétique suite à dénaturation thermique d'un brin double
31
Température à laquelle l'ADN se dénature (devient simple brin)
Entre 85 et 90 degrés
32
La température de dénaturation est-elle plus élevée ou plus basse pour l'ADN poly A-T? Pour ADN poly G-C?
A-T: plus basse (2 ponts hydrogène) | G-C: plus élevée (3 ponts hydrogène)
33
Vrai ou faux. | La dénaturation de l'ADN double-brin est irréversible.
Faux. L'ADN se ré-hybride lorsqu'il revient aux bonnes conditions.
34
Molécule entraînant la terminaison de chaîne
Didéoxyribonucléoside triphosphate (ddNTP)
35
Pourquoi le ddNTP cause la terminaison de la chaîne
Absence de -OH en 3'
36
Étapes de la méthode de terminaison de chaîne ou de Sanger (4)
(1) Séparation des brins (2) Ajout des amorces, des désoxynucléotides (dG, dA, dT, dC), d'un type de didéoxynucléotide (ddNTP) par tube et de l'ADN polymérase (3) Séparation sur gel et détection des brins synthétisés par extension de l'amorce (4) Lecture de la séquence sur gel
37
Types de ddNTP (4)
ddATP ddTTP ddCTP ddGTP
38
Étapes de la "polymerase-chain reaction" (PCR) (3)
(1) Séparation des brins (95 degrés) (2) Hybridation des amorces (55 degrés) (3) Synthèse par l'ADN polymérase
39
Quelles sont les options d'ADN polymérase pour PCR? (2)
ADN polymérase d'E. coli (37 degrés) | Taql ADN polymérase (72 degrés)
40
Quel ADN polymérase est privilégié dans la PCR et pourquoi?
Taql ADN Polyérase, car il n'est pas dénaturé par la chaleur (72 degrés)
41
Nombre de nucléotides dans un short tandem repeat (STR)
2 à 6 nucléotides
42
Sur quelle particularité des STR et des VNTR se base le DNA fingerprinting?
Le nombre de STR et de VNTR varie dans un même locus pour chaque individu.
43
Nombre de nucléotides dans un variable number of tandem repeats (VNTR)
10 à 100 nucléotides
44
Exemples d'utilités des STR et VNRT en médecine légale (3)
Détermination de la paternité Identification de cadavres Identification de suspects
45
Rôle PCR
Amplification d'ADN à partir de très petits échantillons
46
Qu'est-ce qui représente 90% des variations génétiques humaines?
Polymorphisme de nucléotides simples (SNPs)
47
Quel pourcentage de l'ADN représente des variations caractérisant chaque individu génétiquement?
0,1%
48
Nombre approximatif de SNPs dans chaque individu
10 millions (1/300 nucléotide)
49
Différence entre SNP et mutation
SNP : variation de base d'ADN simple trouvée > 1% de la population Mutation : variation de base d'ADN simple trouvée <1% de la population
50
Exemples de traits génétiques associés aux SNPs (5)
La taille et la couleur des yeux et des cheveux Performance musculaire Comportement social Hérédité et susceptibilité à des maladies Réponse individuelle aux médicaments
51
SNPs causant un trait génétique, une maladie, une susceptibilité ou une différence de réponse à un traitement
Causatifs (incluent des régions codantes et des régions non-codantes)
52
SNPs ne causant pas de traits, mais servant de marqueurs de trait
Liés
53
SNPs pouvant affecter la séquence et la fonction des protéines
Des régions codantes
54
SNPs pouvant affecter l'épissage de pré- ARNm, la régulation d’un gène, niveau d‘expression
Des régions non-codantes
55
Bloc caractéristique de plusieurs SNPs pouvant être hérités ensemble
Haplotype
56
But du projet HapMap
Une carte d'haplotypes identifiés par des SNPs étiquettes : Réduire le nombre de SNPs requis pour examiner l'ensemble du génome pour l'association avec un phénotype (maladie, sensibilité, etc)
57
Conséquences bénéfiques du HapMap (3)
Prédire la susceptibilité à des maladies dans une population Prédire la prédisposition d'un individu à souffrir d'une maladie Offrir un traitement individualisé/unique à chaque individu
58
Nombre de personnes mourant de réactions adverses à des médicaments prescrits correctement chaque année aux USA
106 000
59
Nombre de personnes souffrant d'effets secondaires non mortels de médicaments prescrits correctement chaque année aux USA
2,2 millions
60
Médecine basée sur le contexte du profile génétique et environnemental du patient dans l'établissement d'un diagnostic
Médecine personnalisée
61
Sur quel concept est basée la médecine traditionnelle ?
"Educated guess" sur lequel est le meilleur traitement à prescrire (non personnalisé)
62
Quelles sont les étapes pour la production de protéines recombinantes thérapeutiques en grande quantité, par l'utilisation d'un vecteur d'expression ?
(1) Présence d'un puissant promoteur (2) Clonage du gène (restriction, ligation) (3) Transformation du plasmide d'expression dans des bactéries adéquates (4) Surexpression et purification de la protéine produite en grandes quantités

MMD 1042 Examen 3 (13 decks)

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