Taxonomie Flashcards by Ann-Sophie Belley

À quoi sert la taxonomie ?

À établir des groupes naturels d’organismes présentant des caractères communs.

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Les groupes taxonomiques sont définis comme des _____.

Taxons.

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Comment la hiérarchie des taxons est-elle établie ?

En fonction des proportions des carctères communs.

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Un organisme peut-il faire partie de plusieurs taxons ?

Non.

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Nomme les 7 rangs taxonomiques.

Plus grand au plus petit :

Domaine
Embranchement
Classe
Ordre
Famille
Genre
Espèce

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Quelles sont les trois utilités de la taxonomie ?

Identification : description et caractérisation
Nomenclature : noms
Classification : arrangements et relations intergroupes

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Nomenclature -

Qui s’occupe de l’attribution des noms ?

Le Comité International de Systématique des Proocaryotes/Micro-organismes eucaryotes.

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Nomenclature -

À qui doit-on la nomenclature linnéenne ?

Carl von Linné.

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Nomenclature -

La nomenclature est dite _______. Pourquoi ?

Binomiale. Parce qu’on utilise deux noms : le nom du genre en premier et le nom de l’espèce ensuite. Ils sont soit en latin ou en grec.

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Qu’est-ce qu’une culture pure ?

Une population de m-o où tous les individus ont les mêmes caractéristiques.

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Qu’est-ce que des souches isolats ? Donne un exemple.

Tous les descendants (sous-cultures) d’une culture.

Ex. Culture pure de Legionella pneumophila, provenant d’un cas de légionellose à Québec en 2013.

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Qu’est-ce qu’une espèce ?

Groupe de souches dont les caractéristiques sont (presque) identiques.

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Qu’est-ce que le taxon de base ?

Un groupe homogène différent des autres groupes.

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Qu’est-ce qu’une souche type ?

Souche possédant toutes les caractéristiques représentatives de l’espèce. C’est la première référence.

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Quels sont les 2 centres de référence des cultures ?

American Type and Culture Collection (ATCC)

National Type and Culture Collection (NTCC)

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Identification -

Quel est le préalable nécessaire pour faire la description et la caractérisation d’une culture ?

Ce doit être une culture pure.

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Identification -Quelles sont les caractères morphologiques pouvant être utilisés pour la caractérisation ?

Taille, forme arrangements
Structure cellulaires/endospores
Réaction aux colorants (ex. Gram)

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Identification -

Quelles sont les caractères biochimiques pouvant être utilisés pour la caractérisation ?

Membranes : types de lipides, alcools

- Parois cellulaires : polysaccharides, protéines

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Identification -
Les composants présents dans les parois cellulaires des
1. Eubactéries sont le \_\_\_\_\_\_\_\_\_.
2. Archaebactéries sont la \_\_\_\_\_\_\_\_\_.
3. Mycètes ou algues sont la \_\_\_\_\_\_\_\_.

Eubactéries : peptidoglycane
Archaebactéries : pseudomuréine
Mycètes ou algues : cellulose

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Identification -

Quelles sont les caractères physiologiques pouvant être utilisés pour la caractérisation ?

Exigences nutritionnelles : milieu de culture, source de carbone, facteurs de croissance
Conditions d’incubation : température, O2, lumière

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Identification -

Quelles sont les caractères métaboliques pouvant être utilisés pour la caractérisation ?

Produits finaux de fermentation : identification et quantité
Enzymes extracellulaires : protéases, exotoxines, hémolysines

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Identification -

Quelles sont les caractères génétiques pouvant être utilisés pour la caractérisation ?

Composition en G+C %
Spectrophotomètre UV (260 nm)
Nomber de chromosomes (eucaryotes)
Plasmides : tailles, nombres, gènes, plasmidiques

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Identification -

Quelle est la relation entre la composition G+C % et la température de fusion ?

Plus la composition est importante, plus la température augmente.

Identification -

Un ADN _________ est un ADN à 1 seul brin.

Monocaténaire.

Identification - | Un ADN _________ est un ADN à 2 brins ou à brin double.

Bicaténaire.

Identification - | Quelle est la composition en G+C % des plantes, des animaux et des m-o ?

Plantes et animaux : 30-50 % | M-o : 25-80 %

Identification - | Est-ce que la valeur de composition en G+C % est exclusive à chaque espèce ?

Elle est typique, pas exclusive.

Identification - | Que peut-on dire de la valeur de composition en G+C % intragenre ?

Elle est très similaire.

Identification - | Quelles sont les caractères d'interactions avec l'hôte pouvant être utilisés pour la caractérisation ?

- Pathogénicité : capacité à provoquer une infection ou une maladie chez différents hôtes (dépend de la spécificité de l'hôte : VIF, Influenza) - Symbiose : plante, poisson (capacité à cohabiter)

Identification - | Quelles sont les caractères écologiques pouvant être utilisés pour la caractérisation ?

- Habitat | - Niche écologique

Identification - | Quelles sont les caractères moléculaires pouvant être utilisés pour la caractérisation ?

- Comparaion des séquences : gènes et protéines conservés, séquences signatures, homologie des séquences - Hybridation ADN-ADN : complimentarité des séquences d'ADN chromosomiques (même espèce, plus grand que 80 %)

Identification - Où peut-on vérifier les caractéristiques de l'espèce étudiée ?

- Comparaison avec espèces connues - Bergey's Manual of Determinative Bacteriology - Sites internt : NCBI, Genbank, EMBL

Classification - La classification, c'est l'arrangement en groupes et relations intergroupes en fonction des ________ pour trouver des _______.

La classification, c'est l'arrangement en groupes et relations intergroupes en fonction des "caractères communs" pour trouver des "liens évolutifs".

Classification - | Quels sont les 4 types de classification ?

1. Naturelle 2. Phénétique 3. Numérique 4. Phylogénétique

Classification - | De quelle manière la classification naturelle est-elle effectuée ?

En étudiant la nature biologique et anatomique de l'organisme.

Classification - | De quelle manière la classification phénétique est-elle effectuée ?

En étudiant les similarités des caractères phénotypiques : morphologiques, métabolisques, génétiques.

Classification - | De quelle manière la classification nunmérique est-elle effectuée ?

- En comparant plusieurs organismes ensemble : 2 par 2, minimum de 50 caractères - En étudiant les coefficients d'appariement - En trouvant le % de similarité

Classification - | Comment trouve-t-on le % de similarité ?

= (Nb. caractères similaires/ Nb. caractères totaux) x 100

Classification - | Quelles sont les limites de la classification numérique ?

- La pondération des caractères uniforme | - La pertinence biologique non équivalente (présence de capsule vs similarité fonctionnelle de l'ADN polymérase)

Classification - | Qu'est-ce que la classification polyphasique ?

L'étude des information phénétiques et phylogénétiques. | Étude plus complète, remaniements continus.

Classification - | Qu'est-ce que la classification phylogénétique ?

Étude de la race, de la génèse et de l'origine de l'organisme.

Classification - | De quelle manière la classification phylogénétique est-elle effectuée ? (4)

- En étudiant les relations évolutives probables - En comparant les séquences des gènes/protéines conservés - En étudiant les mutants - En étudiant le gène ARN ribosomal - En faisant usages d'outils bio-informatiques

Classification (phylogénétique) - | Qu'est-ce qui peut être étudié au niveau des relations évolutives probables ?

- Ancêtres communs - Comparaison d'espèces distantes - Procaryotes : fossiles utiles rares

Classification (phylogénétique) - | Qu'est-ce qui peut être étudié au niveau du gène ARN ribosomal ?

- Régions conservées : essentielles à la fonction | - Régions variables : mutations, nombre de dfférences et temps depuis la divergence d'un ancêtre commun

Classification - | Qu'est-ce qu'un noeud dans un dendrogramme ?

Un évènement de divergence

Classification - | Que peut-on dire de la longueur des branches dans un dendrogramme ?

Elle est proportionnelle aux nombres de changements moléculaires.

Classification (phylogénétique) - | Que peut-on dire des outils bio-informatiques ?

- Il dépendent de la disponibilité des séquences génomiques | - Ils sont en développement constant

Endosymbiose - | Quelle est l'origine des mitochondries ?

Les bactéries.

Endosymbiose - | Quelle est l'origine des chloroplastes ?

Les cyanobactéries.

Endosymbiose - | Quelles sont les caractéristiques de l'origine des mitochondries et des chloroplastes ?

- Elles sont autoréplicatives - Elle possèdent des chromosomes circulaires, uniques - Leurs gènes ARNr sont apparentés aux eubactéries

Endosymbiose - | Donne un exemple d'une endosymbiose survenue récemment.

Cyanophora paradoxa.

Timeline - | Linnaeus en ____, avait 2 règnes _____ et _____.

Linnaeus en 1753, avait 2 règnes les animaux et les plantes.

Timeline - | Haeckel en ____, avait 3 règnes. Nouveau règne :

Les protistes : bactéries, levures, protozoaires, algues.

Timeline - | 1940 : Découverte des ______________ des m-o.

Structures fines.

Timeline - | Whittaker en ____, a 5 règnes. Il étudie la nutrition et l'organisation cellulaire, donc. Il détermine ces aspects :

1969 - Photosynthèse - Absoprtion (soluble) - Ingestion (solide) - Eucaryotes, procaryotes - Unicellulaires/pluricellulaires Il étudie aussi l'évolution originelle unidirectionnelle.

Timeline - | Woese en ____, étudie l'approche phylogénétique/ARNr. Il établit trois domaines :

1977 - Eucarya - Bacteria (procaryotes) - Archae (procaryotes)

Timeline - | Qu'est-ce que le LUCA ?

Le Last Universal Common Ancestor