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Microbio > Taxonomie > Flashcards

Taxonomie Flashcards

1
Q

À quoi sert la taxonomie ?

A

À établir des groupes naturels d’organismes présentant des caractères communs.

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Q

Les groupes taxonomiques sont définis comme des _____.

A

Taxons.

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3
Q

Comment la hiérarchie des taxons est-elle établie ?

A

En fonction des proportions des carctères communs.

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4
Q

Un organisme peut-il faire partie de plusieurs taxons ?

A

Non.

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5
Q

Nomme les 7 rangs taxonomiques.

A

Plus grand au plus petit :

  • Domaine
  • Embranchement
  • Classe
  • Ordre
  • Famille
  • Genre
  • Espèce
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6
Q

Quelles sont les trois utilités de la taxonomie ?

A
  1. Identification : description et caractérisation
  2. Nomenclature : noms
  3. Classification : arrangements et relations intergroupes
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7
Q

Nomenclature -

Qui s’occupe de l’attribution des noms ?

A

Le Comité International de Systématique des Proocaryotes/Micro-organismes eucaryotes.

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8
Q

Nomenclature -

À qui doit-on la nomenclature linnéenne ?

A

Carl von Linné.

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9
Q

Nomenclature -

La nomenclature est dite _______. Pourquoi ?

A

Binomiale. Parce qu’on utilise deux noms : le nom du genre en premier et le nom de l’espèce ensuite. Ils sont soit en latin ou en grec.

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10
Q

Qu’est-ce qu’une culture pure ?

A

Une population de m-o où tous les individus ont les mêmes caractéristiques.

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11
Q

Qu’est-ce que des souches isolats ? Donne un exemple.

A

Tous les descendants (sous-cultures) d’une culture.

Ex. Culture pure de Legionella pneumophila, provenant d’un cas de légionellose à Québec en 2013.

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12
Q

Qu’est-ce qu’une espèce ?

A

Groupe de souches dont les caractéristiques sont (presque) identiques.

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13
Q

Qu’est-ce que le taxon de base ?

A

Un groupe homogène différent des autres groupes.

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14
Q

Qu’est-ce qu’une souche type ?

A

Souche possédant toutes les caractéristiques représentatives de l’espèce. C’est la première référence.

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15
Q

Quels sont les 2 centres de référence des cultures ?

A

American Type and Culture Collection (ATCC)

National Type and Culture Collection (NTCC)

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16
Q

Identification -

Quel est le préalable nécessaire pour faire la description et la caractérisation d’une culture ?

A

Ce doit être une culture pure.

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17
Q

Identification -Quelles sont les caractères morphologiques pouvant être utilisés pour la caractérisation ?

A
  • Taille, forme arrangements
  • Structure cellulaires/endospores
  • Réaction aux colorants (ex. Gram)
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18
Q

Identification -

Quelles sont les caractères biochimiques pouvant être utilisés pour la caractérisation ?

A
  • Membranes : types de lipides, alcools

- Parois cellulaires : polysaccharides, protéines

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19
Q 
Identification -
Les composants présents dans les parois cellulaires des
1. Eubactéries sont le \_\_\_\_\_\_\_\_\_.
2. Archaebactéries sont la \_\_\_\_\_\_\_\_\_.
3. Mycètes ou algues sont la \_\_\_\_\_\_\_\_.
A
  1. Eubactéries : peptidoglycane
  2. Archaebactéries : pseudomuréine
  3. Mycètes ou algues : cellulose
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20
Q

Identification -

Quelles sont les caractères physiologiques pouvant être utilisés pour la caractérisation ?

A
  • Exigences nutritionnelles : milieu de culture, source de carbone, facteurs de croissance
  • Conditions d’incubation : température, O2, lumière
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21
Q

Identification -

Quelles sont les caractères métaboliques pouvant être utilisés pour la caractérisation ?

A
  • Produits finaux de fermentation : identification et quantité
  • Enzymes extracellulaires : protéases, exotoxines, hémolysines
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22
Q

Identification -

Quelles sont les caractères génétiques pouvant être utilisés pour la caractérisation ?

A
  • Composition en G+C %
  • Spectrophotomètre UV (260 nm)
  • Nomber de chromosomes (eucaryotes)
  • Plasmides : tailles, nombres, gènes, plasmidiques
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23
Q

Identification -

Quelle est la relation entre la composition G+C % et la température de fusion ?

A

Plus la composition est importante, plus la température augmente.

24
Q

Identification -

Un ADN _________ est un ADN à 1 seul brin.

A

Monocaténaire.

25
Q

Identification -

Un ADN _________ est un ADN à 2 brins ou à brin double.

A

Bicaténaire.

26
Q

Identification -

Quelle est la composition en G+C % des plantes, des animaux et des m-o ?

A

Plantes et animaux : 30-50 %

M-o : 25-80 %

27
Q

Identification -

Est-ce que la valeur de composition en G+C % est exclusive à chaque espèce ?

A

Elle est typique, pas exclusive.

28
Q

Identification -

Que peut-on dire de la valeur de composition en G+C % intragenre ?

A

Elle est très similaire.

29
Q

Identification -

Quelles sont les caractères d’interactions avec l’hôte pouvant être utilisés pour la caractérisation ?

A
  • Pathogénicité : capacité à provoquer une infection ou une maladie chez différents hôtes (dépend de la spécificité de l’hôte : VIF, Influenza)
  • Symbiose : plante, poisson (capacité à cohabiter)
30
Q

Identification -

Quelles sont les caractères écologiques pouvant être utilisés pour la caractérisation ?

A
  • Habitat

- Niche écologique

31
Q

Identification -

Quelles sont les caractères moléculaires pouvant être utilisés pour la caractérisation ?

A
  • Comparaion des séquences : gènes et protéines conservés, séquences signatures, homologie des séquences
  • Hybridation ADN-ADN : complimentarité des séquences d’ADN chromosomiques (même espèce, plus grand que 80 %)
32
Q

Identification - Où peut-on vérifier les caractéristiques de l’espèce étudiée ?

A
  • Comparaison avec espèces connues
  • Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology
  • Sites internt : NCBI, Genbank, EMBL
33
Q

Classification -
La classification, c’est l’arrangement en groupes et relations intergroupes en fonction des ________ pour trouver des _______.

A

La classification, c’est l’arrangement en groupes et relations intergroupes en fonction des “caractères communs” pour trouver des “liens évolutifs”.

34
Q

Classification -

Quels sont les 4 types de classification ?

A
  1. Naturelle
  2. Phénétique
  3. Numérique
  4. Phylogénétique
35
Q

Classification -

De quelle manière la classification naturelle est-elle effectuée ?

A

En étudiant la nature biologique et anatomique de l’organisme.

36
Q

Classification -

De quelle manière la classification phénétique est-elle effectuée ?

A

En étudiant les similarités des caractères phénotypiques : morphologiques, métabolisques, génétiques.

37
Q

Classification -

De quelle manière la classification nunmérique est-elle effectuée ?

A
  • En comparant plusieurs organismes ensemble : 2 par 2, minimum de 50 caractères
  • En étudiant les coefficients d’appariement
  • En trouvant le % de similarité
38
Q

Classification -

Comment trouve-t-on le % de similarité ?

A

= (Nb. caractères similaires/ Nb. caractères totaux) x 100

39
Q

Classification -

Quelles sont les limites de la classification numérique ?

A
  • La pondération des caractères uniforme

- La pertinence biologique non équivalente (présence de capsule vs similarité fonctionnelle de l’ADN polymérase)

40
Q

Classification -

Qu’est-ce que la classification polyphasique ?

A

L’étude des information phénétiques et phylogénétiques.

Étude plus complète, remaniements continus.

41
Q

Classification -

Qu’est-ce que la classification phylogénétique ?

A

Étude de la race, de la génèse et de l’origine de l’organisme.

42
Q

Classification -

De quelle manière la classification phylogénétique est-elle effectuée ? (4)

A
  • En étudiant les relations évolutives probables
  • En comparant les séquences des gènes/protéines conservés
  • En étudiant les mutants
  • En étudiant le gène ARN ribosomal
  • En faisant usages d’outils bio-informatiques
43
Q

Classification (phylogénétique) -

Qu’est-ce qui peut être étudié au niveau des relations évolutives probables ?

A
  • Ancêtres communs
  • Comparaison d’espèces distantes
  • Procaryotes : fossiles utiles rares
44
Q

Classification (phylogénétique) -

Qu’est-ce qui peut être étudié au niveau du gène ARN ribosomal ?

A
  • Régions conservées : essentielles à la fonction

- Régions variables : mutations, nombre de dfférences et temps depuis la divergence d’un ancêtre commun

45
Q

Classification -

Qu’est-ce qu’un noeud dans un dendrogramme ?

A

Un évènement de divergence

46
Q

Classification -

Que peut-on dire de la longueur des branches dans un dendrogramme ?

A

Elle est proportionnelle aux nombres de changements moléculaires.

47
Q

Classification (phylogénétique) -

Que peut-on dire des outils bio-informatiques ?

A
  • Il dépendent de la disponibilité des séquences génomiques

- Ils sont en développement constant

48
Q

Endosymbiose -

Quelle est l’origine des mitochondries ?

A

Les bactéries.

49
Q

Endosymbiose -

Quelle est l’origine des chloroplastes ?

A

Les cyanobactéries.

50
Q

Endosymbiose -

Quelles sont les caractéristiques de l’origine des mitochondries et des chloroplastes ?

A
  • Elles sont autoréplicatives
  • Elle possèdent des chromosomes circulaires, uniques
  • Leurs gènes ARNr sont apparentés aux eubactéries
51
Q

Endosymbiose -

Donne un exemple d’une endosymbiose survenue récemment.

A

Cyanophora paradoxa.

52
Q

Timeline -

Linnaeus en ____, avait 2 règnes _____ et _____.

A

Linnaeus en 1753, avait 2 règnes les animaux et les plantes.

53
Q

Timeline -

Haeckel en ____, avait 3 règnes. Nouveau règne :

A

Les protistes : bactéries, levures, protozoaires, algues.

54
Q

Timeline -

1940 : Découverte des ______________ des m-o.

A

Structures fines.

55
Q

Timeline -

Whittaker en ____, a 5 règnes. Il étudie la nutrition et l’organisation cellulaire, donc. Il détermine ces aspects :

A

1969

  • Photosynthèse
  • Absoprtion (soluble)
  • Ingestion (solide)
  • Eucaryotes, procaryotes
  • Unicellulaires/pluricellulaires

Il étudie aussi l’évolution originelle unidirectionnelle.

56
Q

Timeline -

Woese en ____, étudie l’approche phylogénétique/ARNr. Il établit trois domaines :

A

1977

  • Eucarya
  • Bacteria (procaryotes)
  • Archae (procaryotes)
57
Q

Timeline -

Qu’est-ce que le LUCA ?

A

Le Last Universal Common Ancestor

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