Taxonomie Flashcards
À quoi sert la taxonomie ?
À établir des groupes naturels d’organismes présentant des caractères communs.
Les groupes taxonomiques sont définis comme des _____.
Taxons.
Comment la hiérarchie des taxons est-elle établie ?
En fonction des proportions des carctères communs.
Un organisme peut-il faire partie de plusieurs taxons ?
Non.
Nomme les 7 rangs taxonomiques.
Plus grand au plus petit :
- Domaine
- Embranchement
- Classe
- Ordre
- Famille
- Genre
- Espèce
Quelles sont les trois utilités de la taxonomie ?
- Identification : description et caractérisation
- Nomenclature : noms
- Classification : arrangements et relations intergroupes
Nomenclature -
Qui s’occupe de l’attribution des noms ?
Le Comité International de Systématique des Proocaryotes/Micro-organismes eucaryotes.
Nomenclature -
À qui doit-on la nomenclature linnéenne ?
Carl von Linné.
Nomenclature -
La nomenclature est dite _______. Pourquoi ?
Binomiale. Parce qu’on utilise deux noms : le nom du genre en premier et le nom de l’espèce ensuite. Ils sont soit en latin ou en grec.
Qu’est-ce qu’une culture pure ?
Une population de m-o où tous les individus ont les mêmes caractéristiques.
Qu’est-ce que des souches isolats ? Donne un exemple.
Tous les descendants (sous-cultures) d’une culture.
Ex. Culture pure de Legionella pneumophila, provenant d’un cas de légionellose à Québec en 2013.
Qu’est-ce qu’une espèce ?
Groupe de souches dont les caractéristiques sont (presque) identiques.
Qu’est-ce que le taxon de base ?
Un groupe homogène différent des autres groupes.
Qu’est-ce qu’une souche type ?
Souche possédant toutes les caractéristiques représentatives de l’espèce. C’est la première référence.
Quels sont les 2 centres de référence des cultures ?
American Type and Culture Collection (ATCC)
National Type and Culture Collection (NTCC)
Identification -
Quel est le préalable nécessaire pour faire la description et la caractérisation d’une culture ?
Ce doit être une culture pure.
Identification -Quelles sont les caractères morphologiques pouvant être utilisés pour la caractérisation ?
- Taille, forme arrangements
- Structure cellulaires/endospores
- Réaction aux colorants (ex. Gram)
Identification -
Quelles sont les caractères biochimiques pouvant être utilisés pour la caractérisation ?
- Membranes : types de lipides, alcools
- Parois cellulaires : polysaccharides, protéines
Identification - Les composants présents dans les parois cellulaires des 1. Eubactéries sont le \_\_\_\_\_\_\_\_\_. 2. Archaebactéries sont la \_\_\_\_\_\_\_\_\_. 3. Mycètes ou algues sont la \_\_\_\_\_\_\_\_.
- Eubactéries : peptidoglycane
- Archaebactéries : pseudomuréine
- Mycètes ou algues : cellulose
Identification -
Quelles sont les caractères physiologiques pouvant être utilisés pour la caractérisation ?
- Exigences nutritionnelles : milieu de culture, source de carbone, facteurs de croissance
- Conditions d’incubation : température, O2, lumière
Identification -
Quelles sont les caractères métaboliques pouvant être utilisés pour la caractérisation ?
- Produits finaux de fermentation : identification et quantité
- Enzymes extracellulaires : protéases, exotoxines, hémolysines
Identification -
Quelles sont les caractères génétiques pouvant être utilisés pour la caractérisation ?
- Composition en G+C %
- Spectrophotomètre UV (260 nm)
- Nomber de chromosomes (eucaryotes)
- Plasmides : tailles, nombres, gènes, plasmidiques
Identification -
Quelle est la relation entre la composition G+C % et la température de fusion ?
Plus la composition est importante, plus la température augmente.
Identification -
Un ADN _________ est un ADN à 1 seul brin.
Monocaténaire.
Identification -
Un ADN _________ est un ADN à 2 brins ou à brin double.
Bicaténaire.
Identification -
Quelle est la composition en G+C % des plantes, des animaux et des m-o ?
Plantes et animaux : 30-50 %
M-o : 25-80 %
Identification -
Est-ce que la valeur de composition en G+C % est exclusive à chaque espèce ?
Elle est typique, pas exclusive.
Identification -
Que peut-on dire de la valeur de composition en G+C % intragenre ?
Elle est très similaire.
Identification -
Quelles sont les caractères d’interactions avec l’hôte pouvant être utilisés pour la caractérisation ?
- Pathogénicité : capacité à provoquer une infection ou une maladie chez différents hôtes (dépend de la spécificité de l’hôte : VIF, Influenza)
- Symbiose : plante, poisson (capacité à cohabiter)
Identification -
Quelles sont les caractères écologiques pouvant être utilisés pour la caractérisation ?
- Habitat
- Niche écologique
Identification -
Quelles sont les caractères moléculaires pouvant être utilisés pour la caractérisation ?
- Comparaion des séquences : gènes et protéines conservés, séquences signatures, homologie des séquences
- Hybridation ADN-ADN : complimentarité des séquences d’ADN chromosomiques (même espèce, plus grand que 80 %)
Identification - Où peut-on vérifier les caractéristiques de l’espèce étudiée ?
- Comparaison avec espèces connues
- Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology
- Sites internt : NCBI, Genbank, EMBL
Classification -
La classification, c’est l’arrangement en groupes et relations intergroupes en fonction des ________ pour trouver des _______.
La classification, c’est l’arrangement en groupes et relations intergroupes en fonction des “caractères communs” pour trouver des “liens évolutifs”.
Classification -
Quels sont les 4 types de classification ?
- Naturelle
- Phénétique
- Numérique
- Phylogénétique
Classification -
De quelle manière la classification naturelle est-elle effectuée ?
En étudiant la nature biologique et anatomique de l’organisme.
Classification -
De quelle manière la classification phénétique est-elle effectuée ?
En étudiant les similarités des caractères phénotypiques : morphologiques, métabolisques, génétiques.
Classification -
De quelle manière la classification nunmérique est-elle effectuée ?
- En comparant plusieurs organismes ensemble : 2 par 2, minimum de 50 caractères
- En étudiant les coefficients d’appariement
- En trouvant le % de similarité
Classification -
Comment trouve-t-on le % de similarité ?
= (Nb. caractères similaires/ Nb. caractères totaux) x 100
Classification -
Quelles sont les limites de la classification numérique ?
- La pondération des caractères uniforme
- La pertinence biologique non équivalente (présence de capsule vs similarité fonctionnelle de l’ADN polymérase)
Classification -
Qu’est-ce que la classification polyphasique ?
L’étude des information phénétiques et phylogénétiques.
Étude plus complète, remaniements continus.
Classification -
Qu’est-ce que la classification phylogénétique ?
Étude de la race, de la génèse et de l’origine de l’organisme.
Classification -
De quelle manière la classification phylogénétique est-elle effectuée ? (4)
- En étudiant les relations évolutives probables
- En comparant les séquences des gènes/protéines conservés
- En étudiant les mutants
- En étudiant le gène ARN ribosomal
- En faisant usages d’outils bio-informatiques
Classification (phylogénétique) -
Qu’est-ce qui peut être étudié au niveau des relations évolutives probables ?
- Ancêtres communs
- Comparaison d’espèces distantes
- Procaryotes : fossiles utiles rares
Classification (phylogénétique) -
Qu’est-ce qui peut être étudié au niveau du gène ARN ribosomal ?
- Régions conservées : essentielles à la fonction
- Régions variables : mutations, nombre de dfférences et temps depuis la divergence d’un ancêtre commun
Classification -
Qu’est-ce qu’un noeud dans un dendrogramme ?
Un évènement de divergence
Classification -
Que peut-on dire de la longueur des branches dans un dendrogramme ?
Elle est proportionnelle aux nombres de changements moléculaires.
Classification (phylogénétique) -
Que peut-on dire des outils bio-informatiques ?
- Il dépendent de la disponibilité des séquences génomiques
- Ils sont en développement constant
Endosymbiose -
Quelle est l’origine des mitochondries ?
Les bactéries.
Endosymbiose -
Quelle est l’origine des chloroplastes ?
Les cyanobactéries.
Endosymbiose -
Quelles sont les caractéristiques de l’origine des mitochondries et des chloroplastes ?
- Elles sont autoréplicatives
- Elle possèdent des chromosomes circulaires, uniques
- Leurs gènes ARNr sont apparentés aux eubactéries
Endosymbiose -
Donne un exemple d’une endosymbiose survenue récemment.
Cyanophora paradoxa.
Timeline -
Linnaeus en ____, avait 2 règnes _____ et _____.
Linnaeus en 1753, avait 2 règnes les animaux et les plantes.
Timeline -
Haeckel en ____, avait 3 règnes. Nouveau règne :
Les protistes : bactéries, levures, protozoaires, algues.
Timeline -
1940 : Découverte des ______________ des m-o.
Structures fines.
Timeline -
Whittaker en ____, a 5 règnes. Il étudie la nutrition et l’organisation cellulaire, donc. Il détermine ces aspects :
1969
- Photosynthèse
- Absoprtion (soluble)
- Ingestion (solide)
- Eucaryotes, procaryotes
- Unicellulaires/pluricellulaires
Il étudie aussi l’évolution originelle unidirectionnelle.
Timeline -
Woese en ____, étudie l’approche phylogénétique/ARNr. Il établit trois domaines :
1977
- Eucarya
- Bacteria (procaryotes)
- Archae (procaryotes)
Timeline -
Qu’est-ce que le LUCA ?
Le Last Universal Common Ancestor
