Structure moléculaire des récepteurs

Question 1

Nommer 6 acides aminés hydrophobes.

Answer 1

• Alanine
• Valine
• Leucine
• Isoleucine
• Méthionine
• Proline

(PLAVIM)

Question 2

Nommer 4 acides aminés polaires.

Answer 2

• Sérine
• Thréonine
• Asparagine
• Glutamine

Question 3

Que veut-on dire par : la liaison peptidique est planaire?

Answer 3

Hybridation Sp2, pas de rotation possible.

Question 4

Qu’est-ce qu’est un angle dièdre?

Answer 4

Angle de rotation nécessaire pour amener un vecteur à être colinéaire avec un autre vecteur.

Question 5

Quelles sont les 2 façons que des liaisons peptidiques peuvent se réorienter autour des carbones alpha?

Answer 5

• Perpendiculaire à la propagation du squelette (feuillets bêta)
• Colinéaire (hélice alpha)

Question 6

Pour obtenir une hélice alpha, l’angle ψ (psi) et l’angle ϕ (phi) doivent-ils être positifs ou négatifs?

Answer 6

Les 2 négatifs.

Question 7

Pour obtenir un feuillet bêta, l’angle ψ (psi) et l’angle ϕ (phi) doivent-ils être positifs ou négatifs?

Answer 7

ψ positif

ϕ négatif

Question 8

Combien de résidus a-t-il dans un tour d’hélice alpha? Et quelle est la mesure d’un résidu en Ångström?

Answer 8

• 3.6 résidus par tous

- 1.5 Å par résidu

Question 9

Dans une hélice alpha, le NH se lie avec quel atome? À quelle distance?

Answer 9

Au CO qui est 4 résidus plus loin.

Question 10

Quelle particularité permet aux hélices alpha de passer à travers la membrane cellulaire?

Answer 10

Résidus hydrophiles protégés à l’intérieur de l’hélice.

Question 11

Le plan peptidique d’une hélice alpha est-il parallèle ou perpendiculaire à la propagation?

Answer 11

Parallèle

Question 12

Le plan peptidique d’un feuillet bêta est-il parallèle ou perpendiculaire à la propagation?

Answer 12

Perpendiculaire

Question 13

Qu’est-ce qui permet d’avoir des feuillets bêta anti-parallèles?

Answer 13

Proline en bout qui permet de faire des demi-tours dans la protéine.

Question 14

De quoi est fait la partie transmembranaire des récepteurs à tyrosine-kinase?

Answer 14

Hélices alpha.

Question 15

Les domaines SH3 sont spécialisés dans la reconnaissance de quel acide aminé?

Answer 15

Les prolines

Question 16

Quel est le rôle de la protéine Ras?

Answer 16

GTPase qui hydrolyse le GTP en GDP.

Question 17

La forme active d’une GTPase comme Ras possède-t-elle un GTP ou un GDP?

Answer 17

Un GTP.

Question 18

Quelle protéine permet d’accélérer l’inactivation de Ras? Comment?

Answer 18

La protéine GAP en accélérant l’hydrolyse du GTP en GDP.

Question 19

Quel est le rôle de GEF pour les protéines Ras? Comment?

Answer 19

Accélérer l’échange du GDP en GTP. Maintien la protéine RAS ouverte, laisse diffuser le GDP hors du site de liaison. Puisqu’il y a 10x plus de GTP que de GDP, 10x plus de chances que le GTP remplace : molécule devient active.

Question 20

Comment se nomme la GEF de Ras?

Answer 20

SOS (Son Of the Sevenless)

Question 21

Décrire les étapes menant à l’activation d’une adénylate cyclase par une protéine Gs. (4)

Answer 21

1. Hormone se lie à une protéine Gs
   
   2. Changement conformationnel
   3. Notion de GEF : GDP se dissocie, GTP s’associe
   4. Dissociation de la sous-unité alpha Cette sous-unité active l’adénylate cyclase pour faire de l’AMPc.