Structure des protéines Flashcards
Fonctions des protéines
Enzymes Récepteurs Hormones (insuline) Cascade de signalisation Transport (hémoglobine)
Conformation des polymères d’acides aminés
Tridimensionnels, flexibles et mobiles dans l’espace
Changements de conformation des protéines
Mouvement brownien
Molécules énergétiques
Étapes de la marche de la kinésine
Conformation initiale
Liaison ATP
Hydrolyse
Relâchement de l’ADP et retour à la conformation initiale
Structure d’un acide aminé
Carbone alpha Chaine R H Amine Acide carboxylique
Types de chaînes latérales
Polaires chargées (hydrophiles) + (base) - (acide)
Polaires non chargés (hydrophiles) qui peuent former des ponts hydrogène
Apolaire (hydrophobe)
Représentation des acides aminés
Amine à gauche et carboxyle à droite.
Ainsi on ajoute toujours l’amine au carboxyle
Structure d’une protéine qui ne fait pas de rotation
Lien peptidique
Point de rotation d’une protéine
Autour du carbone alpha
Définition de résidu
Chaîne latérale de l’acide aminé
Facteurs déterminant la structure des protéines
Chaines latérales et leur séquence
Des liens chimiques faibles entre les résidus déterminent le repliement de la protéine et maintiennent la structure de la protéine
Liaisons chimiques faibles
Forces de Van der Waals
Ponts hydrogène
Liens ioniques
Interactions hydrophobes
Définition de force de Van der Waals
Équilibre entre attraction et répulsion entre deux atomes situés à très courte distance l’un de l’autre
Définition de ponts hydrogène
Liaison entre H et deux atomes électronégatifs souvent O et N)
Définition d’un pont salin
Interaction entre les charges positives et négatives de deux résidus d’acides aminés porteurs de charges opposées
Définition des interactions hydrophobes
Se forment par répulsion, soit pour atteindre l’énergie minimale en diminuant la surface hydrophobe exposée à l’eau
Effet des interactions hydrophobes sur la conformation de la molécule
Les chaînes polaires se retrouvent en périphérie de la molécule, alors que les chaînes apolaires se retrouvent au centre de la molécule
Rôle des ponts disulfure
Liaison chimique forte impliquée dans la stabilisation de la structure 3D plus stable des protéines
Protéines particulièrement stabilisées par les ponts disulfure
Protéines extracellulaires
Types de structure secondaire
Hélice alpha et feuillets bêta
Cause de la formation d’hélice alpha
Formation de ponts hydrogène entre les CO et NH du squelette polypeptidique
Caractéristiques de l’hélice alpha
Un pont H toutes les 4 liaisons peptidiques
3-6 acides aminés par tour d’hélice
Caractéristiques des feuillets bêta
Boucles avec filaments antiparallèles
Boucle avec filaments parallèles
Définition de structure primaire
Séquence d’acides aminés de la protéine
Définition de structure tertiaire
Organisation dans l’espace des structures secondaires entre elles
Région pouvant se replier indépendamment du reste de la protéine pour effectuer une fonction
Domaine protéique
Caractéristiques de la structure quaternaire
Assemblage de plusieurs sous-unités protéiques
Seulement certaines protéines ont une structure quaternaire, comme hémoglobine
Types de structures quaternaires
Homodimère et hétérodimères
Homotétramère et hétérotétramères
Conformations quaternaires
Dimère
Filament hélicoidal
Anneau