Sequencing

Question 1

first generation sequencing

Answer 1

Fine secolo scorso. anger sequencing technology permise il sequen- ziamento dei primi genomi di diverse specie. All’inizio degli anni 2000 si ottennero campioni di DNA di 5 esseri umani che vennero utilizzati come riferimento per il sequenziamento di altri dati.

Question 2

NGS

Answer 2

Next Generation Sequencing Technology.
Rispetto a FGS:
+ Possibile sequenziare intero campione di DNA in pochi giorni (incluso pre-processing, cioè alignment).
+ Sequenze più corte all’output della macchina.
+ Lunghezza sequenze uguale per tutto l’esperimento.
- Sequenze meno accurate, si possono avere vari errori di read.
+ Metodo processing più economico.

Question 3

NGS. Sequenziare intero genoma

Answer 3

Si può contare su diversi tipi di tecnologie che permettono di sequenziare regioni specifiche di DNA (non l’interno genoma) che possono risultare più utili/interessanti per alcuni tipi di studio. In questo caso naturalmente i costi si abbassano ulteriormente ed è facile ottenere questo tipo di dati e avere queste tecnologie in laboratorio.
Esistono tecnologie più sofisticate per il sequenziamento dell’intero genoma, dell’intero esoma o dell’intero trascrittoma (RNA codificante e non).

Question 4

Parallelismo NGS.

Answer 4

è possibile sequenziare diverse porzioni di DNA/RNA allo stesso tempo, il che le rende molto più veloci rispetto alle tecniche di prima generazione. “Fast and Furious” perché le tecniche NGS sono in grado di produrre grandi quantità di dati in tempi relativamente brevi.

Question 5

TGS

Answer 5

Third Generation Sequencing technology.

• Sottostringhe lunghezza variabile (wrt NGS)
• Accuratezza bassa (wrt NGS)
• Stringhe ottenute sono di lunghezza maggiore rispetto a NGS -> può inficiare dal punto di vista computazionale.