Semain 1 Flashcards
Nommez 2 outils de visualisation de molécules biologiques utilisés dans ce cours.
PyMOL
Poseview
Nommez 3 banques de données portant sur des molécules (ligands) se liant à des protéines.
The binding database, SuperDrug 2, Drugbank.ca, PDBbind, DrugPort
- bindingmoad.org
: Nommez des outils de recherche bibliographique utiles pour la recherche scientifique.
Pubmed (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/) • ISI Web of Science (http://apps.isiknowledge.com/) • Le site web de la biblioth`eque de l’universit ́e
• Google Scholar (scholar.google.ca)
Quelles sont les disciplines dont la modélisation moléculaire fait appel?
la biologie: pour le point de vue cellulaire;
• la chimie: pour les d ́etails atomiques et mol ́eculaires;
Section 1.1.1 de Schlick
• la physique: pour la vision du niveau ́electronique et les forces fondamentales;
• les mathematiques: pour la formulation des modeles numeriques et algorithmes;
• ingenieurs et informaticiens: implementation des logiciels et des infrastructures de calcul.
Quelles sont les différentes appellations de la modélisation moléculaire?
biologie computationnelle, chimie computationnelle, biologie in silico, biologie structurale computationnelle, biophysique computationnelle, biophysique théorique , chimie théorique…
Qu’est-ce que la modélisation moléculaire?
La science et l’art de l’ ́etude de la structure et de la fonction mol ́eculaire par la construction de mod`eles et des calculs.
Quelles sont les perspectives de la modélisation de molécules biologiques?
- ́evolution des m ́ethodes exp ́erimentales pour d ́eterminer la structure des prot ́eines;
- explosion de la capacit ́e de s ́equenc ̧age, et abaissement des couˆts;
- plus de prot ́eines ayant une structure connue, et les prot ́eines sont responsables des fonctions biologiques!
- explosion de la capacit ́e de calcul des ordinateurs;
Quelles sont les disciplines partenaires de la modélisation des biomolécules?
Biologie structurale Biologie computationnelle Genomique comparative Genomiques structurale et fonctionnelle Proteomique Projet de prot ́eomique humaine Cellulomique
Quel est le défi de l’analyse de donné biologique abondantes?
relier la structure 3D des bio-mol ́ecules `a leurs fonctions et interactions avec les autres mol ́ecules.
C’est quoi la biologie structurale?
Discipline qui vise à obtenir la resolution structurale détaillé des macromolécules, et la relation structure-fonction biologique (theorique et experimental).
Qu’est-ce que la biologie computationnelle?
englobe toutes les méthodes computationnelles pour résoudre des probl`emes de biologie moléculaire; à l’origine, discipline visant à trouver les similarités entre séquences de nucléotides, et à faire des liens avec l’ ́evolution.
Qu’est-ce que la génomique comparative?
recherche et comparaison de s ́equences entre esp`eces;
Qu’est-ce que la Genomiques structurale et fonctionnelle?
obtention de la structure 3D de chacune des protéines encodées d’un genome donné, et l’ ́etude de la fonction biologique de ces gènes:
* Suite logique aux nombreux projets de s ́equen ̧cage;
* Protein structure initiative (PSI, 2000-2015): projet du US National
Institute of General Medical Sciences (NIGMS) visant la r ́esolution
de la structure de 10,000 prot ́eines;
* Objectifs: bibliotheque de repliements; d ́eveloppement de m ́ethodologies
et de technologies a haut d ́ebit; * Le projet ́etait trop ambitieux…
Qu’est ce que la protéomique?
science qui ́etudie l’ensemble des prot ́eines d’une cellule dans des conditions donn ́ees (identification des prot ́eines, localisation, modifications post-traductionnelles, les interactions, leurs fonctions et leurs structures, `a haut d ́ebit).
Quel est l’objectif de la modélisation bio moléculaire?
Concerne les m ́ethodes imitant la structure et/ou le comportement des mol ́ecules.
• Vise `a comprendre la relation structure-fonction des mol ́ecules.
