secuenciación masiva de genomas

Question 1

secuenciación tipo sanger

Answer 1

adición de ddNTPS

Question 2

next generation sequence

Answer 2

permite la secuenciación de múltiples sitios a escala masiva

Question 3

profundidad

Answer 3

número de veces que se ha secuenciado un genoma

Question 4

cobertura

Answer 4

cuántas veces un fragmento coincide con otro

Question 5

fragmentación

Answer 5

corta ADN en segmentos pequeños
- método mecánico (sonicación)
- método enzimático
ligadura con adaptador personalizado

Question 6

librerias

Answer 6

segmentos del ADN son modificados y se le adicionan insertos (VAN A TENER UNA IDENTIFICACIÓN)
1. en los extremos del ADN hay barcodes que ayudan a identificarlos
2. se corta con zonicación y enzimas de restricción

Question 7

secuenciación

Answer 7

se agrega la matriz al secuenciador por ILUMINA (PCR en puente) o ION TORRENT (emulsión)

Question 8

pcr en emulsión

Answer 8

• Adaptadores ligados a los extremos de los fragmentos de DNA de la biblioteca
  
  • Permitirán que los fragmentos se unan perlas de emulsion
• La PCR en emulsion toma lugar en un único tubo consistiendo de una mezcla de emulsion oleosa, fragmentos de ADN, perlas y mezcla de la PCR
  
  • Cada perla actúa como un microrreactor para PCR
• El ciclo de PCR conduce a la amplificación en cada gota

Question 9

pcr en puente

Answer 9

• fragmentos se unen en oligos complementarios en una celda de flujo
• La hebra reversa se genera via PCR y es cebada por el oligo fijado en la celda de flujo
• La hebra reversa se curva y se une al oligo complementario. PCR puente inicia
• La hebra dextrogira se completa. ambas cadenas se desnaturalizan
• Nuevas hebras se unen a los oligos cercanos y el proceso se repite una y otra vez

Question 10

análisis bioinformatico

Answer 10

base calling
read allignment (identifica nt)
variant identification
variant annotation

secuencia obtenida es alineada con una secuencia de referencia para identificar variantes o mutaciones

Question 11

evaluación analítica

Answer 11

se evalúa el porcentaje de muestras positivas

Question 12

limite de detección

Answer 12

detecta lo que hay en menos cantidad o sea hasta que punto se puede detectar una sustancia

Question 13

especificidad analítica

Answer 13

detección de controles negativos como negativos. SI AMPLIFICA ALGO NEGATIVO, ALGO ESTÁ MAL

Question 14

exactitud

Answer 14

refleja concordancia de mutaciones detectadas y esperadas

Question 15

precisión

Answer 15

refleja producibilidad de los datos

Question 16

dna genoma completo

Answer 16

detección de variantes nuevas

Question 17

RNA - RNAseq

Answer 17

ARNm: info genética transcrita a partir de ADN en forma de codones
ARNt: descifra codones de ARNm
ARNr

Question 18

exoma completo

Answer 18

análisis de todos los exones del genoma