samlade favoriter Flashcards
Sliding clamp?
PCNA
Humancellhelikas?
CMG-helikas:
MCM-hexamer, Gins, Cdc45
Humancell SSB?
Single-strand binding protein humancell: replication protein A, RPA
Primas humancell?
DNA-polymeras alfa-primas
DNA-polymeras humancell?
DNA-polymeras epsilon (leading strand)
DNA-polymeras delta (lagging strand)
Hur fungerar helikas?
G1: ORC aktiveras och laddningsfaktorerna Cdc6 och Cdt1 binder in. MCM-hexameren laddas. Detta sker när CDK-nivån (cyklinberoende kinaser) är låg.
S: CDK-nivån har stigit och stimulerar laddningen av Cdc45 och Gins, vilket ger ett komplett CMG-helikas.
CMG-helikaset bryter vätebindningarna mellan kvävebaserna vid ORI.
Beskriv Okazaki fragment maturation
- DNA-polymeraset kör in i RNA/DNA-hybriden och i en s.k. strand displacement synthesis lossnar RNA-primern från DNA-templatet och bildar en flap-struktur.
- RNA-flappen klyvs av FEN1 - flap endonukleas 1.
- DNA-polymeraset lossnar.
- DNA-ligas katalyserar bildandet av en fosfodiesterbindning som sluter “the nick” i DNA-strängen.
Core histone?
H2A, H2B, H3, H4
Vad är en histonsvans?
N-terminala delar från ffa H3 och H4 som reglerar hur starkt DNA är bundet till histonerna.
Vad gör H1?
Ett femte histon som binder core histone till linker DNA och har en stabiliserande verkan på nukleosomen.
Vad är epigenetisk reglering?
Reglering av genuttryck utifrån DNA:s packning, istället för sekvensen.
Vad är histonkoden?
Kombination av olika modifieringar som görs på nukleosomen och påverkar genuttrycket.
Hur packas DNA?
dubbelhelix - beads on a string - fiber - radial loops on scaffold protein - chromatid structure - metakromosom
Omvänt transkriptas humancell?
Telomeras.
Hur lång är RNA-sekvensen som telomeraset syntetiserar för att förlänga telomererna?
6nt lång.
Vilka sorters RNA-polymeras finns?
I MITOKONDRIEN
mitokondriellt RNA-polymeras.
I KÄRNAN
typ I (nukleol): 18S rRNA, 5.8S rRNA, 28S rRNA
typ II (nukleoplasman): mRNA precursors, snRNA
typ III (nukleoplasman): tRNA, 5S rRNA
Vilka gener transkriberar RNA-polymeras I?
18S rRNA, 5.8S rRNA, 28S rRNA
Vilka gener transkriberar RNA-polymeras II?
mRNA precursors, snRNA
Vilka gener transkriberar RNA-polymeras III?
tRNA, 5S rRNA
Vilken placering har TATA-boxen i förhållande till transcription starting site TSS?
-25 till -30 från transcription starting site TSS.
Vilken placering har initiator element i förhållande till transcription starting site TSS?
Nära!
Vad adderas i 5’-capping?
7-metylguanosintrifosfat.
Vad adderas i polyadenylationen och vilket polymeras är inblandat?
Poly(A)-svansen, ca 250 adeninnukleotider som adderas av poly(A)-polymeras till 3’-änden av en mRNA-molekyl.
Vad kallas det protein som kan binda till poly(A)-svansen och stimulerar translation?
PABP - poly(A)-binding protein.
Vad katalyserar splicing?
Spliceosomen (modifierar RNA), som innehåller snRNA och proteiner.
Hur kan ribosomen veta att den arbetar på en intakt mRNA-molekyl?
Den känner av att mRNA-molekylen är i en closed loop form, som bildas mellan poly(A)-svansen och 5’-cappen.
Beskriv stegen i splicing.
OH-grupp från branch site attackerar 5’-splice site, vilket gör att ena exonet klyvs av och har en 3’-ände vars OH-grupp är fri att attackera 3’-splice siten. Produkterna blir ett intron i lariatform och en splicad bit mRNA.
Beskriv tRNA-molekylen är du snäll.
T-arm som fäster tRNA molekylen till ribosomen. D-arm som känns igen av aminoacyl tRNA-syntetas. Variable loop. Anticodon. 3’ CCA domain där aminosyran binder.
Vad kallas de faktorer som medverkar i den eukaryota translationsinitieringen?
Eukaryotic translation factor type 4 och eukaryotic translation factor type 2.
Den första finns i den lilla subenheten och identifierar 5’-änden på mRNA. Den lilla subenheten binder sedan till första startkodonet AUG.
Den andra binder till met-tRNA. Den är också bunden till GTP och använder energin som frigörs när GTP hydrolyseras till GDP och Pi för att binda den stora subenheten.
Hur ser en peptidbindning ut?
Sker mellan karboxylgruppen och aminogruppen. OH-gruppen från karboxylgruppen försvinner, ett väte från aminogruppen försvinner och en bindning bildas mellan C-N.
Vilket enzym katalyserar peptidbindningsbildandet i translationen och hur går bildandet till?
Peptidyltransferas. Kvävegruppen från A-site-aa attackerar karboxylgruppskolet på P-site-aa, så att P-site-aa lossnar från sin tRNA-molekyl och en peptidbindning bildas mellan de två aminosyrorna.
Vilka två faktorer är inblandade i elongationsfasen i translationen?
Eukaryotic elongation factor type 1 och type 2.
Typ 1 binder tRNA-molekylen till A-site med hjälp av GTP som sitter bundet till faktorn.
Typ 2 har också GTP, vars energi den använder för att byta plats på tRNA-molekylerna i ribosomen.
Hur fungerar translationen på/i RER?
Signal sequence on aa is recognised by signal recognition particle SRP. SRP binder med hög affinitet till SRP receptorer på RER:s membran. När GTP på SRP och SRP-receptorer hydrolyseras används energin som frigörs till att öppna translocon som släpper igenom SRP och den nysyntetiserade peptidkedjan in i RER:s lumen. SRP klyvs. Ribosomen stannar på utsidan och fortsätter att translatera in i lumen. När den når ett stoppkodon klyvs också den och återgår till cytosolen. Transloconet stängs.
Beskriv terminationen.
Release factor binder till stoppkodon UAG, UAA, UGA och hindrar ribosomen från att köra vidare. Den klyver också peptidkedjan från t-RNA i P-site.
Nämn några post-translationella modifikationer.
Hydroxylering - adderar OH-grupp
Glykosylering - adderar sockergrupp
Fosforylering - adderar fosfatgrupp
Metylering - adderar CH3
Operon vs operator?
I BAKTERIER
Operon - kluster av gener som aktiveras/deaktiveras samtidigt.
Operator - del av DNA där repressorer kan binda.
Beskriv RNA-polymeraset i bakterier.
Består av 5 + 1 subenheter. De 5 (2 alfa, 2 beta, 1 omega) tillhör kärnenzymet som innehåller allt som behövs för RNA-syntes. Holoenzymet innehåller också sigmaenheten, som kan hitta och binda till promotorn 10 000 gånger snabbare än kärnenzymet.
Lytisk cykel/lysogen cykel?
Ang. bakteriofager.
Lytisk: attachment-entry-DNA-replication/protein synthesis-assembly-lysis. Injicerar bakteriofag-DNA i värdcell där det replikeras och bildar sina egna proteiner. Bakteriofagerna byggs ihop och till slut spricker cellen.
Lysogen cykel: attachment-entry-integration-prophage-cell division.
mtDNA, hur många baspar och hur många proteiner kodar det för?
16 595, kodar för 13 proteiner som är nödvändiga för oxidativ fosforylering. Resten av de 1 200 proteiner som behövs för mitokondriens funktion kommer från nukleärt DNA.
Vad är heteroplasmi?
Blandning av normalt och muterat mitokondriellt DNA. Andelen påverkar om man blir sjuk.
I vilken sorts lösning kommer vatten att flöda in i cellen?
Hypotonisk lösning
Exempel på faciliterad diffusion/passiv transport?
Jonkanaler, ex. K+-kanalen
Exempel på primär aktiv transport?
Na+/K+-pumpen
Exempel på sekundär aktiv transport?
Bärarproteiner: antiporter, symporter.