samlade favoriter Flashcards
1
Q
Sliding clamp?
A
PCNA
2
Q
Humancellhelikas?
A
CMG-helikas:
MCM-hexamer, Gins, Cdc45
3
Q
Humancell SSB?
A
Single-strand binding protein humancell: replication protein A, RPA
4
Q
Primas humancell?
A
DNA-polymeras alfa-primas
5
Q
DNA-polymeras humancell?
A
DNA-polymeras epsilon (leading strand)
DNA-polymeras delta (lagging strand)
6
Q
Hur fungerar helikas?
A
G1: ORC aktiveras och laddningsfaktorerna Cdc6 och Cdt1 binder in. MCM-hexameren laddas. Detta sker när CDK-nivån (cyklinberoende kinaser) är låg.
S: CDK-nivån har stigit och stimulerar laddningen av Cdc45 och Gins, vilket ger ett komplett CMG-helikas.
CMG-helikaset bryter vätebindningarna mellan kvävebaserna vid ORI.
7
Q
Beskriv Okazaki fragment maturation
A
- DNA-polymeraset kör in i RNA/DNA-hybriden och i en s.k. strand displacement synthesis lossnar RNA-primern från DNA-templatet och bildar en flap-struktur.
- RNA-flappen klyvs av FEN1 - flap endonukleas 1.
- DNA-polymeraset lossnar.
- DNA-ligas katalyserar bildandet av en fosfodiesterbindning som sluter “the nick” i DNA-strängen.
8
Q
Core histone?
A
H2A, H2B, H3, H4
9
Q
Vad är en histonsvans?
A
N-terminala delar från ffa H3 och H4 som reglerar hur starkt DNA är bundet till histonerna.
10
Q
Vad gör H1?
A
Ett femte histon som binder core histone till linker DNA och har en stabiliserande verkan på nukleosomen.
11
Q
Vad är epigenetisk reglering?
A
Reglering av genuttryck utifrån DNA:s packning, istället för sekvensen.
12
Q
Vad är histonkoden?
A
Kombination av olika modifieringar som görs på nukleosomen och påverkar genuttrycket.
13
Q
Hur packas DNA?
A
dubbelhelix - beads on a string - fiber - radial loops on scaffold protein - chromatid structure - metakromosom
14
Q
Omvänt transkriptas humancell?
A
Telomeras.
15
Q
Hur lång är RNA-sekvensen som telomeraset syntetiserar för att förlänga telomererna?
A
6nt lång.
16
Q
Vilka sorters RNA-polymeras finns?
A
I MITOKONDRIEN
mitokondriellt RNA-polymeras.
I KÄRNAN
typ I (nukleol): 18S rRNA, 5.8S rRNA, 28S rRNA
typ II (nukleoplasman): mRNA precursors, snRNA
typ III (nukleoplasman): tRNA, 5S rRNA
17
Q
Vilka gener transkriberar RNA-polymeras I?
A
18S rRNA, 5.8S rRNA, 28S rRNA
18
Q
Vilka gener transkriberar RNA-polymeras II?
A
mRNA precursors, snRNA
19
Q
Vilka gener transkriberar RNA-polymeras III?
A
tRNA, 5S rRNA
20
Q
Vilken placering har TATA-boxen i förhållande till transcription starting site TSS?
A
-25 till -30 från transcription starting site TSS.
21
Q
Vilken placering har initiator element i förhållande till transcription starting site TSS?
A
Nära!
22
Q
Vad adderas i 5’-capping?
A
7-metylguanosintrifosfat.
23
Q
Vad adderas i polyadenylationen och vilket polymeras är inblandat?
A
Poly(A)-svansen, ca 250 adeninnukleotider som adderas av poly(A)-polymeras till 3’-änden av en mRNA-molekyl.
24
Q
Vad kallas det protein som kan binda till poly(A)-svansen och stimulerar translation?
A
PABP - poly(A)-binding protein.
25
Vad katalyserar splicing?
Spliceosomen (modifierar RNA), som innehåller snRNA och proteiner.
26
Hur kan ribosomen veta att den arbetar på en intakt mRNA-molekyl?
Den känner av att mRNA-molekylen är i en closed loop form, som bildas mellan poly(A)-svansen och 5'-cappen.
27
Beskriv stegen i splicing.
OH-grupp från branch site attackerar 5'-splice site, vilket gör att ena exonet klyvs av och har en 3'-ände vars OH-grupp är fri att attackera 3'-splice siten. Produkterna blir ett intron i lariatform och en splicad bit mRNA.
28
Beskriv tRNA-molekylen är du snäll.
T-arm som fäster tRNA molekylen till ribosomen. D-arm som känns igen av aminoacyl tRNA-syntetas. Variable loop. Anticodon. 3' CCA domain där aminosyran binder.
29
Vad kallas de faktorer som medverkar i den eukaryota translationsinitieringen?
Eukaryotic translation factor type 4 och eukaryotic translation factor type 2.
Den första finns i den lilla subenheten och identifierar 5'-änden på mRNA. Den lilla subenheten binder sedan till första startkodonet AUG.
Den andra binder till met-tRNA. Den är också bunden till GTP och använder energin som frigörs när GTP hydrolyseras till GDP och Pi för att binda den stora subenheten.
30
Hur ser en peptidbindning ut?
Sker mellan karboxylgruppen och aminogruppen. OH-gruppen från karboxylgruppen försvinner, ett väte från aminogruppen försvinner och en bindning bildas mellan C-N.
31
Vilket enzym katalyserar peptidbindningsbildandet i translationen och hur går bildandet till?
Peptidyltransferas. Kvävegruppen från A-site-aa attackerar karboxylgruppskolet på P-site-aa, så att P-site-aa lossnar från sin tRNA-molekyl och en peptidbindning bildas mellan de två aminosyrorna.
32
Vilka två faktorer är inblandade i elongationsfasen i translationen?
Eukaryotic elongation factor type 1 och type 2.
Typ 1 binder tRNA-molekylen till A-site med hjälp av GTP som sitter bundet till faktorn.
Typ 2 har också GTP, vars energi den använder för att byta plats på tRNA-molekylerna i ribosomen.
33
Hur fungerar translationen på/i RER?
Signal sequence on aa is recognised by signal recognition particle SRP. SRP binder med hög affinitet till SRP receptorer på RER:s membran. När GTP på SRP och SRP-receptorer hydrolyseras används energin som frigörs till att öppna translocon som släpper igenom SRP och den nysyntetiserade peptidkedjan in i RER:s lumen. SRP klyvs. Ribosomen stannar på utsidan och fortsätter att translatera in i lumen. När den når ett stoppkodon klyvs också den och återgår till cytosolen. Transloconet stängs.
34
Beskriv terminationen.
Release factor binder till stoppkodon UAG, UAA, UGA och hindrar ribosomen från att köra vidare. Den klyver också peptidkedjan från t-RNA i P-site.
35
Nämn några post-translationella modifikationer.
Hydroxylering - adderar OH-grupp
Glykosylering - adderar sockergrupp
Fosforylering - adderar fosfatgrupp
Metylering - adderar CH3
36
Operon vs operator?
I BAKTERIER
Operon - kluster av gener som aktiveras/deaktiveras samtidigt.
Operator - del av DNA där repressorer kan binda.
37
Beskriv RNA-polymeraset i bakterier.
Består av 5 + 1 subenheter. De 5 (2 alfa, 2 beta, 1 omega) tillhör kärnenzymet som innehåller allt som behövs för RNA-syntes. Holoenzymet innehåller också sigmaenheten, som kan hitta och binda till promotorn 10 000 gånger snabbare än kärnenzymet.
38
Lytisk cykel/lysogen cykel?
Ang. bakteriofager.
Lytisk: attachment-entry-DNA-replication/protein synthesis-assembly-lysis. Injicerar bakteriofag-DNA i värdcell där det replikeras och bildar sina egna proteiner. Bakteriofagerna byggs ihop och till slut spricker cellen.
Lysogen cykel: attachment-entry-integration-prophage-cell division.
39
mtDNA, hur många baspar och hur många proteiner kodar det för?
16 595, kodar för 13 proteiner som är nödvändiga för oxidativ fosforylering. Resten av de 1 200 proteiner som behövs för mitokondriens funktion kommer från nukleärt DNA.
40
Vad är heteroplasmi?
Blandning av normalt och muterat mitokondriellt DNA. Andelen påverkar om man blir sjuk.
41
I vilken sorts lösning kommer vatten att flöda in i cellen?
Hypotonisk lösning
42
Exempel på faciliterad diffusion/passiv transport?
Jonkanaler, ex. K+-kanalen
43
Exempel på primär aktiv transport?
Na+/K+-pumpen
44
Exempel på sekundär aktiv transport?
Bärarproteiner: antiporter, symporter.
45
Spänningsmedierade katjonkanalers generella uppbyggnad?
S1-S4-segment plus de kanalformande segmenten S5 och S6. Alla utom S4 är hydrofoba transmembrana alfahelixar, medan S4 är positivt laddad och känner av ändringar i membranpotential.
46
Hur är en kanalfog/gap junction uppbyggd?
Sträcker sig över två membran. 12 connexin -> 2 connexon m. 6 subenheter.
47
Vilken sorts molekyler transporterar kanalfogar/gap junctions?
De flesta metaboliter samt icke-organiska joner.
48
Hur kan jonkanaler inaktiveras?
- ball and chain
- förändringar i membranpotential
- spontan inaktivering
49
Aquaporiners uppbyggnad?
6 st alfa-helixar med hydrofila loopar inåt.
50
Ungefärliga koncentrationerna av K+ och Na+ intracellulärt och extracellulärt?
Na+: 5-15 mM intracellulärt och 140 mM extracellulärt; K+: 140 mM intracellulärt och 5 mM
extracellulärt
51
Skillnad ATPas och ABC-transportör?
ATPas - energin kommer från när ATP fosforylerar pumpen.
| ABC-transportör - energin kommer från när bundet ATP hydrolyseras.
52
Vad kallas de steroider som gör att hjärtaktiviteten ökar och hur fungerar det?
Kardiotona steroider. De hämmar defosforyleringen, vilket betyder att ATPas inte kan gå tillbaka till konformationen som är öppen mot cytoplasman.
53
Vad kallas de ABC-transportörer som pumpar ut "kroppsfrämmande mediciner"?
MDR-proteiner, multidrug restistance proteins.
54
Två exempel på icke-proteinogena aa?
Citrullin, ornitin. Båda deltar i ureacykeln.
55
Översiktlig nedbrytning av aa i magtarmkanalen?
1. Pepsin magsäck -> polypeptider och aa.
2. Trypsin, chymotrypsin, elastas, karboxypeptidas från pankreas -> oligopeptider och aa
3. Aminopeptidaser, di- och tripeptidaser tunntarm -> aa
4. Erytrocyter absorberar di- och tripeptider och aa som frisläpps som aa i blodet.
5. Na+/K+-pumpar transporterar över membran.
56
Från vilka fem precursors bildas kolskelettet till aa? (två finns i glykolysen, två finns i citronsyracykeln och en är en aminosyra)
1. 3-fosfoglycerat
2. pyruvat
3. alfa-ketoglutarat
4. oxaloacetat
5. fenylalanin
57
Vad står ALT för?
Alaninaminotransferas
58
Vad står AST för?
Aspartataminotransferas
59
Vilken reaktion katalyserar ALT?
Pyruvat + glutamat -> alfaketoglutarat + alanin
60
Vilken reaktion katalyserar AST?
Oxaloacetat + glutamat -> alfaketoglutarat + aspartat
61
Vilket enzym är påverkat i PKU?
Fenylalaninhydroxylas
62
Vilka (7) metaboliter bryts kolskeletten ner till i aa-nedbrytningen?
Glukogena aa: pyruvat, alfa-ketoglutarat, succinyl-CoA, fumarat, oxaloacetat
Ketogena aa: acyl-CoA och acetoacetyl-CoA
63
Var bryts aa ner?
Ffa levern.
| Skelettmuskel använder bcaa (leucin, isoleucin, valin) som energikälla.
64
Vilket enzym katalyserar den oxidativa deamineringen av glutamat i aa-nedbrytningen och vilka är produkterna?
Glutamatdehydrogenas. alfa-ketoglutarat, NADH+, H+, NH4+
65
Exempel aa som kan deamineras direkt (ej oxidativt)?
Serin -> pyruvat, NH4+. Treonin -> alfaketobyturat + NH4+.
66
Vad aktiverar karbamoylfosfatsyntetaset i ureacykeln?
N-acetylglutamat (alloster reglering) som syntetiseras vid höga nivåer av glutamat och arginin, som reflekterar höga nivåer av cirkulerande aa.
67
Varifrån kommer ureas två kväveatomer?
En från NH4+ och en från aspartat.
68
Vilken aa transporterar NH4+ från skelettmuskel till lever?
Alanin.
69
Vilken aa transporterar NH4+ från vävnader (exkl. skelettmuskel) till levern?
Glutamin (glutamat + NH4+ -> glutamin)
70
Vilket enzym spjälkar aminogrupp från glutamat i oxidativ deamination?
Glutamatdehydrogenas
71
Vilket enzym spjälkar ammoniak från glutamin i levern?
Glutaminas
72
Vilken enzym katalyserar reaktionen ammoniak + glutamat -> glutamin
Glutaminsyntetas.
73
Vad är skillnad på syntas och syntetas?
Syntetas kräver energi från ATP!
74
Vilket enzym katalyserar reaktionen NH4+ + HCO3- och vad blir produkten (startsubstrat ureacykeln)?
Karbamoylfosfatsyntetas. Produkt: karbamoylfosfat.
75
Var bildas hem?
I benmärgen i erytrocyter som fortfarande har kärnan kvar.
76
Var och hur bryts hem ner?
Mjälten: ringstrukturen bryts -> biliverdin -> bilirubin genom reduktion.
Blodet: bilirubin (starkt hydrofob) transporteras m.h.a. albumin till levern.
Levern: två glukuronat (sura sockermolekyler) adderas till bilirubinet. Molekylen blir amfipatisk och kan då utsöndras med gallan.
77
Vad är ikterus?
När det blir fel i hemnedbrytningen.
Pre-hepatisk: icke-konjugerat bilirubin ansamlas i lipidstark vävnad (ex. CNS), ger hjärnskador och hemolys. (ex. nyfödda barn)
Hepatisk ikterus: blandning icke-konjugerat och konjugerat bilirubin, ex. virushepatit.
Post-hepatisk ikterus - stas i gallvägarna. Konjugerat, amfipatiskt, vattenlösligt.
78
Vilket enzym reglerar hem-syntesen?
ALA-syntas, som bara translateras när järntillgången är tillräcklig.
79
Hur inhiberas translationen av ALA-syntas?
Fe-sulfur cluster/IRE binding protein binder till IRE iron regulatory element så att ribosomen inte kan translatera ALA-syntas-genen.
80
Vad är pyrfori?
Något av enzymerna i hem-syntesen har en mutation som påverkar deras aktivitet.
81
Hur tillgängliggörs lipiddropparna i adipocyterna för nedbrytning?
Proteinkinas A fosforylerar perilipinet som ligger runt fettdropparna. Perilipinet genomgår då en konformationsändring som gör att lipiderna blir mer tillgängliga.
82
Vilka tre enzym klyver av fettsyrorna från triacylglycerolen?
Första två aktiveras av fosforylering av proteinkinas A.
1. ATGL
2. HS-lipas
3. MAG-lipas - är alltid aktivt men kan bara klippa av fettsyran när de första två är borttagna.
83
Vad händer med produkterna efter att fettsyrorna klyvts av triglyceriden?
Glycerolet går till levern där det kan användas i glykolys och glukoneogenes.
Fettsyrorna diffunderar över membranet och transporteras m.h.a. albumin i blodet.
84
Var sker betaoxidationen?
Mitokondrien.
85
Vilket protein används för att transportera lipider över mitokondriemembranet?
Carnitin
86
Vilka är de fem stegen i betaoxidationen?
Acyl-CoA oxideras-> trans-delta^2-eonyl CoA hydreras-> L-3-hydroxylacyl CoA oxideras-> 3-ketoacyl CoA thiolys-> acyl CoA (-2 kolatomer) + acetyl-CoA
87
Hur regleras fettsyrasyntesen?
Reglering av acetyl-CoA-karboxylas.
Aktivering: fosforylering p.g.a. insulin. Citrat, allosteriskt.
Inhibering: AMP, glukagon och adrenalin. Feedback: palmitoyl-CoA
88
Enzym som katalyserar reaktionen acetyl CoA -> malonyl CoA i lipidsyntesen?
Acetyl-CoA-karboxylas
89
Hur sker påbyggnaden av kolatomer i fettsyrasyntesen?
Två kolatomer åt gången i en kondensation, reduktion, dehydrering och reduktion. KRDR kronordoktor
90
Var bildas fettsyrornas dubbelbindningar och vilka enzym är inblandade?
I ER. Desaturaser.
91
Hur kopplas fettsyrorna till glycerol?
Glycerolfosfat bildas av dihydroxyacetonfosfat från glykolysen. Sedan sätts fettsyrorna på en och en och när två satts på har fosfatidsyra bildats, precursor till fosfatidylserin och fosfatidylcholin.
92
Vilka kvävebaser är pyrimidiner?
C U T
93
Var sker nedbrytningen av nukleotider?
I tunntarmen.
94
Vilka enzymer bryter ner nukleotider?
Nukleaser (från pankreas) - hydrolyserar RNA/DNA till oligonukleotider
Fosfodiesteraser (från pankreas) - hydrolyserar oligonukleotiderna till mononukleotider
Nukleotidaser (tarmepitel) - spjälkar fosfatgruppen så att nukleosider bildas
Nukleosidaser - bryter ner nukleosiderna till fria baser och sockerenheter.
95
Vad gör fosfopentomutas?
Flyttar fosfatgruppen på de spjälkade ribosenheterna till 5-position så att de kan användas i pentosfosfatvägen och så småningom i citronsyracykeln.
96
Vad beror gikt på?
Nukleotidnedbrytningen: för mycket urat i omlopp. Urat bildar då salter med Na+-joner som faller ut kring leder och senor. Beror antingen på för hög uratproduktion eller för mycket återtag/för lite utsöndring av urat. Behandlas med xantinoxidashämmande eller urattransportörhämmande.
97
Var sker kolesterolsyntesen?
10% i levern, men i princip alla celler har förmåga till kolesterolsyntes.
98
Vad är en normal kolesterolhalt?
4-5 mmol/L
99
Kolesterol är precursor till vad?
Steroidhormoner och D-vitamin
100
Hur utsöndras kolesterol?
Via gallsyror. Kolesterolet konjugeras med glycin eller taurin för att bli amfipatiskt.
101
95% av gallsyrorna reabsorberas i vad då?
Det enterohepatiska kretsloppet.
102
Vad är startsubstrat för kolesterolsyntes och vad händer med startsubstratet?
Acetyl-CoA, som transporteras ut ur mitokondrien med carnitin. Två acetyl-CoA slås samman till acetoacetyl-CoA.
103
Kolesterolsyntesens fem steg?
1. Acetyl-CoA + Acetoacetyl-CoA ->
2. HMG-CoA --IRREVERSIBELT-->
3. Mevolanat -> mevolanat pyrofosfat ->
4. Farnesylpyrofosfat + farnesylpyrofosfat ->
5. squalen -> lanosterol -> kolesterol
Från lanosterol finns två pathways som skiljer sig åt i när dubbelbindningen på C24 reduceras.
104
Hur regleras kolesterolsyntesen?
HMG CoA-reduktas:
1. reglering av HMGR-transkription (viktigast)
2. kolesterol inducerar nedbrytningen av HMGR
3. translationell kontroll
4. fosforylering minskar aktivitet, defosforylering ökar aktivitet
105
Var sker pentosfosfatvägen?
I cytosolen
106
Vad är pentosfosfatvägens huvudsakliga uppgift?
Bilda ribos-5-fosfat och NADPH.
Ribos-5-fosfat: kan bli glykolysintermediärer, är del av FAD, ATP, NADH och ribonukleotider.
NADPH: elektrondonator i reduktiv biosyntes, skyddar mot reaktiva syreföreningar eftersom antioxidanten glutation behöver NADPH för att återgå till sin reducerade form. CP450-systemet, som är viktigt i metabolismen, behöver NADPH för att kunna binda till O2.
Behovet av NADPH är oftast större än behovet av ribos-5-fosfat
107
Vad gör transaldolaser och transketolaser i pentosfosfatvägen?
Kan bilda glykolysintermediärer från ribos-5-fosfat.
108
Vad heter enzymet som drar i gång den oxidativa fasen i pentosfosfatvägen och vad reglerar dess aktivitet?
Glukos-6-fosfat-dehydrogenas. Höga nivåer av NADP+ stimulerar dess aktivitet.
109
Vilka tre metaboliter har glykolysen och pentosfosfatvägen gemensamma?
Glukos 6-fosfat, fruktos 6-fosfat och glyceraldehyd 3-fosfat :)
110
Vad kallas enzymet som laddar aa på tRNA?
aminoacyl tRNA syntetas
111
Hur går laddningen av aa på tRNA till?
aa reagerar med ATP -> aminoacyl-AMP. Aminoacyl tRNA syntetas laddar aa på tRNA i en reaktion som kostar AMP.
