Replikation

Question 1

Vad katalyserar replikation och hur?

Answer 1

DNA -polymeras katalyserar replikation

genom att addera deoxynukleotid trifosfater till den växande kedjan. PPi (pyrofosfatmolekyler) kommer spjälkas av från deoxynukleotid trifosfaten.

Question 2

Vad är replikation?

Answer 2

Replikation är en process som dubblerar DNA-molekylen vid celldelningen så att en kopia av molekylen kan hamna i varje dottercell.

Question 3

Vad kräver DNA polymeras?

Answer 3

DNA polymeras kräver
1.) Byggstenar i form av deoxynukleotidtrifosfater

2. ) En mall av redan existerande DNA, som den kan bygga efter
3. ) En primer (som fås av RNA) så att det finns en fri 3´OH-grupp att bygga vidare på. Den fria OH-gruppen kan göra en nukleofil attack på den innersta fosfoatomen och därmed klyva bort pyrofosfatmolekylerna (PPi)

Question 4

Vad leder till att det ytterst sällan blir fel under replikationen?

Answer 4

Proofreding mekanismer och nukleasaktivitet som DNA polymeras har.

DNA polymeras har proofreding mekanismer såväl som nukleasaktivitet vilket leder till att det ytterst sällan blir fel under replikationen.

Question 5

Förklara replikationen i 6 steg

Answer 5

1.) Helikas bryter vätebindningarna mellan DNA kedjorna och öppnar därmed upp kedjan.

OBS: Den öppnas upp på flera ställen (replikation origins) så att replikation kan ske fortare, när strängen öppnas bildas det en replikation fork och båda parentala strängerna replikeras.

2. ) Single strand binding protein (SSB) binder in till eneklsträngerna och hindrar de från att gå ihop igen
3. ) Primas (som är ett RNA-polymeras) lägger en primer av RNA som fungerar som startpunkt för DNA polymeras. Annars kan DNA polymeras ej börja, den behöver en fri OH-grupp i 3´riktning för att kunna bygga vidare.

4.) DNA polymeras replikerar DNA:t
Men DNA:t kan bara replikeras i 3´–> 5´riktning på den ursprungliga strängen så de nya syntetiseras från 5´–> 3´riktning. Det börjas en leading strand och en lagging strand. Leading strand är den som replikerar på 3´–>5´strängen, medan lagging strand är på den motsatta och behöver därför bilda okazaki fragment som sedan kommer fogas ihop mha. ligas.

5. ) RNA- primer ersätts sedan av DNA mha. DNA-polymeras (glycisylas)
6. ) DNA ligas kopplar samman alla fragment genom att bilda fosfodiesterbindningar imellan backbonen.

(kolla även andra doc för mer nogrann beskrivning)

Question 6

Vad står 5´och 3´ för och från vilket håll börjar DNA at replikeras?

Answer 6

5´ kolet har en fosfatgrupp kopplat till sig
3´kolet har en hydroxyl (-OH) grupp kopplat till sig (som A, T, C, G)

5´och 3´ står för kol-antalet i DNA´s socker backbone.

DNA strängen läses 3´-5´ och byggs 5´–> 3´. Då det på 3´kommer sättas på en komplimenterande 5´, alltså en ny carboxylgrupp med fosfat sätts på på en carboxylgrupp typ (skriv inte det sista på tentan) Vi kan bara sätta på en ny grupp på en hydroxylgrupp och inte en fosfatgrupp.

Kom ihåg: du läser en bok så kommer du läsa s. 3 innan s.5)

The 5’ and 3’ mean “five prime” and “three prime”, which indicate the carbon numbers in the DNA’s sugar backbone. The 5’ carbon has a phosphate group attached to it and the 3’ carbon a hydroxyl (-OH) group. This asymmetry gives a DNA strand a “direction