DNA Flashcards
Vad består DNA av?
Deoxiribose
En fosfatgrupp (eller flera)
Kävebaser (A,T,C,G)
Vilken binding är det mellan kvävebaserna och vilken är det mellan sockermolekylerna?
vätebindningar (mellan kvävebaserna) -håller helixen ihop
Backbonet/sockermolekylerna hålls ihop med fosfodiesterbindningar
Hur skiljer sig DNA från RNA?
DNA har ingen OH-grupp på 2´, endast på 3´. = DNA mer stabilt
DNA har en Thymine-bas, RNA har en Uracil-bas istället. Uracin är en ometylerad form av Thymine.
DNA är en dubbelhelix (stabil)
RNA är single stranded.
DNA har deoxiribose, RNA har ribose - Ribose har en hydroxulgrupp (OH) på pentosringen i 2´. Denna OH grupp gör RNA mindre stabilt då den är mer progen (prone) för hydrolys.
DNA skiljer sig från RNA genom att det inte har någon OH-grupp på 2´ytan endast på 3´. Detta gör att DNA blir mer stabilt och inte lika utsatt för nukleofila attacker. Eftersom backbonet (fosfatgruppen) är negativa kommer det vända sig utåt och kunna reagera med andra polära molekyler (som vatten t.ex)
Vad är kvävebaserna?
Puriner (2 ringar)
- adenine
- guanine
Pyrimidiner (1 ring)
- Thymine
- cytosine
- uracil
Vad är kromatin? och vad består det av? - dess funktion?
När DNA är tight bundet till proteiner kallas det kromatin.
Kromatin består av: DNA, proteiner (histoner) och RNA
Dess primära funktioner är att:
- Packa DNA till en tätare och mer kompakt form
- att förstärka DNA molekylen för att tillåta mitos
- att skydda från DNA skada och kontrollera gen-uttryck och DNA replikation
Vad kallas komplexet som om DNA är packat runt 8 histoner?
nukleosom
Vad är en nukleosom?
När DNA är packat runt åtta histoner kallas det komplexet för en nukleosom. Det är en DNA och en histonoktamer. Med två var av histonerna H2A H2B H3 H4
Vilka är histonerna?
H2A
H2B
H3
H4
två kopior av varje
bildar en nukleosom (DNA med histoner kring sig)
Hur binder DNA till histonerna?
Vad har histonerna som är objekt för kovalenta modifieringar
Genom många vätebindningar
Histonerna har N-terminaler (“svansar”) som sticker ut och är objekt för kovalenta modifieringar
Vad är en alloster reglering
(enzym fråga)
Vilka enzymer hör till denna grupp av reglering?
allosteriska enzymerna hör till reglerande enzymer.
Med alloster reglering menar man en reglering, som sker genom att någon substans binder sig till enzymet och därigenom påverkar dess konformation så att reaktionen blir mer eller mindre gynnsam för substratet.
Man talar om en positiv alloster resp. negativ alloster modulation. De vanligaste typerna är negativa modulatorer eller hämmare.
Vad menas med kovalent modifiering? (enzym fråga)
Skillnader mellan alloster och kovalent modifiering?
Kovalent modifiering sker genom att en bit av enzym-molekylen “klipps av” genom en begränsad proteolys eller genom att en fosfatgrupp sätts på genom fosforylering.
I båda fall fås en konformationsförändring, som påverkar enzymets katalytiska aktivitet. Reglering genom kovalent modifiering är en allt eller inget process medan alloster reglering är en finjustering.
Vad är en proteolytisk modifiering? (enzym fråga)
Vad finns kvar efter en proteolytisk modifiering?
Vid proteolytisk modifiering (begränsad proteolys) klyvs en s.k. aktiveringspeptid, ofta i den N-terminala ändan, bort från den inaktiva enzymmolekylen, som kallas pro-enzym eller prekursor.
Kvar finns det aktiva enzymet som nu kan börja arbeta. I vissa fall täcker aktiveringspeptiden helt enkelt ezymets active site. Aktivering av enzymer genom begränsad proteolys förekommer bl.a. för pankreas-enzymerna, som deltar i spjälkningen av födoämnen.
källa: http://www.solunetti.fi/se/solubiologia/entsyymit1/3/
Vad händer efter att DNA har packats i de åtta histoner o bildat en nukleosom?
Nukleosomerna kondenseras sedan i ett antal olika steg tills kromosomer bildats
