Recap frågor Flashcards
- What is RNAPII CTD and what is special about its sequence? Which initiation factor (TFII) phosphorylates CTD on Ser5? What is the role of Mediator in the activation of transcription by RNAPII? Why does it detaches from RNAPII after initiation?
YSPTSPS repeats. TFIIH fosforylerar från initering till elongering -> mediator etc. släpper och de som ska processa binder in (CSPF, CstF).
Mediator är väldigt stor (boff) och kan sträcka sig över DNA. (den lämnar när RNAPII CTD fosforyleras)
- Splicing of exons in pre-mRNA is done by Spliceosome. How does spliceosome recognize introns in pre-mRNA? What are the roles of U1 and U2 particles in this process?
snRNP-U1 binder till exon-intron övergången med en konserverad AG och omkringliggande sekvenser mha sitt guide RNA. SF1 binder till branch pointen A innan intron-exon och U2AF binder till intron-exon. Dessa två leder sedan till att U2 snRNP binder in –> U1 och U2 interagerar för att göra splicesome.
- What do ISWI, SWI and SWR1 chromosome re-modeling machines do and what is the difference between them? Why do SWI and SWR1 machines have bromo-domains? How does the histone acetylation lead to the binding of many TFs to the promoter proximal regions? How do repressors work in eukaryotes?
ISWI ser till att histoner är korrekt distans ifrån varandra – spacear. SWI öppnar bindning sites för transcription factors genom att rulla nukleosomer. SWR1 ändrar histon-kompsition.
- In prokaryotes initiator fMet-tRNA selection over elongator tRNAs by the initiating ribosome relies on the use of initiation factors IF1, IF2 and IF3. How does the selection work? What features of fMet-tRNA are involved in the selection process?
Då IF3 binder 30s så ändras konformation som är mer motaglig för alla tRNAs. IF2 blockerar A-siten.
IF3 interagerar med stem (G:C rik del) i fMet-tRNA à favoriserar denna bindning. IF2 interagerar med formylgrupp.
- Describe a general organization of the 26S proteasome and of its degradation chamber. How are the ubiquitinylated proteins recognized by the 19S cap? What happens with Ub-s attached to the degraded protein? What is the role of the ATPase subunits of the 19S cap?
Proteasomen är uppbyggd av alpha och beta-subenheter som bildar fyra ringar, uppifrån o ner: a-b-b-a med 7 st enheter per ring. På övre och undre sidan sitter 19s Cap.
19S cap innehåller Rpn 10 och Rpn 13 som känner igen Ubs, Rpn 11 bryter ner dessa. RPT, ATPase subenheterna ”drar” ner proteinet i 20S subenheten där den degraderas.
- All tRNAs have a universal CCA sequence at their 3’ends. What is the role of this sequence in tRNA binding to the ribosome and in the peptidyl-transferase reaction? Explain the mechanism of peptidyl-transferase reaction and how the amino-acid is activated for this reaction by the attachment to tRNA. Why is 2’-OH of peptidyl-tRNA important here?
CCA är bundet till aminosyran. Elongation factor EF-Tu*GTP binder till CCA, därför är den viktig i tRNA bindning till ribosomen. I peptidyl-transeras reaktionen så positioneras AS rätt med CCA och dess interaktion med rRNA. Utöver detta fungerar A som stabiliserande för ett övergångstillstånd med protonshuffling som är nödvändigt.
- Some proteins are delivered into the lumen of ER post-translationally, through the Sec63 modified translocon. This mechanism uses Bip chaperon in the ER lumen. Describe the Brownian ratchet model of the protein translocation into the ER lumen for this case. What is the main role of BiP in the ER lumen?
Protein veckas upp och dras igenom Sec63 translokon. Sec63 hydrolyserar BiPATP till BiPADP som sendan binder till proteinet (och simultant veckar) –> förhindrar det att åka ut igen.
- Kinesins 1, 2 and 3 run cargo/vesicle transport. Describe how the cargo presence can activate Kinesin-1 motor to move the cargo. How is the mitotic Kinesin 7 (CENP-E) activated by phosphorylation? Describe how KIF17 attaches to NMDA containing vesicles. What causes it to release the vesicle in response to the Ca2++ influx?
Utan cargo så interagerar light och heavy chains hos kinesin med huvuden –> kan inte binda till MT. Men när cargo/cargo adaptor protein närvarande –> chains interagerar med det istället och huvudet kan gå på MT. Kinesin 7 har motsvarande, men där C-terminal och ett annat ställe blir fosforylerat vid mitos –> aktivit och kan binda till MT.
Kin 2 (KIF17) binder till sitt cargo via en LIN-adaptor bundet till NMDA receptors. Vid influx –> C-terminal fosforyleras –> disassociation från LIN10.
- Describe how ATP hydrolysis is used to generate force (mechanical movement) by (a) myosin motors on the F-actin filaments and (b) by kinesin motors on the microtubules.
Myosin: ATP –> svag bindning till aktin. ATP hydrolyserar –> binder till aktin (ADP + P) –> huvud bak (P iväg) –> ADP blir ATP –> släpper
Kinesin: ADP –> svag bindning. Fwd släpper ADP och binder till MT –> ATP binder in –> konformationsförädnring (slänga runt) –> gamla bakom släpper ADP och binder MT + ATP hydrolyseras i nya bakre –> släpper.
- Cyclin-dependent kinases in complex with cyclins (Cyc:CDKs) govern cell cycle progression. Give a short description of Cell Cycle, explaining briefly what happens in its G0, G1, S, G2 and M-phases. Which Cyc:Cdk complexes drive the G1/S and G2/M transitions?
G0: Vilofas
G1: Mitogener -> förebered för celldelning. Aktiera transkriptionsfaktorer för earlier response genes, senare delayed response genes, CDK-4/6, D-cyklins och E2F transkriptionsfaktorer. Cyklin-CDK fosforylerar pRB -> pRB inaktiv -> E2F transkriberas
S: DNA replikation -> dubblera kromosomer
CycE leder till att replisom kan bindas runt ORI med MCM som kan aktiveras via fosforylering à replikation.
CycA, CycB och CDK1 produceras. Wee fosforyleras Y15 och CAK (CDK activating complex) aktiverar T161. CDK1 hålls inaktiverat via pY15.
G2: Luckra upp kärna, kondensera kromatin
M: Mitos, själv celldelningen
- Describe the general mechanism of RISC assembly starting from pri-mRNAs and the RISK function. A researcher injects a double stranded (ds) RNA into the cell cytoplasm. She finds that the translation of certain mRNAs becomes inhibited because of their destruction in the cytoplasm by RISC. Explain how the RISK formation proceeded in this experiment.
Pre-miRNA hairpinloop klipps ut av Droscha/Pacha komplex från pri-miRNA vis ssRNA/dsRNA övergång. Transporteras ut av exportin 5 –> loop klipps av av dicer –> RNA duplex laddas men ena strängen drar –> en sträng kvar i Argonaout. Använder denna som guideRNA för att klippa sönder komplementärt (med lite fel) i mitten + kalla till 5’ decap XRNI och 3’ exonuclease.
siRNA samma fast perfectly aligned + kan klippa själv + inte endogen.
- Male type Tra mRNA has a stop (UAG) codon in exon 2 which is followed by other exons in this mRNA. This mRNA is transported into the cytoplasm but rapidly degraded there. Describe the mechanism of the Nonsense Mediated Decay (NMD) that operates on mRNAs of this type (use either a schematic or a mode detailed picture).
Nonsense Mediated Decay –> bryter ner mRNA som har kvar EJC. Brygga skapas med Upf1 (från EJC) och Upf2 +3 (från cytoplasma) och RF –> mRNA decapping och nedbrytning från 5’.
- Explain how mRNA is delivered to the 43S complex by eIF4F, the role eIF4E phosphorylation by MNK1 in the regulation of CAPPED mRNA binding to eIF4F and also the role of 4E-BPs and their phosphorylation in the regulation of eIF4F (eIF4:eIF4G:eIF4A) formation. A mutation in MNK1 kinase leads to its inactivation. The cell acquired, however, a compensatory mutation in a phosphatase gene resulting in reduced levels of the phosphatase that dephosphorylates 4E-BP proteins. Explain how this compensatory mutation works.
eIF4F har E och G, binder till capped mRNA som ett helt komplex.
Affiniteten till Cap kan ändras på två sätt. Ökad affinitet blir det då MNK1 fosforylerar Ser209 på eIF4E i komplexet.
Minskad affinitet blir det då eIF4E:s binding site till eIF4G blockeras av 4E-BP.iten kan blockeras av o-fosforylerat 4E-BP.
- At which stage of mRNA synthesis does the cap attachment to pre-mRNA occur and which enzymes are involved in Cap formation? What are the roles of the Cap?
När mRNA transkriberas – efter 25-30 nts. Guanine methyl transferase tjohejs.
Capping enzyme med guanylyltransferas som sedan metyleras av ett metyltransferas som sitter på den fosforylerade CTD.
Skyddar Cap från 5’ exonuclease och rekrytering till ribosomen.
- Bakteriellt RNA-polymeras är ett läkemedelsmål. Förklara hur bindningsställen för tre olika antibiotika korrelerar till deras verkningsmekanism.
Rifampycin blockerar vägen steriskt för där RNA ska komma ut, max 2-3 nt lång ☹
Streptolygidin hindrar alla reaktioner av RNAP aktiva säte genom att störa bridge helix och trigger loop –> dNTPs kan inte binda in i lika stor utsträckning.
Myxopyronin blockerar initiering genom att den skapar fel transkriptionsbubbla. Binder till promotr uppströms och hindrar RNAP att linda upp DNA –> ingen bubbla!
