Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

MMM > Begrepp > Flashcards

Begrepp Flashcards

1
Q

HAT

A

Histone Acetylation Transferase

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

HP1

A

Binder till metylerat Lys och interagerar med andra HP1, vilket ger heterokromatin.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

H3K9

A

Metylerar Lys9 hos en närliggande histon.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

CTD

A

C-terminal domän hos RNAP med YSPTSPS repeats med Ser som kan fosforyleras vid övergång från initiering till elongering

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

U1, U2

A

snRNP som är invovlerade i skapandet av spliceosome

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

SR-proteiner

A

Serin-Arginin rika proteiner som känner igen sekvenser i exoner och rekryterar U1 och U2 till exon-intron övergångar.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

CPsF

A

Elongeringsfaktor associerad till TFIID som hamnar på ribosomen. Känner sedan igen AAUAAA hos mRNA och är involverad i poly-adenylering

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

CstF

A

Associerad till CTD och känner igen G/U rik region på mRNA och binder in till denna. Det leder till komplexbildande med CPSF och rekryterar cleavage factors samt PAP. Leder till klyvning av mRNA och poly-adenylering.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

s70

A

Komplex hos E. coli med sigmafaktorer. Interagerar med RNAP för att kunna binda bra till promotor.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Tap/p15

A

mRNA transportör med tre domäner. N-domän som interagerar med mRNA via Aly i EJC. Mittendomän som motsvarar NTF2 och C-domän interagerar med FG-repeats –> tar komplexet genom nukleär por.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Dbp5

A

Helikas som tar bort Tap/p15 när mRNA kommer ut ur nukleär por och motverkar att mRNA kan åka tillbaka. Brownian ratchet model.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

TAFs

A

Subenheter av TFIID som ex. kan binda till olika promotorelement.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

TBP

A

Subenhet av TFIID som binder till TATA box.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

ISWI

A

Distansierar nukleosomer till rätt avstånd för 30 nm struktur.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

SWI

A

Rullar nukleosomer för att exponera bindningsställen för transkriptionsfaktorer.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

SWR1

A

Ändrar histonkomposistion från H2A till H2A.Z (promotor binding specific) som är lättare för SWI att ta bort

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

IF1

A

Initieringsfaktor 1 som blockerar 30S subenhetens A-site. Lämnar komplex i samband med IF2.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

IF2 (två roller…)

A

Har två roller.
1) Binder till formylerade tRNAs och 30S vid närvaro av GTP, vilket selekterar fMet-tRNA över andra tRNA.
2) Promotar snabb dockning av 50S när fMet-tRNA bundits och IF3 fallit av.

Faller av i samband med att 50S dockar till 30S, genom GTP hydrolys

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

IF3

A

Initieringsfaktor 3 som ändrar 30S konformation för att få en bredare P-site –> fler tRNA kan binda in. Interagerar dessutom med GC stem hos fMet-tRNA som selekterar den över alla andra.

Blockerar 50S dockning tills fMet-tRNA binder in.

20
Q

FMT

A

Involverad i formyleringen av Met-tRNA. Det obasparade paret i toppen av tRNA är viktig för igenkänning för FMT.

21
Q

eIF4F

A

Komplex som består av eIF4E, eIF4A och eIF4G.

22
Q

eIF4E

A

Komponent i eIF4F. Binder till cap på mRNA. Affiniteten för cap ökar med fosforylering via MNKI.

Kan inhiberas av defosforylerade 4E-BP så att den inte kan binda in i eIF4F komplexet

23
Q

eIF4A

A

Komponent i eIF4F. Öppnar upp RNA för scanning efter startkodon.

24
Q

eIF4G

A

Komponent i eIF4F. Scaffolding protein som håller ihop komplexet. Kan också interagera med eIF3 för att binda till 30S initieringskomplexet.

25
Q

miRNA

A

Del av RISC. pri-miRNA hairpin loop klipps ut av Droscha/Pacha vid övergång ssRNA/dsRNA –> pre-miRNA. Via exportin 5 transporteras pre-miRNA ut till dicer som tar bort själva loopen. RNA duplex överförs till Ago men endast en sträng behålls som templat för andra RNA som ska brytas ned i cellen. När Ago hittar komplementärt (ej perfekt) RNA rekryterar den komponenter som bryter ned RNA:t.

26
Q

siRNA

A

Del av RISC, ej endogent. Helt komplementärt RNA duplex introduceras till Ago2, varav en stannar. Ago2 har nukleasaktivitet och klipper i det matchande mRNA som sedan vidare bryts ned av annat.

27
Q

RISC

A

RNA induced silencing complex

28
Q

TFIIS

A

Involverad i backtracking – räddar ett arrested komplex som backat för långt till ett fel. TFIIS stimulerar en hydrolys.

29
Q

NMD

A

Nonsense Mediated Decay. Bryter ned mRNA som har kvar EJC som inte flyttats på av ribosom på grund av pre-terminering. Brygga skapas med Upf 1 (från EJC) och Upf 2 och Upf 3 (från cytoplasma) och release factors, vilket leder till mRNA de-capping och nedbrytning från 5’ änden.

30
Q

T7 RNA Polymerase

A

Terminerar vid SECIFIK sekvens ~23 bases.

31
Q

eIF2B

A

Byter ut GDP mot GTP för eIF2. Om eIF2 är fosforylerat på Ser51 och bundet till GDP så binder det starkt till eIF2B. Utbyte från GDP till GTP går inte längre, vilket gör att fMet-tRNA inte kan levereras till 30S och ingen initiering sker.

32
Q

Kinesin 13, Kinesin 5 och dynein funktion i anafas

A

Kinesin 13: Bryter ner MT i spindle pole
Kinesin 5 går på två MT –> trycker två MT åt olika håll
Dynein sitter vid väggarna och går mot (-) (MTOC) –> drar isär spindle poles till varsin ände av cellen

33
Q

Chromosome congression

A

Kinesin 7 och dynein drar isär, tsm med katastrof, Ndc80 och Dam1.

34
Q

APC

A

Anaphase promoting complex –> som poly-Ub destruction box hos proteiner 😊

Specificitetsfaktorer:
Cdc20 –> öppna ut cohesinringar runt kromosomer för att de ska kunna separeras
Cdh1 (inaktiverat av CycE och CycD) –> förstör Cyclin B à proteosom

35
Q

M som i mitos :)

A

Profas: Kärnan disassembly + kromatin kondenseras
Metafas: Aligna kromosomer (systrar)
Anafas: Kromosomer dras isär + CycB förstörs
Telofas: All defosforylering (kärna återuppstå) + delning = Cytokinesis

36
Q

G2

A

Cdc25 fosfatas bildas efter färdig replikation –> tar bort pY15 från CDK1 –> CycA/CycB-CDK1 (MPF) aktiverat!

MPF fosforylerar MYCKET, men det viktigaste är laminer och histoner –> kärnan luckras upp + kromatin kondenseras.

37
Q

S

A

CycE leder till att replisom kan bindas runt ORI med MCM som kan aktiveras via fosforylering –> replikation.

När replikation igång –> CycE dubbelfosforyleras –> bryts ned av Ub-system

CycA, CycB och CDK1 produceras. Wee fosforyleras Y15 och CAK (CDK activating complex) aktiverar T161. CDK1 hålls inaktiverat via pY15.

38
Q

UPR

A

Unfolded protein response. Om det sker mycket veckning som tar upp mycket BiP så binder BiP inte till PERK (kinas). PERK dimeriserar då och aktiveras, vilket leder till fosforylering av eIF2 –> initiering stannar.

Transkriptionsfaktorer för aptosis-gener produceras dock, vilket gör att om PERK är aktiverat länge så kommer cellen tillslut att genomgå aptosis. (Bra om den är virusinfekterad –> inte sprida virus).

39
Q

RRE

A

Rev element. Rev binder till RRE på alternativt spliceat mRNA och exponerar då sin NES och exporteras således ut med sitt mRNA.

40
Q

G1

A

Mitogener –> transkription som gör att ex. Cyclin D skapas.

Övergång till G0: CycE-CDK2 aktiveras av Rb inhibering. pRB proteiner inhiberas via fosforylering med CDK4 och CDK5 kopplade till CycD –> inhiberingen leder till att ex. E2F frigörs. à CycE-CDK2 aktiveras.

41
Q

G0

A

Vilofas med Retinoblastoma proteins (RB) som motverkar celldelning genom att bla inhibera transkriptionsfaktorn E2F.
CDKs är alltid närvarande.

42
Q

Tyrmosin

A

Binder till G-aktin och hindrar att komma tbx.

43
Q

Sec63

A

Translokon med Sec63 drar igenom protein genom membran och Sec63 hydrolyserar BiP så att det blir BiP*ADP som binder till proteinet.

44
Q

Rpn 10, Rpn 13

A

Del av proteosomen. Känner igen Ubs på protein (hos eukaryoter).

45
Q

Rpn 11

A

Del av proteosomen. Bryter ned Ubs (hos eukaryoter).

46
Q

CCA

A

3’ ände av tRNA som binder till AS och till EF-Tu*GTP. När levererat till ribosomen och matchar hydrolyseras EF-Tu och tappar affiniteten för CCA och lämnar.

Positionerar AS i peptidyltransferas reaktionen mha rRNA så att peptidbindning kan bildas (NH2 och karbonylgrupp positioneras nära varandra –> snabb reaktion). Dessutom stabiliserar A transition state för proton shuffling.

47
Q

Rpt(1-6)

A

Del av proteosomen. Drar ner protein (utan Ubs) ner i 20S. Görs med hjälp av ATP.

MMM (2 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions