Proteïnes, ARN, ADN Flashcards
Sabent que, a nivell orientatiu hi ha 155fg de proteïna en cada cèl·lula, podriem saber amb més detall altres aspectes sobre aquestes molècules:
- Diversitat de cada classe de macromolècula; quants tipus de proteïnes tenim.
- Abundància, quin nombre de molècules hi ha de cada un dels tipus.
En què consisteix la separació per enfoc isoelètric?
Funciona pel pH. La càrrega de les proteïnes depèn del pH. Les proteïnes es queden parades on es troben en equilibri amb el seu punt isoelèctric, on la seva càrrega neta és 0.
En què consisteix la separació per mida SDS?
Com que les proteïnes estaven marcades amb S s’indica quines proteïnes es troben i en quina posició. Aquelles proteïnes amb un pes molecular més petit tenen més mobilitat que les que són més grans.
Que podem saber amb els resulats que ens donin les separacions?
En aquest gel s’han de contar les taques. Aquestes taques indiquen quantes proteïnes diferents s’estaven expresant en la cèl·lula de E. coli en aquell moment concret. Respon a la diversitat.
També podem saber l’abundància relativa tenint en compte que la intensitat radioactiva de cada taca és proporcional al nº de còpies que hi ha de la proteïna que la forma. Una altra informació que podem treure és el pes molecular promig de les proteïnes.
A partir de tècniques de proteòmica es pot veure que algunes proteïnes tenen més còpies que d’altres; algunes són molt poc abundants i d’altres extremadament abundants. Què ens indica aquesta diferència d’abundància?
La diferència d’abundància indica que la cèl·lula és capaç de regular acuradament la síntesi de cada tipus de proteïna. Aquesta regulació es dóna com a resposta entre altres coses, a les condicions ambientals o fase del cicle cel·lular, és a dir, segons necessitat.
Saps dir en quin ordre d’abundància endreçaries els tipus d’ARN que trobem a la cèl·lula?
- 81% rRNA: 48 fg / cèl·lula
- 23S: 31 fg / cèl·lula
- 16S: 16 fg / cèl·lula
- 5S: 1 fg / cèl·lula
- 15% tRNA: 8,6 fg / cèl·lula
- 4% mRNA: 2,4 fg / cèl·lula
- Altres RNAs en quantitat molt petita.
Després de calcular quantes molècules de rRNA 5S hi ha per cèl·lula, que podem deduir de manera indirecta?
De manera indirecta aquest càlcul també ens dóna el nº de ribosomes que té una cèl·lula de E. coli, ja que per formar un ribosoma es necessita una subunitat de cadascuna (per tant també hi ha d’haver el mateix nombre de molècules per cèl·lula de cada subunitat).
En un principi, ens donaria la impressió de que si els ribosomes han de reconèixer 20 aas, haurien d’existir 20 tRNAs. No obstant, podem veure que n’hi ha més de 20 gens que codifiquen per tRNA diferents. Què ens indica això?
Això ens indica que cada ribosoma té al seu abast unes 10 molècules de tRNA. Tot i que sembli que són poques (ja que hi ha 20 aas), no tots els ribosomes utilitzen el mateix aa al mateix temps.
Per què son imprescindibles els sRNA?
Perquè regulen l’expressió de determinats gens
És complicat saber quantes proteïnes hi ha codificades a l’ADN d’E. coli amb el càlcul que hem utilitzat per les proteïnes i l’ARN. Quines dues maneres tenim per saber-ho?
- Podem mirar el nº de codons start i stop (o marcs de lectura amb seqüenciació).
- Sense seqüenciació ho podem calcular a partir del pes promig de les proteïnes que té E coli
Sabem que E. coli només estava expressant un 47% del seu genoma, un cop calculat. A què correspon el 53% restant i que ens indica?
Aquest 53% restant, correspon a gens que no està expressant en aquell moment degut a les condicions ambientals. Això ens diu que E coli és un organisme molt versàtil, i que per tant es pugui adaptar a molts ambients diferents, cosa que es veu reflexada en la seva expressió genètica.
Per què és conegut Sorangium cellulosum?
És el genoma més gran. És un mixobacteri gramnegatiu que pertany al grup dels β proteobacteris. El seu genoma és de 13-14Mb. Té 9367 seqüències que codifiquen proteïnes. De totes les proteïnes que codifica, el 34,7% no s’assemblen a cap proteïna coneguda.
Per què és conegut Nasuia deltocephalinicola?
És un organisme simbiont amb àfids. El seu genoma, el més petit conegut, és de 112000 pb, que codifiquen per 137 proteïnes. És un simbiont obligat, paràsit.
Per què és conegut Ignococcus hospitalis?
És l’organisme amb el genoma més petit capaç de manera autònoma. Tanmateix, sol viure conjuntament amb l’arqueu Nanoarchaeum equitans.
Quina conclusió extraiem si representem la mida dels genomes en funció la quantitat de proteïnes codificades?
En general, a més gran sigui el genoma més proteïnes codifiquen.
