Prot Flashcards
Liste des 20 AA ?
Glycine - Gly - G Alanine - Ala - A Valine - Val - V Leucine - Leu - L Isoleucine - Ileu - I Methionine - Met - M Proline - Pro - P Phénylalanine - Phé - F Tryptophane - Trp - W
Sérine - Ser - S Thréonine - Thr - T Tyrosine - Tyr - Y Cystéine - Cys - C Glutamine - Gln - Q Asparagine - Asn - N
Ac. glutamique - Glu - E Ac. aspartique - Asp - D Lysine - Lys - K Arginine - Arg - R Histidine - His - H
Quels sont les AA apolaires (=hydrophobes) ?
Et particularités ?
(9)
- Aliphatiques (pas de chaîne aromatique):
GLYCINE : le + simple des AA. 𝜙 C* !
ALANINE
VALINE
LEUCINE : coupé par la CHYMOTRYPSINE
ISOLEUCINE
METHIONINE : donneur de Me, possède un S (qui ne fait pas de ∩);
coupé par la CHYMOTRYPSINE et BROMURE DE CYANOGÈNE.
PROLINE : ch. lat reliée à la fois au C* et NH3 - aromatiques (les e- de leurs liaisons pi captent les UV) :
PHÉNYLALANINE : cycle PHÉNYL; coupé par la CHYMOTRYPSINE
TRYPTOPHANE/W : cycle INDOL; coupé par la CHYMOTRYPSINE
Quels sont les AA polaires NEUTRES ?
Particularités de chacun ?
(6)
- à fctº alcool = peuvent être phosphorylés :
SÉRINE
THRÉONINE
TYROSINE/Y : aromatique (cycle PHÉNYL); coupé par la CHYMOTRYPSINE - fctº soufrée (-SH) :
CYSTÉINE : ∩ dissulfures; format° cystine - fctº amiDe :
GLUTAMINE/Q
ASPARAGINE/N : N-glycolysation
Quels sont les AA polaires IONISABLES ?
Particularités et pKa ?
(5)
- à fctº acide (carboxylique) = chargés NEG à pH 7 :
AC. GLUTAMIQUE/E : pKa 4,1
AC. ASPARTIQUE/D : pKa 3,9
Seront déprotonés au dessus de leur pKa (neutres si en dessous ou égal)
- à fctº basique = chargés + à pH 7 : LYSINE/K : pKa 10,5 ARGININE : pKa 12,5; fctº guanidinium Seront protonés en dessous de leur pKa (neutres si au dessus ou égal) Sont coupés par la TRYPSINE
- faiblement basique (neutre à pH 7) ET faible caractère aromatique :
HISTIDINE : pKa 6,0
Aussi protonée (dc charge +) en dessous de pH 6 (neutre au dessus)
Derrière quels AA coupent les 2 enzymes ou l’agent chimique ?
And names of course :-)
- CHYMOTRYPSINE coupe après :
Leucine, Methionine, Phénylalanine, Tryptophane et Tyrosine - TRYPSINE coupe après :
Lysine et Arginine - BROMURE DE CYANOGÈNE coupe après :
Methionine
(Les liaisons sont clivées du côté C-term…C comme Clivage)
Caractéristiques de la ∿ pep ?
8 descriptifs
PPR!
- La liaison peptidique est PLANE POLAIRE et RIGIDE
- dimensions FIXES. 3 angles Ω, Ψ et Φ
- C’est une ∿ COVALENTE par CONDENSATº d’1 COOH et d’1 NH2 (élimination d’H2O)
- dc liaison AMIDE (O=C-N) particulière (et non amine C-N)
Au sujet des 3 angles Ω, Ψ et Φ (oméga, psi et phi) :
Quelles sont leurs principales configurations et quelles ∿ forment-ils ?
L’ angle Ω: Est l’angle de torsion* autour de la ∿ C-N Configuration CIS (0°) ou TRANS (180°)-> +stable dc la + fréquente!*
Les angles Ψ et Φ : diffèrent selon les structures 2daires
psi 𝜓 entre C𝛂-COOH
phi Φ entre C𝛂-NH
Quels st les 4 types de ∿ NON covalentes (dénaturées par SDS par exemple) affectées par la présence d’H2O ds les milieux bios ?
- les ∿ de Van Der Waals (dépendent distance entre atomes et aspécifiques)
- les ∿ éléctrostatiques (ioniques, salines: entre molécules CHARGÉES)
- les ∿ H (entre molécules POLAIRES, chargées ou non)
- les ∿ hydrophobes (ex des mol trans-mb: apolaires - et hydrophobes - non capables de ∿ H, se regroupent vers l’int)
Formule pH
NB: en milieu biologique, on est avec des acides et bases faibles
pH = - log [H+] = log 1/[H+]
Constante d’équilibre Ka = [H+][A-]/ [AH] (loi d’action de masse)
pK = - log Ka
Relation pK & pH:
Équation d’HENDERSON-HASSELBALCH:
pH = pKa + log( [A-]/[AH] ) base/acide
(à la 1/2 dissociation de l’acide en base [A-]=[AH] dc pH = pKa
Quels sont les 4 formes de structure des AA ?
1) structure 1aire:
enchaînement des AA. La SÉQUENCE d’AA, déterminée par le gène, DÉTERMINE la structure TRIDIMENSIONNELLE !
2) structure 2daire:
motifs/domaines structuraux de base = HÉLICES 𝛂, FEUILLETS 𝛃 et TOURS/COUDES.
certains enchaînements spécifiques:
«hélice-coude-hélice» pr de nbeuses prot se fixant à l’ADN
«domaine immunoglobulinique» des AC = forme compacte de feuillets 𝛃.
3) structure 3tiaire : 3D
organisation interne monomérique de la prot (ou sous-unité)
4) structure quaternaire : organisation complexe de la prot multimérique (au moins dimérique)
Quelle action ont les dénaturants sur les structures des prot ?
Citer 3 agents
Les agents dénaturants, tels que l’URÉE 8M, le CHLORURE DE GUANIDINE ou le SDS, cassent les ∿ NON covalentes et démolissent la structure 3D native de la prot pour la maintenir ds sa structure 1aire :-(
Remember : perte de la structure 3D = perte de la FONCTION de la prot!
Exemple imptt d’une CONVERSION de structure (AUTO-PROPAGEABLE: d’où le titre d’«infection»): la prot PRION PrPc normale en PrPsc «scrapie» ..c’est le mystère de la «vache folle»!
Quels AA préfigurent quelles structures 2daires ?
(A)LA VAseline GLYsse comme un PRO^^
HÉLICES 𝛂
+ : Alanine
- : glycine-proline (valine)
FEUILLETS 𝛃
+ : Valine
- : alanine, glycine-proline
COUDES & TOURS (2)
+ : Glycine & Proline (..dc 2)
- : alanine, vaseline
📝 “LA Vaseline Glisse comme un Pro”
Caractéristiques des hélices ?
L’hélice 𝛂 droite est la structure 2daire la + fréquente:
N-H pointent vers le bas et C-O vers le O => ∿ H entre les H-O de chaque boucle/spirale
Structure SOUPLE et RÉPÉTITIVE. Ch. lat dirigées vers l’EXT.
Ex des motifs hélice-coude-hélice de nbeuses prot liées à l’ADN
Caractéristiques des feuillets 𝛃 ?
Feuillets 𝛃 st // ou ANTI-// (+stables)
Plus RIGIDES que les hélices. Plans et ondulés.
Domaine immunoglobulinique des AC = compact de feuillets β
Caractéristiques des COUDES/TOURS et BOUCLES ?
Sont des structures NON RÉGULIÈRES et NON RÉPÉTITIVES qui permettent des connections de structures 2daires.
Les TOURS/COUDES ne possèdent que qq résidus (stabilisés par 1~ H), tandis que les BOUCLES en ont jusqu’à une 20taine (tendance à se fixer à l’ext des prot et engager des ~H avec l’eau environnante).
Exemple des hélice-coude-hélice (motif retrouvé chez des prot se fixant à l’ADN) ou feuillets 𝛃 anti-// reliés par des boucles (domaines Ig des AC)
3 types de chromatographies ?
• échangeuse d’ions:
billes CHARGÉES + ou - interagissent avec les prot. celles neutres sortent ds les premières fractions d’élution puis tampon dont la charge est de + en + imptte permet de décrocher en premier les charges FAIBLES.
• filtration sur gel:
billes POREUSES séparent les prot. selon leur taille (PM) en piégeant les + petites. Les + GROSSES sortent first car ne st pas retardées.
• chrom. d’affinité:
billes avec un SUBSTRAT ligand fixé de façon COVALENTE pr une ADSORPTION SPÉCIFIQUE avec la prot d’intérêt. Puis élution par un tampon de charge ionique croissante afin de lever les interactions
Poly-Acrylamide Gel Electrophoresis (PAGE) au SDS (Sodium Docétyl Sulfate)
Mono et bi-dimensionnelle
SDS => agent dénaturant (rompt les ~ NON cov; dc perte de confirmation de la prot) et leur donne une charge NEG.
Les prot seront donc attirées de la cathode (chargée -) en haut vers l’anode (+) en bas, selon leur taille: les PETITES migrent +vite et loin.
/!\ β-mercapto-éthanol = agent réducteur coupant les ponts S-S (~ COV réversibles)
Dalton (Da) = unité de masse (1 atome H pèse 1Da)
L’electrophorèse BI-dimensionnelle sépare en 1er lieu les prot selon leur PI grâce à un gdt pH (elles s’ARRETENT lorsque leur charge globale est NULLE et dc lorsque pH = PI).
Puis la 2de dimension est une SDS-PAGE (PM)
9 AA essentiels (non synthétisés par l’homme) ?
Valine Leucine Isoleucine Methionine Phenylalanine Tryptophane Thréonine Histidine Lysine
3 AA à ch. lat. aromatique
Phenylalanine tyrosine (cycle phenyl) et tryptophane (cycle indol)
contiennent des électrons π délocalisés. Ils absorbent fortement ds l’UV: permet de doser les prot en solution.
Quelles sont les deux molécules que contient chaque monomère d’actine G ?
1 ATP et 1 Ca2+ (intervient ds la polymérisation)
Sous quelle forme se trouve les AA à l’état naturel ?
L-AA
..car ils sont nécessaires pr la life 🙂
QCM 2012: concernant la prot Prion:
A) c’est une prot allostérique
B) la prot prion infectieuse a une séquence en AA différente de celle de la prot prion normale
C) la prot prion infectieuse contient bcp + d’hélices α
D) (la même) est le résultat d’une mutation ponctuelle ds le gène correspondant
E) la conversion de la forme normale à infectieuse est facilitée par la forme infectieuse de la prot.
E!
