Prokaryot replikation Flashcards
Vilka 3 steg kan replikationen delas in i?
Initiering, elongering och terminering
Vad innebär det att replikationen sker bidirektionellt och semikonservativt?
Bidirektionellt innebär att replikationen sker åt båda hållen samtidigt (alltså på båda strängarna), och semikonservativt innebär att en gammal och en ny sträng bildar en ny helix
Hur sätts nya nukleotider på, och vad händer kemiskt?
Ny nukleotid sätts samman vid hydroxylgruppen till nästa nukleotids trifosfat (esterbinding skapas). Pyrofosfat spjälkas (kvar blir monofosfat), vilket ger energi som krävs för att reaktionen ska kunna ske.
Hur stora är Okazaki-fragmenten i prokaryoter?
Ca 2000 nt
Vilka proteiner/enzymer behövs vid replikationsgaffeln? (7)
Topoisomeraser, Helikas, Primas, DNA polymeras III, DNA polymeras I, DNA ligas, SSB
Vilken huvudsakliga funktion har DNA polymeras III?
Att syntetisera nytt DNA genom att sätta dit en ny nt på hydroxylgruppen i 3’ i slutet av DNA-kedjan. Vid varje ditsättning av nt känner polymeraset av om det är rätt, och inte förrän den känner att det är det sker konformstionsförändringen som krävs för att syntetiseringen ska fortlöpa.
Kan DNA polymeras III binda in direkt till DNA?
Nej, det kräver en primer
Vilken annan funktion har DNA-polymeraset?
Proof reading. Exonukleas-aktivitet, där den korrekturläser 3’->5’. Om nt inte passar kommer polymeraset känna det, och kan då backa och plocka bort den felaktiga nt
Vad är en sliding-clamp?
Polymersaet binder inte jättebra till DNA’t, och sliding-clamp förhindrar polymeraset från att trilla av. Clampen formar en ring runt DNA’t, och håller fast polymeraset.
Vad krävs för att sliding-clamp ska laddas på DNA’t?
En clampladdare
Vilken huvudsaklig uppgift har topoisomeras?
Sitter framför replikationsgaffeln och tar bort tension/twisting, dvs det relaxar DNA’t
Vilken huvudsaklig uppgift har helikas?
Öppna den dubbelsträngade DNA-helixen
Hur är helikaset uppbyggt, och var sätter det sig? Krävs energi?
Består av 6 identiska proteiner som bildar en hexamer. Sätter sig runt lagging strand. Kräver ATP för att kunna förflytta sig (och öppna helixen)
Vad är primasets uppgift?
Syntetiserar primers i form av RNA, vilket krävs för att DNA polymeras ska kunna binda in och syntetisera
Vad har DNA polymeras I för uppgift?
Göra om det RNA som primaset bildar till DNA
Vad gör DNA ligas?
Ligerar Okazaki-fragment med DNA från primers (som DNA polymeras I gjort om) till en kontinuerlig strand
Vad står SSB för och vad gör det?
Single-stranded DNA binding protein. Binder till ssDNA (ffa på lagging strand) för att förhindra att det basparar med sig själv och bildar sekundärstrukturer. Kräver ATP för att binda
Hur initieras replikationen?
Initieringsproteiner binder in till specifik sekvens som kallas “Replikationsorigin”. Då initierinsgproteinet binder till origin sker smältning av AT-rik region i närheten, vilket bildar en replikationsbubbla.
Hur termineras replikationen i prolaryoter?
Då replikationsgafflarna möts återfinns ett Ter-site, som blockerar replikationsgaffel från att fortsätta framåt. Det finns sedan ett särskilt topoisomeras som har som uppgift att gå in och sära på de två dottermolekylerna efter replikering.
