Prokaryot replikation

Question 1

Vilka 3 steg kan replikationen delas in i?

Answer 1

Initiering, elongering och terminering

Question 2

Vad innebär det att replikationen sker bidirektionellt och semikonservativt?

Answer 2

Bidirektionellt innebär att replikationen sker åt båda hållen samtidigt (alltså på båda strängarna), och semikonservativt innebär att en gammal och en ny sträng bildar en ny helix

Question 3

Hur sätts nya nukleotider på, och vad händer kemiskt?

Answer 3

Ny nukleotid sätts samman vid hydroxylgruppen till nästa nukleotids trifosfat (esterbinding skapas). Pyrofosfat spjälkas (kvar blir monofosfat), vilket ger energi som krävs för att reaktionen ska kunna ske.

Question 4

Hur stora är Okazaki-fragmenten i prokaryoter?

Answer 4

Ca 2000 nt

Question 5

Vilka proteiner/enzymer behövs vid replikationsgaffeln? (7)

Answer 5

Topoisomeraser, Helikas, Primas, DNA polymeras III, DNA polymeras I, DNA ligas, SSB

Question 6

Vilken huvudsakliga funktion har DNA polymeras III?

Answer 6

Att syntetisera nytt DNA genom att sätta dit en ny nt på hydroxylgruppen i 3’ i slutet av DNA-kedjan. Vid varje ditsättning av nt känner polymeraset av om det är rätt, och inte förrän den känner att det är det sker konformstionsförändringen som krävs för att syntetiseringen ska fortlöpa.

Question 7

Kan DNA polymeras III binda in direkt till DNA?

Answer 7

Nej, det kräver en primer

Question 8

Vilken annan funktion har DNA-polymeraset?

Answer 8

Proof reading. Exonukleas-aktivitet, där den korrekturläser 3’->5’. Om nt inte passar kommer polymeraset känna det, och kan då backa och plocka bort den felaktiga nt

Question 9

Vad är en sliding-clamp?

Answer 9

Polymersaet binder inte jättebra till DNA’t, och sliding-clamp förhindrar polymeraset från att trilla av. Clampen formar en ring runt DNA’t, och håller fast polymeraset.

Question 10

Vad krävs för att sliding-clamp ska laddas på DNA’t?

Answer 10

En clampladdare

Question 11

Vilken huvudsaklig uppgift har topoisomeras?

Answer 11

Sitter framför replikationsgaffeln och tar bort tension/twisting, dvs det relaxar DNA’t

Question 12

Vilken huvudsaklig uppgift har helikas?

Answer 12

Öppna den dubbelsträngade DNA-helixen

Question 13

Hur är helikaset uppbyggt, och var sätter det sig? Krävs energi?

Answer 13

Består av 6 identiska proteiner som bildar en hexamer. Sätter sig runt lagging strand. Kräver ATP för att kunna förflytta sig (och öppna helixen)

Question 14

Vad är primasets uppgift?

Answer 14

Syntetiserar primers i form av RNA, vilket krävs för att DNA polymeras ska kunna binda in och syntetisera

Question 15

Vad har DNA polymeras I för uppgift?

Answer 15

Göra om det RNA som primaset bildar till DNA

Question 16

Vad gör DNA ligas?

Answer 16

Ligerar Okazaki-fragment med DNA från primers (som DNA polymeras I gjort om) till en kontinuerlig strand

Question 17

Vad står SSB för och vad gör det?

Answer 17

Single-stranded DNA binding protein. Binder till ssDNA (ffa på lagging strand) för att förhindra att det basparar med sig själv och bildar sekundärstrukturer. Kräver ATP för att binda

Question 18

Hur initieras replikationen?

Answer 18

Initieringsproteiner binder in till specifik sekvens som kallas “Replikationsorigin”. Då initierinsgproteinet binder till origin sker smältning av AT-rik region i närheten, vilket bildar en replikationsbubbla.

Question 19

Hur termineras replikationen i prolaryoter?

Answer 19

Då replikationsgafflarna möts återfinns ett Ter-site, som blockerar replikationsgaffel från att fortsätta framåt. Det finns sedan ett särskilt topoisomeras som har som uppgift att gå in och sära på de två dottermolekylerna efter replikering.