Parcial 1 Flashcards
Incluye ADN, ciencias omicas, secuenciación, cromosomas y proyecto de genoma humano.
El PGH sento…
Sento las bases de la genética.
Cual fue el metodo de secuenciacion del proyecto del genoma humano? El control de calidad?
Secuenciación de Sanger. Se usaban fragmentos con una lognitud de promedio de 543 pb, especifidad de 99.5% y se verificaba por contaminación de E.coli o ADN mitocondrial.
Donde se obtuvieron las librerías para el proyecto del genoma humano?
- Celera genomics (fondos privados): 16 librerías.
- Human genome proyect (fondos públicos): librerías BAC.
Que sucedio en 1903?
Se observaron los primeros cromosomas homologos
Que sucedio en 1999? PGH
Se secuencia el primer cromosoma (22) humano completo
Como se unen entre sí los nucleotidos? Que libera la unión?
Por un enlaces fosfodiester. Libera un H2O –> hidrofilico.
Por que el cromosoma Y es más suceptible a mutaciones?
Por que pasa por más divisiones
Que es FISH? En que consite?
Fluorescence in situ hybridization. Se prepara una sonda marcada con fluorsencia que se hibrida con el fragmento a evaluar.
Como funciona la secuenciación por síntesis de PCR en emulsión por ion torrent?
Cuando se añade el nucleótido correcto, se libera un proton que cambia el pH.
Cual tipo de NGS no tiene un proceso de tagmentación?
Sanger automatizado
Cual es el modelo evolutivo de los cromosomas sexuales?
Derivan de un par de cromsomas autosómicos que tienen un región que determina el género pero cuya recombinación es suprimida.
Por que el Y no se recombina?
Porque supuestamente se invertio lo que resulto en que no tenga un cromosoma homologo.
Cuales son los pasos de un PCR en emulsión ion torrent?
- En un microreactor, los fragmentos se colocan en las secuencias complementarias en las perlas.
- Pol hace copias
- Se rompe microreactor, perla se coloca en 1 pozo de Ion Torrent
- Secuenciación por sintesis
- Se produce un cambio de pH
- Ion torrent detecta ste cambio y envia un voltaje indicativo del nucleotido mandado
Que son las isalas CpG?
Son áreas ricas CG no metiladas que se asocian a regiones promotoras de genes.
En donde se puede dar la mutación de los cromosomas sexuales?
En los nucleotidos, cromosomas y mitosis. Depende de la edad y género.
Cuales son las 3 variantes de cadena del ADN y sus descripciones básicas?
- A: ADN deshidratado (in vitro). Gira a la derecha. 11 pb.
- B: ADN cromosomico. Gira a la derecha. 10 pb.
- Z: ADN con pb alteradas –> más repeticiones de CG. Gira a la izquierda. 12pb.
Que es cobertura?
Es el número de lecturas que completan la secuencia de referencia. Extense.
Cual es la función del ARN? Donde esta dentro de una célula? En que células esta?
Sirve para transferir la información del ADN.
Se observa en el núcleo, mitcondria y citoplasma.
Esta presente en procariotas, eurcariotas y virus.
La MSY del cromosoma Y se divide en zonas. Cuales son?
- X transposed: derivan del cromosoma X.
- X Degenerated: deirvan del cromosoma ausómico del que derivan X/Y.
- Aplicon: secuencias palindromicas.
Se dice que PCR en emulsión ion torrent tiene la misma confiabilidad que?
Solexa
Se dice que la evolución de ADN ligado al género es influenciado por los mismos procesos que los autosomas. Cuales son estos?
Mutación, selección y recombinación.
En la 4ta etapa del proyecto del genoma humano, que se busco identificar?
- Posiciones de los genes dentro de cromosoma
- Islas CpG
- Elementos repetitivos
Cuales son los pasos de la 454 pirosecuenciación SOLID Roche?
- En un microreactor, se colocan los fragmentos de ADN en las secuencias complementarias en las perlas.
- Pol hace copias.
- Se rompen las burbujas
- Se coloca la perla en un micropozo de chip que contiene primer y ADN pol.
- Secuenciación por sintesis
- Cantidad de luz se documenta en una gráfica de picos
De donde se obtuvieran las muestras para el proyecto del genoma humano? Como se seleccionaron?
De semen y sangre de voluntarios. Se colonaron y en base a su calidad, se eligieron.
Todas las NGS inician igual. Cual es este inicio?
- ADN es extraído y desnaturalizada = librería
- Este se fragmenta con transposas
- Se le añaden adaptadores en ambos extremos con la ligasa
Que sucedio en 1909-1911 ?
Se descubrio el entrecruzamiento
Cuales son los tipos de histonas? Como se unen para formar una histona?
Dimero + dimero = tertamero + tetramero = octamero
-H2: H2A y H2A = dimero
- H3 y H4 = dimero
El grupo F corresponde a cuales cromosmas? Cual es su tamaño? Posición de centromero?
19 y 20 cr. Pequeñitos. Son metacentricos.
El grupo G corresponde a cuales cromosmas? Cual es su tamaño? Posición de centromero?
21, 22 y Y. Son minis. Son arcocentricos. 21 y 22 tienen satelities.
Que sucedio en 1985?
PCR
Cuales son las características principales de los cromosomas sexuales?
- Son cambiantes tras la evolución.
- Se organizan y tienen contenido diferentes a los autosomas.
- Tienen zonas con proteínas específicas para testículos.
- Labilidad dependiente de presencia de cromosomas heterogameticos (idiopaticos).
Que debe de contener un tubo para la PCR de Sanger?
Librería, nucleotidos, ADN polimerasa y ddNTPs marcados con radiación
Cual fue la 3ra etapa del proyecto de genoma humano?
Predicción y antoación de genes.
Que sucedio en 1988?
Planeación del proyecto del genoma humano
Cuales son los prinicpales componentes del núcleo y sus descripciones básicas?
- Cromatina: ADN y proteínas asociadas
- Nucleoelo: ARNr
- Envoltura nuclear: bicapa lípidica.
- Nucleoplasma: medio interno del núcleo.
Cual es la diferencia entre un dNTP y un ddNTP? Que provoca?
dNTP tiene grupo OH en 3’ mientras ddNTP (didesoxinucleótidos) tiene H en 3’ = no se puede unir otro nucleotido = termina la cadena aleatoriamente.
Se cree que ? es igual al autosoma original y ? ha perdido genes.
Se cree que X es igual al autosoma original y Y ha perdido genes.
El grupo E corresponde a cuales cromosmas? Cual es su tamaño? Posición de centromero?
16-18 cr. Pequeños. 16 es metacentricos y 17 y 18 son submetacentrico.
Como funciona la secuenciación por síntesis en la pirosecuenciación?
- Si se añade el nucleótido correcto –> liberación de pirofosfato 2. El pirofosfato + ATP sulfurilasa + adenosin 5-P = ATP + Sulfato
- El ATP + luciferina + O + luciferasa = destello de luz.
Que es el transcriptomica?
Es el estudio de la expresión génica. En tiempo y tejido específico.
En 1880 que se observo?
Se observaron los primeros cromosomas a nivel histologico.
Cuales son los niveles de compactación del ADN?
- ADN double stranded
- Nucleosoma 1nm
- Hebra de 10nm
- Fibra solenoide 30 nm (fomra cromosomas)
- Bucles de solenoide 300nm
- Fibra de 700nm
- Cromosma 1,400 nm
Cuales son los tipos de ácidos nucleicos?
ADN, ARN y mitocondrial
El grupo D corresponde a cuales cromosmas? Cual es su tamaño? Posición de centromero?
13-15 cr. Medianos. Son arcocentricos con satelites.
Que son los expressed sequence tags (ESTs)?
Peuqeños fragemtnos de ADNc (sintetizados por ARNm) que representan una parte de un gen activo.
Que es el genoma?
Es el conjunto de pares bases contenidas en el ADN de un organismo.
Que sucedio en 2000? PGH
Publicación de primera versión incompleta del genoma humano
Que es un cluster de genes?
Es un grupo de 2 o más genes encontrados dentro del ADN, en una distancia de 1,000 pb, de un organismo que codifica para proteínas similares con una función generalizada.
Quienes supervisaron el proyecto de genoma humano?
- NIH
- US Energy department
- Varios países; multinacional
Que tipo de secuenciación permite los NGS?
Paralela y masiva. Secuenciación por hibridación.
Donde se consiguieron las librerías utilizadas en el genoma de proyecto humano?
Se aislo el ADN, y a traves de BAC, se almaceno el ADN de 100k-200k pb y se pudo clonar.
Cual fue la predicción inicial del genoma? Cuantos resultaron ser?
Inicial fue 142k. Vieron 30k-40k. Realmmente son 23k.
Cuales son las principales regiones del cromosoma Y?
- PAR: PAR1 y PAr2 son las únicas regiones con recombinación.
- MSY: male specific region. Conservado.
Que es la metabolomica?
Es el estudio de los metabolitos. Permite determinar cambios en respuesta a una variación genética, física o patológica.
Cual fue la 6ta etapa del proyecto de genoma humano?
Examinación a nivel genoma completo de las variaciones.
Que permite la técnica de identificación por bandeo?
Permite identificar cromosomas homologos ya que identifica bandas y los homologos tienen las mismas bandas.
Que es la epigenomica? Que estudia?
Estudio de los cambios epigenéticos en una célula. Estudia la
-Regulación de la expresión mediante plegamiento del ADN: metilación de nucléotidos o histonas (+acetilaciones)
Programación fetal: desnutrición u obesidad pueden provocar cambios en el genoma del bb.
Los cromosomas se puede clasificar por tamaño. En cuantos grupos se clasifican?
- A-G
Cuales ténicas de identfiicación por bandeo utilzian colaración por Giemsa?
Bandas G, bandas C, bandas T y bandas R
Cuales son los pasos de solexa/ilumina?
- Adición de adaptador a célula de flujo
- Los fragmentos se adhieren a los adaptadores en los pozos (1x1)
- Se añaden primers, la polimerasa copia el ADN en los puentes, creando varias copias (clusters) de cada fragmento.
- Un primer específico se añade a la cadena de ADN en el cluster.
- Se añaden nucleótidos marcados con fluoresencia que emiten un color diferente dependiendo de cual sean.
- Un láser detecta el color emitido
- Software reconsturye la secuencia de ADN.
En que cálculos se baso la predicción incial del genoma?
- Expressed Sequence Tags (ESTs)
- Islas CpG: 30k-40k. El inicio de un gen.
Permiten identificar y mapear genes.
Donde y cuando fue publicado el proyecto del genoma humano?
Fue publicado en Nature y Sciene 2001. Tenía una precisión de 99.99%.
Cuales son las características principales de secuenciación automatizada?
Amplifica 96 muestras de fragmentos de 30k-60k, es precisa, lenta y costosa. Mejores resultados.
Cuales son los tipos de bases nitrogenadas?
- Pirimidina: 1 anillo. C y T.
- Purina: 2 anillos. A y G.
El grupo B corresponde a cuales cromosmas? Cual es su tamaño? Posición de centromero?
4 y 5 cr. Grandes. Son submetacentricos.
Como se identifica la banda G?
- se somete a tripsina
- Se tiñe con Giemsa
- G son oscuras y G- son claras
Cual fue la 1ra etapa del proyecto de genoma humano?
Obtención de muestra biologica y metodo de secuenciación
De que esta compuesto un nucleosido? El enlace?
Base nitrogenada unido a una pentosa por un enlace N-glucosidico. Se unen C1’ - N1 o N9.
Como se identifica la banda C?
- Se coloca solución de hidróxido bárico
- Se tiñe con Giemsa
- Regiones con heterocromatina constitutiva se tiñe densamente = cromosomas
Cuales NGS usan microreactores y secuenciación por sintesis?
Pirosecuenciación y PCR en emulsión ion torrent
Que es la secuenciación masiva?
Es la secuenciación de todo el genoma.
Para que sirve H1?
Para unir los nucleosomas entre si
Que es la proteomica? Que estudia?
Es el estudio de la estructura y función de las proteínas. Incluye modificaciones postraduccionales, identificación de proteínas en muestras biológicas, comparación de perfiles proteicas, interacciones proteicas, expresión en tiempo y tejido específco, medicina como biomarcadores.
Cuales son las bases nitrogenadas? Como se unen entre sí?
Se unen entre sí por puentes H (hidrofobico).
- Citosina-Guanina: 3 puentes.
- Adenina-Timina: 2 puentes.
Cuales son las aplicaciones de la secuenciación?
Permite observar:
- Detalles de las secuencias reguladoras de distintos genes
- Composición de codones de los genes.
- Distribución de sitios de reconocimiento para enzimas de restricción
Cuales son los pasos de la secuenciación de Sanger?
- ADN se extrae y se desnaturaliza = librería
- Se fija con un primer
- Se realizan 4 PCRs en 4 tubos.
- PCR genera fragmentos de distintas longitudes
- Fragmentos se dipsonen en un gel de poliacrilamida
- Copias se separan por tamaño por un marcador de peso molecular.
Un nucleosoma esta conformado por?
Histonas y ADN
En la 4ta etapa del proyecto del genoma humano, que se hizo para identificar las posiciones de los genes en los cromosomas?
- Mapeo Citogenetico: mediante tinción y análisis microscópico. Se obervaron bandas.
- Mapeo de ligamiento: se baso en como se heredan juntos los cromosomas durante la recombinación. Precisión y resolución. Genético.
Que nos deja saber que un fragmento de ADN este hasta abajo en un gel de poliacrilamida?
Va a ser el primer nucleotido de la secuencia. Tiene el menor peso entonces puede llegar hasta abajo.
Cuales son los pasos de secuenciación automatizada?
- Mismo clásico pero ddNTPs con fluorescencia
- Fragmentos se separan por tamaño utilizando electroforesis capilar (tubo)
- Rayo de luz detecta la longitud de onda de flourescencia emitida.
- Software reconsturye la secuencia de ADN.
Que sucedio en 1944?
El descrubimiento de ADN como material genetica.
Cuales son las principales características de secuenciación por pirosecuenciación?
Secuencia fragmentos de 200-400pb, es rápida y cuantitativa.
Que sucedio en 1990? PGH
Fue el incio del proyecto genoma humano. Su objetivo era mapear y comprender todos los genes humanos. Estimaron 15 años.
Que es la nutrigenomica?
Es el estudio de la respuesta del genoma humano a la dieta y su efecto en la salud y la enfermedad.
Que es la secuenciación?
Es un método bioquímico que determina el orden de los nucleótidos en el ADN.
El ADN procariota incluye
El cromosoma circular y posible plásmido
Cual fue la 4ta etapa del proyecto de genoma humano?
Estructura del genoma
Cuales son los métodos de 2da generación de secuenciación / Next Generation Sequencing (NGS)?
Sanger automatizado, 454 pirosecuenciación, solexa/ilumina, PCR en emulsión ion torrent, secuencación de una sola molécula en tiempo real (SMRT).
Por que se eligio a drosophila melanogaster?
Por que solo tiene 1 días de desarrollo, es pequeño y de bajo mantenimeinto
La rgeion XAR del cromosma X incluye que zonas?
- PAR: única zona que hace recombinación con el Y (menos de 5%)
- S2-S5: regiones específicas de genero.
Cuales son los objetivos de el proyecto de genoma humano?
- Conocer, caracterizar y clasificar los genes.
- Determinar la secuencia de los nucleotidos.
-Organizar y alamacenar la información en bases de datos - Desarrollar tecnologías de secuenciación rápidas y efectivas.
- Desarrollar herramientas analiticas de información rapidas y precisas.
- Establecer leyes peticas y legales con respecto al uso de datos obtenidos.
Como se identifica la banda R o Q negativa?
Es el bandeo inverso a G
1. Regiones ricas en A-T se desnaturalizan con calor y sal
2. Regiones G-C se tiñen con Giemsa o cromocina
3. G- se tiñe negro y G se tiñe claro
4.
Cuales son los componentes de un ácido nucleico? Y sus descripciones básicas
- Base nitrogenada: carbono + nitrogeno.
- Pentosa: carbohidrato de 5 carbonos.
- Grupo fosfato: carga negativa.
Cuales son los tipos de pentosa? Que los diferencia?
- Ribosa: ARN. Presenta un OH en el C2.
- Desoxirribosa: ADN. Presenta un H en el C2.
De que esta compuesto un nucleotido? Como se encuentra el fosfato?
Fosfato + nucleosido.
- Monofosfato: ADN.
- Trifosfato: libre.
Que sucedio en 1911?
Se empezo el mapeo de genes
Que es una biblioteca?
La representación de todo el ADN genómico de un organismo. Incluye codificantes y no codificantes por igual.
En 1970, los cormosmas se clasificaron en base a ?
Tamaño y posición del centromero
El grupo A corresponde a cuales cromosmas? Cual es su tamaño? Posición de centromero?
1-3 cr. Muy grandes. 1 y 3 son metacentricos y 2 submetacentrico.
En donde se pueden encontar ADN?
Nucleo, mitocondria y cloroplastos.
Para que sirve FISH?
Permite el pintado de cromosomas (–> cariotipo color), centromeros, regiones telomericas y subtelomericas y delecciones cromosmicas.
La región XCR del cromosoma X incluye que zonas?
S5: region específica de genero.
Cual fue la 5ta etapa del proyecto de genoma humano?
Evolución del genoma
Que es la burbuja o microreactor?
Es una emulsión de agua en aceite
Cuales son los tipos de ADN?
Eucariota y procariota
Que le da su estructura helicoidal al ADN?
Las bases nitrogenadas y sus puentes de H
La mayoría de cromosomas tienen que posición de centromero?
Submetacentrico. El brazo p (arriba) siempre es un poco más pequeño que el brazo Q (abajo).
Sin mutaciones, como se hereda MSY?
Completamente integro por el linaje paterno
El grupo C corresponde a cuales cromosmas? Cual es su tamaño? Posición de centromero?
6-12 y X cr. Medianos. Son submetacentricos.
Que es la profunidad?
Es el número de veces que se repite pb en un mismo lugar. Confirma su ubicación.
Como se identifica la banda T?
- Tratamiento con temperaturas
- Tinción con Giemsa
- Identfiica bandas cercas a los telómeros
Cual fue la 2da etapa del proyecto de genoma humano?
Estrategia y caracterización del ensamblaje del genoma.
Porque el núcleo es indispensable para la vida celular?
Rige su diferenciación
Que es la recombinación genética?
Es el intercambio de segmentos entre cromosmas homólogos.
Cuales son los métodos de secuenciación de 1ra generacióny sus descripciones básicas?
- Enzimas de restricción: utiliza enzimas para cortar ADN en lugares específicos y conocidos.
- Sanger: 1977. Es la replicación de un fragmento (50-300 Nt) de ADN sencillo con ayuda de ADN polimerasa.
Cuales son las posiciones del centromero que hay?
- Telocéntrico: solo hay un brazo.
- Arcocéntrico: 1 brazo es mucho más péqueño que el otro.
- Submetacéntrico: un brazo es un poco más pequeño que el otro.
- Metacentrico: centrado.
Cuales son las características principales de Solexa / Ilumina?
Es un cluster PCR que permite leer grandes cantidades de ADN de manera rápida y precisa.
En la gráfica de resultados de pirosecuenciación, va haber un pico más grande de luz si es que hay …?
2 mismos nucleotidos seguidos. La amplitud del pico indica cual de los 4 nucleotidos es.
Como se identifica la banda Q?
- Se tiñe con fluorescencia (quinacrina)
- Se une a regiones ricas en A - T
- Luz ultravioleta
No utilizada mucho
Cuales son los cromosomas heterogameticos de los humanos? Y de las aves, reptiles, etc?
- Hombres: XY.
- Aves, reptiles, etc hembras: ZW.
Cual fue la 7ma etapa del proyecto de genoma humano?
Predicción
Como se ensamblo el genoma en el proyecto del genoma humano?
Se compararon fragamentos de las librerías, buscando fragmentos que se sobreponen por más de 40pb y tuvieron menos de 6% de diferencia.
Cual es la meta de las ciencias omicas?
Ser una medicina predictiva y personalizada.
Que sucedio en la década de 1990? PGH
Se desarrollar tecnologías de secuenciación del ADN y bioinformática. Accelero.
Cuales son las principales regiones del cromosoma X?
- XCR: region conservada del autosoma. Abajo.
- XAR: region que se ha agregado a través del tiempo. Impide la recombinación. Arriba.
Cual es la función de los histonas?
El ADN se envuelve alrededor de ellos para compactarse.
Que es la genomica?
Es el estudio del genoma. El humano tiene 3,000 millones de nucleotidos, 23,000 genes y 23 cromsomas.
Que es el proyecto de genoma humano? Caunto duro?
Proyecto que logro secuenciar 5% del genoma del drosophila melanogaster en 1900-2003.
El ADN eucariota incluye
23 pares de cromosomas
Que son las ciencias omicas?
Son el estudio de las moléculas implicadas en el funcionamiento del organismo.
Que sucedio en 1953?
Se descrubio la estructura del ADN
Cual % de elementos repetitivos compone el genoma? Cual cromosma tiene más? %?
35% del genoma. El cr19 tiene 57%
Que mapa te permite elaborar mapas físicos?
El mapa citogenetico
Cual fue la técnica de aislamiento de fragmentos de ADN
BAC
Cuales son los pasos principales de la síntesis de ADN?
- Transcripción: ADN –> ARNm.
- Procesamiento: modificaciones postraduccionales.
- Traducción: ARNm –> proteína.
