organización ADN bacteriano

Question 1

LK/ Linking Number/ número de enlace

Answer 1

corresponde al número de veces que una hebra de la dóble hélice pasa sobre la otra (que una cadena se cruza con la otra)
Lk= Tw + Wr
- Tw: número de vueltas de la dóble hélice: Nucleótidos/10
- Wr: veces en las que la dóble hélice se cruza sobre sí misma. si se encuentra en estado relajado = 0
- es constante a menos que se rompa

Question 2

diferencia entre ADN plectonémico y toroidal

Answer 2

• en el plectonémico se enrrolla sobre sí mismo
• en el toroidal sobre proteinas o histonas

Question 3

dominios del cromosoma

Answer 3

• region de origen: ori
• region de terminación: ter
• Rigth y Left que estan bastante organizados. se localizan en los polos
• NS-Right y NS-Left: menos organizados

Question 4

características del nicleoide

Answer 4

• organizado y dinámico
• no esta rodeado por membrana pero está separado del resto gracias al molecular crowding y a sus propiedades bioquímicas:
  _ -superenrrollamiento negativo que le da energía
  _ proteinas asociadas al nucleoide que forman macrodominios y ARN

Question 5

tipos de topoisomerasas

Answer 5

• ADN girasa: hacer superenrrollamiento negativo
• Topoisomerasa 1, 3 y 4: deshace el negativo
• girasa inversa: hace superenrrollamiento positivo: lo tienen archaeas termófilas que necesitan que el enrrollamiento sea positivo para ser estable

Question 6

proteinas asociadas al nucleoide

Answer 6

• Hu
  -IHF
• H-NS
• Fis
• Dps

Question 7

Hu

Answer 7

bending, crunching y stiffening: curva de ADN, agrupan y endurecen

Question 8

IHF

Answer 8

bending: solod obla

Question 9

H-NS

Answer 9

Stiffening y bridging: compazta y acerca regiones formando puentes

Question 10

Fis

Answer 10

bending y brindging: doblan y forman puente
- solo aparece en las fases de crecimiento y en las fases estacionarias prácticamente no hay

Question 11

Dps

Answer 11

Wrapping: lo envuelve y lo compacta mucho
solo esta en fases de reposos

Question 12

histonas bacterianas

Answer 12

• suele decirse que las bacterias no tienen histonas pero se han encontrado algunas como la Bdellovibrio bacteriovorus y
  Leptospira interrogans que si que tienen
• las archaeas tienen también porteinas similares a las histonas
• las histonas bacterianas no enorllan el ADN sobre si mismas sino que lo que hacen es unirse a un extremo y lo recubren

Question 13

proteinas que forman macrodominios

Answer 13

• forman parte de la familia SMC: complejos de mantenimiento estructural del cromosoma
• tenemos el complejo Muk-BEF: primero Muk-b que tiene un gran dominio coiled-coil y forma dímeros com Muk E y F
• ahora esta se une al ADN y va formando loops por hidrólisis de ATP hasta que se encuentra con MatP
• MatP esta en el dominio terminal donde está unido a MatS, secuencia repetida 23 veces

Question 14

cromosomas lineales

Answer 14

• En streptomyces
• se replican bien pero el problema que al ser lineal tiene extremos qeu serán inestables y fáciles de degradar
• tendrán su versión de telómeros en los que hay secuencias repetidas
• además hay una polaridad, en el centro = cole se localizan los genes esenciales y los menos importantes están en los brazos

Question 15

replicacion del ADN bacteriano

Answer 15

• primero se une la proteina ADN-A: esta se une a las secuencias de iniciación y genera desnaturalización de una pequeña parte del ADN, necesitamos energía para hacer esto
• tras esto se unirá el primosoma; ADN-b, ADN-C
• ADN-B: es una helicasa que seguirá abriendo la hebra
• ADN-G: es una primasa que sintetizará los primers a partir de los cuales empieza a sintetizar la ADN pol III
• tendremos topoisomerasas para disminuir las tensiones del superenrrollamiento negativo
• ahora ya se puede unir la ADN pol III

Question 16

ADN pol III

Answer 16

• tiene una región: CORE que es un trímero: αεθ que son los que se van a encargar de la síntesis, ε tiene actividad profreading
• además de esto tenbien tiene un dímero formado por B2 que formará el clamp. este se desliza por el ADN y esta unido al CORE evitando que se separe
• en la hebra retrasa tenemos el problema de la replicación se hace a cachos, fragmentos de Okazaki. aqui la clamp no podría pasar por lo que tenemos la CLC (Core Leader Complex) este pasa la clamp de un fragmento a otro
• en cada CLC se añaden 3 CORE: esto lo hace la subunidad τ del CLC
• la hebra de ADN que queda de forma sencilla es muy debil por lo que hay que protegerla mediante la proteina SSB

Question 17

terminación de la replicación

Answer 17

• el sitio ter esta en el lado opuesto de ori
• para poder finalizarla se usará la proteinas TUS: 5 en lado izq y 5 en der
• TUS tiene una cara permisiva en la que si la pol va en buena direccion le deja pasar pero tiene otra no permisiva que si llega por ahí la para
• cuando los dos replisomas se juntan termina la replicación

Question 18

Catenanos

Answer 18

Moléculas de ADN que se han ligado en el superenrrollamiento topoisomerasa IV les separa

Question 19

sitio dif

Answer 19

punto de separacion de los cromosomas que estaban ligados para que nos queden dos iguales, la separacion la hace XerCD

Question 20

ADN pol 2

Answer 20

rellena el huieco que dejan los primers, la ligasa los une

Question 21

ejemplo de bacteria poliploide

Answer 21

Deinococcus radiodurans: estas tiene 2 cromosomas y 2 plásmidos siendo poliploide: cada célila 4-10 copias del genoma
- son igual de sensibles a la radiación que otras bacterias pero estas tienen capacidad de recuperarse
- estan en los botes de conserva
- nuceloide en dorma de donut y más compacto de lo habitual
- copias alinadas

Question 22

quinolonas y fluoroquinolonas

Answer 22

• derivados de un átomo de flúor
• se intercalan entre las bases de adn y las gira desaciendo el superenrrollamiento negativo
• inhibe la religación de las topoisomerasas: se transforman en nucleasas
  resistencia: mutaciones en el gen de la topoisomerasa, expulsión del antibiótico por bombas de flujo, resistencia plasmidica, en el transporte o modificacion de la quinolonona