organización ADN bacteriano Flashcards
LK/ Linking Number/ número de enlace
corresponde al número de veces que una hebra de la dóble hélice pasa sobre la otra (que una cadena se cruza con la otra)
Lk= Tw + Wr
- Tw: número de vueltas de la dóble hélice: Nucleótidos/10
- Wr: veces en las que la dóble hélice se cruza sobre sí misma. si se encuentra en estado relajado = 0
- es constante a menos que se rompa
diferencia entre ADN plectonémico y toroidal
- en el plectonémico se enrrolla sobre sí mismo
- en el toroidal sobre proteinas o histonas
dominios del cromosoma
- region de origen: ori
- region de terminación: ter
- Rigth y Left que estan bastante organizados. se localizan en los polos
- NS-Right y NS-Left: menos organizados
características del nicleoide
- organizado y dinámico
- no esta rodeado por membrana pero está separado del resto gracias al molecular crowding y a sus propiedades bioquímicas:
_ -superenrrollamiento negativo que le da energía
_ proteinas asociadas al nucleoide que forman macrodominios y ARN
tipos de topoisomerasas
- ADN girasa: hacer superenrrollamiento negativo
- Topoisomerasa 1, 3 y 4: deshace el negativo
- girasa inversa: hace superenrrollamiento positivo: lo tienen archaeas termófilas que necesitan que el enrrollamiento sea positivo para ser estable
proteinas asociadas al nucleoide
- Hu
-IHF - H-NS
- Fis
- Dps
Hu
bending, crunching y stiffening: curva de ADN, agrupan y endurecen
IHF
bending: solod obla
H-NS
Stiffening y bridging: compazta y acerca regiones formando puentes
Fis
bending y brindging: doblan y forman puente
- solo aparece en las fases de crecimiento y en las fases estacionarias prácticamente no hay
Dps
Wrapping: lo envuelve y lo compacta mucho
solo esta en fases de reposos
histonas bacterianas
- suele decirse que las bacterias no tienen histonas pero se han encontrado algunas como la Bdellovibrio bacteriovorus y
Leptospira interrogans que si que tienen - las archaeas tienen también porteinas similares a las histonas
- las histonas bacterianas no enorllan el ADN sobre si mismas sino que lo que hacen es unirse a un extremo y lo recubren
proteinas que forman macrodominios
- forman parte de la familia SMC: complejos de mantenimiento estructural del cromosoma
- tenemos el complejo Muk-BEF: primero Muk-b que tiene un gran dominio coiled-coil y forma dímeros com Muk E y F
- ahora esta se une al ADN y va formando loops por hidrólisis de ATP hasta que se encuentra con MatP
- MatP esta en el dominio terminal donde está unido a MatS, secuencia repetida 23 veces
cromosomas lineales
- En streptomyces
- se replican bien pero el problema que al ser lineal tiene extremos qeu serán inestables y fáciles de degradar
- tendrán su versión de telómeros en los que hay secuencias repetidas
- además hay una polaridad, en el centro = cole se localizan los genes esenciales y los menos importantes están en los brazos
replicacion del ADN bacteriano
- primero se une la proteina ADN-A: esta se une a las secuencias de iniciación y genera desnaturalización de una pequeña parte del ADN, necesitamos energía para hacer esto
- tras esto se unirá el primosoma; ADN-b, ADN-C
- ADN-B: es una helicasa que seguirá abriendo la hebra
- ADN-G: es una primasa que sintetizará los primers a partir de los cuales empieza a sintetizar la ADN pol III
- tendremos topoisomerasas para disminuir las tensiones del superenrrollamiento negativo
- ahora ya se puede unir la ADN pol III
ADN pol III
- tiene una región: CORE que es un trímero: αεθ que son los que se van a encargar de la síntesis, ε tiene actividad profreading
- además de esto tenbien tiene un dímero formado por B2 que formará el clamp. este se desliza por el ADN y esta unido al CORE evitando que se separe
- en la hebra retrasa tenemos el problema de la replicación se hace a cachos, fragmentos de Okazaki. aqui la clamp no podría pasar por lo que tenemos la CLC (Core Leader Complex) este pasa la clamp de un fragmento a otro
- en cada CLC se añaden 3 CORE: esto lo hace la subunidad τ del CLC
- la hebra de ADN que queda de forma sencilla es muy debil por lo que hay que protegerla mediante la proteina SSB
terminación de la replicación
- el sitio ter esta en el lado opuesto de ori
- para poder finalizarla se usará la proteinas TUS: 5 en lado izq y 5 en der
- TUS tiene una cara permisiva en la que si la pol va en buena direccion le deja pasar pero tiene otra no permisiva que si llega por ahí la para
- cuando los dos replisomas se juntan termina la replicación
Catenanos
Moléculas de ADN que se han ligado en el superenrrollamiento topoisomerasa IV les separa
sitio dif
punto de separacion de los cromosomas que estaban ligados para que nos queden dos iguales, la separacion la hace XerCD
ADN pol 2
rellena el huieco que dejan los primers, la ligasa los une
ejemplo de bacteria poliploide
Deinococcus radiodurans: estas tiene 2 cromosomas y 2 plásmidos siendo poliploide: cada célila 4-10 copias del genoma
- son igual de sensibles a la radiación que otras bacterias pero estas tienen capacidad de recuperarse
- estan en los botes de conserva
- nuceloide en dorma de donut y más compacto de lo habitual
- copias alinadas
quinolonas y fluoroquinolonas
- derivados de un átomo de flúor
- se intercalan entre las bases de adn y las gira desaciendo el superenrrollamiento negativo
- inhibe la religación de las topoisomerasas: se transforman en nucleasas
resistencia: mutaciones en el gen de la topoisomerasa, expulsión del antibiótico por bombas de flujo, resistencia plasmidica, en el transporte o modificacion de la quinolonona
