MSA

Question 1

Welche Bereiche bei MSA sind in der Regel gut konserviert?

Answer 1

Die Domäne, oder generell bereiche ohne Gaps

Question 2

Woraus besteht DNA?

Answer 2

Viele Nukleinbasen ==> Nukleotide (codieren Aminosäuren für Proteine)

Question 3

Woraus bestehen Proteine?

Answer 3

Aminosäuren

Question 4

Was ist die Lösung für die immense Rehenleistung die für Divide + Conquer benötigt wird?

Answer 4

Progressive Alignments

Question 5

Was liegt einem Progressive Alignment zu Grunde? Wie wird das gemacht?

Answer 5

Ein Guide Tree

Mit neighbour-joining

Question 6

Gelten Alignments als sicher?? Warum?

Answer 6

Unterschiedliche Programme erzeugen unterschieldiche Alignments, und da diese die Basis für weitere Arbeiten sind, sind sie eine Fehlerquelle

Question 7

Wg um Alignments Robustheit zu testen?

Answer 7

Umgedrehte Reihenolge alignen und auf Unterschiede prüfen

Question 8

Wie errechne ich einen MSA score?

Answer 8

match 1
Mismatch/gap -1
(alle sequencen mit allen vergleichen)

Question 9

Wo ist das Alignement mit hoher wahrscheinlichkeit sicher, wo unsicher?

Answer 9

Sicher in langen konservierten Blöcken

Unsicher in er Nähe von Gaps