Module 1 Flashcards
qu’est que le metavirome?
l’entièreté des génomes virals qui se retrouvent dans un échantillon
quelle raison peut empêcher la croissance de certains virus en laboratoire?
L’absence d’hôte qui permettent la croissance du virus dans le laboratoire.
à quoi servent les postulats de Koch
établir des liens cause/effet entre un microorganisme et la maladie qu’il cause
Quels sont les postulats de koch
1: l’organisme doit être présent dans chaque cas de la maladie et absent des individus sains
2: le M.O. doit être cultivable en culture pure
3: la maladie doit revenir si jamais le microorganisme est injecté dans un organisme sain
4: le MO doit pouvoir être isolé de l’organisme malade
Pourquoi le premier postulat de Koch n’est il pas valide dans le contexte des virus
Certains individus peuvent être porteurs d’un virus et ne pas présenter de symptomes
quels types de virus peut on retrouver dans le virome humain? (7 types)
les rétrovirus endogène à l'humain Les bactériophages commensals Les infections virales persistentes Les infections virales aigu Les nouveaux virus Les nouveaux bactériophages Les bactériophage pouvant causer des pathologies.
comment un bactériophage peut il causer une pathologie chez l’humain?
En se débarassant de bactéries commensales ou en induisant des gènes de résistance à des antibiotiques dans les bactéries
qu’est ce que la morbidité des virus, quel phénotype observera-t-on chez des gens infectés par des virus à morbidité faible et élevé?
La capacité d’un virus à causer sa maladie
Des morbidité élevés vont tout le temps causer des symptomes peu importe le système immunitaire du patient.
Les patients avec un système immunitaire fort risquent de ne pas montrer de symptomes pour des virus à morbidité faibles
Quel est le danger des virus à faible morbidité chez des patients avec un fort système immunitaire?
Ces virus causent généralement des maladies récurrentes.
qu’est ce qu’une conversion lysogène?
une bactérie qui acquérit une nouvelle protéine gràce à un phage internalisé
quelle est la différence entre la prophase et le cycle lytique d’un virus
En prophase, le virus se cache dans le génome de l’organisme sans causer de symptomes
Dans le cycle lytique, le virus se réplique activement et fait lyser les cellules, ce qui provoque des symptomes
qu’est ce qui se passe si un organisme infecté exprime un virus recombinant de celui qu’il a initialement attrapé
Le virus original a subit quelques modification et pourrait potentiellement se propager à d’autres espèces ou avoir des symptomes différents
est il possible qu’un virus soit intégré au génome d’un organisme infecté
Qu’est ce qui serait nécessaire afin que cette addition au génome soit transmis à la déscendance de l’individu
Oui c’est possible. Le virus devrait aussi avoir infecté les cellules germinales afin que l’organisme puisse passer ce gène à sa déscendance
comment le filtre de pasteur-chamberlant a prouvé l’existance des virus?
Ce filtre était assez fin pour retirer les bactéries mais ne pouvait pas tout filtrer, ce qui a prouvé l’existance de pathogènes plus petits que les bactéries
quelle est la différence entre un virus et un virion?
le virus désigne l’agent infectieux à n’importe quel stade de son développement
Le virion décrit la particule virale complètement assemblée
quelle est la différence entre dans la composition d’un virus nue et d’un virus enveloppé
Le virus nu n’est composé que de l’acide nucléique et d’une paroi peptidique
Le virus enveloppé a autour de sa paroi peptidique une couche bi-lipidique provenant de la cellule hôte
Le virus ne peut pas fabriquer de machinerie cellulaire. Quelle autre molécule essentielle ne peut pas être synthétisé par un virus?
L’ATP
les rétrotranscriptases sont uniques au virus. Pourquoi ne retrouve-t-on pas ces protéines dans les cellules?
Les cellules n’ont jamais besoin de transformer leur ARN de retour en ADN.
La seule utilisation de ces enzyme est le changement d’un génome viral à ARN en ADN
pourquoi les ARN pol ont un plus haut taux d’erreur que les ADN pol
Les ADN polymérases ont des activités ‘‘proofreading’’ qui corrige les erreurs commises par la polymérase. Les ARNpol n’ont pas cette activité
à quoi sert la capside protéique chez les virus?
Est elle composé d’une protéine ou de plusieurs sous-unités
à protéger le virus. Elle est composé de plusieurs sous-unités
la capside a une utilité de plus chez les virus nus. quelle est cette utilité?
à fixer le virus à sa cellule cible
qu’est ce que les protomère, capsomère et comment ces deux facteurs sont ils reliés à la capside?
Les protomères sont une sous unité protéique.
Les capsomère sont des unités morphologiques composé des protomères
La capside est formée par l’assemblage des capsomères
VF les virus de formehélicoidale sont généralement plus souples `à cause de l’intéraction entre leur protéines
vrai
VF si tout la capside est composé d’une seule sorte de sous unité protéiques, on peut qualifier celles ci de protomères ou de capsomère
Vrai
combiens de versants doit on trouver accolé à chaque somet chez les virus icosaèdres
5 versants
quand on regarde le centre d’un versant triangulaire d’un virus icosaedrique T1, il y a trois axes de symmétries qui vont vers les sommets.
Combiens de sous-unités protéiques composent ce triangle équilatérales. Sont elles symmétriques?
3 sous unités assymétriques composent chaque face de la capside du virus icosaedrique
Combien de sous unités composent une face d’un virus icosaedrique T3? combien forment la capside entière du virus?
9 par facette, un totl de 180 sous-unités
qu’y a t’il de spécial sur un virus pseudo T3
ses faces semblent être composé de 3 protéines mis une 4me protéines cachée sert à retenir des sous-unités ensemble
à quoi sert les protéines d’échafaudage dans les virus? Retrouve-t-on ces protéines dans tout les virus
à relier l’acide nucléique à la capside.
Certains virus on un acide nucléique libre dans la capside et n’on pas besoin de protéines échafaud
sous quelles formes géométrique retrouve-t’on les virus?
hélicoidales
Icosaedrique
Forme complexe
les virus peuvent être enveloppé ou nus, quel type est plus robuste?
les virus nus. L’enveloppe lipidique des virus enveloppé est beaucoup plus fragile et est essentielle à la fonction du virus.
la membrane des virus enveloppé est généralement volé à la cellule hote à la sortie du virus. Quelles membranes peuvent être utilisées par le virus?
la membrane cellulaire
Membrane nucléaire
Membrane du réticuleum endoplastique
quels types de virus utilisent la transcriptase inverse?
les rétrovirus
à quoi sert la transcriptase inverse pour un virus?
il sert aux virus à ARN pour s’insérer dans le génome de la cellule hôte
quels sont les 7 groupes de virus de baltimore?
Classe 1 et classe 7: virus à ADN double brin (la classe 7 a un brin incomplêt)
Classe 2: Virus à ADN simple brin
classe 3: virus à ARN double brin
Classe 4: virus à ARN simple brin
classe 5: ARN simple brin dans le sens inverse
Classe 6: ARN simple brin positif qui possède la transcriptase inverse
Quel type de virus peut immédiatement être transcrit dès son entrée dans la cellule. pourquoi?
Les virus de classe 4: ils sont composés d’ARN simple brin dans le sens positif. C’est donc un ARN messager infectieux
qu’est ce qu’un réservoir à virus?
un source ou le virus peut se répliquer et rester infectieux. Cette source peut donc mener à l’infection des organismes en contact avec ce réservoir
qu’est ce qu’un vecteur de virus?
un organisme atteint du virus qui va activement transmettre le virus à d’autres organismes (ex: insectes piqueurs)
comment se fait la transmission par les voies respiratoires
Par des gouttelettes de sécrétions respiratoires. Les aérosols formés lors d’éternuements persistent dans l’atmosphère et peuvent infecter d’autres individus
comment se fait la transmission féco-orale
Les virus excrété dans les selles sont générallement très robustes et peuvent survivre longtemps sur des surfaces.
Éventuellement le contact orale se fait via les mains ou par l’entremise d’Aliments/d’eau
comment se fait la transmission parentérale
Via des injections ou n’importe quelle substance contaminé qui se retrouve dans le système sanguin d’un individu sain
comment se fait la transmission sexuelle
Cette transmission se fait lors d’un contact entre muqueuses d’individus sains avec des muqueuses d’individus malade
comment se fait la transmission mère enfant prénatale, périnatale et postnatale?
prénatale: la mère infecte son bébé durant la grossesse
Périnatale: des liquides corporels de la mère infectent le bébé durant l’acouchement
Postnatale: généralement transmis via le lait maternel
Comment se fait la transmission via les vecteurs?
d’autres organismes transportent le virus et vont le propager chez d’autres espèces (généralement les insectes piqueurs sont des vecteurs)
comment se fait la transmission par zoonoses
Un virus présent chez un insecte ou un animal est transmis par les sécrétions de l’animal vers l’homme
Comment se fait la transmission latrogène
cette transmission se fait uniquement en milieu médicale si des tubes servant à la nourrition ou autre du patient donnent des portes d’entrées pour des pathogènes
pourquoi les virus plus virulents sont moins transmissibles
puisqu’un individu très malade va généralement être plus porté à s’isoler et terminer la chaine de transmission
À l’opposé d’une infection moins virulente ou la personne risque encore de vaquer à ses occupations et d’infecter d’autres individus.
quelle est la différence entre les méthodes de mesure de l’acitivité biologique des virus directes et indirectes?
les méthodes directes cherchent les composantes virales dans des échantillons tandis que les méthode indirectes examinent la réponse immunitaire de l’organisme contre le virus
qu’est ce que le tropisme cellulaire chez les virus?
la préférence du virus pour infecter un certain type de cellules
Les mutations sont beaucoup plus fréquentes chez les virus à ARN, pourquoi?
certains virus à ARN utilisent une rétro-transcriptase, qui n’a pas d’activité exonucléase. Leur polymérase ne peut donc pas corriger ses erreurs et aucune autre polymérase de ce type existe chez la cellule hote
comment la cellule hôte internalise-t-elle un virus infectieux?
Il y a reconnaissances de protéines sur la capside des virus nus ou l’enveloppe des virus enveloppé. Ces protéines signalisent à la cellule d’internaliser le virus
qu’est ce que des infections productives, abortives et latentes?
productives: l’infection mène à la production de nouveaux virions et l’apparition de la maladie
abortives: infection ou le cycle de réplication s’arrête avant la production de nouveaux virions
Latente: infection le génome du virus va co-exister avec le génome de l’hôte pendant un certain temps
un virus en phase latente est il toujours innofensif pour son hôte?
non, l’emplacement où le virus s’installle dans le génome hôte peut perturber l’expression des gènes de l’hôte et mener, dans certains cas, à l’apparition de tumeurs
comment sont créer les interférons?
une cellule infectée par un virus sécrète ces molécules
la réponse stimulée par les interférons protège-t-elle seulement contre le pathogène qui a stimulé sa production?
non. Les interférons protègent les cellules avoisinantes contre tout les types de virus
quelles caractéristiques définissent une épidémie?
un nombre anormalement élevé de nouvelles infections sur une période de temps et d’espace limité
Quelles caractéristiques définissent une endémie?
un nombre anormalement élevé de nouvelles infections sur un espace limité mais sans limite de temps
Quelles caractéristiques définissent une pandémie?
un nombre anormalement élevé de nouvelles infections sur une période limités de temps mais sans limite d’espace
est ce que le patient 0 d’une infection est toujours le premier patient atteint de la maladie?
idéalement oui, mais il peut aussi être le premier patient documenté
qu’est ce que la prévalence d’une infection?
la mesure du nombre de cas existants pour la maladie
qu’est ce que l’incidence d’une infection
La mesure du nombre de nouveaux cas d’une maladie
à quoi correspond le R0? (Rnaught)
c’est une mesure du taux de reproduction de base du virus, ou de la contagiosité de celui-ci
quels facteurs permettent de calculer le R0 d’un virus?
la transmissibilité (probabilité de transmettre la maladie)
Le nombre de contact sociaux entre personnes qui permet la transmission du virus
La durée de la période contagieuse
quel facteur de calcul du R0 peut être réduit gràce à la vaccination?
La transmissibilité
quelle est la différence entre le R0 et le Reffectif?
Le R0 est une mesure qui se base sur une population entièrement susceptible.
Le Reff prend en compte le nombre de personnes qui ont été immunisés à la maladie
quelles sont les trois méthode de détection/diagnostic des virus
diganostic par symptomes cliniques
Méthodes de détection directes
Méthodes de détection indirectes
donner des exemples de méthodes directe de détection des virus
1: Observation au microscope
propagation in-vitro dans des 2: cultures primaires/semi-continue/continues
3: mesure de l’activité biologique par essai en plaque/endpoint dilution
4: Mesure des antigènes viraux par western blot/rt-qPCR
5: Mesure des anticorps par elisa
quelle est la différence entre des lignées de cultures primaires, semi-continue et lignée continue? pourquoi n’utilise-t-on pas toujours le même type pour faire de la propagation de virus in-vitro
Les cultures primaires proviennent d’un organe spécifique
Semi-continue vient d’organes qui on des cellules qui se divisent facilement
Continue sont fait sur des lignée tumorales
On n’utilise pas toujours le même type puisque certains types de lignée de répondent pas de la même facon aux facteurs de croissances/signalisation/n’ont pas le même type de réponse immunitaire
