Module #1 Flashcards
Métabolisme énergétique
Branche du métabolisme intermédiaire qui se consacre à l’étude des réactions produisant de l’énergie.
Fonctions primaires du métabolisme
Acquisition et utilisation de l’énergie, synthèse de biomolécules et expulsion des déchets.
Catabolisme
Conversion des nutriments en produits simples.
Anabolisme
Synthèse de biomolécules.
Sentiers métaboliques
Série de réactions enzymatiques produisant des transformations chimiques spécifiques
Types de sentiers métaboliques
Circulaires, linéaires ou spiralés.
Sentiers métaboliques linéaires
Série de réactions enzymatiques indépendantes où le produit de l’une est le substrat de l’autre
Sentiers métaboliques circulaires
Produit initial est régénéré par une série de réactions où le produit de l’une est le substrat de l’autre
Sentiers métaboliques spiralés
La même suite de réactions enzymatiques est répétée pour allonger ou raccourcir une molécule donnée.
Sentiers convergents
Cataboliques
Sentiers divergents
Anaboliques
Sentiers irréversibles ou réversibles
Irréversibles: au moins une des étapes est irréversible
Sentiers antagonistes
Un sentier pour la synthèse d’une molécule et un sentier pour sa dégradation
Avantages de la compartimentation cellulaire chez les eucaryotes
Niveau additionnel de contrôle des sentiers antagonistes, maintien des concentration à des niveaux différents à l’intérieur des différents compartiments et séparation des pools d’intermédiaires cataboliques et anaboliques.
Organismes effectuant de la spécialisation cellulaire
Organismes multicellulaires
Vrai ou Faux: aucun tissu ne réalise le répertoire des réactions biochimiques de l’organisme entier.
Vrai
Forward evolution
La grande disponibilité d’un substrat favorise l’évolution d’une nouvelle enzyme pour la formation d’un nouveau produit à partir de ce substrat.
Backwards evolution
L’épuisement d’un substrat pousse (pression sélective) l’utilisation d’une nouvelle enzyme pour utiliser un nouveau substrat jusqu’à ce qu’il soit limitant à son tour
Evolution by gene duplication and divergence
Un nouveau sentier est créé en générant un embranchement à partir d’un sentier existant
Duplication et divergence d’un sentier métabolique complet
Tous les gènes codant pour les enzymes d’un sentier sont dupliqués. Un ou plusieurs gènes du sentier dupliqué diverge ce qui donne un tout nouveau sentier.
Evolution by pathway reversal
Évolution d’une nouvelle enzyme qui catalyse une réaction normalement irréversible
Patchwork model
Un nouveau sentier métabolique est généré en recrutant et combinant des enzymes provenant de sentiers différents.
Rupture hétérolytique d’une liaison covalente
Les deux électrons peuvent être conservés par l’un des atomes.
Type de rupture de liaison covalente pouvant former des carbanions et carbocations
Hétérolytiques
Rupture hémolytique d’une liaison covalente
Un électron se trouve sur chaque atome
Nucléophile
Groupement fonctionnel qui est riche en électrons et qui est capable de donner des électrons
Électrophile
Groupement fonctionnel déficient en électrons et qui ont soif d’électrons.
O2-
Nucléophile
S-
Nucléophile
Carbanion
Nucléophile
Groupement amine neutre (N)
Nucléophile
Imidazole
Nucléophile
OH
Nucléophile
Atome de carbone d’un groupement carbonyle
Électrophile
Groupement imine protoné
Électrophile
Phosphore d’un groupement phosphate
Électrophile
Proton
Électrophile
Formation d’un radical de carbone et d’un atome H
Rupture homolytique
Formation de deux radicaux de carbone
Rupture homolytique
Formation d’un carbanion et d’un proton
Rupture hétérolytique
Formation d’un carbocation et d’un hybride
Rupture hétérolytique
Formation d’un carbanion et d’un carbocation
Rupture hétérolytique
Types de transformation chimiques non mutuellement exclusifs
Formation ou bris de liens C-C, transfert de groupements (réactions de substitution nucléophile), transfert d’électrons (réactions d’oxydoréduction), réarrangement, isomérisation, élimination et réactions impliquant des radicaux libres
Clivage hétérolytique d’un lien C-C
Carbanion nucléophile et un carbocation électrophile
Mécanisme permettant de stabiliser un carbanion
Délocalisation électronique dans un groupement carbonyle
Groupements pouvant jouer le même rôle qu’un groupement carbonyle
Imine ou cofacteur spécialisé
Composé pouvant augmenter la capacité à délocaliser les électrons
Ion métallique ou un acide
Classes de réactions où le groupement carbonyle est important
Condensations aldoliques, condensations d’ester de Claisen et décarboxylation des acides bêta-cétoniques.
Condensation aldolique
Formation d’un carbanion par la perte d’un proton
Condensation d’ester de Claisen
Formation d’un carbanion par la perte d’un proton. Groupement carbonyle est inclus dans un groupement thioester
Décarboxylation des acides bêta-cétoniques
Formation d’un carbanion via la perte d’une molécule de CO2.
Types de groupements pouvant subir un transfert
Groupement acyle, phosphoryle, glycosyle
Transfert du groupement acyle
Addition d’un nucléophile à C d’un carbonyle d’un groupement acyle
Transfert du groupement phosphoryle
Addition d’un nucléophile à l’atome de phosphore d’un groupement phosphoryle pour donner un intermédiaire instable lié aux 2 nucléophiles
Transfert du groupement glycosyle
Substitution d’un groupement nucléophile par un autre sur le carbone anomérique d’un ose cyclique
Réaction d’élimination
Formation d’une double liaison entre deux centres saturés liés initialement par une simple liaison
Exemple d’une réaction d’élimination
Déshydratation
Réaction d’isomérisation
Déplacement d’un atome d”hydrogène afin de déplacer la position d’une double liaison
Réaction de réarrangement
Rupture et reformation des liaisons (réarrangement du squelette de la molécule)
Éléments omis d’une équation biochimique
Charge, H+ et Mg2+
