Modification d'Histones

Question 1

Quelles sont les trois caractéristiques des PTM ?

Answer 1

Beaucoup de groupements liés de manière covalente
Réversibles
Dynamiques

Question 2

Combien de méthylations peut il y avoir une une lysine ?

Answer 2

De une à trois.

Question 3

Est-ce que une chaîne latérale peut être la cible de plusieurs modifications différentes ?

Answer 3

Tout à fait, mais cela ne se fait pas simultanément.

Question 4

Quel est le but d’une ChIP ?

Answer 4

Mettre en évidence des interactions protéine/ADN.

Question 5

Qu’est-ce que ChIP-Seq ?

Answer 5

Combinaison d’immunoprécipitation de la chromatine avec séquençage à haut débit, pour cartographier les sites de liaisons de protéines ainsi que les histones modifiées.

Question 6

Donner les 5 étapes d’une ChIp.

Answer 6

D’abord, on fait un cross-linking des cellules avec du formaldehyde
Puis, Immunoprécipitation et purification des complexes
Puis, Réversion des cross-link et purification d’ADN
Ensuite, séquençage
Et finalement obtention de la carte.

Question 7

Quelle modification est commune, sur les lysines ?

Answer 7

Leur acétylation. Majoritairement dans leurs queues.

Question 8

Quel rôle peut avoir l’acétylation d’un histone ?

Answer 8

Relâchement de chromatine, activation de transcription
Enrichit enhancer
Effets antagonistes
Recrutement de protéines bromodomaines

Question 9

Quels sont les enzymes responsables de l’acétylatio des histones ?

Answer 9

Il s’agit des HAT, de deux types : une pour les histones dans le noyau (A), l’autre pour les histones nouvellement synthétisées (B) dans le cytoplasme.

Question 10

Les HAT A sont nucléaires : qu’est-ce qui donne la spécificité d’interaction de ces HAT ?

Answer 10

Les interactions avec d’autres protéines : par exemple; en présence du complexe SAGA, une HAT va acétyler les histones du nucléosome. Si elle n’est pas dans ce complexe, elle synthétisera les histones isolées.

Question 11

Définir un coactivateur

Answer 11

C’est une protéine impliqué dans l’activation de la transcription mais qui ne se lie pas directement à l’ADN./ Fait le lien entre activateur et la machinerie transcriptionelle.

Question 12

Par quoi peut être recruté les HAT ?

Answer 12

Par des activateurs de transcription.

Question 13

Par quoi sont enlevées les acétylations ?

Answer 13

Par des HDACs. Réparties en 4 classes, dont la classe III est NAD+ dépendante. Contrairement aux HATs, pas du tout spécifiques.

Question 14

Par quoi sont recrutées les HDAC ?

Answer 14

Par des répresseurs transcriptionnels.

Question 15

Ou intervient généralement la méthylation des lysines des histones ?

Answer 15

Généralement sur le domain N terminal.

Question 16

Que fait une méthylation de lysines ?

Answer 16

Augmente l’hydrophobicité, ce qui peut causer activation ou répression de la transcription selon le résidu modifié.

Question 17

Par quoi sont effectuées les méthylations de lysine ?

Answer 17

Par des Lysines méthyl transférases HKMTs, qui ciblent précisément la lysine à méthyler.

Question 18

Comment est ajouté le méthyl ?

Answer 18

Via le domaine SAM, donneur de CH3, présent sur les méthylases. Se situe a l’opposé du site de fixation à l’aa.

Question 19

Donner les positions respectives des H3K4 1,2,3.

Answer 19

La 1 et 2 se trouvent dans les promoteurs actifs et enhancers. La 3 se trouve dans le promoteur uniquement, et donne un signal d’activation de la transcription.

Question 20

Par quelles protéines sont reconnues les lysines méthylées? Donner deux exemples.

Answer 20

Par des protéines avec un domaine méthyl binding : par exemple, PHD finger, protéines de la super famille royal (chromodomain, tudor domain, MBT)

Question 21

En général, les protéines détectant une méthylation provoquent une activation de transcription; quelle est l’exception ?

Answer 21

Lorsque la méthylation est sur l’H4 : dans cde cas, protéine CRB2 se fixe sur le méthyle, inhibe la transcription et signale pour une réparation d’ADN;

Question 22

Quelles sont les deux classes d’enzymes enlevant les méthylations des lysines ?

Answer 22

Les LSD1, déméthylant les me1 et 2 uniquement, trouvmes dans le complexe Co!rest.
Les JMJC domaines, déméthylant par oxydation.

Question 23

La méthylation des Arginines se fait par ?

Answer 23

Des PRMT (protein arginin methyltransferases). Elles peuvent générer des simples ou doubles méthylation. Dans le cas de double, les type I font des asymétriques et les II des symétriques. SAM aussi a l’opposé.

Question 24

Quelle est la seule arg déméthylase connue ?

Answer 24

JMJD6. Cependant, ne fait pas de réversion, transforme juste la arginine méthylée en citrulline.

Question 25

Comment fonctionne la phosphorylation des histones et quel est son intéret ?

Answer 25

Phosphorilsation par des kinases, généralement sur les domaines N terminaux, ce qui cause l’ajout de charges négatives et la destruction d’interactions electrostatiques entre histone et ADN. Enlevé par phosphatase.

Question 26

Y a t il autant de sites de phosphorylation que de sites d’acetylation etc ?

Answer 26

Non, beaucoup moins.

Question 27

Sur quels résidus est!ce que la phosphorylation peut avir lieu ?

Answer 27

Sur les S, T et Y.

Question 28

Dans quels processus sont impliquées les histones phosphorylées, H3S10ph ?

Answer 28

Dans la mitose, alors tout le génome est phosphorylé comme ça.
Pour activer la transcription.

Question 29

Comment est!ce que l’ubiquitination se fait ?

Answer 29

Ajout d’une ubiquitine sur une lysine, par 3 enzymes : peut provoquer du gene silencing, une initiation et élonguation de la transcription; ou encore du réparage d’ADN.

Question 30

Comment intéragissent les différentes modifications d’histones entre elles ?

Answer 30

Elles sont mutuellements exclusives : une modif d’histone à un certain endroit enlèvera ou modifiera un un autre endroit modifié.

Question 31

Qu’est-ce que les variants d’histones ?

Answer 31

Il s’agit d’histones issus de gènes ayant été mutés pouvant remplacer les histones normaux à certains endroits.

Question 32

Citer un variant d’histone essentiel.

Answer 32

H2A.X, possédant un site de phosphorylatio qui est essentiel dans la mise en place du système de réparation des cassures double brin de l’ADN.

Question 33

Comment a ton mis en évidence un code d’histones ?

Answer 33

On fait une chip Seq pour mettre en évidence la localisation de PTM d’histones, puis analyse intégrative pour mettre en évidence 9 états chromatiniens différents caractérisés par des combinaisons de modif différentes.

Question 34

Qu’est ce que les long non coding DNA ?

Answer 34

Ce sont des molécules cibles potentielles our recruter les enzymes MT et AT et les amener sur le site de modification.

Question 35

Quelle est l’activité de modification renfermée par les coactivateurs ? Les corépresseurs ?

Answer 35

Coactivateurs ont une activité HAT tandis que les corépresseurs ont une activité HDAC.

Question 36

Comment est ce que les enzymes de modification sont recrutés pour agir sur les histones ?

Answer 36

Se fait par la séquence d’ADN au niveau des ilots CpG non méthylés, au domaine CXXC.

Question 37

A quoi servent les histones chaperones ?

Answer 37

Ce sont des protéines ou complexes, capables de se lier à des histones spécifiques pour induire la formation d’un nucléosome (ASF1) ou le départ des histones d’un nucléosome (FACT).

Question 38

Qu’on montré des analyses pulse-chase d’histones marquées ?

Answer 38

Que les tétramères H3H4 sont transférés de manière intacte sur les molécules d’ADN fille lors de la réplication.

Question 39

Comment se fait l’assemblage des nucléosomes manquants sur l’ADN fille ?

Answer 39

Cela fait bien évidemment appel a la protéine ASF1 : les deux couples H2AH2B et H3H4 se dissocient de l’ADN parental, et les H3H4 se répartissent sr les molécules filles. Puis, Asf1 et CAF1 ajoutent des tétramères H3H4 nouvellement synthétisés pour avoir les deux couples sur chaque molécule fille.