Modification d'Histones Flashcards
Quelles sont les trois caractéristiques des PTM ?
Beaucoup de groupements liés de manière covalente
Réversibles
Dynamiques
Combien de méthylations peut il y avoir une une lysine ?
De une à trois.
Est-ce que une chaîne latérale peut être la cible de plusieurs modifications différentes ?
Tout à fait, mais cela ne se fait pas simultanément.
Quel est le but d’une ChIP ?
Mettre en évidence des interactions protéine/ADN.
Qu’est-ce que ChIP-Seq ?
Combinaison d’immunoprécipitation de la chromatine avec séquençage à haut débit, pour cartographier les sites de liaisons de protéines ainsi que les histones modifiées.
Donner les 5 étapes d’une ChIp.
D’abord, on fait un cross-linking des cellules avec du formaldehyde
Puis, Immunoprécipitation et purification des complexes
Puis, Réversion des cross-link et purification d’ADN
Ensuite, séquençage
Et finalement obtention de la carte.
Quelle modification est commune, sur les lysines ?
Leur acétylation. Majoritairement dans leurs queues.
Quel rôle peut avoir l’acétylation d’un histone ?
Relâchement de chromatine, activation de transcription
Enrichit enhancer
Effets antagonistes
Recrutement de protéines bromodomaines
Quels sont les enzymes responsables de l’acétylatio des histones ?
Il s’agit des HAT, de deux types : une pour les histones dans le noyau (A), l’autre pour les histones nouvellement synthétisées (B) dans le cytoplasme.
Les HAT A sont nucléaires : qu’est-ce qui donne la spécificité d’interaction de ces HAT ?
Les interactions avec d’autres protéines : par exemple; en présence du complexe SAGA, une HAT va acétyler les histones du nucléosome. Si elle n’est pas dans ce complexe, elle synthétisera les histones isolées.
Définir un coactivateur
C’est une protéine impliqué dans l’activation de la transcription mais qui ne se lie pas directement à l’ADN./ Fait le lien entre activateur et la machinerie transcriptionelle.
Par quoi peut être recruté les HAT ?
Par des activateurs de transcription.
Par quoi sont enlevées les acétylations ?
Par des HDACs. Réparties en 4 classes, dont la classe III est NAD+ dépendante. Contrairement aux HATs, pas du tout spécifiques.
Par quoi sont recrutées les HDAC ?
Par des répresseurs transcriptionnels.
Ou intervient généralement la méthylation des lysines des histones ?
Généralement sur le domain N terminal.
Que fait une méthylation de lysines ?
Augmente l’hydrophobicité, ce qui peut causer activation ou répression de la transcription selon le résidu modifié.
Par quoi sont effectuées les méthylations de lysine ?
Par des Lysines méthyl transférases HKMTs, qui ciblent précisément la lysine à méthyler.
Comment est ajouté le méthyl ?
Via le domaine SAM, donneur de CH3, présent sur les méthylases. Se situe a l’opposé du site de fixation à l’aa.
Donner les positions respectives des H3K4 1,2,3.
La 1 et 2 se trouvent dans les promoteurs actifs et enhancers. La 3 se trouve dans le promoteur uniquement, et donne un signal d’activation de la transcription.
Par quelles protéines sont reconnues les lysines méthylées? Donner deux exemples.
Par des protéines avec un domaine méthyl binding : par exemple, PHD finger, protéines de la super famille royal (chromodomain, tudor domain, MBT)
En général, les protéines détectant une méthylation provoquent une activation de transcription; quelle est l’exception ?
Lorsque la méthylation est sur l’H4 : dans cde cas, protéine CRB2 se fixe sur le méthyle, inhibe la transcription et signale pour une réparation d’ADN;
Quelles sont les deux classes d’enzymes enlevant les méthylations des lysines ?
Les LSD1, déméthylant les me1 et 2 uniquement, trouvmes dans le complexe Co!rest.
Les JMJC domaines, déméthylant par oxydation.
La méthylation des Arginines se fait par ?
Des PRMT (protein arginin methyltransferases). Elles peuvent générer des simples ou doubles méthylation. Dans le cas de double, les type I font des asymétriques et les II des symétriques. SAM aussi a l’opposé.
Quelle est la seule arg déméthylase connue ?
JMJD6. Cependant, ne fait pas de réversion, transforme juste la arginine méthylée en citrulline.
