Méthylation d'ADN Flashcards
Qu’appelle-t-on les modifications épigénétiques ?
Il s’agit des modifications régulant l’identité d’une cellule sans pour autant modifier la séquence du génome.
Quels sont les trois mécanismes de modification épigénétique principaux ?
La modification de l’ADN par méthylation et formes dérivées
La modification des histones
Les protéines et ARN non codants.
Quels sont les intervenants pour la mise en place de l’épigénome ?
Initiateurs Ecrivains Lecteurs Effaceurs Remodeleurs Isolateurs
Que nécessite une réversion de la différentiation d’une cellule, ou une trans-différentiation ?
Cela nécessite une reprogrammation de l’épigénome.
Rappeler les caractéristiques de l’ADN enroulant un complexe de 8 histones.
1,65 tours, sur 147 paires de bases, en super-hélice gauche.
Qu’est-ce que l’HFD ?
Il s’agit de l’histone fold domain. Un motif de dimérisation, pouvant se fixer à l’ADN via des résidus arginine sur le petit sillon.
De quelle extrémité parle-t-on lorsqu’on fait référence aux queues des histones ? Quel est leur rôle ?
Il s’agit de l’extrémité N-Terminale. Les queues histones sont non structurées, et offrent une possibilité de contact avec les nucléosomes avoisinants.
Quelle est la charge des domaines N-terminal des histones ?
Chargées positivement.
Quelle différence entre euchromatine et hétérochromatine ?
L’euchromatine est toujours transcriptionellement active, ce qui n’est pas le cas de l’hétérochromatine.
Ou se trouve principalement l’hétérochromatine ?
Au niveau des télomères et les centromères.
Qu’est-ce que l’hétérochromatine “facultative” ?
Un type d’hétérochromatine, trouvée en région d’euchromatine. Utilisée au niveau des promoteurs silencieux (chromosome X)
Pourquoi est-ce que la méthylation d’une cytosine en position 5 est avantagée ?
Parce que le méthyle n’interférera pas dans la formation de la paire 5G-C
En quoi est-ce qu’une méthylation constitue une “marque de répression” ?
Celle-ci inhibe la fixation de certains facteurs de transmission, ou peut encore recruter des MBP provoquant la formation d’un état inactif de chromatine.
Comment est-ce que les profils de méthylation sont mis en place ?
Se fait au cours du développement, ou un programme spécifique d’expression de gènes se met en place.
Donner trois méthodes utiliser pour détecter des méthylations au sein d’un génome.
La méthode COBRA
La méthode de séquençage après traitement bisulfide
La méthode de MSP
Quel est l’impact d’un traitement disulfide, suivi d’une PCR ?
Le traitement disulfide change les cytosines non méthylées en uracyl, et les méthyles inchangées. Puis, la PCR transforme les uracyles en thymine, et les 5mC etn Cytosines normales.
Expliquer la méthode du COBRA.
L’ADN est amplifié, puis sujet à une enzyme de restriction spécifique des CpG : toutes les cytosines conservées après amplification et bisulfides seront des lieux de clivage, formant plusieurs bandes sur le gel d’analyse.
Expliquer la méthode MSP.
On fait une amplification, mais en utilisant des amorces spécifiques de l’ADN méthylé ou non méthylé, en parallèle. Puis, on analyse sur gel.
Comment fonctionne la méthode Illumina Solexa ?
On prend des ADN à amplifier, auxquels on ajoute des adaptateurs à chaque extrémité. Puis, on attache ces fragments sur le flow-through. ceux-ci vont former des ponts avec les adaptateurs du FT, puis une dénaturation va laisser deux brins isolés… etc etc, on obtient des clusters.
Comment fonctionne le séquençage du solexa ?
Chaque désoxynucléotide dispose d’un composé fluorescent ainsi qu’un groupement bloquant l’élongation après incorporation : on obtient donc un signal lumieux par base incorporée, et on peut déterminer la séquence.
Combien de temps prend Solexa pour séquencer 95Gb ?
14 jours !
Quel pourcentage de cytosine est méthylé dans un génome ? En particulier, sur quels motifs ?
4%, sur les motifs CpG en particulier : 70 à 80% !
Pourquoi dit-on que les CpG ne sont pas uniforméments répartis dans le génome ?
On retrouve des concentrations de ces motifs, dans des régions appelées îlots CpG, situés dans les promoteurs des vertébrés.
Par quelles deux classes de méthyltransférases est-ce que la méthylation est prise en charge ?
Par les Méthyltransférases De Novo, qui permettent la mise en place des modifications, et les autres qui maintiennent le profil en copiant ces profils.
