Mikrobiologi Flashcards

1
Q

Atypiska luftvägsbakterier

  • Exemepl på bakterier
  • Vad orsakar dem ofta?
  • provmatrial
  • Provrör
  • Hur analyseras de?
A

Bakterier

Mycoplasma pneumoni (DNA)

Legionella Pneumophilia (DNA)

Chlamydophia pneumoniae (DNA)

Chlamydophia pitassci (DNA)

Orsakar: samhällsförvärvad lunginflammation

Provmatrial

  • BAL
  • sputum
  • Tracheasekret
  • Bronksekret
  • Prov från bakre svalgvägg

Provrör: Eswab

Maskin: BDmax och PCR

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Faeces patogener

  • Bakterier
  • Vad orsakas
  • Provmatrial
  • Provrör
  • Analys
A

Bakterier

  • Salmonella
  • Shigella
  • Yersinia
  • Campylobackter
  • EHEC
  • ETEC

Vad orsakas: diarresjukdom

Provmatrial: feaces, rektalt pinnprov

Provrör: Eswab

PCR BdMax:

  • Salmonella
  • Shigella
  • Yersinia
  • Campylobackter
  • EHEC
  • ETEC

Rutinodling pos PCR:

Salmonella: CLED (36 grader 1-2 dygn), Rappaortbuljong ->XLD (36 grader, 1 dygn)

Shigella: CLED, XLD

Yersinia: CLED och yersiniaplatta (36 grader, 1-2 dygn)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Aerob sårodling

  • Primär patogener
  • Provmatrial
  • Odling
  • Felkällor
A

Primär patogener

Sår

  • S.aureus
  • Streptokocker A,C,G
  • GBS

Öga/öra

  • H.influenza
  • Pneumokocker
  • Moraxella catharllis

Provmatrial :Ytliga sår,

Odling

Aerob blodplatta: 36 grader, 1-2 dygn

Hematinplatta: 36 grader, CO2, 1-2 dygn

Streptokockplatta: 36 grader, CO2, 1-2 dygn

Felkällor

Rengöring vid provtagningen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Svalgodling

  • Vad orsakar främst infektion?
  • Odling
A

Vad orsakar främst infektion?

  • Betahemolytiska streptokocker A,C,G
  • GBS kan förekomma

Odling

  • Streptokockplatta (prickas med bactracin + erytromyocin)
  • 36 grader, CO2

Utökad odling: Hematinplatta

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

NPH odling

  • Orsakar infektioner
  • provmatrial
  • Odling
A

Orsakar infektioner

  • Haemophilus influenzae
  • pneumokocker
  • betahemolytiska streptokocker A,C,G
  • Moraxella catharralis
  • meningokocker

provmatrial: NPH sekret, eSWAB

Odling

  • Streptokockplatta (prickas med optochinlapp)
  • CO2, 36 grader, 2 dygn
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Jästsvampodling

  • Exempel på svamp
  • Provmatrial
  • Princip analys
A

Exempel på svamp: Candidad albicans

Provmatrial: Sekret, borstprov från oesophagus, ventrikelsköljvätska, sår, svalg, genitalier

Princip analys

  • Odling sker på chromagar avsedd för odling och identifiering av jästsvamp, typning med MALDI-TOF.
  • Vid odling frånoesophagus och ventrikel görs även hematinplatta
  • Direktmikroskopi: Ospätt provmatrial: Gramfärga, mikroskopera
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Blododling

  • Vanliga arter
  • Indikation
  • Odling
  • Interferenser
A

Vanliga arter: E.coli och staf aureus

Indikation: Sepsis

Mätprincip BacT/Alert ViruO

  • Odling av blod i aerob och anaerob flaska som inkuberas i 36 grader. Definitionen av blododling är 2 flaskor (aerib/anaerob) tagna vid samma sticktillfälle).
  • Flaskorna odlas i 6 dygn.

Odling

  • Hematinplatta (36 grader, CO2)
  • Aerob blodplatta (pricka med cefoxitin och aztreonam) (36 grader)
  • Anaerob blodplatta (gentamicin) (36 grader anaerob)
  • RES

Mikroskopering för att se g-s,g+stav, g+k,g-k….

Interferenser

  • För låg blodvolym gör att baktermängden hamnar under detektionsnivån
  • För hög blodvolym kan ge falskt pos flaskor
  • Fördröjd inkubering kan omöjliggöra viktigt provsvar
  • Flaskor förvarade i ljus kan påverka sensorn i botten-> felaktigt resultat
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Princip för BDmax och princip för PCR.

A

Automatiserad robot:

  • Extraktion, provsättning, amplifiering och detektion.
  • Extraktion med magnetpartikelteknik
  • rening av DNA 4 steg:
    • Lysering, bindning, tvättning och eluerling,
  • Eluat blandas med mastermix och pipitteras till PCR kasset.
  • Amplifiering och detektion sker med mikrofluidteknik

PCR :

Thermocykler i definerat anatal cykler.

Tre temperatur faser

  • 95 grader: denaturering, bryter sönder vätebindingarna i dubbelsträngat DNA till enkelsträngat
  • 52 grader: Hybridisering/anneling: primers binder in till målsekvensen hos enkelsträngat DNA.
  • 72 grader: förlängning av enkelsträngat DNA med oligonukleotider och dna polymeras katalyserar reaktionen.

Resultat läses som CT värde, eller smältkurveanalys

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Beskriv detektion av MRSA

A

SYBR-green

Näsa,svalg perineum ->

Nuc-screen

  1. Provmatrial anrikas i semiselektiv buljong och inkuberas i 16-24h i 36 grader.
  2. DNA-extraktion
  3. DNA-eluat körs i kvantitativ realtids PCR; med avseende på Nuc genen som finns hos s.aureus.

Över cut-off -> negativ

Verifiering

  1. Positiva prover odlas ut på selektiv och icke selektiv agarplatta. (MRSA (rosa kolonnier) och blod)
  2. Misstänkt växt av MRSA analyseras för NUC genen och mec A genen i kvantitativ realtids PCR.

Mec A är markör för MRSA!

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

VRE detektion

A

rektum, faeces -> Anrikning i ent-rör, vankomyocin i röret ->

screen Van A och Van B -> pos-> odling vre select, blod -> MALDI-> verifiering VAN A och VAN B.

  • Enterococcus fecalis/facium -> VRE
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Rotor-gen Q princip

A

Temperatur / cykelsystem för realtids PCR med amplifiering och hybridisering av DNA eller RNA som används tillsammans med den “förberedande maskinen” QIAsymphony”

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Skillnad på Taq-man och sybr-green?

A

Taq-man

  • Taq-polymeras
  • Enkelsträngat DNA
  • Prober-> flouroscens
    • ​Reporter och sequncer
      • Flouroscens när de skiljs åt

SYBR-green

Sybr-green binder allt dubbelsträngat DNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Beskriv MALDI-TOF

A
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Beskriv urinodling

  • Vilka plattor?
  • När läser man av?
  • Cfu?
  • Hur görs bedömning
  • Interferenser?
  • Primär patogen
A
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Hur kan du skilja på gram+ och gram- bakterie i mikroskop?

A
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Stegen i en gramfärgning

A
17
Q

Beskriv slidex

A
  • Gruppera streptokocker
  • Antikroppar riktade mot resp grupp
18
Q

beskriv oxidas test

A

oxidation av cytokrom c i närvaro av syre -> psudomonas

19
Q

beskriv indolspot

A
20
Q

Beskriv snabbtestet motiliti

A
21
Q

staphaurex plus snabbtest beskriv

A
22
Q

Anmälningsplikt och smittspårning på vilka ?

A
23
Q

Resistensbestämning?

A
24
Q

Resistensmekanismer

MRSA

VRE

ESBL

A

MRSA : methicillinresistenta staphylococcus aureus MecA

VRE : Vankomycinresistenta enterokocker Van A och Van B

ESBL: Nedsatt känslighet för cefalosoporiner, karbapenemer eller minst 3 antibiotika grupper samtidigt STX1 och 2, impenim

25
Q

Vilka plattor till:

Aerob odling

Anaerob odling

Luft/NPH

Svalg

A
26
Q

Hur fungerar bacT/altert dvs automatisk avläsning av blododlingsflaskor?

A
  • Flaskorna inkuberas i 36 grader under 6 dygn, vissa frågeställningar förlänger processen till 10 dygn.
  • Avläsning sker var 10:onde minut.
  • Tillväxande bakterier bildar CO2, vilket förändrar pH och påverkar sensorn i flaskans botten.
  • Ju mer CO2 desto mer ljus reflekteras.
  • Positiva flaskor larmar
27
Q

Berätta om uriselect som används vid urinodling

Hur växer:

E.coli

Klebsiella

Citrobacter

Proteus

Psuedomonas

Enterokocker

GBS

S.aureus

S saprofyticus

A

Näringsrik bas med peptoner och tryptofan samt kromogen blandning som möjliggör detektion av enzymaktiviteter.

E.coli: Rosa

Klebsiella: Blå

Citrobacter: Blå

Proteus: Brun/gul

Psuedomonas: Färglös

Enterokocker: Turkos

GBS: Färglös

S.aureus: Gul/vit

S saprofyticus: Rosa/vitrosa

28
Q

berätta kort om följande plattor/rör:

Blod

Cefoxitinrör

CLED

FAB-buljong

Hematin

Res

Streptokock

XLd

Yersinia

A

Blod:

  • Flesta bakterier växer
  • Hästblod
  • Tryptofan -> påvisa indol pos bakterier

Cefoxitinrör

  • Misstanke på MRSA
  • Cefoxitin och aztreonam -> mrsa överlever, s.aureus dör

CLED

  • G- tarmpatogener
  • Laktos och bromtymolblått
  • Blågrönt -> gult vid växt

FAB-buljong

  • Anrikning av aerober och anaerober
  • Mkt näringsrik
  • Aerober växer högst upp och anaerober längst ned

Hematin

  • krävande bakterier
  • Extra näring, hästblod och uppvärmt blod -> hemoglobin-> hematin

Res

  • Resistensbestämningar

Streptokock

  • Hemolytiska streptokocker
  • Antibiotika (colistin och oxolinicin) hämmar växt av stafylockocker och g- stavar
  • Gjuts i dubbelskikt för att b-hemolys ska framträda bättre

XLD

  • Salmonella och shigella
  • Natriumdeoxycolat
  • Svarta kolonier : salmonella (H2S produktion)
  • Shigella : rosa

Yersinia

  • För påvisning av yersina hämmar övrig faecesflora
29
Q

Vilka grupper kan ESBL delas in i ?

A
  • Klassisk
  • Plasmidmedierad AmpC
  • Karbapenemas (carba)
30
Q

Berätta om EHEC

A

Virulensfaktorer:

  • Producerar shigatoxin
  • 2 typer kodas av STX 1 och 2
  • Intimin -> vidhäftning till tarmepitelet
  • Leder till blodig diarre
  • Kan orsaka HUS (risk störst hos små barn)
31
Q

Vilka kontroller görs på odlingssubstrat?

A
  • Föroreingskontroll: kontrollera så inget växer på dessa
  • Substratkontroll : kontrollera mot gammal platta att de växer likadant
32
Q

Vilka bakterier kan orsaka ESBL

A

E.coli, klebsiella

33
Q

Vad gäller för klamydia?

A
  • Ingen förbehandling
  • Vid positivt resultat körs de om för bekträftelse
  • Slemmigt prov -> kan spädas med NaCL
34
Q

Vad gäller för gonorre?

A
  • Positivt prov körs om för att bekräfta
  • Odlas ut vid pos för verifiering
    • Pos pcr men negativ odling?
      • PCR detekterar DNA/RNA även om bakterier är döda, för odling måste bakterien leva
35
Q

Vad är QIAsymphony?

A

Extraktions och provsättningsrobot som använd tillsammans med rotogen.

Extraktion utför med magnetpartikelteknik som möjliggör rening av nukleinsyror. Detta sker i 4 steg:

  • Lysering
  • Bindning
  • Tvätt
  • Eluering

Provsättningsdelen blandar mastermix, pipitterar reagens och prover till rotorgen ring som analyseras med PCR teknik.

36
Q

Vad är viktigt att veta om clostridium difficle och vad som detekteras?

A
  • Kan kolonisera i tarm efter antibiotikabehandlimg
  • Svår diarre-> livshotande..
  • Virulensfaktorer: Enterotoxin A och cytotoxin B
    • Kan också ha binärt toxin
  • Analysen detekterar gener för toxin B, binärt toxin och ribotyp 027