Mikrobiologi Flashcards
Atypiska luftvägsbakterier
- Exemepl på bakterier
- Vad orsakar dem ofta?
- provmatrial
- Provrör
- Hur analyseras de?
Bakterier
Mycoplasma pneumoni (DNA)
Legionella Pneumophilia (DNA)
Chlamydophia pneumoniae (DNA)
Chlamydophia pitassci (DNA)
Orsakar: samhällsförvärvad lunginflammation
Provmatrial
- BAL
- sputum
- Tracheasekret
- Bronksekret
- Prov från bakre svalgvägg
Provrör: Eswab
Maskin: BDmax och PCR
Faeces patogener
- Bakterier
- Vad orsakas
- Provmatrial
- Provrör
- Analys
Bakterier
- Salmonella
- Shigella
- Yersinia
- Campylobackter
- EHEC
- ETEC
Vad orsakas: diarresjukdom
Provmatrial: feaces, rektalt pinnprov
Provrör: Eswab
PCR BdMax:
- Salmonella
- Shigella
- Yersinia
- Campylobackter
- EHEC
- ETEC
Rutinodling pos PCR:
Salmonella: CLED (36 grader 1-2 dygn), Rappaortbuljong ->XLD (36 grader, 1 dygn)
Shigella: CLED, XLD
Yersinia: CLED och yersiniaplatta (36 grader, 1-2 dygn)
Aerob sårodling
- Primär patogener
- Provmatrial
- Odling
- Felkällor
Primär patogener
Sår
- S.aureus
- Streptokocker A,C,G
- GBS
Öga/öra
- H.influenza
- Pneumokocker
- Moraxella catharllis
Provmatrial :Ytliga sår,
Odling
Aerob blodplatta: 36 grader, 1-2 dygn
Hematinplatta: 36 grader, CO2, 1-2 dygn
Streptokockplatta: 36 grader, CO2, 1-2 dygn
Felkällor
Rengöring vid provtagningen
Svalgodling
- Vad orsakar främst infektion?
- Odling
Vad orsakar främst infektion?
- Betahemolytiska streptokocker A,C,G
- GBS kan förekomma
Odling
- Streptokockplatta (prickas med bactracin + erytromyocin)
- 36 grader, CO2
Utökad odling: Hematinplatta
NPH odling
- Orsakar infektioner
- provmatrial
- Odling
Orsakar infektioner
- Haemophilus influenzae
- pneumokocker
- betahemolytiska streptokocker A,C,G
- Moraxella catharralis
- meningokocker
provmatrial: NPH sekret, eSWAB
Odling
- Streptokockplatta (prickas med optochinlapp)
- CO2, 36 grader, 2 dygn
Jästsvampodling
- Exempel på svamp
- Provmatrial
- Princip analys
Exempel på svamp: Candidad albicans
Provmatrial: Sekret, borstprov från oesophagus, ventrikelsköljvätska, sår, svalg, genitalier
Princip analys
- Odling sker på chromagar avsedd för odling och identifiering av jästsvamp, typning med MALDI-TOF.
- Vid odling frånoesophagus och ventrikel görs även hematinplatta
- Direktmikroskopi: Ospätt provmatrial: Gramfärga, mikroskopera
Blododling
- Vanliga arter
- Indikation
- Odling
- Interferenser
Vanliga arter: E.coli och staf aureus
Indikation: Sepsis
Mätprincip BacT/Alert ViruO
- Odling av blod i aerob och anaerob flaska som inkuberas i 36 grader. Definitionen av blododling är 2 flaskor (aerib/anaerob) tagna vid samma sticktillfälle).
- Flaskorna odlas i 6 dygn.
Odling
- Hematinplatta (36 grader, CO2)
- Aerob blodplatta (pricka med cefoxitin och aztreonam) (36 grader)
- Anaerob blodplatta (gentamicin) (36 grader anaerob)
- RES
Mikroskopering för att se g-s,g+stav, g+k,g-k….
Interferenser
- För låg blodvolym gör att baktermängden hamnar under detektionsnivån
- För hög blodvolym kan ge falskt pos flaskor
- Fördröjd inkubering kan omöjliggöra viktigt provsvar
- Flaskor förvarade i ljus kan påverka sensorn i botten-> felaktigt resultat
Princip för BDmax och princip för PCR.
Automatiserad robot:
- Extraktion, provsättning, amplifiering och detektion.
- Extraktion med magnetpartikelteknik
- rening av DNA 4 steg:
- Lysering, bindning, tvättning och eluerling,
- Eluat blandas med mastermix och pipitteras till PCR kasset.
- Amplifiering och detektion sker med mikrofluidteknik
PCR :
Thermocykler i definerat anatal cykler.
Tre temperatur faser
- 95 grader: denaturering, bryter sönder vätebindingarna i dubbelsträngat DNA till enkelsträngat
- 52 grader: Hybridisering/anneling: primers binder in till målsekvensen hos enkelsträngat DNA.
- 72 grader: förlängning av enkelsträngat DNA med oligonukleotider och dna polymeras katalyserar reaktionen.
Resultat läses som CT värde, eller smältkurveanalys
Beskriv detektion av MRSA
SYBR-green
Näsa,svalg perineum ->
Nuc-screen
- Provmatrial anrikas i semiselektiv buljong och inkuberas i 16-24h i 36 grader.
- DNA-extraktion
- DNA-eluat körs i kvantitativ realtids PCR; med avseende på Nuc genen som finns hos s.aureus.
Över cut-off -> negativ
Verifiering
- Positiva prover odlas ut på selektiv och icke selektiv agarplatta. (MRSA (rosa kolonnier) och blod)
- Misstänkt växt av MRSA analyseras för NUC genen och mec A genen i kvantitativ realtids PCR.
Mec A är markör för MRSA!
VRE detektion
rektum, faeces -> Anrikning i ent-rör, vankomyocin i röret ->
screen Van A och Van B -> pos-> odling vre select, blod -> MALDI-> verifiering VAN A och VAN B.
- Enterococcus fecalis/facium -> VRE
Rotor-gen Q princip
Temperatur / cykelsystem för realtids PCR med amplifiering och hybridisering av DNA eller RNA som används tillsammans med den “förberedande maskinen” QIAsymphony”
Skillnad på Taq-man och sybr-green?
Taq-man
- Taq-polymeras
- Enkelsträngat DNA
- Prober-> flouroscens
- Reporter och sequncer
- Flouroscens när de skiljs åt
- Reporter och sequncer
SYBR-green
Sybr-green binder allt dubbelsträngat DNA
Beskriv MALDI-TOF
Beskriv urinodling
- Vilka plattor?
- När läser man av?
- Cfu?
- Hur görs bedömning
- Interferenser?
- Primär patogen
Hur kan du skilja på gram+ och gram- bakterie i mikroskop?
Stegen i en gramfärgning
Beskriv slidex
- Gruppera streptokocker
- Antikroppar riktade mot resp grupp
beskriv oxidas test
oxidation av cytokrom c i närvaro av syre -> psudomonas
beskriv indolspot
Beskriv snabbtestet motiliti
staphaurex plus snabbtest beskriv
Anmälningsplikt och smittspårning på vilka ?
Resistensbestämning?
Resistensmekanismer
MRSA
VRE
ESBL
MRSA : methicillinresistenta staphylococcus aureus MecA
VRE : Vankomycinresistenta enterokocker Van A och Van B
ESBL: Nedsatt känslighet för cefalosoporiner, karbapenemer eller minst 3 antibiotika grupper samtidigt STX1 och 2, impenim
Vilka plattor till:
Aerob odling
Anaerob odling
Luft/NPH
Svalg
Hur fungerar bacT/altert dvs automatisk avläsning av blododlingsflaskor?
- Flaskorna inkuberas i 36 grader under 6 dygn, vissa frågeställningar förlänger processen till 10 dygn.
- Avläsning sker var 10:onde minut.
- Tillväxande bakterier bildar CO2, vilket förändrar pH och påverkar sensorn i flaskans botten.
- Ju mer CO2 desto mer ljus reflekteras.
- Positiva flaskor larmar
Berätta om uriselect som används vid urinodling
Hur växer:
E.coli
Klebsiella
Citrobacter
Proteus
Psuedomonas
Enterokocker
GBS
S.aureus
S saprofyticus
Näringsrik bas med peptoner och tryptofan samt kromogen blandning som möjliggör detektion av enzymaktiviteter.
E.coli: Rosa
Klebsiella: Blå
Citrobacter: Blå
Proteus: Brun/gul
Psuedomonas: Färglös
Enterokocker: Turkos
GBS: Färglös
S.aureus: Gul/vit
S saprofyticus: Rosa/vitrosa
berätta kort om följande plattor/rör:
Blod
Cefoxitinrör
CLED
FAB-buljong
Hematin
Res
Streptokock
XLd
Yersinia
Blod:
- Flesta bakterier växer
- Hästblod
- Tryptofan -> påvisa indol pos bakterier
Cefoxitinrör
- Misstanke på MRSA
- Cefoxitin och aztreonam -> mrsa överlever, s.aureus dör
CLED
- G- tarmpatogener
- Laktos och bromtymolblått
- Blågrönt -> gult vid växt
FAB-buljong
- Anrikning av aerober och anaerober
- Mkt näringsrik
- Aerober växer högst upp och anaerober längst ned
Hematin
- krävande bakterier
- Extra näring, hästblod och uppvärmt blod -> hemoglobin-> hematin
Res
- Resistensbestämningar
Streptokock
- Hemolytiska streptokocker
- Antibiotika (colistin och oxolinicin) hämmar växt av stafylockocker och g- stavar
- Gjuts i dubbelskikt för att b-hemolys ska framträda bättre
XLD
- Salmonella och shigella
- Natriumdeoxycolat
- Svarta kolonier : salmonella (H2S produktion)
- Shigella : rosa
Yersinia
- För påvisning av yersina hämmar övrig faecesflora
Vilka grupper kan ESBL delas in i ?
- Klassisk
- Plasmidmedierad AmpC
- Karbapenemas (carba)
Berätta om EHEC
Virulensfaktorer:
- Producerar shigatoxin
- 2 typer kodas av STX 1 och 2
- Intimin -> vidhäftning till tarmepitelet
- Leder till blodig diarre
- Kan orsaka HUS (risk störst hos små barn)
Vilka kontroller görs på odlingssubstrat?
- Föroreingskontroll: kontrollera så inget växer på dessa
- Substratkontroll : kontrollera mot gammal platta att de växer likadant
Vilka bakterier kan orsaka ESBL
E.coli, klebsiella
Vad gäller för klamydia?
- Ingen förbehandling
- Vid positivt resultat körs de om för bekträftelse
- Slemmigt prov -> kan spädas med NaCL
Vad gäller för gonorre?
- Positivt prov körs om för att bekräfta
- Odlas ut vid pos för verifiering
- Pos pcr men negativ odling?
- PCR detekterar DNA/RNA även om bakterier är döda, för odling måste bakterien leva
- Pos pcr men negativ odling?
Vad är QIAsymphony?
Extraktions och provsättningsrobot som använd tillsammans med rotogen.
Extraktion utför med magnetpartikelteknik som möjliggör rening av nukleinsyror. Detta sker i 4 steg:
- Lysering
- Bindning
- Tvätt
- Eluering
Provsättningsdelen blandar mastermix, pipitterar reagens och prover till rotorgen ring som analyseras med PCR teknik.
Vad är viktigt att veta om clostridium difficle och vad som detekteras?
- Kan kolonisera i tarm efter antibiotikabehandlimg
- Svår diarre-> livshotande..
- Virulensfaktorer: Enterotoxin A och cytotoxin B
- Kan också ha binärt toxin
- Analysen detekterar gener för toxin B, binärt toxin och ribotyp 027
