Mikrobiologi Flashcards

1
Q

Atypiska luftvägsbakterier

  • Exemepl på bakterier
  • Vad orsakar dem ofta?
  • provmatrial
  • Provrör
  • Hur analyseras de?
A

Bakterier

Mycoplasma pneumoni (DNA)

Legionella Pneumophilia (DNA)

Chlamydophia pneumoniae (DNA)

Chlamydophia pitassci (DNA)

Orsakar: samhällsförvärvad lunginflammation

Provmatrial

  • BAL
  • sputum
  • Tracheasekret
  • Bronksekret
  • Prov från bakre svalgvägg

Provrör: Eswab

Maskin: BDmax och PCR

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Faeces patogener

  • Bakterier
  • Vad orsakas
  • Provmatrial
  • Provrör
  • Analys
A

Bakterier

  • Salmonella
  • Shigella
  • Yersinia
  • Campylobackter
  • EHEC
  • ETEC

Vad orsakas: diarresjukdom

Provmatrial: feaces, rektalt pinnprov

Provrör: Eswab

PCR BdMax:

  • Salmonella
  • Shigella
  • Yersinia
  • Campylobackter
  • EHEC
  • ETEC

Rutinodling pos PCR:

Salmonella: CLED (36 grader 1-2 dygn), Rappaortbuljong ->XLD (36 grader, 1 dygn)

Shigella: CLED, XLD

Yersinia: CLED och yersiniaplatta (36 grader, 1-2 dygn)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Aerob sårodling

  • Primär patogener
  • Provmatrial
  • Odling
  • Felkällor
A

Primär patogener

Sår

  • S.aureus
  • Streptokocker A,C,G
  • GBS

Öga/öra

  • H.influenza
  • Pneumokocker
  • Moraxella catharllis

Provmatrial :Ytliga sår,

Odling

Aerob blodplatta: 36 grader, 1-2 dygn

Hematinplatta: 36 grader, CO2, 1-2 dygn

Streptokockplatta: 36 grader, CO2, 1-2 dygn

Felkällor

Rengöring vid provtagningen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Svalgodling

  • Vad orsakar främst infektion?
  • Odling
A

Vad orsakar främst infektion?

  • Betahemolytiska streptokocker A,C,G
  • GBS kan förekomma

Odling

  • Streptokockplatta (prickas med bactracin + erytromyocin)
  • 36 grader, CO2

Utökad odling: Hematinplatta

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

NPH odling

  • Orsakar infektioner
  • provmatrial
  • Odling
A

Orsakar infektioner

  • Haemophilus influenzae
  • pneumokocker
  • betahemolytiska streptokocker A,C,G
  • Moraxella catharralis
  • meningokocker

provmatrial: NPH sekret, eSWAB

Odling

  • Streptokockplatta (prickas med optochinlapp)
  • CO2, 36 grader, 2 dygn
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Jästsvampodling

  • Exempel på svamp
  • Provmatrial
  • Princip analys
A

Exempel på svamp: Candidad albicans

Provmatrial: Sekret, borstprov från oesophagus, ventrikelsköljvätska, sår, svalg, genitalier

Princip analys

  • Odling sker på chromagar avsedd för odling och identifiering av jästsvamp, typning med MALDI-TOF.
  • Vid odling frånoesophagus och ventrikel görs även hematinplatta
  • Direktmikroskopi: Ospätt provmatrial: Gramfärga, mikroskopera
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Blododling

  • Vanliga arter
  • Indikation
  • Odling
  • Interferenser
A

Vanliga arter: E.coli och staf aureus

Indikation: Sepsis

Mätprincip BacT/Alert ViruO

  • Odling av blod i aerob och anaerob flaska som inkuberas i 36 grader. Definitionen av blododling är 2 flaskor (aerib/anaerob) tagna vid samma sticktillfälle).
  • Flaskorna odlas i 6 dygn.

Odling

  • Hematinplatta (36 grader, CO2)
  • Aerob blodplatta (pricka med cefoxitin och aztreonam) (36 grader)
  • Anaerob blodplatta (gentamicin) (36 grader anaerob)
  • RES

Mikroskopering för att se g-s,g+stav, g+k,g-k….

Interferenser

  • För låg blodvolym gör att baktermängden hamnar under detektionsnivån
  • För hög blodvolym kan ge falskt pos flaskor
  • Fördröjd inkubering kan omöjliggöra viktigt provsvar
  • Flaskor förvarade i ljus kan påverka sensorn i botten-> felaktigt resultat
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Princip för BDmax och princip för PCR.

A

Automatiserad robot:

  • Extraktion, provsättning, amplifiering och detektion.
  • Extraktion med magnetpartikelteknik
  • rening av DNA 4 steg:
    • Lysering, bindning, tvättning och eluerling,
  • Eluat blandas med mastermix och pipitteras till PCR kasset.
  • Amplifiering och detektion sker med mikrofluidteknik

PCR :

Thermocykler i definerat anatal cykler.

Tre temperatur faser

  • 95 grader: denaturering, bryter sönder vätebindingarna i dubbelsträngat DNA till enkelsträngat
  • 52 grader: Hybridisering/anneling: primers binder in till målsekvensen hos enkelsträngat DNA.
  • 72 grader: förlängning av enkelsträngat DNA med oligonukleotider och dna polymeras katalyserar reaktionen.

Resultat läses som CT värde, eller smältkurveanalys

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Beskriv detektion av MRSA

A

SYBR-green

Näsa,svalg perineum ->

Nuc-screen

  1. Provmatrial anrikas i semiselektiv buljong och inkuberas i 16-24h i 36 grader.
  2. DNA-extraktion
  3. DNA-eluat körs i kvantitativ realtids PCR; med avseende på Nuc genen som finns hos s.aureus.

Över cut-off -> negativ

Verifiering

  1. Positiva prover odlas ut på selektiv och icke selektiv agarplatta. (MRSA (rosa kolonnier) och blod)
  2. Misstänkt växt av MRSA analyseras för NUC genen och mec A genen i kvantitativ realtids PCR.

Mec A är markör för MRSA!

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

VRE detektion

A

rektum, faeces -> Anrikning i ent-rör, vankomyocin i röret ->

screen Van A och Van B -> pos-> odling vre select, blod -> MALDI-> verifiering VAN A och VAN B.

  • Enterococcus fecalis/facium -> VRE
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Rotor-gen Q princip

A

Temperatur / cykelsystem för realtids PCR med amplifiering och hybridisering av DNA eller RNA som används tillsammans med den “förberedande maskinen” QIAsymphony”

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Skillnad på Taq-man och sybr-green?

A

Taq-man

  • Taq-polymeras
  • Enkelsträngat DNA
  • Prober-> flouroscens
    • ​Reporter och sequncer
      • Flouroscens när de skiljs åt

SYBR-green

Sybr-green binder allt dubbelsträngat DNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Beskriv MALDI-TOF

A
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Beskriv urinodling

  • Vilka plattor?
  • När läser man av?
  • Cfu?
  • Hur görs bedömning
  • Interferenser?
  • Primär patogen
A
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Hur kan du skilja på gram+ och gram- bakterie i mikroskop?

A
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Stegen i en gramfärgning

17
Q

Beskriv slidex

A
  • Gruppera streptokocker
  • Antikroppar riktade mot resp grupp
18
Q

beskriv oxidas test

A

oxidation av cytokrom c i närvaro av syre -> psudomonas

19
Q

beskriv indolspot

20
Q

Beskriv snabbtestet motiliti

21
Q

staphaurex plus snabbtest beskriv

22
Q

Anmälningsplikt och smittspårning på vilka ?

23
Q

Resistensbestämning?

24
Q

Resistensmekanismer

MRSA

VRE

ESBL

A

MRSA : methicillinresistenta staphylococcus aureus MecA

VRE : Vankomycinresistenta enterokocker Van A och Van B

ESBL: Nedsatt känslighet för cefalosoporiner, karbapenemer eller minst 3 antibiotika grupper samtidigt STX1 och 2, impenim

25
Vilka plattor till: Aerob odling Anaerob odling Luft/NPH Svalg
26
Hur fungerar bacT/altert dvs automatisk avläsning av blododlingsflaskor?
* Flaskorna inkuberas i 36 grader under 6 dygn, vissa frågeställningar förlänger processen till 10 dygn. * Avläsning sker var 10:onde minut. * Tillväxande bakterier bildar CO2, vilket förändrar pH och påverkar sensorn i flaskans botten. * Ju mer CO2 desto mer ljus reflekteras. * Positiva flaskor larmar
27
Berätta om uriselect som används vid urinodling Hur växer: E.coli Klebsiella Citrobacter Proteus Psuedomonas Enterokocker GBS S.aureus S saprofyticus
Näringsrik bas med peptoner och tryptofan samt kromogen blandning som möjliggör detektion av enzymaktiviteter. E.coli: Rosa Klebsiella: Blå Citrobacter: Blå Proteus: Brun/gul Psuedomonas: Färglös Enterokocker: Turkos GBS: Färglös S.aureus: Gul/vit S saprofyticus: Rosa/vitrosa
28
berätta kort om följande plattor/rör: Blod Cefoxitinrör CLED FAB-buljong Hematin Res Streptokock XLd Yersinia
Blod: * Flesta bakterier växer * Hästblod * Tryptofan -\> påvisa indol pos bakterier Cefoxitinrör * Misstanke på MRSA * Cefoxitin och aztreonam -\> mrsa överlever, s.aureus dör CLED * G- tarmpatogener * Laktos och bromtymolblått * Blågrönt -\> gult vid växt FAB-buljong * Anrikning av aerober och anaerober * Mkt näringsrik * Aerober växer högst upp och anaerober längst ned Hematin * krävande bakterier * Extra näring, hästblod och uppvärmt blod -\> hemoglobin-\> hematin Res * Resistensbestämningar Streptokock * Hemolytiska streptokocker * Antibiotika (colistin och oxolinicin) hämmar växt av stafylockocker och g- stavar * Gjuts i dubbelskikt för att b-hemolys ska framträda bättre XLD * Salmonella och shigella * Natriumdeoxycolat * Svarta kolonier : salmonella (H2S produktion) * Shigella : rosa Yersinia * För påvisning av yersina hämmar övrig faecesflora
29
Vilka grupper kan ESBL delas in i ?
* Klassisk * Plasmidmedierad AmpC * Karbapenemas (carba)
30
Berätta om EHEC
Virulensfaktorer: * Producerar shigatoxin * 2 typer kodas av STX 1 och 2 * Intimin -\> vidhäftning till tarmepitelet * Leder till blodig diarre * Kan orsaka HUS (risk störst hos små barn)
31
Vilka kontroller görs på odlingssubstrat?
* Föroreingskontroll: kontrollera så inget växer på dessa * Substratkontroll : kontrollera mot gammal platta att de växer likadant
32
Vilka bakterier kan orsaka ESBL
E.coli, klebsiella
33
Vad gäller för klamydia?
* Ingen förbehandling * Vid positivt resultat körs de om för bekträftelse * Slemmigt prov -\> kan spädas med NaCL
34
Vad gäller för gonorre?
* Positivt prov körs om för att bekräfta * Odlas ut vid pos för verifiering * Pos pcr men negativ odling? * PCR detekterar DNA/RNA även om bakterier är döda, för odling måste bakterien leva
35
Vad är QIAsymphony?
Extraktions och provsättningsrobot som använd tillsammans med rotogen. Extraktion utför med magnetpartikelteknik som möjliggör rening av nukleinsyror. Detta sker i 4 steg: * Lysering * Bindning * Tvätt * Eluering Provsättningsdelen blandar mastermix, pipitterar reagens och prover till rotorgen ring som analyseras med PCR teknik.
36
Vad är viktigt att veta om clostridium difficle och vad som detekteras?
* Kan kolonisera i tarm efter antibiotikabehandlimg * Svår diarre-\> livshotande.. * Virulensfaktorer: Enterotoxin A och cytotoxin B * Kan också ha binärt toxin * Analysen detekterar gener för toxin B, binärt toxin och ribotyp 027