Microbioom Flashcards
Endosymbiose theorie
De endosymbiose theorie stelt dat uit een simpele prokaryote cel een ingewikkelde eukaryote cel is ontstaan. Je begint met een prokaryote cel. Het celmembraan gaat instulpen en begint met het vormen van een kernmembraan en endoplasmatisch reticulum. Vervolgens komen er aerobe bacteriën de cel binnen die in de cel ontwikkelen tot mitochondriën. Er is dan een heterotrofe cel ontstaan. Er kunnen ook nog autrotrofe cyanobacteriën binnendringen die dan kunnen ontwikkelen tot chloroplasten. Zo is er een autrotrofe eukaryoot ontstaan met meerdere celorganellen.
Wat zijn de overeenkomsten en verschillen tussen prokaryoten en eukaryoten?
Prokaryoten en eukaryoten hebben allebei een celmembraan, een celwand en circulair DNA. Het verschil is dat eukaryoten veel complexer zijn doordat ze celorganellen hebben en het DNA in de celkern ligt in plaats van los in de cel.
Wat zijn de overeenkomsten tussen mitochondriën en bacteriën?
Celmembraan
Circulair DNA
N-formyl-methionine als transcriptiestart (ipv methionine)
Reproductie door splitsing
Indeling taxonomie
Leven - Domeinen - Rijken - Phylum - Klasse - Orde - Familie - Geslacht - Soort - Stam (bij sommige bacteriën)
Hoe verder naar onderen, hoe meer verschil.
Hoe kun je virussen of bacteriën identificeren?
Je kunt de bacteriën kweken, maar dit is vaak lastig en duurt heel lang. Je kunt het DNA analyseren door whole genome sequencing waarin je heel diep sequenced. Meestal wordt gebruik gemaakt van 16S sequencing. je sequencet dan 1 gen, maar wel minder diep.
Wat is 16S sequencing?
16S is een deel ribosomaal RNA. Het is niet eiwitcoderend. Je kunt 16S, 23S en 5S gebruiken om DNA te analyseren maar 16S is het makkelijkst. 16S rRNA heeft constante en variabele delen. Het RNA ga je eerst met PCR amplificeren met een primer op het constante deel. Vervolgens kun je het geamplificeerde stuk RNA sequencen. Als je dit vergelijkt met andere stukjes kun je de bacterie identificeren.
Welke twee soorten diversiteit zijn er?
Alfa diversiteit = diversiteit binnen 1 sample, dus het aantal verschillende bacteriën in 1 sample
Beta diversiteit = de variatie tussen 2 samples
Wat zijn de voordelen van ons microbioom?
Helpt bij vertering van voedsel
Productie Small Chain Fatty Acids en andere metabole producten die de colonocyten ondersteunen en helpen bij homeostase van het lichaam
Vorming van vitamines
Helpt het immuunsysteem te vormen
Bij welke ziektebeelden speelt het microbioom een rol?
Helicobacter pylori / maagzweer
IBD
Clostridium Difficile
Coloncarcinoom
Welke reactie vind plaats door de helicobacter pylori bacterie?
Urea + H2O –> CO2 + NH3
Deze omzetting gebeurt door het enzym urease
Welke stappen worden doorlopen voordat er maagkanker ontstaat na helicobacter pylori?
Normale mucosa - superficiële gastritis - chronische inflammatie - atrofische gastritis - intestinale metaplasie - dysplasie - carcinoma
Hoe kun je helicobacter pylori detecteren?
Invasieve methode:
- Gastroscopie met biopt –> kweken, biopt naar patholoog voor histologie, testen op urease activiteit
Non-invasief
- Ademtest: urea in een drankje geven en de hoeveelheid NH3 in de uitademingslucht meten
- Feces antigeen test
- Antilichaam in serum
Wat zijn de immunologische kenmerken van IBD?
Defect in het innate immuunsysteem
Versterkt adaptief immuunsysteem
Verlies van tolerantie voor het microbioom
Welke factoren bepalen het succes van een poeptransplantatie?
Leeftijd
CD of UC
Ziekte-activiteit bij het begin van de behandeling
Super donor: hoge alfa diversiteit
Wat zijn symptomen van clostridium difficile?
Buikpijn, koorts, diarree, gewichtsvrlies, toxisch megacolon, sepsis
