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CM MICROBIO > Microbiologie Médicale Et Infectiologie Pt1 > Flashcards

Microbiologie Médicale Et Infectiologie Pt1 Flashcards

1
Q

3 grandes étapes du traitement des échantillons

A
  1. Pré-analytique
  2. Analytique
  3. Post-analytique
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Q

Décrire l’étape pré-analytique du traitement des échantillons

A
  1. Collecte des specimens
  2. Identification des specimens
  3. Transport des specimens
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3
Q

Décrire l’étape analytique du traitement des échantillons

A

Procédures et analyses effectuées au laboratoire

  1. Étalement de l’échantillon sur une lame microscopique (coloration de Gram)
  2. Étalement de l’échantillon sur des géloses (milieux nutritifs pour les bactéries)
  3. Géloses sont mises dans des incubateurs à 37 degrès
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4
Q

3 types de gélose

A
  1. Gélose sang de mouton
  2. Gélose chocolat
  3. Gélose MacConkey

Le choix de la gélose va dépendre du type d’infection suspectée

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5
Q

Atmosphères d’incubation

A

Pous satisfaire les exigences des bactéries, certaines géloses seront incubées:
1. Dans une étuve à l’air ambiant (21% d’O2)
2. Dans une étuve à CO2
3. Dans une tente anaérobie (permet la survie et la croissance des bactéries anaérobies strictes)

Dépend encore une fois du type de bactérie suspectée

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6
Q

V ou F?
Les géloses sont incubées à 37 degrès et examinées le lendemain

A

Vrai

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7
Q

3 tests analytiques que l’on peut faire une fois que les géloses ont été incubées

A
  1. Hémolyse (aide à détecter les SGA bêta-hémolytique)
  2. Coagulase (ex: S.aureus)
  3. Catalase
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8
Q

Durant l’étape analyse, à quoi sert la machine de la diapo 17?

A
  1. On met des colonies de bactéries dans les trous de la lame et on met la lame dans la machine en question
  2. La machine va permettre de nous donner le spectre d’analyse de ce qui compose la bactérie
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9
Q

Décrire l’étape post-analytique du traitement des échantillons

A
  1. Rapporter les résultats
  2. Transmettre les résultats
  3. Interpréter les résultats
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10
Q

Quand le médecin doit-il prescrire des hémocultures?

A

1. Patient qui présente de la fièvre avec des signes d’atteinte systémique sévères
- atteinte de l’état général
- frissons solennels
- TA basse

2. Lorsque certains dx graves sont évoqués
- méningite
- endocardite

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11
Q

En général, cmb d’hémocultures va prescrire le md et cmb d’hémocultures va prélever l’infirmière?

A
  1. Le médecin prescrit 2 hémocultures
    - 1 hémoculture = 2 bouteilles
  2. L’infirmière prélève 4 bouteilles
    - correspond à 2 hémocultures
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12
Q

Comment procéder au prélèvement?

A

Voir les photos qui décrivent les étapes dans le powerpoint (slide 26 et 27)

Important de nettoyer 2 fois la peau avant de procéder au prélèvement

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13
Q

Hémoculture
Avant le prélèvement, il y a déjà des liquides dans les bouteilles d’hémoculture (p.ex: des anticoagulants)

A

Vrai

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14
Q

Quel est le volume de sang «idéal» par hémoculture?

A

20 mL

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15
Q

Quel est le ratio bouillon/sang par bouteille?

A

10 mL

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16
Q

Pourquoi prélever 2 hémocultures (aka 40 mL de sang)

A

La probabilité de trouver la bactérie dans le sang dépend du volume de sang cultivé
- plus le volume est grand, plus la probabilité est haute
- risque « coût-bénéfice» devient moins intéressant après 40 mL
- le volume de sang prélever est le facteur le plus important pour trouver des bactéries dans le sang (si elles sont présentes)

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17
Q

Dans quels cas devrait-on prescrire + que 2 hémocultures?

A

1. Endocardite aiguë
- Nécessité d’obtenir 3 hémocultures en < 2h, avant de débuter le traitement

2. Endocardite subaiguë (germe en général peu virulent, patient non instable)
- obtenir 3 hémocultures < 24h, avant de débuter le traitement
- prélever 2 autres hémocultures si la première série est négative après 24 heures.

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18
Q

Pourquoi prélever en 2 temps?

A
  1. Évaluer la contamination cutanée
  2. Évaluer le caractère continu de la bactériémieù
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19
Q

Traitement des hémocultures au laboratoire

A
  1. Dès la réception au labo, les bouteilles d’hémoculture sont déposées dans un appareil qui maintient la température à 37 degrès et qui brasse les bouteilles de façon continue
  2. L’appareil détecte la présence de croissance bactérienne grâce aux métabolites générées par les bactéries dans la bouteille (lorsque les bactéries croissent, elle libèrent du gaz)
  3. Une fois que la machine sonne, la technicienne effectue une coloration de Gram sur le liquide de la bouteille d’hémoculture « positive» (sur lame) et ensemence des milieux de culture (géloses) ce qui permettra d’identifier la bactérie impliquée et de procéder à un antibiogramme
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20
Q

V ou F?
Il est important de savoir quelle bouteille est (sont) positives?

A

Faux.

Un S.epidermis dans les 2 bouteilles d’une hémoculture n’est pas plus significatif que s’il était retrouvé dans une seule bouteille (contaminant probable).

Même si on trouve des bacilles Gram négatif seulement dans la bouteille anaérobie, il peut s’agir d’une bactérie aérobie (anaérobie facultative).

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21
Q

Interprétation des résultats d’hémoculture (bactériémie ou contaminant)

A

Le md doit analyser les indices
La bactérie rapportée est-elle reconnue comme un pathogène ou un colonisant de la peau?

Nombre d’hémoculture positive (pas le nombre de bouteilles)?
1/2 vs 2/2

Après combien d’heures d’incubation l’appareil a-t-il détecté la croissance bactérienne?
- en présence d’une bactériémie, la majorité des hémocultures seront + en moins de 24h (agents infectieux significatifs qui pourraient croître après 24h: bactéries anaérobies, levures, certaines bactéries aérobies fastidieuses)
- les bouteilles d’hémoculture sont incubées un maximum de 5 jours avant de conclure qu’elles sont négatives

Le lien entre le site de l’infection et le germe identifié est-il plausible?
- exemple de lien plausible: présence de Neisseria meningitidis dans l’hémoculture d’un patient hospitalisé pour une méningite
- exemple de lien peu plausible: présence de Streptococcus viridans dans l’hémoculture d’un enfant hospitalisé pour une méningite. Les Streptococcus viridans ne caise pas de méningite.

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22
Q

Est-ce un contaminant?

A

Voir tableau diapo 37.

Note: différence entre pathogène et contaminant:
1. Pathogène: organisme capable de causer une maladie spécifique chez un hôte
2. Contaminant: organisme ou substance étrangère indésirable présente dans un milieu où il n’est pas censé être trouvé, sans nécessairement causer de maladie spécifique

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23
Q

Interprétation des résultats des Gram d’hémoculture

A

Voir diapo 38

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24
Q

Hémoculture et infection de cathéter

A

Les infections de cathéter (veineux ou artériel) peuvent être attribuables à des bactéries de la flore normale de la peau.

La présence de 2/2 hémocultures positives à un germe de la flore normale de la peau (staphylocoque à coagulase négative, Corynebacterium sp., Bacillus sp) devrait évoquer une infection de cathéter vasculaire.

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25
Q

Bactériémie: communautaire ou nosocomiale

A

une bactériémie communautaire est attribuable à une infection acquise dans la communauté si:
- elle survient moins de 48h après l’arrivée à l’hôpital
- ex: patient admis il y a 48h pour une pneumonie. Les hémocultures prélevées à l’arrivée à l’hôpital montrent la présence de Streptococcus pneumoniae

une bactériémie est qualifiée de nosocomiale si:
- elle survient + de 48h après l’arrivée à l’hôpital ET elle est attribuable à une condition infectieuse qui n’était pas présente à l’arrivée à l’hôpital
- ex: accidenté de la route intubé aux soins intensifs depuis 5 jours qui développe une pneumonie. Les hémocultures et les sécrétions trachéales prélevées il y a 48h montrent du S.aureus.

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26
Q

Nommer les 2 types d’examen de labo qui peuvent être réalisés sur un échantillon urinaire.

A
  1. Analyse d’urine (labo de biochimie)
  2. Culture d’urine (labo de microbiologie)
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27
Q

V ou F?
L’urètre distale n’est pas stérile.
L’urine est normalement stérile.

A

Vrai

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28
Q

Comment faire la différence entre la croissance de bactéries qui proviennent de l’urètre (et donc qui ne sont pas stérile) et celles qui proviennent de la vessie (qui est donc techniquement stérile)

A
  1. Technique de prélèvement par mi-jet
  2. Culture quantitative de bactéries
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29
Q

Culture de spécimens urinaires (pré-analytique)

A

L’indication de la culture d’urine est une étape cruciale.
Le clinicien doit questionner le pt pour savoir s’il a des sx ou non.
La présence de bactéries dans les urines sans sx associés (bactériurie asx) nécessite très rarement un tx.

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30
Q

Décrire la technique de prélèvement d’urine par mi-jet chez la femme

A
  1. Écarter le + possible les genoux lorsqu’assis sur la toilette
  2. Avec les mains préalablement lavées, dégager le méat urinaire
  3. Nettoyer la région vulvaire en commençant au-dessus du méat urinaire
  4. Débuter la miction dans la toilette
  5. Par la suite, transférer le pot stérile sous le jet urinaire
  6. Terminer la miction dans la toilette
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31
Q

Décrire la technique de prélèvement d’urine par mi-jet pour l’homme

A
  1. Rétracter le prépuce (si non circoncis)
  2. Avec les mains préalablement lavées, nettoyer la région du méat urinaire
  3. Débuter la miction dans la toilette
  4. Par la suite, transférer le pot stérile sous le jet urinaire
  5. Terminer la miction dans la toilette
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32
Q

ATTENTION: ne pas confondre le prélèvement requis pour les TAAN NG et CT avec le prélèvement requis pour culture d’urine

A
  1. Pour gonorrhée/chlamydia: besoin du début de jet pour TAAN
  2. Pour culture d’urine: besoin du mi-jet
33
Q

Quelle quantité de bactérie est jugée significative lorsqu’on fait une culture d’urine?

A

Décompte bactérien de > 10^8 UFC/L (ou > 10^5 UFC/mL) est traditionnellement jugé significatif

34
Q

V ou F?
Des infections des voies urinaires sont parfois associées à un décompte plus faible (jusqu’à 10^5 UFC/L)

A

Vrai

35
Q

Une culture d’urine mi-jet avec un faible décompte urinaire peut être rapporté comme…

A

…une absence de croissance significative

36
Q

V ou F?
Une culture d’urine positive indique automatiquement un épisode d’infection urinaire

A

Faux

37
Q

Quel est le temps de réponse d’un antibiogramme?

A

48-72h

38
Q

Comment expliquer l’inflammation chez un patient, mais avec une culture d’urine négative?

A
  1. Culture faite après le début des ATB
  2. L’inflammation vient d’ailleurs que l’urine (urètre? Prostate?)
  3. L’inflammation est causée par un moo non cultivable (p.ex: NG n’est pas cultivable sur gélose; on fera PCR à la place)
39
Q

Principaux agents responsables des infections urinaires

A
  1. E. Coli (= principal responsable)
  2. Proteus mirabillis
  3. Klebsiella pneumoniae
  4. Enterococcus spp
  5. Staphylococcus saprophyticus
40
Q

Nommer des sx d’infection urinaire basse (cystite)

A
  1. Brûlements mictionnels
  2. Hématurie macroscopique
  3. Urgence mictionnelle
41
Q

Nommer des sx d’infection urinaire haute (pyélonéphrite)

A
  1. Sx de cystite
  2. Fièvre
  3. Punch rénal + (douleur loge lombaire)
  4. Leucocytose
42
Q

Nommer les différents tests possibles lorsqu’on suspecte une pharyngite à Streptococcus pyogenes

A
  1. Culture de gorge
  2. Dépistage de SGA par test rapide
  3. TAAN
  4. Sérologie ASO
43
Q

La culture de gorge permet la recherche de quels moo?

A

Streptocoque B-hémolytique du groupe A, C et G

44
Q

Étapes de culture de gorge

A
  1. Examiner la gorge
    - rechercher une inflammation des amygdales
    - rechercher des pétéchies
    - rechercher des sécrétions purulentes/exsudat
  2. À l’aide d’un bâtonnet, abaisser la langue
  3. Frotter les amygdales avec une culturette
  4. Identifier l’échantillon
  5. Compléter la requête de labo
    - sur la requête de labo, spécifier que je recherche un SGA, car tu ne veux pas cultiver TOUS les moo de la gorge (il y en a bcp, certains non patho)
45
Q

Culture de gorge: rôle du labo

A
  1. Enregistrement de la demande d’analyse
  2. Ensemencement de la gélose au sang de mouton
  3. Incubation 24h
  4. Examen de la gélose
  5. Absence de colonies B-hémo : négatif
  6. Présence de colonies B-hémo —> nécessité de faire un typage de Lancefield: groupe A? C? G?
46
Q

V ou F?
Lorsque le md prescrit une culture de gorge sans autre précision, les agents infectieux recherchés sont :
- Strepto B hémo du groupe A
- Strepto B hémo du groupe C
- Strepto B hémo du groupe G

A

Vrai

47
Q

Pourquoi indiquer si le pt est allergique à la pénicilline sur la requête?

A

Si le patient n’est pas allergique à la pénicilline
Si le SGA n’a pas montré de résistance significative à la pénicilline, le tx de première intention sera la pénicilline (ou un ATB de la même classe).
Pas besoin de faire d’antibiogramme dans ce cas, car on utilisera la pénicilline (vu l’absence d’allergie chez notre pt)

Si le patient présente une allergie non sévère à la pénicilline
Possibilité de céphalexine/cefadroxil si allergie à la pénicilline non sévère

Si le patient présente une allergie sévère à la pénicilline
ATB comme l’azithromycine/clindamycine pourraient être envisagés, MAIS un antibiogramme sera nécessaire pour déterminer leur efficacité avant l’administration.
Antibiogramme sera seulement fait si le patient est allergique à la pénicilline (pas fait systématiquement).

48
Q

Dépistage de SGA par test rapide

A

Mêmes étapes que pour un test covid.

  1. Dilution/extraction
    - mettre quelques petites gouttes de produit dans éprouvette
    - faire le prélèvement et tremper l’écouvillon dans le produit de l’éprouvette
    - laisser l’écouvillon dans l’éprouvette pendant 1 minute
  2. Test
    - tremper la bandelette dans la solution de l’éprouvette
  3. Résultats
    - après 5 min, regarder les lignes qui auront apparues
49
Q

TAAN vs test rapide vs culture

A

TAAN
Le + sensible
Détecte uniquement SGA
Résultats rapides
Pas d’antibiogramme possible
$ à $$$ (dépend du TAAN utilisé)

Test rapide
Moins sensible que la culture
Détecte uniquement SGA
Résultat en 1 heure si fait sur place
Pas d’antibiogramme possible
$$

Culture de gorge
+ sensible que test rapide
Permet de détecter SGA, SGC, SGG
Résultats après 24h-48h
Antibiogramme possible si pt allergique à la pénicilline
$

50
Q

Détection de SGA dans le cas d’une infection pharyngée via sérologie ASO (anticorps antistreptolysine)

A

Suite à une infection pharyngée par le SGA, il y aura production d’Ac.
- Ac détectables 7-14 jours après le début des sx

Sérologie ASO est utile pour supporter un dx de RAA (une complication immunologique de la pharyngite à Streptococcus pyogenes).

NE PAS FAIRE SI SUSPICION D’INFECTION AUGUË (donc récente) À Streptococcus pyogenes (car les Ac ne seront pas encore présents)

51
Q

Étapes pour la culture de plaie de surface

A
  1. Nettoyer la plaie
  2. Peser sur les tissus au pourtour
  3. Prélever des sécrétions purulentes (par écouvillon, donc sur la requête, tu sélection Nature: écouvillonnage; site: plaie; culture aérobie seulement)
52
Q

Culture de plaie de surface (pus superficiel)

A
  1. Coloration de Gram: on recherche/analyse la présence de:
    - polynucléaires (témoigne de la présence d’inflammation et d’infection)
    - cellules squameuses (témoigne d’un échantillon de moins bonne qualité)
    - bactéries
    La qualité d’un prélèvement de plaie se mesure par: la présence de polynucléaires + l’absence de cellules squameuses
  2. Culture aérobie seulement, car c’est du pus de surface exposé à l’oxygène, donc on recherche seulement les bactéries qui poussent en présence d’oxygène (aérobie) (!!!!!!!)

Note
Souvent contaminée par les bactéries de la flore normale cutanée (ex: staphylocoque coagulase négative, Bacillus spp, Corynebacterium spp).
Choix éditorial des laboratoires sur ce qui est rapporté ou non rapporté.

53
Q

Culture de pus profond

A
  1. Exemples:
    - prélèvement fait en salle d’opération ou par un chirurgien
    - prélèvement fait en radiologie d’intervention
  2. Idéalement, une seringue contenant du pus ou un morceau de tissu prélevé en profondeur (pour éviter contamination)
54
Q

Coloration et type de culture faits sur prélèvement de pus profond

A
  1. Coloration de Gram, on recherche:
    A) polynucléaires
    B) bactéries
    C) PAS de cellules squameuses, car échantillon prélevé en profondeur, loin de la surface de la peau
  2. Culture aérobie et anaérobie

Risque de contamination théoriquement moindre que pour une plaie superficielle

55
Q

Nommer les principaux liquides biologiques normalement stériles

A
  1. Liquide articulaire
  2. Liquide péricardique
  3. Liquide péritonéal
  4. Liquide pleural
  5. Liquide céphalo-rachidien
56
Q

Puisqu’ils sont normalement stériles, on va porter une grande attention…

A
  1. À la coloration de Gram, vérifier/porter une attention particulière:
    - présence de neutrophiles
    - quantité abondante de bactéries (rép rapide)
    - sensibilité faible à modérée (donc même si le labo dit qu’il n’y a pas de bactérie au Gram, ca ne veut pas nécessairement dire qu’il n’y a pas d’infection
  2. Avec la culture:
    - aérobie
    - anaérobie
    - même dans des bouteilles d’hémoculture (pour augmenter la sensibilité, optimise la croissance bactérienne)
    - on rapporte tout (car sont des liquides normalement stériles)
57
Q

Dx de diarrhée à C.diff

A

Basée sur la recherche de toxines
- test rapide EIA
- recherche du gène de la toxine par TAAN

58
Q

Technique EIA: GDH et toxine (tests rapides)

A

On met le specimen dans le petit trou et on observe le résultat:

  1. Ag GDH: positif et Toxine : positif —> positif
  2. Ag GDH: positif et Toxine : négatif —> indéterminé (TAAN nécessaire pour plus de sensibilité)
  3. Ag GDH: négatif et Toxine: négatif —> négatif
59
Q

Recherche du gène des toxines de C.diff (TAAN)

A
  1. TAAN + sensible que les tests rapides EIA
  2. Ce test détecte le gène de la toxine et non la toxine libre
  3. Trop sensible? —> risque de traiter des porteurs sains de souches toxinogènes
60
Q

Comparer GDH vs EIA vs TAAN

A

GDH
Sensibilité: élevé
Spécificité: faible
Substance détectée: Ag commun pour C.diff (toxigénique ou non)

EIA toxine A/B
Sensibilité: faible à modéré
Spécificité: modéré à élevé
Substance détectée: toxine libre de C.diff

TAAN
Sensibilité: élevée
Spécificité: faible à modéré
Substance : gène de la toxine C.diff

61
Q

La recherche de pseudomembranes dans le dx de C.diff

A

Examen assez rapide: la gastro-entérologue va voir avec un colonoscope

Examen très spécifique: le dx différentiel est très limité

Examen peu sensible: la plupart des patients n’auront pas de pseudomembranes; associés à des formes + sévères de C.diff

62
Q

Prévention des infections - Pratiques de base

A

Hygiène des mains
Hygiène respiratoire
- tousser dans coude
- porter masque si sx respiratoires
EPI lors de situations particulières (gants, blouse, protection du visage)
Utilisation et disposition adéquate des objets tranchants

63
Q

quand devrait-on pratiquer l’hygiène des mains?

A
  1. Avant de toucher au pt
  2. Avant une intervention aseptique
  3. Après un risque de contact avec liquide biologique
  4. Après tout contact avec un pt ou son environnement
64
Q

Lequel choisir: solution hydroalcoolique vs eau et savon

A

Solution hydroalcoolique: ne tue pas les spores

Eau + savon : tue les spores

65
Q

De quoi est constituer l’EPI?

A
  1. Gants
  2. Jaquette
  3. Masque de procédure
  4. Protection oculaire (lunettes ou visière)
  5. Masque N95
66
Q

Nommer les 3 modes de transmission?

A
  1. Contact direct ou indirect
  2. Gouttelettes
  3. Voie aérienne (aérosol)
67
Q

Colonisation SARM

A
  1. Narine
  2. Aisselle
  3. Aine

Risque de transmission par contact direct et indirect

68
Q

Procédure - Transmission par contact

A

Pratiques de base + Précautions additionnelles nécessaires (gants et jaquette)

Ex: SARM, ERV (entérocoque résistant à la vanco), C.diff

69
Q

Procédure - Transmission par gouttelettes

A

Précautions de base + 2 mètres de distance + Précautions additionnelles (blouse, gants, masque, protection oculaire)

Ex: influenza (se transmet aussi par contact)

70
Q

Procédure - Transmission aérienne

A

Précautions de base + 2 mètres + Masque N95

Protections additionnelles contacts (gants +blouse) sont aussi souvent nécessaires

Ex: rougeole, COVID, TB, VZV

71
Q

Protection oculaire nécessaire quand…

A

Risque de toux, d’éclaboussures, de projection de gouttelettes de sang

72
Q

Chambre à pression négative

A

Si risque de transmission aérienne

Mécanisme qui retient l’air dans la chambre pour l’empêcher de sortir dans le corridor (et de contaminer les autres).

Filtre HEPA filtre l’air qui sort vers l’extérieur

73
Q

B-lactamine vs B-lactamase vs PBP

A

1. B-lactamine
Ou ATB B-lactame
Large classe d’ATB: pénicilline, amoxicilline, céphalosporine

2. B-lactamase
Famille d’enzyme responsable de la résistance de certaines bactéries vis-à-vis certains ATB B-lactamine.
Les B-lactamase des bactéries désactivent l’anneau lactame présent chez tous les ATB B-lactamine

3. PBP
Penicillin Binding Protein
Protéine qui permet de stabiliser et solidifier les couches de peptidoglycan de la paroi cellulaire bactérienne (en faisant de la transpeptidation)
PBP maintient et relie fermement les couches de peptidoglycan à la membrane cytoplasmique
ATB B-lactamine empêche la transpeptidation en inactivant la PBP : crée une paroi cellulaire instable (= mort de la bactérie)

74
Q

Mécanisme d’action des B-lactames

A

Inactive les PBP des bactéries
Conséquence: empêche la transpeptidation

75
Q

Pénicilline

A

Classe: B-lactamines
Catégorie: pénicilline
Voie d’admin:
Oral (V)
IV (G)
IM (benzathine)

76
Q

Bactéries productrices de B-lactamases

A

S.aureus (non SARM)
35% des Haemophilus influenzae
La plupart des moraxella catharalis
Tous les Klebsiella pneumoniae
30% des E.coli

77
Q

Deux solutions pour contrer la résistance dû aux B-lactamases

A
  1. Des ATB qui résistent aux B-lactamases
    - cloxacilline/oxacilline/méthicilline
    - céfazoline
  2. Les inhibiteurs de B-lactamases
    - acide clavulanique
    - tazobactam
    vont être combinés à un ATB (une pénicilline); ainsi, l’acide clavulanique ou le tazobactam va inhiber la B-lactamase pendant que l’ATB fait son travail
78
Q

Effets secondaires des B-lactamines

A

Allergie
Néphrite interstitielle
GI (diarrhée, nausée, colite à C.diff)
Surinfection à Candida

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