Méthodes d'étude et d'analyse du génome Flashcards
analyse distance migration: concentration en agarose
faible: fragments 5-60 kb
forte: + petite taille: qqs centaines pb
Yersina pestis
agent bactérien responsable peste
4 plasmides circulaires == de 10-100kb (visualisable w/ ajout BET)
action endonucléase de restriction
reconnaisant sites à
4pb: obtention fragments de 256 pb
6pb: obtention fragments 4096 pb
étude loci STR permet
identification d’individus
détermination lien de parenté
analyse formation neomutations
tailles régions géniques chez eucaryotes
5kb - 100 Mb
limites Sanger
- chronophage
- nécessite clonage fragments ADN
- nécessite utilisation supports pour séparation fragments marqués
- détermination séquence nécessite lire 4 réactions séparées
- taille seq déterminée up to 1000 bases
- qqs erreurs générées dans les régions monotones
- nmbr échantillons étudiés limité et taux couverture faible (x10)
- coût séquençage important
avantages Pyroséquençage
longueur de lecture par réaction: 1000 nucléotides
longueur de lecture globale: 500 Mb
coût: en constante baisse
PAS clonage
taux couverture: 20-25X
type de séquençage: de novo de génomes bactériens
limites pyroséquençage
taux erreur important:
sensibilité +++ zones monotones
nucléotides délétés ou insérés dans frameshifts
avantages Terminaison réversible = système SOLEXA
longueur lecture par réaction: 150-350 nucléotides longueur de lecture globale: 1,5 Gb coût: en constante baisse PAS clonage taux couverture: 60-100X
limites Terminaison réversible = système SOLEXA
assemblage des données nécessite des traitements bioinfo performants afin de determiner une séquence unique
taux d’erreur important
sensibilité plus importante aux repet
sensibilité plus importante aux seq homopolymériques
séquençage par ligation: solid
longueur lecture par réaction: 35 nucléotides
longueur lecture globale: 3-6Gb
