Génétique moléculaire Flashcards
génome humain
mitochondrial: 16,6 kb —> 37 gènes
nucléaire: 3,2 B pb —> 25000-35000 gènes
50% = ADN repet
< 3% ADN code pour prot
proportion importante génome nucléaire transcrit en ARN non codant: 95% (microARN)
type séquence ADN
44% ADN répétitif w/ éléments transposables et seq apparentées
15% ADN répétitif non apparenté aux éléments transposables
15% ADN non-codant unique
24% introns + régions régulatrices
1,5% seq codant prot, ARNt, ARNr
régions riches G/C
régions riches en gènes
stables
bande G
régions riches en A/T
régions pauvres en gènes
bandes R
chr 1
le + grand nombre de gènes
~ 3000
chr Y
le moins de gènes
231 gènes
zones fortements répétitives
10-15% du génome non codé en prot
centromère, telomères, mégasatéllites, mini, micro
zones moyennements répétitives
20-40% génome non codé en prot
transposons, SINE, LINE
séquences uniques
~ 50% génome
contient la plupart des gènes codant pour les prot
ARNm
minisatéllites (seq répétitives)
VNTR = variable numbers of tandem repeats chez eucaryotes = polymorphisme
répétées en tandem (1 motif = 9-60 nucléotides)
chez toutes espèces
surtout télomériques et centromériques
dresser profils génétiques
microsatellites (zones répétitives)
STR = short tandem repeat
répétition continue (1 motif = 1-5 nucléotides)
répartition homogène sur tout le génome tous les 25-100 kb
facilement amplifié par PCR
utilisation diagnostic moléculaire + empreinte génétiques
répétitions télomérases : certain K
SBMA = atrophie musculaire spinal et bulbaire
CAG X 40-62
ORF
HD: Maladie de Huntington
CAG X 36-121
ORF
DRPLA: Atrophie dentatorubrale et pallidoluysienne
CAG X 49-88
ORF
catalogues des gènes
GenAtlas
OMIM
Genome Browser
bases de données
SNP
OMIM
Ensembl
Drépanocytose
altération hb ß (transport O2)
remplacement 6ème aa: T —> A
glutamine —> valine
maladie monogénique
mucoviscidose
maladie multigénique
MCV, K
génétique moléculaire: microlésions
échelle des gènes
mutations ponctuelles
insertions/ délétions: qqs nucléotides, qqs 10 ou 100 de nucléotides
techniques utilisées génétiques moléculaire
hybridation moléculaire
séquençage
PCR
PCR-RFLP
cytogénétique moléculaire: macrolésions
à l’échelle du chromosome: insertions délétions duplications amplifications translocations inversions
techniques utilisées cytogénétique moléculaire
caryotype
CGH
FISH
puces à ADN/ARN
ADN
chrX:
linéaire
155 Mb
23 paires chromosomes: 3,1.10⁹ pb
che bacterien: circulaire qqs miliers pb
ARN
taille très variable: 20 pb à qqs dizaines kb
ADN foetal
au bout de 4S dans sang maternel
10% ADN total circulant
ADN fragmenté + petite taille <200 pb
southern blot
déterminer expression gènes
utilisation enzymes restriction
northern blot
analyse expression ARN
recherche variants d’épissage
enzymes restriction
clive ADNdb niveau sites reconnus spé, seq courtes: 4-10pb
enzymes from bactéries
ADN polymérases
taq polymérase: from bactérie thermus aquaticus
résiste température 94°C
incorporation 1000 nucléotides/ min à 72°C
choix amorces PCR
17-30 bases
seq exactement complémentaire
1 seule cible dans génome
PCR standard
à partir 500 ng d’ADN
25-30 cycles de PCR
PCR: traces d’ADN
à partir 5ng d’ADN: 35-40 cycles de PCR
PCR unicellulaire
1 seule molécule ADN ou d’ARN
< 0,3 ng (- 50 copies) : 40-45 cycles de PCR
PCR taille du fragment à amplifier
difficulté à amplifier grands fragments d’ADN
PCR longues permettent d’amplifier au max 20-40 kb
PCR permettent amplifier classiquement des fragments de 50-qqs centaines de bases
dystrophie musculaire de Duchenne (DMD)
gène DMD: plus grand gène connu 2,4 Mb 79 exons sur chr X
mutation de novo: fréquence 30 %
fréquence de la pathologie délétionnelle: 60-65%
changement cadre de lecture produisant prot non fonctionnelle: délétion exon 50
achondroplasie
mutation gène FGFR3
98% mutation G –> A
glycine –> arginine codon 380
création site reconnu par l’enzyme de restriction Sfcl
mise en évidence substitution par PCR-RFLP/ séquençage
mutation de novo dans 90% des cas
