LEG 8 - Paléogénétique Flashcards
Quels sont les processus de dégradation post-mortem de l’ADN ?
Les processus incluent : hydrolyse et oxydation
Q : Quelles sont les caractéristiques de l’ADN ancien ?
A : Faible quantité, fragmentation, modifications chimiques (excès de A et T), souvent simple brin.
Q : Pourquoi la paléogénomique n’a-t-elle pas permis de séquencer l’ADN d’insectes dans l’ambre ?
A : L’ADN a une demi-vie de 521 ans, rendant improbable son extraction à partir d’organismes fossiles anciens piégés dans l’ambre.
Q : Quelle avancée technologique a permis le développement de la paléogénomique ?
A : La PCR dans les années 1990, permettant d’amplifier de faibles quantités d’ADN dégradé.
Q : Jusqu’à combien de temps l’ADN peut-il se conserver selon la modélisation standard ?
A : Environ 40 000 ans pour un ADN conservé à pH 7 et 15°C.
Q : Quels types d’environnement favorisent la préservation de l’ADN ?
A : L’ambre, le pergélisol (glaciers), les déserts chauds et secs, et les tourbières.
Q : Quelles sont les étapes pour éviter les contaminations lors de l’étude de l’ADN ancien ?
A : Séparer les zones de travail, utiliser des contrôles négatifs, reproduire indépendamment les expériences, et vérifier la préservation de l’ADN.
Q : Quelle technologie a amélioré le séquençage de l’ADN ancien dans les années 2010 ?
A : Le séquençage à haut débit Illumina, permettant d’obtenir de grandes quantités de données.
Q : Quels sont les objectifs principaux de l’étude de l’ADN ancien ?
A : Étudier des phénotypes, l’histoire des peuplements/migrations, et l’impact de l’homme sur l’environnement.
Q : Comment la paléogénomique a-t-elle contribué à la découverte de Denisova ?
A : Par séquençage de l’ADN d’une phalange, révélant un groupe humain proche de Néandertal mais distinct.
Q : Qu’est-ce que le syndrome de domestication chez les animaux ?
A : Ensemble de caractéristiques communes aux animaux domestiqués : docilité, dépigmentation, modifications physiques spécifiques.
Q : Quelles sont les trois voies de domestication ?
A : Voie du commensalisme (ex. souris)
Voie des proies (ex. chèvres)
Voie directe (ex. chevaux).
Q : Comment utilise-t-on le metabarcoding pour étudier les paléoenvironnements ?
A : En amplifiant des co-fragments d’ADN spécifiques, on identifie les espèces présentes dans un environnement donné.
Question : Quels sont les effets de l’hydrolyse sur l’ADN ?
Quelles modifications des bases l’hydrolyse peut-elle provoquer ?
Cassure des liaisons phosphodiesters (nick) : fragmentation des brins d’ADN.
Hydrolyse des liaisons N-glycosidiques : perte de bases, notamment dépurination (fréquente) et dépyrimidination.
Hydrolyse des ponts hydrogènes : cassure entre les deux brins d’ADN.
Désamination des cytosines : conversion des G/C en A/T, entraînant des mutations artéfactuelles.
Question : Qu’est-ce que l’oxydation de l’ADN et son effet principal ?
Réponse : L’oxydation attaque les guanines, les transformant en hydroxy-guanines, ce qui entraîne une erreur de lecture : les bases G/C sont interprétées comme A/T.
Question : Quelles paires de bases sont affectées par l’hydrolyse et l’oxydation de l’ADN ?
Hydrolyse : Désamination des cytosines (C → U), provoquant la transformation de G/C en A/T.
Oxydation : Transformation des guanines (G) en hydroxy-guanines, aboutissant aussi à G/C → A/T.
Question : Que sont les NUPTs ?
Réponse : Les NUPTs (Nuclear Plastid Transposed Sequences) sont des fragments de génome mitochondrial transposés dans le génome nucléaire, causant des complexités lors de l’analyse génétique.
Question : Quel est l’âge du plus vieux ADN séquencé aujourd’hui ?
1 million d’années.
Question : Quelle est la demi-vie de l’ADN et son implication pour la paléogénomique ?
Réponse : La demi-vie de l’ADN est de 521 ans. Cela signifie qu’après 521 ans, la moitié des liaisons phosphodiesters sont dégradées, limitant la récupération d’ADN très ancien.
Question : Quelles sont les principales caractéristiques du Néolithique ?
Réponse : Période marquée par l’arrivée de l’agriculture, la domestication des animaux (cochons, moutons, vaches), et un brassage culturel avec l’introduction de nouvelles langues.
Question : Quelles sont les conséquences génétiques de la domestication sur les animaux ?
Isolement des populations sauvages, entraînant un goulot d’étranglement.
Dérive génétique : accumulation aléatoire de mutations.
Apparition de caractères spécifiques comme la dépigmentation et la docilité (syndrome de domestication).
Question : Qu’est-ce que la métagénomique et son objectif ?
Réponse : La métagénomique consiste à séquencer directement des produits d’extraction d’ADN environnemental pour identifier les espèces présentes et analyser les processus physiologiques.
Question : Quel pourcentage de génome est partagé entre Néandertal et Denisova ?
entre Homo sapiens et Néandertal ?
Réponse : Plus de 0,5 % du génome est partagé entre Néandertal et Denisova, témoignant d’un échange génétique limité.
Réponse : Entre 3 et 6 % du génome humain moderne est partagé avec Néandertal, indiquant des croisements dans les populations eurasiatiques.
