Le code génétique Flashcards
Qu’est-ce que les ARNt reconnaissent?
Les ARNt reconnaissent des triplets de nucléotides consécutifs (codons).
Combien de codons existent-ils?
Chaque position du triplet peut être occupée par un des 4 nucléotides.
Il existe donc 64 combinaisons possibles (4 X 4 X 4) ou 64 codons.
C’est donc plus de 3 fois que le nombre d’acides aminés.
Pourquoi on dit que le code génétique est dégénéré?
Parce qu’il existe :
- 3 codons stop
- 61 codons pour des acides aminés
- Plusieurs acides aminés sont codés par plus d’un codon
Le code est donc dégénéré ou redondant
Combien y a-t-il de codons par acide aminé?
Arginine, leucine et sérine = 6 chaque
Valine, proline, thréonine, alanine et glycine = 4 chaque
Isoleucine = 3
Phenylalanine, tyrosine, histidine, glutamine, asparagine, lysine, aspartame, glutamate et cystéine = 2
Méthionine et tryptophane = 1
Si un acide aminé est encodé par 2 codons, on dit qu’il est quoi?
On dit qu’il est 2 fois dégénéré.
Comment lire un tableau de codons?
Voir diapo 5.
Quels sont les 3 points importants pour la logique du code génétique?
- Lorsque les 2 premiers nucléotides sont identiques : le 3e peut souvent être n’importe lequel (vrai pour 4 codons par acide aminé et en partie pour 6 codons).
- Pyrimidine(C,U) en 2e position : acides aminés hydrophobes (faux pour la sérine et la thréonine)
- Purine(A,G)en 2e position : acides aminés polaires (plusieurs sont chargés)
Comment expliquer l’appariement d’un codon avec un anticodon?
Il y a méthylation de G en position N1
Voir diapo 9.
Combien y a-t-il d’ARNt différents?
Sur la base du séquençage du génome humain, il y a ~40 gènes différents pour des ARNt (Agris et al. (2007) J Mol Biol 366 : 1-13)
Problème : 61 codons ≠ 40 ARNt
Au moins 3 ARNt différents pour les 6 codons de la Ser
1966 : hypothèse de l’appariement bancal (wobble)
30-40% de la reconnaissance des codons se fait par appariement bancal (1ère position anticodon : 5’)
Comment caractériser la position des bases dans l’anticodon?
Base 34 : 1ère position de l’anticodon (5’ vers 3’)
Quels sont les deux types d’appariement?
Appariement canonique (Watson–Crick) entre paires de bases en position 35 et 36 de l’ARNt et le codon de l’ARNm (pyrimidine avec une purine ou vice versa : U•A ou A•U, C•G ou G•C)
Appariement non canonique (bancal) : interactions entre nucléotides, distincts des appariements de base classiques de type Watson-Crick (A•U et G•C) (base en position 34)
Quels sont les appariements possibles selon le concept de l’appariement bancal?
G avec U ou C
C avec G
A avec U
U avec A ou G
I avec A, U ou C
La base de gauche est celle présente dans l’anticodon.
Pour quelles positions il y a un assouplissement dans l’appariement bancal?
Assouplissement de la règle de complémentation d’appariement de bases entre l’anticodon (1ère position, 5’ vers 3’) et le codon (3e position, 5’ vers 3’) (Wobble Pairing ou Appariement Bancal).
Quels sont les appariements tolérés dans l’appariement bancal?
Ce sont ceux qui conservent une distance entre deux riboses similaire à celle existant dans les appariements standard A : U et G : C.
Voir diapo 14
Comment l’inosine est-elle produite?
Production d’inosine dans la séquence des ARNt (modification post-transcriptionnelle).
Elle est produite par une désaimantions de l’adénosine.
Quelles sont les caractéristiques de U dans l’appariement bancal?
U en première position de l’anticodon (côté 5’) peut s’apparier avec A ou G du codon (3e posi- tion 5’ vers 3’).
Quelles sont les caractéristiques de I dans l’appariement bancal?
I en première position de l’anticodon (5’ vers 3’) peut s’apparier avec U, C ou A (3e position du codon, 5’ vers 3’).
Un seul ARNt peut donc lier 3 codons différents.
Comment décrire la structure détaillée de l’anticodon?
Anticodon = bases 34-36
Base 34 = 1ère position de l’anticodon (5’ vers 3’)
Base 34 avec 3e position du codon (5’ vers 3’)
Quel est l’effet de l’empilement aromatique des nucléotides dans l’anticodon?
Bases de l’anticodon sont les bases 34-36.
L’empilement (aromatique) est important pour les bases 34-37
La base 36 se trouve emprisonnée, ne peut donc pas tolérer de modification/appariement bancal
La base 34 en 5’ tolère mieux l’appariement bancal
Quelles sont les 3 règles qui gouvernent le code génétique?
- Les codons sont lus de l’extrémité 5’ vers 3’
- Les codons ne se chevauchent pas et le message ne contient aucun espace
- Le message est traduit dans un cadre de lecture fixe imposé par le codon d’initiation
Quels sont les 3 types de mutations ponctuelles qui altèrent le code génétique?
Mutation faux-sens : changement d’un acide aminé pour un autre (anémie falciforme : glutamate 6 pour valine dans Hb)
Mutation non-sens (stop) : création d’un codon de terminaison (ARNm dégradé)
Mutations par décalage du code de lecture : délétion ou insertion de bases ce qui cause un décalage du cadre de lecture.
Qu’est-ce qu’une mutation silencieuse?
C’est une mutation qui n’altère pas l’acide aminé. Par exemple dans le codon UUA qui code pour la leucine, si on remplace le A par un G, il code encore pour la leucine.
Cela diminue les chances de mutations.
Vrai ou faux? Le code génétique est presque universel.
Vrai.
Quelles sont les particularités du code génétique qui ne sont pas universelles?
Code génétique légèrement différent (aussi dans les mitochondries de levure, drosophile, plantes) :
UGA pas codon stop
Met : AUG et AUA
AGA et AGG : pas Arg mais plutôt codon stop
Drosophile : AGA et AGG pas Arg mais Ser
