La reconnaissance biologique Flashcards
Donner différents types d’interactions non covalences
Liaisons hydrogènes, interaction ioniques, contact hydrophobe et chelation de métal
Qu’est ce que l’étude de la nature des liaisons nous permettrait proposer de faire?
De proposer des structures de molécules qui pourrait également se lier aux bio molécules
Quelles sont les trois étapes essentielles de la chimie pharmaceutique?
1) La découverte : l’identification de nouvelles substances actives ou ‘hit compounds’; peuvent être issues de synthèse organique ou
de sources naturelles
2) L’optimisation : la modification des substances ‘lead’ afin d’en augmenter la puissance, la sélectivité et pour en réduire la toxicité. on établit et on analyse les relations structure-activité de composés apparentés: quels groupements donnent lieu à quel effet?
3) Le développement : l’amélioration de la synthèse, à des fins de production massive Pharmaco-cinétique et Pharmaco-dynamique pour une application clinique.
pourquoi les interactions entre les proteines et les petites molecules se font elles selon la complementarite geometrique et electronique ?
ceci permet d’assurer la specificite de la liaison, le stereoisomere oppose ne pourra pas former toutes les liaisons requises donc il ne se liera pas suffisamment fortement c’est le modele cle-serrure de Fischer
quelles sont les deux strategies pour synthetiser un antibiotique ? nommer deux exemples
1) Cibler un systeme propre a la bacterie : la peniciline
2) Exploiter les differences plus subtiles (un systeme qui est semblable au notre sans y etre identique) le trimethoprime
comment la peniciline agit-elle sur les bacteries ?
la peniciline se lie a une enzyme responsable de la synthese de la paroi bacterienne: la transpeptidase. Elle assure la reticulation des peptidoglycanes pour rigidifier la paroi. Specifiquement, une nouvelle liaison peptidique D-Ala-D-Ala d’un peptidoglycane avec la formation d’une nouvelle liaison peptidique entre la D-Ala qui reste et une glycine d’un second peptidoglycane = reticulation
La structure de la peniciline ressemble a la structure adoptee par les deux unites D-Ala-D-Ala a l’etat de transition de la reaction de transpeptidation. Par consequent, les B-lactames le liens fortement aux transpeptidases, les inhibant et menant a la mort les bacteries.
De quel type est l’inhibition de la peniciline ?
C’est une inhibition reversible de type competitif
quel est le mecanisme d’action du trimethoprime ?
c’est un anallogue de folates, il inhibe les dihydrofolates reductase des bacteries mais pas des humains en se liant 10000 fois plus a la DHFR de la bacterie qu’a la notre
Quel est le type de l’inhibition du trimethoprime ?
reversible de type competitif
Quel est l’autre inhibiteur qui est analogue a la trimethoprime ?
le methotrexate
donner un exemple d’une interaction entre les proteines et l’ADN
La proteine GCN4 qui est aussi nomme zipper car ses deux longues helices alpha s’assemblent comme une fermeture eclair. Puisqu’elle est relativement symetrique, elle reconnait la double helice d’ADN
donner un exemple d’interaction de fateur transcription et d’ADN
L’operon lactose
Que fait l’acetylation d’histones, ?
les histones qui regulent l’expression de genes sont subdivisees en plusieurs sous structures que l’on appelle les chromatines. Quand ces dernieres sont acetylees, la transcription genetique est possible.
quand la chromatine est desacetylee la transcription est reprimee
donner l’exemple d’interactions proteine-proteine et d’un disfonctionnement qui en decoule
l’hemoglobine dont une mutation affecte la structure et sa fonction la Glu6 d’une unite beta remplace une valine. Le groupement hydroxyle de la nouvelle valine forme un contact avec une poche hydrophobe de la seconde unite beta. Ce nouveau contact engendre une association entre les molecules d’hemoglobine, qui forme un polymere. Cette modification reduit la capacite de liaison d’O2 de l’hemoglobine mutee
quelles sont les proteines qui ont le meilleur potentiel de liaison ?
Les anticorps, avec une constante de dissociation Kd de l’ordre du nanomolaire pouvant atteindre le picomolaire
