Kortfrågor och flervalsfrågor Flashcards
Vilken del av den dubbelsträngade DNA-helixen binder vanligtvis transkriptionsfaktorer till?
Major Groove
Var i en gen hittar man oftast TATA-boxen?
25-30 nukleotider uppströms om transkriptionsstartplatsen
Ange ett strukturellt motiv som man kan hitta i DNA-domänen hos aktivatorer av transkription? [x3]
Helix-turn-helix.
Vad heter den DNA-sekvens till vilken en repressor binder?
Operator
Vad är mediatorns huvudsakliga uppgift?
Länkar de generella transkriptionsfaktorerna till de genspecifika transkriptionsfaktorerna som reglerar genuttryck.
Vad är och gör en insulator?
Det är DNA-sekvenser som delar in kromosomerna i oberoende domäner och motverkar enhancers från att verka på promotorer i närliggande domäner.
Vilken typ av RNA bildas då RNA-polymeras II transkriberar DNA? [x2]
mRNA
Vilken del av RNApol II fosforyleras av TFIIH vid initiering av transkription? [x3]
CTD-svansen
Vilken är den första modifikationen som sker på pre-mRNA?
5’-capping, dvs lägga till en 7-metylguanosincap i mRNA:ts 5’-ände.
Vad är spliceosomen uppbyggd av?
snRNA och proteiner (5 snRNA i komplex med snRNP).
Vad gör SR-proteiner? [x2]
Styr spliceosomen till korrekt splicesite och rekryterar U1 och U2.
Ge två exempel/varianter på alternativ splicing, dvs händelser som leder till förändrad bortklippning av intron.
Exonskipping, alternative splicesite.
Vad kallas det RNA som ligger före och efter open reading frame i ett mRNA?
5’-UTR före och 3’-UTR efter.
Hur kan proteinet IRE-BP (aconitas) påverka mRNA-stabilitet?
IRE-BP är vid låga järnkoncentrationer ett aktivt RNA-bindande protein, som stabiliserar mRNA och därigenom tillåter järnupptag. Vid höga järnkoncentrationer destabiliserar aktivt aconitas mRNA.
Vad gör P-bodies? [x3]
Decapping och degradering av mRNA.
Vilken aminosyra kodar startkodonet AUG för? [x2]
Metionin
Vilken initieringsfaktor för med sig initierings-tRNA till ribosomer?
eIF2.
→ Initieringsfaktorn eIF-2 byter ut sitt GDP mot ett GTP m.h.a. en kofaktor (guanine nucleotide exchange factor) som heter eIF-2B. När eIF-2 har GTP bundet kan det fånga upp Met-tRNA. Först därefter binder tertiärkomplexet bestående av eIF-2 + GTP + Met-tRNA till den lilla subenhheten. Även eIF-3 binder nu till den lilla subenheten, vilken därmed är därmed redo att binda till mRNA’t. (43S pre-initiation complex)
Vad kallas den mekanism som gör att ribosomen kan binda till mRNA-molekyler utan hjälp av initieringsfaktorer? [x2]
Internal recognition. [[Cap-independent initiation, t ex IRES.]]
Vilket enzym kopplar rätt aminosyra till rätt tRNA-molekyl?
Aminoacyl-tRNA-syntetaser
Vad utför aminoacyl-tRNA-syntetaser för funktion?
Kopplar rätt aminosyra till rätt tRNA.
Vad binder till stoppkodon i translationen?
eRF1 tillsammans med eRF3.
Vad har S6-kinaset för funktion? [x2]
Kontrollera translation genom att fosforylera det ribosomala proteinet S6.
Vad kännetecknar signalpeptiden för intransport i det endoplasmatiska rektiklet? [x2]
Det är en sekvens bestående av 5-10 hydrofoba aminosyror på N-terminalen.
Hur styrs syntesen av sekretoriska proteiner till det endoplasmatiska retiklets yta?
SRP binder till proteinets signalpeptid och guidar det till ER.
Var äger den kväve-bundna (N-linked) glykosyleringen rum? [x2]
I RER (rough endoplasmic reticulum)
Vilken typ av proteiner veckar aktivt oveckade proteiner?
Chaperoniner.
Vad innebär ”unfolded protein response”?
Det aktiveras av BiP som svar på ackumulering av oveckade protein i endoplasmatiska retiklet.
Generell inhibition av proteinsyntes, ökat uttryck av chaperoner, ökad degradation av mRNA som kodar för protein som deltar i den sekretoriska vägen, ökad proteasomaktivitet och, om det är otillräckligt, apoptos.
Vad är amyloid för något?
Felveckade protein som bildat olösliga fibrösa proteinaggregat.
Vad utför proteasomen för funktion?
Bryter ner ubiquitinmärkta proteiner.
Hur märks proteiner ut för destruktion i proteasomen?
De ubiquitineras mha av E1, E2 och E3.
Vilket protein snörper av sekretoriska vesiklar från membran?
Dynamin
Vad har små GTP-bindande proteiner för två roller i vesikulär transport?
Coatrekryterande GTPaser kontrollerar uppbyggandet och isärplockandet av coats.
Rab-proteinet är ett GTPas som genom hydrolys ger energi till fuseringen.
Vilken är receptorn för lysosomala proteiner [i Golgi-apparaten]? [x2]
Mannos-6-fosfatreceptorn (MPR).
Vad innebär ”cisternal maturation model”?
Vesiklar från ER fuserar med varandra och formar en cistern vid cis-Golgisidan, vilken progressivt mognar och rör sig genom Golgi när nya cisterner formas vid cis-sidan.
I vilken del av mRNA’t sitter signalen för transport till rätt del av cellen?
I 3’-änden.
Vad sker med proteiner som har transporterats in i mitokondriens matrix?
Presekvensen klyvs bort av MPP och proteinet veckas av matrix-Hsp70-chaperoner.
Vad kännetecknar signalpeptiden för intransport till mitokondriens matrix?
Den är amfifatisk, dvs både laddad och icke-polär.
Vilket protein binder den nukleära lokalisationssignalen för transport av proteiner in i cellkärnan? [x2]
Importin
Vad innebär parakrin signalering?
När en cell uttrycker en ligand som binder till en närliggande cells receptor.
Vad innebär autokrin signalering?
Att cellen som utsöndrar signalmolekylen också är målet för signalmolekylen.
Nämn en intracellulär sekundär budbärare som tillhör kolhydratfamiljen.
IP3
Vilken signalväg aktiveras av cytokinreceptorerna? [x2]
Jak/STAT.
Vilken signalväg aktiverar TGFbeta-receptorn?
SMAD-vägen
Vad gör GEF respektive GAP i samband med G-proteinsignalering?
GEF aktiverar G-protein genom att stimulera frisättningen av GDP för att tillåta inbindandet av GTP.
GAP inaktiverar G-protein genom att stimulera hydrolys av GTP till GDP.
CREB är en viktig transkriptionsfaktor. Vilka intracellulära budbärare aktiverar CREB? [x2]
PKA och CaM-kinas. (Även S6-kinas, MSK1 och MSK2).
Vad gör koleratoxinet?
ADP-ribosylerar Gs-alfa som blir kontinuerligt aktiv, vilket ökar cAMP-halten hundrafaldigt.
Vilken intracellulär budbärare aktiverar proteinkinas A? [x2]
cAMP
Vad har mTOR för funktion?
mTORC2 fosforylerar och aktiverar PKB (Akt), medan mTORC1 reglerar cellstorlek.
Vilka faktorer behövs för att proteinkinas C ska aktiveras? [x2]
Vad gör inositoltrifosfat (IP3) för något?
Signalerar frisättandet av kalcium från intracellulära lager.
Vad gör PTEN-fosfataset?
Defosforylerar PIP3, vilket motverkar aktiviteten hos PI3-kinas och Akt/PKB.
Vad binder SH2 domäner till?
Fosforylerat tyrosin.
Vilken proteindomän binder till fosforylerat tyrosin?
SH2
Vad binder SH3 domäner till?
Prolinrika sekvenser.
Vilken proteindomän är det som kan binda till prolinrika sekvenser?
SH3
Vad binder pleckstrin homology domänen till? [x2]
Fosfoinositider.
Vilken proteindomän binder till fosfoinositider?
Pleckstrin homology
Vad gör homeodomänproteiner?
Medverkar i regleringen av genuttryck i samband med morfogenes och utveckling.
Vilka signalvägar aktiveras av receptortyrosinkinaset?
PI3K/PKB, (PI3K/PKC), Ras/MAP-kinas.
Hur stängs receptortyrosinkinassignaleringen av?
Fosfataser inaktiverar snabbt tyrosinkinaserna.
Vad gör SOS (son-of-sevenless) i receptortyrosinkinassignaleringen?
Stimulerar guaninnukleotidutbyte, vilket resulterar i bildandet av det aktiva Ras-GTP-komplexet.
Hur aktiveras Ras vid receptortyrosinkinas-aktivering?
Genom att SOS binder in och stimulerar utbytet av GDP mot GTP bundet till Ras.
Namnge två “early response genes”.
Vad aktiverar det monomera G-proteinet Ras för signaleringskaskad?
MAP-kinasvägen
Vad gör scaffold proteiner i den intracellulära signaleringen? [x2]
Hjälper till att motverka crosstalk mellan parallella MAP-kinasmoduler.
Vad är de ungefärliga calciumkoncentrationerna på utsidan och insidan av en cell?
1 mM extracellulärt, 0,1 µM intracellulärt.
Hur stor är den ungefärliga vilopotentialen i en elektriskt exciterbar cell? [x2]
-70 mV.
Vilken jon bestämmer oftast storleken på vilopotentialen i en elektriskt exciterbar cell?
Kalium.
Vad är en pyrimidin? [x2]
En heterocyklisk aromatisk ring, vars derivat är cytosin, tymin och uracil.
Vilken nukleotid basparar A med i DNA och vilken nukleotid basparar U med i RNA? [x2]
A basparar med T (tymin) i DNA och U basparar med A (adenin) i RNA.
Vilken del av den dubbelsträngade DNA-helixen binder vanligtvis histoner till?
Minor groove (helst nukleotiderna AA, TT, TA).
Vilka kovalenta modifieringar sker vanligtvis på histoner? [x3]
Acetylering/deacetylering, metylering, fosforylering.
Hur många histonproteiner ingår i en nukleosom? [x2]
8
Vilka histonproteiner ingår i en nukleosom? [x2]
H2A, H2B, H3, H4.
Vad är ”CG-rich islands”?
Begränsade genomiska områden som innehåller en hög frekvens av baserna cytosin och guanin.
Vad menas med att DNA-replikationen är semi-konservativ? [x2]
Att en modermolekyl bildar två dottermolekyler som var och en har en gammal och ny DNA-sträng i sig.
Vad gör ett topoisomeras?
Tvinnar upp och tillbaka DNA-kedjan vid t ex DNA-replikation.
Vad måste ske direkt innan DNA-polymeraset kan binda till origin of replication?
Primas måste binda och syntetisera en primer.
Vilken DNA-reparationsmekanism reparerar tymin-tymin dimerer? [x2]
Nucleotide excision repair (NER).
Ge två exempel på tillfällen då homolog DNA-rekombination äger rum i cellen.
Vid reparation av dubbelsträngsbrott i DNA samt under meiosen.