Intra Flashcards
- section bactériophage Myoviridae Ex: phage T4
ADN bicaténaire linéaire. Morpho binaire
TÊTE PLEINE donc permutations du génome. et dégradation du génome bactérien. (protection via hydroxyméthylcytosine)
- Génome viral exprimé via ARN pol cellulaire
- Seulement promoteur pour protéines virales précoces reconnu
- DONT…ADN polymérase + protéines interagissant avec ARN pol bactérienne = changement de spécificité
- Reconnaissance promoteur pour protéines gènes tardifs = protéines structurales.
- Génome viral synthétisé sous forme de concatémères reliés (pour éviter perte génome car linéaire) = amorces 3’ pour permettre activité ADN pol 3’ vers 5’ (polarité obligatoire 5’-3’). = derniers perdues.
- section bactériophage Podoviridae (ex: Phage T7)
ADN bicaténaire linéaire -morpho binaire Similaire au T4.
Deux différences :
Phase tardive : génome viral transcrit par une ARN polymérase spécifique au virus
-Mécanisme d’encapsidation du génome viral : pas de permutation de génome ; les extrémités du génome au sein du concatémère sont reconnues et clivées pour donner le génome viral intact qui présente quand même extrémités répétitives cohésives.
On veut exemplaire complet seulement du génome
DONC pas tête pleine
- section bactériophage Bactériophage Mu
ADN bicaténaire linéaire flanqué de séquences dADN bactérien
suite a injection = recircularisation et cycle débute via…transcription du génome viral et…
intégration au hasard dans le génome bactérien grâce à transposase transcrite par génome viral :
- transposase coupe ADN de l’hôte (asymétrique = extrémités monocaténaires de 5’ ncl
- Coupe ADN viral sur un brin aux deux points de jonction avec ADN bactérien.
- Ligature et colmatage (via enzymes bactériens)
- puis réplication des transposons un peu partout dans le génome bactérien.
- Génome viral transcrit quand intégré = protéines virales, encapsidation du génome.
- Variante du mécanisme à tête pleine. Enzyme virale coupe (50-150 nucléotides gauche et à droite du génome viral (portion ADN bactérienne).
Lytique= réplication rapide via transposition sur ++ sites génome viral puis encapsidation.
- section bactériophage Siphoviridae (ex: bactériophage lambda)
ADN bicaténaire linéaire/ morpho binaire
extrémités terminales monocaténaires et complémentaires une à lautre Extrémités cohésives de 12 ncts permettent la circularisation de l’ADN viral après la pénétration dans la cellule
- Ligase bactérienne responsable de la formation de liens covalents (fermeture du cercle)
- bulle de réplication (enzymes bactériennes font la réplication à un endroit précis (genre doriC)/ deux fourches de réplication (modèle classique)/ transcription aussi par machinerie cellulaire = synthèse protéines virales pour passer au seconde mode de réplication…
- modèle cercle roulant = #lytique forme longs concatémères reconnus par protéines virales (terminase) et clivés au site formant extrémités cohésives après encapsidation
- section bactériophage Inoviridae (phages filamenteux comme M13 et Fd)
capside hélicoïdale
-ADN monocaténaire (+) et infection par pili
ADN copié par enzymes cellulaires, ARN pol (primase) amorce = ADN bicaténaire (forme réplicative)
Protéines virales: forme réplicative de se répliquer CERCLE ROULANT (donne brin positif)
puis ensuite protéines virales aident pour faire plusieurs virions.
accumulation de protéines virale reconnaissant ADN monocaténaire - = fin forme réplicative et permet assemblage et sortie (pas de lyse cellulaire)
du brin +
- section bactériophage Leviviridae (phages à génome bactérien)
capside cubique
pili de conjugaison
ARN unique lu directement par ribosomes pour protéines phages.
plusieurs sites de fixation sur génome viral = différentes protéines.
STRUCTURES SECONDAIRES (SS) ADPOTÉE PAR ARN pour régulation niveau synthèse de différentes protéines virales. (donc pas de régulation transcriptionnelle) plus traductionnelle
1 . SS à extrémité 3’ prévient synthèse de protéines de maturation (et site d’initiation AUG et site de fixation au ribosome masqué. Site pour réplicase aussi masqué
- Site d’initiation synthèse des protéines de capside OK
- fur et à mesure de la traduction: SS se modifie et permet initiation de la synthèse de la réplicase au site AUG
- réplicase ARN dépendante ARN permet synthèse du brin -
(antigénome) qui sera copié pour faire ++ génome virale (+). - Début synthèse brin +, structure en 5’ ne peut être adoté (donc traduction là) = initiation au troisième site = synthèse protéines de maturation (protéines tardive) pour assemblage de la capside.
réplicase= ARN dep d’ARN
- section bactériophage Cystoviridae (Phage à génome ARN bicaténaire)
capside cubique
enveloppe lipidique ex: phi6.
Fusion et capside entre dans bactérie
segments ARN bicaténaire
ARN bicaténaire transcrit par enzymes virales (qui étaient dans capside) (Transcriptase virale)
brin + déplacés pour faire ARNm (+) et nouveau brin reste lié au brin - (génome viral)
ARNm = traduits par protéines virales
ou reconnus par certaines protéines virales = encapsidation d’un exemplaire de chacun des segments (gènes).
brin complémentaire synthétisé (enzymes virales) pour nouveau génomes viraux.
ARN pol dans virions produit
- Picornaviridae
ARN monocaténaire linéaire +
Cubique, non, polyomyélite et Hépatite A (orofécales) et rhinovirus (rhume commun)
PREMIÈRE STRATÉGIE (pour les virus à génome ARN de polarité +)
- Génome directement lu par les ribosomes cellulaires après décapsidation
- Traduction = longue polyprotéine/ Clivage protéolytique/ génération de plusieurs protéines (mécanisme autocatalytique (protéases virales)
- Ces protéines = (copie génome viral = brin complémentaire - )
- Copie brin - pour donner + à nouveau.
- Encapsidation par protéines de structure de la capside virale = nouveaux virions relâchés par lyse
Demande: ARN pol virale (ARN pol dep ARN).
Caliciviridae
ARN monocaténaire linéaire +
cubique non. Apparenté à picornaviridae. Virus de Norwalk, chat (respiratoire)
- Togaviridae
ARN monocaténaire linéaire +, cubique oui, rubéole, avortement
- Similaire à Picornaviridae
- mais lors de la traduction , seulement protéines précoces faites
- Ce qui permet synthèse brin -
- brin - transcrit pour faire 2 types d’ARN
- des nouveaux génomes viraux (phase tardive)
- via seconde séquence de reconnaissance de la polymérase virale : plus courte 3’ -terminale= synthèse protéique codon initiale plus interne que le premier = PROTÉINES STRUCTURALES tardives (permet encapsidation)
pk? Car Picornaviridae (monocistronique) mais ici:fonctionnellement monocistronique mais structurellement dicistronique (plusieurs cadres de lecture en fonction des AUG)
Avantage car protéines parfois toxique (on veut pas limiter temps de survie des cellules)
Flaviviridae
ARN monocaténaire linéaire +
cubique oui, Hépatite C(sang), la fièvre jaune, dengue, virus du nil occidental, Zika.
- Coronaviridae
ARN monocaténaire +
cubique oui, infections respiratoires (rhumes), SRAS, syndrome respiratoire du Moyen-Orient.
Stratégie similaire à Togaviridae (deux ARN/1ARNm et 1 ARN + génomique) MAIS
-plusieurs cadres de lecture pour générer toute une gamme de molécules ARNsubgénomiques de polarité + via antigénome -.
implication de la polyméase qui allonge une séquence ARN leader (séquence de tête) pouvant s’attacher à différentes régions du génome par complémentarité de séquence. (synthétisé au début du cycle)
- Orthomyxoviridae
taux évolution grande (à cause de segments et THG avec virus co-infectant)
ARN monocaténaire linéaire - et segmenté , hélicoïdale oui, Grippe (contact indirect; propagation via animaux= diversité virale)
- Transcription du génome viral (-) par une ARN pol viral dans la capside.
- ARNm (+) synthèse de différentes protéines virales. + copie complète du génome viral (-)
- ARN(+) pour génome viral ensuite copié (donc donne -/antigénome) puis encapsidées par protéines structurales du virus = nouveaux virions matures.
- Pendant encapsidation: ARNpol virale nouvellement synthétisée encapsidée pour poursuivre cycle
* Aussi: implique reconnaissance de séquences (étiquettes) sur chacun des segments pour les différencier individuellement.
- différence: nature segmentée du génome : chaque segment (grippe 8) copié séparément et code ARNm distinct.
- Aussi: utilisation de fonctions nucléaires : leur ARNpol pour synthèse d’ARNm + ne peut amorcer directement synthèse : utilisation d’amorces de courts segments d’ARNm cellulaires avec coife en 5’ et quelques ncd de plus. Donc doit aller dans noyau
DONC utilisation d’épissage d’ARNm
- Paramyxoviridae
ARN monocaténaire linéaire -
hélicoïdale oui, similaire à grippe, Rougeole, oreillons (introduction colonisation Amérique), chien.
- Transcription du génome viral (-) par une ARN pol viral dans la capside.
- ARNm (+) synthèse de différentes protéines virales. + copie complète du génome viral (-)
- ARN(+) pour génome viral ensuite copié (donc donne -/antigénome) puis encapsidées par protéines structurales du virus = nouveaux virions matures.
- Pendant encapsidation: ARNpol virale nouvellement synthétisée encapsidée pour poursuivre cycle
différence avec orthomyxoviridae: génome pas segmenté et pas d’amorce utilisé donc évolution lente.
*Aussi synthèse de fragments plus courts : produites via plusieurs points d’initiation interne présents sur l’ARN (-).
pour donner série ARNm pour plusieurs protéines.
Rhabdoviridae ARN mono -
ARN monocaténaire linéaire -
Hélicoïdale oui, virus de la rage.
Filoviridae ARN mono -
ARN monocaténaire linéaire -
hélicoïdale oui, Ebola,
- Bunyaviridae
ARN monocaténaire linéaire -
cubique oui, hantavirus (Sin nombre), multisystémiques et mortelles.
- Transcription du génome viral (-) par une ARN pol viral dans la capside.
- ARNm (+) synthèse de différentes protéines virales. + copie complète du génome viral (-)
- ARN(+) pour génome viral ensuite copié (donc donne -/antigénome) puis encapsidées par protéines structurales du virus = nouveaux virions matures.
- Pendant encapsidation: ARNpol virale nouvellement synthétisée encapsidée pour poursuivre cycle
*Utilisation de courts fragments d’ARN comme amorce MAIS se réplique juste au niveau du cytoplasme et ont une enzyme pouvant découper ARNm cellulaire pour produire amorce extrémité 5’
** Arenaviridae AMBISENSE
ARN monocaténaire linéaire, ambisense
cubique oui
Portion du génome polarité + et l’autre complémentaire (antigénome (-))
- Portion négative: transcrite par enzyme virale présente dans capside (via site de fixation à l’intérieur du génome pour synthèse protéiques virale)
- Permet de copier génome viral à nouveau (donne le contraire du génome virale (au lieu de - et + on a + et -) qui sera copier pour faire le génome et aussi avoir l’autre partie d’ARNm (+). pour faire d’autres protéines virales
- génome jamais directement traduit.
Voir diapo 134 des notes de cours
*** Reoviridae (LEMAY)
ARN bicaténaire linéaire segmenté
cubique non, rotavirus (diarrhée), mouton. Double capside et dégradation de la première amène à entrée dans cytoplasme du virion (avec capside unique). Utilise transcriptase viral.
décrire prototype Orthoreovirus (dans la famille de réoviridae)
- Génome composé de segments d’ARN bicaténaire transcrit directement par enzymes virales dans la capside
- Les brins + produits relâchés par ouvertures présente aux sommets de la capside
- Libération des exemplaires de segments + = ARNm
- Cet ARN traduit en protéines MAIS aussi encapsidé par ces protéines = structure intermédiaire ou il y aura synthèse brin (-) complémentaire pour chaque segment d’ARN +
* *Mécanisme de reconnaissance très précis (car toujours 1 segment de chaque segment d’ARN+)
* Implique reconnaissance de séquence ou structures secondaires sur chaque ARN - capside externe ajouté = virus mature relâché pendant lyse
* ** 1 segment=1gène=plusieurs protéines car 2 cadres de lectures lors de la traduction
* **RÉPLICATION CONSERVATIVE: d’un acide nucléique bicaténaire (génome original pas touché)
* **Polymérases virales reconnaissent des séquences présentes sur brins + et -. AUSSI implique des séquences conservées à chacune des extrémités sur les segments.
ex: possède séquence GCUA à extrémité 5’ de tous les segments
*** Retroviridae (FINZI)
ARN monocaténaire linéaire phase ADN
cubique oui , VIH, HTLV-1 (leucémie).
ADN pol dépendante d’ARN / utilise bcp enzymes celluaires / génome viral = même polarité que l’ARNm, ne peut être infectieux sans présence de l’enzyme viral associé/ génome viral pas directement lu par ribosome
- transcription inverse du génome
- puisque ADN pol (demande amorce fourni par ARNt, molécule cellulaire encapsidée au sein du virion et complémentaire à courte région du génome viral)
- Synthèse copie ADN du génome viral, puis copie de la copie pour faire ADN bicaténaire. (donc aussi activité ADN pol ADN dep)
- Migration au noyau pour s’intégrer dans génome cellulaire (parfois demande destruction de la membrane plasmique donc pendant mitose/ pas le cas des lentivirus comme VIH) (similaire à transposon car au hasard) via enzyme viral = l’intégrase (aussi dans virion initialement) #provirus
- Après intégration = Transcription par ARN pol II cellulaire. (génome viral possède à son extrémité séquences nucléotidiques promotrices et activatrices).
- Synthèse d’une molécule d’ARN idientique au génome viral initial (portion toutefois avec épissage) pour avoir plusieurs espèces d’ARNm = production de toutes les protéines virales structurales et non structurales (grâce à machinerie cellulaire qui reconnait séquences adéquates sur génome viral).
- Ensuite génome encapsidé grâce à présence de séquences spécifiques guidant le processus.
- Virions assemblés et bourgeonnement pour libération de nouvelles particules virales infectieuses avec la transcriptase inverse, l’intégrase, l’amorce d’ARNt et génome.
- Parvoviridae
ADN monocaténaire linéaire
cubique non
Réplication dans noyau
Incapacité des ADN pol de commencer directement polymérisation (ADN mono linéaire)
AMORCES 5’ = problème pour les enlever
- ils ont séquence terminale permettant formation d’une structure en épingle (par complémentarité et repliement sur elle-même) = permet amorçage
- enzyme virale spécifique permet de couper à la base de la structure en épingle= dépliement puis synthèse d’in intermédiaire de réplication bicaténaire.
- Intermédiaire bicaténaire pour synthèse ADN monocaténaire pour être encapsidé)
- Certains encapisdent un seul des deux brins d’ADN
- D’autres encapsident les deux brins dans des capsides séparés.
***Structure en épingle terminale peut être soit FLIP ou FLOP (en alternance) (car ces structures sont situées en dehors des séquences codant des protéines = pas de conséquences sur fonctions génome)
- Papovaviridae
ADN bicaténaire circulaire
promoteur précoce (1) sens inverse du promoteur tardif (1)
donc 2 promoteurs
similaire à phage T4
cubique non
- Transport dans noyau
- Partie du génome viral transcrit à partir d’un promoteur reconnu par l’ARN pol II cellulaire.
- Production d’ARNm avec coiffe et queue poly A par machinerie cellulaire.
- traduits dans cytoplasme
- épissage alternatif permettant production ++ protéines avec 1 ARNm précurseur. machinerie cellulaire.
- Protéines produites amenées dans noyau (signal de localisation nucléaire) Protéines précoces (donc ARNm et promoteurs utilisés ici aussi précoces) non structurales
- permettent la réplication du génome et transcription de gènes tardifs. - réplication par ADN pol cellulaire (reconnait ADN viral seulement si protéines précoces) (origine de réplication sur ADN viral circulaire)
* Protéines précoces bloquent aussi activité de protéines ceullaires impliquées dans contrôle de la multiplication cellulaire (Rb, p53). - Ainsi activation mécanismes de réplication d’ADN.
- Protéines précoces permettent reconnaissance de promoteurs tardifs
- Transcription des ARNm tardifs (ARN pol cellulaire) codant pour protéines tardives = de structure permettant l’encapsidation des génomes synthétisés
- Papillomaviridae
ADN bicaténaire circulaire circulaire, cubique non, Verrues communes ou génitales (développement cancer)
promoteur précoce (1) sens inverse du promoteur tardif (1)
donc 2 promoteurs
similaire à phage T4
- Transport dans noyau
- Partie du génome viral transcrit à partir d’un promoteur reconnu par l’ARN pol II cellulaire.
- Production d’ARNm avec coiffe et queue poly A par machinerie cellulaire.
- traduits dans cytoplasme
- épissage alternatif permettant production ++ protéines avec 1 ARNm précurseur. machinerie cellulaire.
- Protéines produites amenées dans noyau (signal de localisation nucléaire) Protéines précoces (donc ARNm et promoteurs utilisés ici aussi précoces) non structurales
- permettent la réplication du génome et transcription de gènes tardifs. - réplication par ADN pol cellulaire (reconnait ADN viral seulement si protéines précoces) (origine de réplication sur ADN viral circulaire)
* Protéines précoces bloquent aussi activité de protéines ceullaires impliquées dans contrôle de la multiplication cellulaire (Rb, p53). - Ainsi activation mécanismes de réplication d’ADN.
- Protéines précoces permettent reconnaissance de promoteurs tardifs
- Transcription des ARNm tardifs (ARN pol cellulaire) codant pour protéines tardives = de structure permettant l’encapsidation des génomes synthétisés
Adenoviridae
ADN bicaténaire linéaire
cubique non, respiratoire et intestinale variable, conjonctivites.
très similaire aux Papovaviridae et Papillomaviridae MAIS
- taille beaucoup plus grande
- nombre d’ARNm différents (épissage alternatif plus élevé et plus complexe)
Principes généraux les mêmes MAIS pas même réplication de l’ADN génomique (car linéaire)
- Donc ADN polymérase viral (protéines précoce du premier promoteur (précoce))
- Seconde protéine différente: protéine TERMINALE pour amorce de la synthèse (s’attache a un nucléotide (dCTP/ désoxycitidine tri phosphate) de manière covalente via 5’ (au P) et laisse extrémité 3’ libre pour polymération (permettre polarité obligatoire 5’-3’)
- *Ainsi reconnait extrémité génome viral et permet fixation à polymérase
-Synthèse du génome viral semi-conservative
(pour acide nucléique et pour protéine virale)
