FINAL Flashcards
Interférence homologue
Car virus utilisent les mêmes fonctions cellulaires (polymérases, Fts…)
- Écotropes: proviennent des souris et infectent souris / glycoprotéine virale empêche expression d’un récepteur à la surface en interagissant avec (récepteur voie transport vésiculaire) DONC empêchent écotropes mais pas amphotropes car pas mêmes récepteurs.
- Xénotrophes: proviennent des souris infectent d’autres animaux / autres que cellules murines ceux-ci peuvent interférer entre eux mais pas avec amphotropes.
- Amphotropes: Infectent souris et autres animaux
Interférence hétérologue
Plusieurs mécanismes:
1. interférence phage lambda des bactéries lysogènes sur réplication de mutants du phage T4 (rII). / bactéries infectées par rII immédiatement lysées = protection de la culture bactérienne et lambda (interférence spécifique car deux gènes de lambda directement responsables)
- moins spécifique parfois; machinerie synthèse protéique est complètement saturée par un premier virus = empêche infection.
- Induction d’interféron (cytokines et effets antiviral généralisé)
Complémentation fonctionnelle
Lorsqu’un virus porte une mutation ou une délétion abolissant une de ces fonctions
essentielles, cette fonction peut être fournie par un autre virus : il s’agit de la
complémentation fonctionnelle ou complémentation en «trans». ex: rIIA + rIIB de T4.
PAS DE RECOMBINAISON (modification du génome en cis pour acquérir gènes WT.
Complémentation fonctionnelle
Lorsqu’un virus porte une mutation ou une délétion abolissant une de ces fonctions
essentielles, cette fonction peut être fournie par un autre virus : il s’agit de la
complémentation fonctionnelle ou complémentation en «trans». ex: rIIA + rIIB de T4.
-Normalement entre virus fortement apparentés
-Parfois: ex; rétrovirus qui ne code plus pour sa glycoprotéine d’enveloppe complémenté par une autre glycoprotéine = PSEUDOTYPE
PAS DE RECOMBINAISON (modification du génome en cis pour acquérir gènes WT.
ex: rétrovirus transformant avec gènes cellulaires = virus transducteur défectif qui a besoin d’un autre virus(virus auxiliaire) qui fourni protéine manquante en trans.
couple virus défectif-auxiliaire (parfois différents virus auxiliaires pour 2 virus défectif et vice-versa)
virus satellites:
un virus ne peut se propager qu’en
présence d’un virus jouant le rôle d’auxiliaire, mais le virus «défectif» n’existe que sous cette
forme satellite dans la nature. Le virus satellite n’est pas homologue à son auxiliaire. (ex1: virus AAV/ adeno-associated virus/ Parvoviridae qui utilisent polymérase codée par adénovirus) (ex2: hépatite D utilisant glycoprotéine d’enveloppe d’hépatite B)
-Aussi Mimivirus parasités par petits virus se répliquant dans inclusions de mimivirus (virophages)(similaires à virus satellites)
permissivité cellulaire
la permissivité à l’infection virale peut être dé/nie comme étant la
capacité d’une cellule à permettre la multiplication d’un virus donné avec production de
nouvelles particules virales infectieuses
-dans certains
cas, il pourrait y avoir production de virus non infectieux, bien qu’autrement complets, dans
certains types de cellules. Ces cellules ne seraient pas considérées comme permissives.
Permissivité cellulaire: FIXATION ET ENTRÉE
Une cellule dépourvue du récepteur adéquat est non-permissive, mais ne peut pas
du tout être infectée; on dit qu’elle est non «non susceptible» (le virus n’y entrant même pas). (peu varier d’un individu à un autre: pk certaines personnes plus résistantes à certains virus)
par exemple qu’une délétion d’un gène pour le co-récepteur du virus entraîne la
résistance de certains individus lorsqu’ils sont exposés au virus d’immunodé/cience humaine
Permissivité cellulaire: DÉCAPSIDATION
Reoviridae: que le virus pénètre dans la cellule par endocytose, mais que les étapes suivantes de
décapsidation (partielle dans cet exemple) ne puissent s’effectuer normalement.
Ebola: certains virus enveloppés nécessitant un clivage protéolytique de leur
glycoprotéine pour permettre les changements de conformation nécessaires à la fusion (due à absence d’enzymes protéolytiques cellulaires appropriées)
Permissivité cellulaire: TRANSCRIPTION
Rétroviridae et virus ADN à réplication nucléaire : Besoin d’ARN pol cellulaire pour reconnaitre promoteurs présents sur ADN viral.
dépend aussi de la présence de facteurs de transcription
appropriés. Ceux-ci ne sont pas nécessairement présents dans tous les types cellulaires
ex: blocage de l’expression de certains rétrovirus dans cellules embryonnaires.
Permissivité cellulaire: RÉPLICATION DU GÉNOME
Certains virus utilisent la machinerie de réplication des cellules
hôtes, spécialement les virus à ADN à réplication nucléaire.
nécessite l’interaction adéquate entre les protéines cellulaires impliquées et les protéines
virales précoces nécessaires à la reconnaissance de l’origine de réplication virale.
ex: blocage en phase précoce avec transformation cellulaire murines Papovirus simiens
ex: VIH et besoin de la cycline T OU besoin blocage provirus intégration dans génome dans cellules en arrêt de division (cellules deviennent non permissives.
ex: Certains gènes cellulaires, souvent dérivés de
séquences virales intégrées sous forme dites «endogènes», peuvent aussi bloquer
l’intégration de manière spéci/que à certains virus.
Permissivité cellulaire: ASSEMBLAGE
Différents facteurs cellulaires sont parfois impliqués dans l’assemblage des
capsides virales.
ex: VIH qui ne peut pas s’assembler dans cellules murines.
Permissivité cellulaire: MATURATION FINALE
l’assemblage viral se termine par une étape de
maturation qui nécessite la présence d’enzymes cellulaires.
ex: virus influenza : nécessite le clivage de sa glycoprotéine d’enveloppe pour la rendre
fonctionnelle. = si pas enzymes virions relâchés non infectieux. (donc ces cellules sont non permissives)
Persistance virale (contraire de lytique)
phénomène abondamment décrit lors de l’établissement de la persistance
virale est celui de la coévolution virus-cellules
Modèle de persistance virale : réovirus de mammifères ; coévolution virus-cellules
Parfois certains nombre de cellules peuvent survivre. (parfois après infection à haute M.I. et stock viral avec ++ mutants)
infection dite
persistante où la production virale demeure plus limitée que lors d’une infection normale
(aiguë). on ne sait pas comment virus sort sans lyser. (virus P.I. #persistant infection) on peut guérir ces cellules via anticorps antiviral spécifique au virus (ici Réovirus)
Particularité d’une cellule guérie par P.I. virus
résistantes
à l’infection par un virus de type sauvage, mais sont sensibles au virus p. i. Les cellules de la
lignée originale avant infection sont sensibles aux deux virus
Pk cellule guérie résistante au virus WT mais pas au P.I. ?
ces cellules ont évolué de manière à exprimer
de plus bas taux des enzymes responsables de la décapsidation des réovirus
Cette restriction les protège complètement de l’infection par le virus de type
sauvage et limite suf/samment la multiplication virale pour permettre le maintien de l’infection
persistante. En contrepartie, les virus p. i., maintenus dans des cellules exprimant de faibles
taux de cathepsines, ont évolué de manière à être plus facilement décapsidés, permettant
ainsi leur décapsidation malgré les faibles taux de cathepsines. (mutations dans leurs gènes codant pour protéines de capside externe)
Synthèse des protéines virales - BACTÉRIOPHAGES
les ARN messagers sont généralement
polycistroniques et portent des séquences de /xation aux ribosomes (séquence ShineDalgarno) similaires à celles des ARN messagers bactériens
Ces ARN sont aussi généralement dépourvus des séquences
terminales en 5’ (coiffe) et 3’ (poly [A]) qui stabilisent normalement les ARN messagers chez
les cellules eucaryotes.
demi-vie plus courte (moins stable)
Synthèse des protéines virales - VIRUS DES EUCARYOTES
monocistroniques
la structure coiffe permet la fixation des
ribosomes par son interaction avec des protéines cellulaires jouant le rôle de facteurs
d’initiation les «protéines se liant à la coiffe» ou «cap-binding proteins».
À réplication nucléaire: les enzymes cellulaires impliquées dans la synthèse de
la coiffe sont accessibles et pourront donc être utilisées pour la modi/cation posttranscriptionnelle des ARN viraux. (orthomyxoviridae eux utilisent plus coiffe d’ARNm cellulaire dans le noyau / bunyaviridae: amorces avec coiffe via coupure dans cytoplasme)
Réoviridae et Poxviridae: code pour enzymes et synthèse de coiffe; comment font-ils?
1.une triphosphatase enlève le phosphate en 5’ de l’ARN
2.la
guanylyltransférase permet par la suite de former le lien inhabituel 5’-5’ entre le GMP et
l’extrémité 5’-diphosphate de l’ARN;
3.des groupements méthyl seront ajoutés à la
structure coiffe ainsi formée.
-Le premier groupement methyl est sur le GTP terminal et est
essentiel pour l’initiation de la synthèse protéique
- second groupement methyl sera
ajouté sur le premier nucléotide de l’ARN et serait davantage important pour la protection
contre la reconnaissance par l’immunité innée
Autres mécanismes alternatifs dans synthèse de la coiffe sur ARNm ? Certains virus ont même pas de coiffe…
- transfert
d’une molécule de GDP sur une extrémité 5’-monophosphate, = résultat final pareil (normal)
2.d’autres virus ARN à réplication cytoplasmique ne possèdent pas de structure
coiffe, certains de ces virus possèdent toutefois une protéine terminale qui protège l’extrémité
de l’ARN contre la dégradation. (adenoviridae)
traduction non-conventionnelle des virus en quelques mots… (1)
souvent développé des modes
de traduction permettant de contourner la règle du premier AUG.
=
le premier codon d’initiation AUG n’est pas dans le bon contexte pour l’initiation efficace de la
synthèse protéique (séquence dite de Kozak, A/GXXAUGG).
=initiation inefficace et possibilité d’utilsier second codon AUG en aval (après) = deux protéines avec 1 ARNm
(ex: togaviridae)
traduction non-conventionnelle des virus ; 2 exemples
- l’initiation de la synthèse protéique peut se faire par un
mécanisme d’initiation interne de la traduction (similaire à bactérie) ex: via séquences de fixation aux ribosomes IRES = rend inutile présence de protéines de reconnaissance de la coiffe et peut jouer rôle dans régulation synthèse protéique - DÉPHASAGE ou GLISSEMENT(FRAMESHIFT):
l’initiation de la traduction se fait normalement, mais une
importante structure secondaire, combinée à une séquence dite de glissement, séquence
présentant une répétition de mêmes nucléotides, entraîne un déplacement du cadre de
lecture utilisé par le ribosome= deux protéines avec même début faits avec 1 ARNm.
-permet optimiser rapport entre différentes molécules (car ceci sur un pourcentage d’ARN / rentabiliser le petit génome)
rétrovirus, des coronavirus, le virus de l’hépatite C.
Que permet le déphasage chez les rétrovirus?
Chez rétrovirus: permet la synthèse des enzymes, en petites quantités, alors que le cadre de
lecture normal permet la synthèse abondante des protéines structurales de la capside
Protéines impliquées dans la résistance à l’infection virale (cellules réagissent à l’infection via induction/activation protéiques OU de manière constitutive)
certaines découvertes surtout grâce au VIH
- Fv-1 (souris) ; résistance à l’infection par certains rétrovirus, la protéine cellulaire ressemble à une protéine virale et compétitionne avec celle-ci sans avoir la fonction virale adéquate.
- Interféron : infections par plusieurs virus = déclenche production d’interféron (voie JAK) cytokine qui interagit avec son récepteur cellulaire/ l’interféron n’est donc pas spéci/que du virus ayant provoqué l’induction, mais plutôt du type cellulaire utilisé. ***ne fonctionne pas entre espèces (divergence de récepteurs)
(en général donc pas concernant exemple ci-haut) Déterminant dans capacité d’un virus à infecter différentes espèces animales ou types cellulaire PUIS
exemple d’effets de protéines impliquées dans résistance infection virale?
ex:virus dits N-tropes
se répliquent bien dans les cellules de souris de la lignée NIH mais bloqué dans lignée Balb / virus B-tropes contraire
