Inferência filogenética

Question 1

A evolução leva a um aumento da complexidade?

Answer 1

Não. Complexidade não significa melhor adaptação.

Question 2

Em termos evolutivos, “superioridade” e “inferioridade” dos seres faz sentido?

Answer 2

Não

Question 3

Em todos os seres vivos, a … fundamental é sempre a mesma. O que varia são fatores … .
Assim, conclui-se que…

Answer 3

• bioquímica
• secundários
• todos os organismos variam de um ancestral comum (LUCA)

Question 4

… temos muitas coisas em comum com organismos diferentes.
… LUCA já era “complexo”.

Answer 4

Bioquimicamente

Question 5

O ser Humano descende do chimpanzé?

Answer 5

Não! O Homem e o chimpanzé partilham um ancestral comum!

Question 6

A árvore de vida de Darwin, descrevem a ancestralidade dos seres vivos tendo em conta a ideia:

Answer 6

Ancenstral Comum

Question 7

O estudo da evolução através de comparações morfológicas é … e …

Answer 7

subjetivo e não quantitativo

Question 8

A descoberta do … facilitou o estudo dos processos evolutivos.

Answer 8

DNA (e RNA)

Question 9

Comparando sequencias de nucleótidos e a.a., a comparação entre Seres vivos pode ser… e permitiu a criação de … ….

Answer 9

Quantitativa
filogenias moleculares

Question 10

Os genes que codificam para rRNA são usados para construir árvores filogénicas uma vez que:

Answer 10

• presentes em todas as células
• mesma função em todas as células
• Conservados estrutural e funcionalmente
• Raramente transferidos horizontalmente

Question 11

Como se chama o cientísta que introduziu … como grupo distinto da árvore da vida?

Answer 11

Carl Woese
* Archaea

Question 12

Em termos evolutivos, Archaea está mais próxima de Bacteria ou Eucaria?

Answer 12

Eucaria

Question 13

Hoje, sabe-se que … surgiu de um ramo de …, fazendo sentido haver dois ramos principais:

Answer 13

• eucaria
• archaea
• bacteria e archaea

Question 14

No fundo, uma árvore filogénica é uma representação gráfica das…

Answer 14

relações evolucionárias

Question 15

Uma árvore filogénica é considerado um facto sobre a evolução?

Answer 15

Não! É uma hipótese.
Não conseguimos saber exatamente quais os ancestrais comuns e em que momentos existiram.

Ainda há discussão sobre o último ancestral comum entre o Homem e o chimpanzé. Sabe-se que houve um ancestral comum mas não qual

Question 16

Uma árvore filogénica é construida apenas com informação bioquímica?

Answer 16

Não! Pode-se usar info morfológica para complementar a reconstrução de eventos evolucionários.

Question 17

A partir de uma árvore filogénica, que infos podemos retirar?

Answer 17

• estimar o tempo de divergência entre organismos
• inferir funções biológicas
• usar para análise forense

Question 18

Os ancestrais de uma árvore filogenética são todos …

Answer 18

hipotéticos

Question 19

O conjunto de organismos/genes/populações usados para construir uma árvore filogénica têm a designação de:

Answer 19

Taxa

Question 20

Quando não há info suficiente para separar linhagens, como se chama o nódulo do ancestral comum que as antecede?

Answer 20

Politómico (Politomia)

Question 21

A rotação dos nódulos muda a filogenia?

Answer 21

Não

Question 22

Os grupos filogénicos podem ser agrupados…

Answer 22

• grupos polifiléticos: não há ancestral comum
• grupos parafiléticos: contém alguma descendência de um ancestral comum (archaea; eucariotas deveriam estar incluidos e não estão)
• grupos monofiléticos: contém toda a descendência de um ancestral comum (chimpanzés, Homem, gorila, etc)

ppt 21

Question 23

Archaea pode ser considerado um grupo…

Answer 23

parafilético

Eucaria não está incluida mas deveria estar uma vez que divergiu de archaea

Question 24

No ppt 22, um grupo polifilético pode ser composto por … e um monofilético por …

Answer 24

• Polifilético: Elefante + rinoceronte + hipopótamo; tapir + cavalo
• monofilético: vermelho + azul + verde

Question 25

Os peixes são um grupo ... uma vez que:

Answer 25

Parafilético Não estão incluidos todos os descendentes do ancestral comum (peixes + tetrapodes) | ppt 23 ## Footnote No caso dos tetrapodes, o ancestral comum inclui toda a descendência (apenas tetrapodes)

Question 26

Árvores filogénicas sem raíz não nos dão info sobre...

Answer 26

Divergência temporal entre os nódulos centrais

Question 27

O ancestral mais importante é o ... e é onde se coloca a ... da árvore. É importante pois:

Answer 27

* primeiro * raíz * alterando a raíz da árvore, forma-se uma árvore diferente e consequentemente, interações filogénicas diferentes

Question 28

No posicionamento da raíz da árvore, assumir que a evolução é ... pode ser um erro.

Answer 28

Constante

Question 29

Uma abordagem mais certa para definir a raíz de uma árvore é:

Answer 29

Outgroup; definir que uma taxa divergiu primeiro que outra ## Footnote Animais são outgroup para fungos; mamíferos são outgroup para anfíbios (?)

Question 30

Que tipos de árvores filogénicas existem?

Answer 30

* Cladograma: apenas mostra ancestralidade comum * Aditiva: mostra a quantidade de mudança no tempo * Ultrametrica: eixo do Y mostra o tempo | ppt 27 ## Footnote Em todos, o eixo do X não diz nada (se o gráfico for de baixo para cima)

Question 31

Qual a diferença entre homologia, analogia e similaridade?

Answer 31

* Homologia: Conceito **biológico**; o **mesmo orgão sujeito a variações** * Analogia: semelhança superficial (asas) * Similaridade: conceito **matemático**

Question 32

Define: * Sinapomorfismo * plesiomorfismo * apomorfismos * homoplasia

Answer 32

* **características partilhadas** que derivam de **um ancestral comum** (ex:mesma cor); resulta em **homologia** * caracteristicas que se mantêm até ao final do ramo * características que envolvem a cima da raíz * características análogas mas com diferentes ancestrais comuns ## Footnote Nos fungos não há um único sinapomorfismo (ex. nem todos têm quitina)

Question 33

O que são genes homólogos, ortólogos e parálogos?

Answer 33

* Homólogos: descendem de um ancestral comum * Ortólogos: homólogos em espécies diferentes * parálogos: genes homólogos numa espécie que resultaram da duplicação do gene

Question 34

Misturar genes ... e ... pode dar origem a filogenias erradas | ppt 33

Answer 34

ortólogos e parálogos

Question 35

As árvores filogénicas dos genes e das espécies coincidem?

Answer 35

Nem sempre coincidem (podem ocorrer **mutações** **antes** de se **divergirem** enquanto **espécie**) | ppt 34

Question 36

Porquê é que a árvore das espécies e dos genes podem ser incongruentes?

Answer 36

* genes têm taxas diferentes de evolução * pode haver perda ou duplicação de genes * pode haver fluxo de genes entre linhagens depois da separação * pode haver recombinação entre regiões adjacentes

Question 37

Traçar uma árvore de espécies através de genes de resistência a antibióticos é uma boa ideia?

Answer 37

Não! A resistência a antibióticos não é congruente com a especiação e pode resultar da transferencia lateral de genes

Question 38

Quais as características de se usar DNA ou proteínas para traçar árvores filogenéticas?

Answer 38

**DNA**: * altera-se mais facilmente * pode mudar mas as proteínas continuam iguais * regiões não codificantes e pseudogenes são mais estáveis (baixa pressão seletiva) * para eventos evolutivos mais recentes é melhor uma vez que varia muito e pode induzir em erro filogenias mais antigas **Proteinas**: * mais conservadas * sinal filogenético mais forte que DNA uma vez que tem 20 caracteres possiveis (DNA só 4)

Question 39

Árvores filogenéticas moleculares podem ser divididas em ... passos:

Answer 39

5 1. obtenção das sequencias de análise 2. alinhamento da sequencia 3. especificação do modelo de evolução nucleotídico ou proteíco 4. contrução da árvore 5. avaliação da árvore

Question 40

A 1) obtenção de sequencias, é feita através de...

Answer 40

Bases de dados online

Question 41

O 2) alinhamento de sequencias é um passo ... na análise filogenética uma vez que:

Answer 41

**Crucial** Envolve o posicionamento de bases ou a.a. de acordo com a homologia ## Footnote Mau alinhamento = má filogenia

Question 42

O alinhamento pela estrutura primária/secundária pode ser mais fácil.

Answer 42

secundária

Question 43

3) especificar o modelo de evolução envolve que teorias?

Answer 43

* A taxa de transições e transversões é a mesma * seleção neutra: taxas de transições e transversões são diferentes; transversões têm mais peso * Tamura: considera variações no conteúdo em CG

Question 44

4) construção da árvore baseada nas distâncias/caracteres (probabilistica) é a mais usada e demora mais/menos tempo.

Answer 44

Baseada nos caracteres demora mais tempo

Question 45

Os bootstrap replicates são um teste de ...

Answer 45

robustez