Inferência filogenética Flashcards
A evolução leva a um aumento da complexidade?
Não. Complexidade não significa melhor adaptação.
Em termos evolutivos, “superioridade” e “inferioridade” dos seres faz sentido?
Não
Em todos os seres vivos, a … fundamental é sempre a mesma. O que varia são fatores … .
Assim, conclui-se que…
- bioquímica
- secundários
- todos os organismos variam de um ancestral comum (LUCA)
… temos muitas coisas em comum com organismos diferentes.
… LUCA já era “complexo”.
Bioquimicamente
O ser Humano descende do chimpanzé?
Não! O Homem e o chimpanzé partilham um ancestral comum!
A árvore de vida de Darwin, descrevem a ancestralidade dos seres vivos tendo em conta a ideia:
Ancenstral Comum
O estudo da evolução através de comparações morfológicas é … e …
subjetivo e não quantitativo
A descoberta do … facilitou o estudo dos processos evolutivos.
DNA (e RNA)
Comparando sequencias de nucleótidos e a.a., a comparação entre Seres vivos pode ser… e permitiu a criação de … ….
Quantitativa
filogenias moleculares
Os genes que codificam para rRNA são usados para construir árvores filogénicas uma vez que:
- presentes em todas as células
- mesma função em todas as células
- Conservados estrutural e funcionalmente
- Raramente transferidos horizontalmente
Como se chama o cientísta que introduziu … como grupo distinto da árvore da vida?
Carl Woese
* Archaea
Em termos evolutivos, Archaea está mais próxima de Bacteria ou Eucaria?
Eucaria
Hoje, sabe-se que … surgiu de um ramo de …, fazendo sentido haver dois ramos principais:
- eucaria
- archaea
- bacteria e archaea
No fundo, uma árvore filogénica é uma representação gráfica das…
relações evolucionárias
Uma árvore filogénica é considerado um facto sobre a evolução?
Não! É uma hipótese.
Não conseguimos saber exatamente quais os ancestrais comuns e em que momentos existiram.
Ainda há discussão sobre o último ancestral comum entre o Homem e o chimpanzé. Sabe-se que houve um ancestral comum mas não qual
Uma árvore filogénica é construida apenas com informação bioquímica?
Não! Pode-se usar info morfológica para complementar a reconstrução de eventos evolucionários.
A partir de uma árvore filogénica, que infos podemos retirar?
- estimar o tempo de divergência entre organismos
- inferir funções biológicas
- usar para análise forense
Os ancestrais de uma árvore filogenética são todos …
hipotéticos
O conjunto de organismos/genes/populações usados para construir uma árvore filogénica têm a designação de:
Taxa
Quando não há info suficiente para separar linhagens, como se chama o nódulo do ancestral comum que as antecede?
Politómico (Politomia)
A rotação dos nódulos muda a filogenia?
Não
Os grupos filogénicos podem ser agrupados…
- grupos polifiléticos: não há ancestral comum
- grupos parafiléticos: contém alguma descendência de um ancestral comum (archaea; eucariotas deveriam estar incluidos e não estão)
- grupos monofiléticos: contém toda a descendência de um ancestral comum (chimpanzés, Homem, gorila, etc)
ppt 21
Archaea pode ser considerado um grupo…
parafilético
Eucaria não está incluida mas deveria estar uma vez que divergiu de archaea
No ppt 22, um grupo polifilético pode ser composto por … e um monofilético por …
- Polifilético: Elefante + rinoceronte + hipopótamo; tapir + cavalo
- monofilético: vermelho + azul + verde
Os peixes são um grupo … uma vez que:
Parafilético
Não estão incluidos todos os descendentes do ancestral comum (peixes + tetrapodes)
ppt 23
No caso dos tetrapodes, o ancestral comum inclui toda a descendência (apenas tetrapodes)
Árvores filogénicas sem raíz não nos dão info sobre…
Divergência temporal entre os nódulos centrais
O ancestral mais importante é o … e é onde se coloca a … da árvore. É importante pois:
- primeiro
- raíz
- alterando a raíz da árvore, forma-se uma árvore diferente e consequentemente, interações filogénicas diferentes
No posicionamento da raíz da árvore, assumir que a evolução é … pode ser um erro.
Constante
Uma abordagem mais certa para definir a raíz de uma árvore é:
Outgroup; definir que uma taxa divergiu primeiro que outra
Animais são outgroup para fungos; mamíferos são outgroup para anfíbios (?)
Que tipos de árvores filogénicas existem?
- Cladograma: apenas mostra ancestralidade comum
- Aditiva: mostra a quantidade de mudança no tempo
- Ultrametrica: eixo do Y mostra o tempo
ppt 27
Em todos, o eixo do X não diz nada (se o gráfico for de baixo para cima)
Qual a diferença entre homologia, analogia e similaridade?
- Homologia: Conceito biológico; o mesmo orgão sujeito a variações
- Analogia: semelhança superficial (asas)
- Similaridade: conceito matemático
Define:
* Sinapomorfismo
* plesiomorfismo
* apomorfismos
* homoplasia
- características partilhadas que derivam de um ancestral comum (ex:mesma cor); resulta em homologia
- caracteristicas que se mantêm até ao final do ramo
- características que envolvem a cima da raíz
- características análogas mas com diferentes ancestrais comuns
Nos fungos não há um único sinapomorfismo (ex. nem todos têm quitina)
O que são genes homólogos, ortólogos e parálogos?
- Homólogos: descendem de um ancestral comum
- Ortólogos: homólogos em espécies diferentes
- parálogos: genes homólogos numa espécie que resultaram da duplicação do gene
Misturar genes … e … pode dar origem a filogenias erradas
ppt 33
ortólogos e parálogos
As árvores filogénicas dos genes e das espécies coincidem?
Nem sempre coincidem
(podem ocorrer mutações antes de se divergirem enquanto espécie)
ppt 34
Porquê é que a árvore das espécies e dos genes podem ser incongruentes?
- genes têm taxas diferentes de evolução
- pode haver perda ou duplicação de genes
- pode haver fluxo de genes entre linhagens depois da separação
- pode haver recombinação entre regiões adjacentes
Traçar uma árvore de espécies através de genes de resistência a antibióticos é uma boa ideia?
Não!
A resistência a antibióticos não é congruente com a especiação e pode resultar da transferencia lateral de genes
Quais as características de se usar DNA ou proteínas para traçar árvores filogenéticas?
DNA:
* altera-se mais facilmente
* pode mudar mas as proteínas continuam iguais
* regiões não codificantes e pseudogenes são mais estáveis (baixa pressão seletiva)
* para eventos evolutivos mais recentes é melhor uma vez que varia muito e pode induzir em erro filogenias mais antigas
Proteinas:
* mais conservadas
* sinal filogenético mais forte que DNA uma vez que tem 20 caracteres possiveis (DNA só 4)
Árvores filogenéticas moleculares podem ser divididas em … passos:
5
1. obtenção das sequencias de análise
2. alinhamento da sequencia
3. especificação do modelo de evolução nucleotídico ou proteíco
4. contrução da árvore
5. avaliação da árvore
A 1) obtenção de sequencias, é feita através de…
Bases de dados online
O 2) alinhamento de sequencias é um passo … na análise filogenética uma vez que:
Crucial
Envolve o posicionamento de bases ou a.a. de acordo com a homologia
Mau alinhamento = má filogenia
O alinhamento pela estrutura primária/secundária pode ser mais fácil.
secundária
3) especificar o modelo de evolução envolve que teorias?
- A taxa de transições e transversões é a mesma
- seleção neutra: taxas de transições e transversões são diferentes; transversões têm mais peso
- Tamura: considera variações no conteúdo em CG
4) construção da árvore baseada nas distâncias/caracteres (probabilistica) é a mais usada e demora mais/menos tempo.
Baseada nos caracteres
demora mais tempo
Os bootstrap replicates são um teste de …
robustez
