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Evolução Biológica e Molecular > Inferência filogenética > Flashcards

Inferência filogenética Flashcards

1
Q

A evolução leva a um aumento da complexidade?

A

Não. Complexidade não significa melhor adaptação.

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2
Q

Em termos evolutivos, “superioridade” e “inferioridade” dos seres faz sentido?

A

Não

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3
Q

Em todos os seres vivos, a … fundamental é sempre a mesma. O que varia são fatores … .
Assim, conclui-se que…

A
  • bioquímica
  • secundários
  • todos os organismos variam de um ancestral comum (LUCA)
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4
Q

… temos muitas coisas em comum com organismos diferentes.
… LUCA já era “complexo”.

A

Bioquimicamente

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5
Q

O ser Humano descende do chimpanzé?

A

Não! O Homem e o chimpanzé partilham um ancestral comum!

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6
Q

A árvore de vida de Darwin, descrevem a ancestralidade dos seres vivos tendo em conta a ideia:

A

Ancenstral Comum

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7
Q

O estudo da evolução através de comparações morfológicas é … e …

A

subjetivo e não quantitativo

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8
Q

A descoberta do … facilitou o estudo dos processos evolutivos.

A

DNA (e RNA)

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9
Q

Comparando sequencias de nucleótidos e a.a., a comparação entre Seres vivos pode ser… e permitiu a criação de … ….

A

Quantitativa
filogenias moleculares

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10
Q

Os genes que codificam para rRNA são usados para construir árvores filogénicas uma vez que:

A
  • presentes em todas as células
  • mesma função em todas as células
  • Conservados estrutural e funcionalmente
  • Raramente transferidos horizontalmente
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11
Q

Como se chama o cientísta que introduziu … como grupo distinto da árvore da vida?

A

Carl Woese
* Archaea

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12
Q

Em termos evolutivos, Archaea está mais próxima de Bacteria ou Eucaria?

A

Eucaria

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13
Q

Hoje, sabe-se que … surgiu de um ramo de …, fazendo sentido haver dois ramos principais:

A
  • eucaria
  • archaea
  • bacteria e archaea
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14
Q

No fundo, uma árvore filogénica é uma representação gráfica das…

A

relações evolucionárias

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15
Q

Uma árvore filogénica é considerado um facto sobre a evolução?

A

Não! É uma hipótese.
Não conseguimos saber exatamente quais os ancestrais comuns e em que momentos existiram.

Ainda há discussão sobre o último ancestral comum entre o Homem e o chimpanzé. Sabe-se que houve um ancestral comum mas não qual

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16
Q

Uma árvore filogénica é construida apenas com informação bioquímica?

A

Não! Pode-se usar info morfológica para complementar a reconstrução de eventos evolucionários.

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17
Q

A partir de uma árvore filogénica, que infos podemos retirar?

A
  • estimar o tempo de divergência entre organismos
  • inferir funções biológicas
  • usar para análise forense
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18
Q

Os ancestrais de uma árvore filogenética são todos …

A

hipotéticos

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19
Q

O conjunto de organismos/genes/populações usados para construir uma árvore filogénica têm a designação de:

A

Taxa

20
Q

Quando não há info suficiente para separar linhagens, como se chama o nódulo do ancestral comum que as antecede?

A

Politómico (Politomia)

21
Q

A rotação dos nódulos muda a filogenia?

A

Não

22
Q

Os grupos filogénicos podem ser agrupados…

A
  • grupos polifiléticos: não há ancestral comum
  • grupos parafiléticos: contém alguma descendência de um ancestral comum (archaea; eucariotas deveriam estar incluidos e não estão)
  • grupos monofiléticos: contém toda a descendência de um ancestral comum (chimpanzés, Homem, gorila, etc)

ppt 21

23
Q

Archaea pode ser considerado um grupo…

A

parafilético

Eucaria não está incluida mas deveria estar uma vez que divergiu de archaea

24
Q

No ppt 22, um grupo polifilético pode ser composto por … e um monofilético por …

A
  • Polifilético: Elefante + rinoceronte + hipopótamo; tapir + cavalo
  • monofilético: vermelho + azul + verde
25
Q

Os peixes são um grupo … uma vez que:

A

Parafilético
Não estão incluidos todos os descendentes do ancestral comum (peixes + tetrapodes)

ppt 23

No caso dos tetrapodes, o ancestral comum inclui toda a descendência (apenas tetrapodes)

26
Q

Árvores filogénicas sem raíz não nos dão info sobre…

A

Divergência temporal entre os nódulos centrais

27
Q

O ancestral mais importante é o … e é onde se coloca a … da árvore. É importante pois:

A
  • primeiro
  • raíz
  • alterando a raíz da árvore, forma-se uma árvore diferente e consequentemente, interações filogénicas diferentes
28
Q

No posicionamento da raíz da árvore, assumir que a evolução é … pode ser um erro.

A

Constante

29
Q

Uma abordagem mais certa para definir a raíz de uma árvore é:

A

Outgroup; definir que uma taxa divergiu primeiro que outra

Animais são outgroup para fungos; mamíferos são outgroup para anfíbios (?)

30
Q

Que tipos de árvores filogénicas existem?

A
  • Cladograma: apenas mostra ancestralidade comum
  • Aditiva: mostra a quantidade de mudança no tempo
  • Ultrametrica: eixo do Y mostra o tempo

ppt 27

Em todos, o eixo do X não diz nada (se o gráfico for de baixo para cima)

31
Q

Qual a diferença entre homologia, analogia e similaridade?

A
  • Homologia: Conceito biológico; o mesmo orgão sujeito a variações
  • Analogia: semelhança superficial (asas)
  • Similaridade: conceito matemático
32
Q

Define:
* Sinapomorfismo
* plesiomorfismo
* apomorfismos
* homoplasia

A
  • características partilhadas que derivam de um ancestral comum (ex:mesma cor); resulta em homologia
  • caracteristicas que se mantêm até ao final do ramo
  • características que envolvem a cima da raíz
  • características análogas mas com diferentes ancestrais comuns

Nos fungos não há um único sinapomorfismo (ex. nem todos têm quitina)

33
Q

O que são genes homólogos, ortólogos e parálogos?

A
  • Homólogos: descendem de um ancestral comum
  • Ortólogos: homólogos em espécies diferentes
  • parálogos: genes homólogos numa espécie que resultaram da duplicação do gene
34
Q

Misturar genes … e … pode dar origem a filogenias erradas

ppt 33

A

ortólogos e parálogos

35
Q

As árvores filogénicas dos genes e das espécies coincidem?

A

Nem sempre coincidem
(podem ocorrer mutações antes de se divergirem enquanto espécie)

ppt 34

36
Q

Porquê é que a árvore das espécies e dos genes podem ser incongruentes?

A
  • genes têm taxas diferentes de evolução
  • pode haver perda ou duplicação de genes
  • pode haver fluxo de genes entre linhagens depois da separação
  • pode haver recombinação entre regiões adjacentes
37
Q

Traçar uma árvore de espécies através de genes de resistência a antibióticos é uma boa ideia?

A

Não!
A resistência a antibióticos não é congruente com a especiação e pode resultar da transferencia lateral de genes

38
Q

Quais as características de se usar DNA ou proteínas para traçar árvores filogenéticas?

A

DNA:
* altera-se mais facilmente
* pode mudar mas as proteínas continuam iguais
* regiões não codificantes e pseudogenes são mais estáveis (baixa pressão seletiva)
* para eventos evolutivos mais recentes é melhor uma vez que varia muito e pode induzir em erro filogenias mais antigas
Proteinas:
* mais conservadas
* sinal filogenético mais forte que DNA uma vez que tem 20 caracteres possiveis (DNA só 4)

39
Q

Árvores filogenéticas moleculares podem ser divididas em … passos:

A

5
1. obtenção das sequencias de análise
2. alinhamento da sequencia
3. especificação do modelo de evolução nucleotídico ou proteíco
4. contrução da árvore
5. avaliação da árvore

40
Q

A 1) obtenção de sequencias, é feita através de…

A

Bases de dados online

41
Q

O 2) alinhamento de sequencias é um passo … na análise filogenética uma vez que:

A

Crucial
Envolve o posicionamento de bases ou a.a. de acordo com a homologia

Mau alinhamento = má filogenia

42
Q

O alinhamento pela estrutura primária/secundária pode ser mais fácil.

A

secundária

43
Q

3) especificar o modelo de evolução envolve que teorias?

A
  • A taxa de transições e transversões é a mesma
  • seleção neutra: taxas de transições e transversões são diferentes; transversões têm mais peso
  • Tamura: considera variações no conteúdo em CG
44
Q

4) construção da árvore baseada nas distâncias/caracteres (probabilistica) é a mais usada e demora mais/menos tempo.

A

Baseada nos caracteres
demora mais tempo

45
Q

Os bootstrap replicates são um teste de …

A

robustez

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