Infectiologie_Clinique Flashcards

1
Q

Indications de culture d’expectoration

A

Suspicion de pneumonie nosocomiale

Recommandée aussi pour :
- Pneumonie nécessitant hospitalisation ou sévère
- Hx de colonisation par des germes plus résistants
- Détérioration ss ATB
- Hospit. récente
- Utilisation ATB dans les 3 mois

(Pneumonie acquise en Communauté : En externe, habituellement pas recommandée)

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2
Q

Interpréter un culture d’expectoration

A
  1. Ce n’est pas un spécimen stérile (Flore normale et colonisants)
  2. La/les bactéries qu’on retrouve ne sont pas nécessairement l’agent étiologique de la pneumonie
  3. L’interprétation du résultat dépend, entre autres, de la qualité du specimen et de l’examen microscopique
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3
Q

Principaux microorganismes de la flore buccale

A
  • Streptocoques groupe viridans *
  • Anaérobes *
  • Levures

*Principaux pathogènes potentiels

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4
Q

Principaux microorganismes de la flore ORL (Voies respiratoires supérieures)

A
  • Streptococcus pneumoniae*
  • Streptocoque groupe viridans
  • Streptocoques B-hémolytiques*
  • Moraxella catarrhalis*
  • Haemophilus influenzae*
  • Neisseria spp (spp = autres que gonorrhée)

*Principaux pathogènes potentiels

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5
Q

Limites de la culture des expectorations

A
  • Il faut pouvoir expectorer
  • Il faut interpréter en fonction du fait que la flore peut être retrouvée sans être en cause
  • Il faut idéalement obtenir le spécimen avant de donner ATB.
  • Le résultat de la culture prend quelques jours à sortir
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6
Q

Qu’est-ce qui distingue un germe typique et atypique ?

A
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7
Q

Les frissons solennels sont classiques de quelle pathologie ?

A

Bactériémie

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8
Q

Qu’est-ce que des frissons solonnels ?

A

Des frissons violents incontrolables accompagnés de claquement des dents. (peut être confondu avec convulsion tellement c’est impressionnants)

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9
Q

Indications d’une hémoculture ?

A

Si probabilité élevé de bactériémie : de routine
- Sepsis/choc septique
- Ostéomyélite/discite vertébrale/abcès épidural
- Méningite
- Arthrite septique (non traumatique)
- Suspicion d’endocardite et autre infection intravasculaire
- Infection de cathéter

Si probabilité modérée de bactériémie : le plus souvent
- Pyélonéphrite
- Cholangite
- Abcès du foie
- Pneumonie acquise en communauté (PAC) sévère
- Pneumonie acquise sous ventilateur (PAV)
- Cellulite chez immunosupprimé

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10
Q

Comment prescrire une hémoculture ?

A
  • Avant les antibiotiques
    Ordonnance : « Hémocultures X 2 »

*1 seule ou 2 ponctions veineuses différentes (en périphérie le + souvent)
*2 bouteilles par ponction (aérobie et anaérobie)= 4 bouteilles

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11
Q

Considérations à l’interprétation d’une hémoculture

A
  • Le sang est normalement stérile
  • Pour prélever les hémocultures, il faut passer à travers la peau qui n’est pas stérile (contaminant)
  • L’interprétation du résultat dépend de la bactérie identifiée, du tableau clinique et d’autres informations en lien avec le prélèvement
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12
Q

Principaux microorganismes de la flore cutanée
pouvant contaminer des hémocultures

A
  • Corynebacterium sp
  • Staphylocoques à coagulase négative
  • Streptocoques B- hémolytiques*
  • Staphylococcus aureus* (toujours suspecté qu’il est le pathogènes)
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13
Q

Pathogènes les plus souvent trouvé en hémoculture

A

Staphylococcus aureus
Streptocoque B-hémolytique
Streptococcus pneumoniae
Entérobactéries (ex: E. coli)
Haemophilus influenzae
Bacteroides (bacille Gram négatif anaérobie) Pseudomonas aeruginosa
Candida (levure)

  • Ne jamais les considérées comme des contaminants
  • Doivent toujours être considérés comme significatifs
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14
Q

Éléments à considérer dans l’interprétation des hémocultures

A
  • Le nombre de bouteilles positives par rapport au nombre total de bouteilles prélevées
  • Le temps de positivité («plus ça pousse vite»)
  • Le site de prélèvement (périphérie vs cathéter)
  • La probabilité de bactériémie selon le tableau clinique
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15
Q

Bactéries souvent contaminants des hémocultures

A

Souvent (mais pas exclusivement) contaminants :
- Staphylocoques à coagulase négative
- Corynébactérie
- Cutibacterium acnes * Bacillus sp.
- Micrococcus sp.

(Bactéries de la peau)

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16
Q

Bactéries qui sont pathogène ou parfois contaminants en hémoculture

A

Le plus souvent significatives, mais parfois contaminants
- Entérocoque
- Streptocoques groupe viridans

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17
Q

Indications d’une ponction lombaire ?

A

En cas de suspicion d’infection du système nerveux central, comme une méningite ou une encéphalite:
La ponction lombaire est nécessaire ET urgente

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18
Q

Comment prescrire une ponction lombaire?

A
  • Avant les antibiotiques, SI ça ne retarde pas le tx
    « Analyses à faire sur le liquide céphalo-rachidien »

Prescrire chaque analyse voulue, habituellement :
- Biochimie sur le LCR (glucose et protéines)
- Gram « STAT » et culture bactérienne
- Décompte cellulaire
- Autres analyses (telles que le PCR méningite «multiplex » et le PCR spécifique Herpès types I et II)

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19
Q

Considérations dans l’interprétation d’une PL

A

1) Le LCR est normalement stérile
2) Lors de la ponction lombaire, il faut passer à travers la peau qui n’est pas stérile (malgré la procédure grandement aseptisée)
3) L’interprétation du résultat dépend de la biochimie, du décompte cellulaire, de la bactérie identifiée et du tableau clinique

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20
Q

Principaux microorganismes de la flore cutanée
pouvant contaminer le LCR

A
  • Corynebacterium sp
  • Staphylocoques à coagulase négative
  • Streptocoques B- hémolytiques*
  • Staphylococcus aureus*

*Principaux pathogènes potentiels

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21
Q

Principaux microorganismes de la flore cutanée
pouvant contaminer le LCR

A
  • Corynebacterium sp
  • Staphylocoques à coagulase négative
  • Streptocoques B- hémolytiques*
  • Staphylococcus aureus*

*Principaux pathogènes potentiels

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22
Q

Principales bactéries et principaux virus
causant la méningite/encéphalite

A

À ne jamais considérer comme contaminants dans le LCR :
Bactéries (selon l’âge, le statut immunitaire,..)
- Streptococcus pneumoniae
- Neisseria meningitidis
- Haemophilus influenza
- Streptocoque beta-hémolytique de groupe B
- Escherichia coli
- Listeria monocytogenes

Virus
- Herpès type I et II
- Varicella zoster
- Entérovirus

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23
Q

Quels sites anatomiques sont colonisé par une flore microbienne (microbiote)?

A

– Les muqueuses du tube digestif (intestin++)
– La muqueuse urogénitale (vagin++)
– La muqueuse respiratoire supérieure (bouche/gorge++)
– La peau (zones humides++)

24
Q

Quels sites anatomiques sont stériles?

A

Les systèmes suivants sont entièrement stériles, c’est- à-dire qu’ils ne sont pas colonisés par une flore
– Cardiovasculaire (Sang et tissus)
– Musculo-squelettique (muscles/os/articulations)
– Neurologique (liquide céphalo-rachidien)

La plupart des sites anatomiques « profonds », ou loin de la surface du corps, sont stériles (sauf l’intestin!)
– ORL: sinus, oreille moyenne et interne
– Respiratoire: bronches distales + alvéoles, plèvre
– Génito-urinaire: urètre proximal, vessie, utérus, prostate, uretères, reins
– Digestif: foie, rate, pancréas, cavité péritonéale

25
Q

Dans quelles circonstances un microorganisme du microbiote serait le pathogène à l’origine d’une infection?

A
  • S’il se retrouve en trop grande quantité (déséquilibre)
  • S’il se repent ailleurs qu’à son site habituel
26
Q

Indications de prescription d’un SMU-DCA ?

A

Habituellement chez tous les patients qui se présentent avec symptômes urinaires compatibles.

Exception: on peut l’éviter chez les jeunes femmes non enceintes avec symptômes typiques, sans fièvre et sans facteur de risque d’infection résistante.

*Note: on ne prescrit pas une culture d’urine chez un patient asymptomatique, sauf exceptions (femme enceinte).

27
Q

Considérations dans l’interprétation d’un SMU-DCA

A

1) L’urine est “relativement” stérile
2) Mais, pour la plupart des prélèvements, dont le mi-jet qui est le plus répandu, elle peut se contaminer au passage par les flores digestive, génito-urinaire et cutanée
3) L’interprétation du résultat dépend du sommaire d’urine, de la bactérie identifiée et de la quantité (décompte) retrouvée

28
Q

De quels sites originent les contaminants retrouvés dans une culture d’urine?

A
  • Flore digestive
  • Flore génito-urinaire
  • Flore cutanée
29
Q

Quels microorganismes du grêle/colon peuvent contaminé une culture d’urine?

A
  • Anaérobes
  • Entérobactéries*
  • Entérocoques
  • Strepto. groupe viridans
  • Anaérobes
  • Levures

*Principaux pathogènes potentiels

30
Q

Quels microorganismes de la peau peuvent contaminé une culture d’urine?

A
  • Corynebacterium sp
  • Staphylocoques à coagulase négative
  • Streptocoques B- hémolytiques*
  • Staphylococcus aureus*

*Principaux pathogènes potentiels

31
Q

Quels microorganismes génito-urinaire peuvent contaminé une culture d’urine?

A

Femmes: Lactobacillus, anaérobes, Streptocoques, levures

32
Q

Principales bactéries causant l’infection urinaire?

A

Entérobactéries :
- Escherichia coli
- Klebsiella sp
- Proteus mirabilis
- Staphylococcus saprophyticus

Et dans certaines conditions:
- Streptocoque B-hémolytique du groupe B
- Pseudomonas aeruginosa - Enterococcus faecalis

33
Q

Quel est le seuil quantitatif pour qu’une bactérie soit identifié comme pathogène dans l’infection urinaire (culture d’urine)?

A

La quantité habituellement retrouvée en infection urinaire dans un mi-jet est supérieure à 10 exposant 7 UFC/L et la bactérie sera identifiée par le laboratoire seulement si elle est un pathogène reconnu en quantité suffisante

34
Q

Principales bactéries représentant de la contamination dans l’urine

A
  • Streptocoques groupe viridans
  • Staphylocoques à coagulase négative (sauf S.
    saprophyticus)
  • Corynébactéries
  • Gardnerella vaginalis
  • Levures
35
Q

Comment prescrire une culture d’expectoration?

A

Avant les antibiotiques, si possible
« Culture des expectorations »
– Un seul spécimen (de qualité) suffit
– Ça ne fonctionne que si notre patient peut expectorer..!

36
Q

Interprétation d’une hémoculture

A
  • Plus le nombre de bouteilles positives (par rapport au nombre total de bouteilles prélevées) est positive, plus c’est significatif
  • Le temps de positivité
  • Le site de prélèvement (périphérie vs cathéter)
  • La probabilité de bactériémie selon le tableau clinique
    Le jugement clinique a toujours sa place
37
Q

Selon quelles classifications (2) qualifie-t’on les bactéries au microscope?

A

Coloration de Gram ( +/- )
Morphologie des bactéries
- Cocci (amas ou chaînes)
- Bacilles (spore ou non)

38
Q

Selon quelles classifications (3) qualifie-t’on les bactéries en culture?

A
  • Tests spéciaux (coagulase)
  • Aspect en culture (ex: hémolyse)
  • Métabolisme (ex: aérobie vs anaérobie)
39
Q

Quelles sont les caractéristiques d’une bactérie GRAM + ?

A

Paroi épaisse et riche en peptidoglycans (Retient le cristal violet)

40
Q

Quelles sont les caractéristiques d’une bactérie GRAM - ?

A

Paroi mince et pauvre en peptidoglycans (Ne retient pas le cristal violet, se laisse décolorer)

41
Q

Quelles sont les étapes d’une coloration de GRAM ?

A
  1. fixation
  2. crystal violet
  3. Traitement à l’iode
  4. Décoloration
  5. Contraste au safran
42
Q

Qu’est-ce que la coagulase?

A

La coagulase est une enzyme produite par certaines bactéries. Cette enzyme catalyse la conversion du fibrinogène, une protéine présente dans le plasma sanguin, en fibrine, qui forme des caillots.

Ex : Le Staphylococcus aureus est coagulase+. Les autres Staphylococcus sont coagulase-

43
Q

Comment caractérise t-on l’hémolyse en culture?

A

La B-hémolyse est la destruction complète des globules rouges par la bactérie.
L’⍺-hémolyse est la destruction partielle des globules rouges.
La ɣ-hémolyse est l’absence d’hémolyse.

44
Q

De quoi est composé la flore microbienne pour un site donné?

A

La flore microbienne comprend l’ensemble des microorganismes présents à un site anatomique donné. C’est un écosystème qui comprend un équilibre entre les microorganismes et un équilibre entre les microorganismes et l’hôte.

45
Q

Qu’est-ce que le microbiome humain ?

A

Le microbiome humain est l’ensemble des gènes compris dans la population microbienne qui colonise l’humain.

46
Q

Facteurs qui influencent la flore ?

A
  • Type d’accouchement et allaitement
  • Diète
  • Pathologies de l’hôte (diabète, statut immunitaire, infections…)
  • Prise d’antibiotiques ou d’autres médicaments
  • Expositions environnementales (eau, sol, air végétaux, animaux, autres humains,
    séjour hospitalier, etc.).
  • Variabilité génétique interindividuelle
47
Q

Rôles/fonctions de la flore?

A
  • Résistance à l’implantation des bactéries pathogènes
  • Production de substances toxiques (bactériocines, acides gras, H2O2, etc.)
  • Compétition pour les éléments nutritifs essentiels
  • Stimulation du système immunitaire
  • La présence de bactéries colonisantes entraîne la production d’IgA au niveau
    des muqueuses digestives et respiratoires
  • Contribution nutritionnelle et métabolique
  • Métabolisme des composantes alimentaires
  • Synthèse des vitamines K, B1, B2, B6 et B12

Plus récemment, on a décrit de nouvelles fonctions de la flore, tel que:
- Stimulation de la densité osseuse
- La prolifération cellulaire/vasculaire
- La signalisation neuronale
- La biosynthèse de neurotransmetteurs, d’hormones, etc.
- Le métabolisme des: Sels biliaires, Médicaments, Xénobiotes (métaux lourds, insecticides, …)

48
Q

Quelles maladies ont été associées à la communauté microbienne intestinale?

A
  • Colite à C. difficile
  • Allergies
    Athérosclérose
  • Certains cancers
  • Maladies auto-immunes (MII, SEP, PAR…)
  • Syndrome métabolique/obésité
  • Maladies neuropsychiatriques (autisme, dépression, Alzheimer, Parkinson)
49
Q

Quelles caractéristiques de la flore favorisent son implantation?

A

Leur capacité de résister:
- À la dessiccation (la peau)
- Au système immunitaire (ex: IgA)
- Aux substances produites par les tissus ou les muqueuses qui inhibent les
bactéries (Ex: lysozymes (larmes), acides gras (sébum), etc.)
- L’adhérence aux cellules épithéliales par Pili, glycocalyx (polymère de sucre adhérent)

50
Q

De quoi est composé la flore normale?

A
  • Bactéries
  • Champignons unicellulaires

La flore comprend aussi des:
- Champignons pluricellulaires
- Virus
- Parasites unicellulaires (protozoaires)

51
Q

Quelles sont les 2 type de flore endogènes?

A
  • Résidente: microorganismes présents de façon permanente au niveau d’un site anatomique (ex: Staphylocoques à coagulase négative sur la peau)
  • Transitoire: microorganismes provenant de l’environnement présents de façon
    temporaire au niveau d’un site anatomique (ex: Le SARM sur les mains du personnel hospitalier)
52
Q

Qu’est-ce que la flore endogène ?

A

La flore endogène est l’ensemble de la population microbienne retrouvée à la surface ou dans le corps humain.

53
Q

Quelles sont les origines exogènes de la flore?

A

La flore exogène est constituée de microorganismes provenant de l’environnement.
Par exemple : Le sol, L’air (poussières et gouttelettes), L’eau, Les aliments, Les animaux

54
Q

Qu’est-ce qu’un pathogène obligatoire ?

A

Microorganismes dont la présence est obligatoirement associée à une maladie
chez l’hôte
Exemples:
- Campylobacter jejuni retrouvé dans les selles
- Listeria monocytogenes retrouvé dans le LCR

55
Q

Qu’est-ce qu’un pathogène potentiel ?

A

Microorganismes de la flore qui peuvent, lorsque certaines conditions chez
l’hôte le permettent (bris cutané, infection, etc.), devenir pathogène
Exemples:
- Streptococcus pneumoniae causant une pneumonie après un rhume
- Staphylococcus aureus dans le sang d’un patient avec cathéter veineux
central

56
Q

Qu’est-ce qu’un microorganisme opportuniste ?

A

Microorganisme qui cause une infection chez les individus dont le système immunitaire est affaibli (individus immunosupprimés)

On parle alors d’infection opportuniste
ex: Toxoplasmose cérébrale chez un patient avec un VIH non traité

Un microorganisme opportuniste peut être:
- Un pathogène obligatoire ou potentiel (Cause une infection plus sévère/disséminée, ex.: Tuberculose disséminée)
Un microorganisme de la flore (Cause une maladie/infection chez l’hôte immunosupprimé alors qu’il n’en cause pas chez l’individu « normal », ex.: Pneumonie à Pneumocystis jirovecii chez un patient avec un VIH non traité)