Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

epigenetics > I qolloquy > Flashcards

I qolloquy Flashcards

1
Q

ką gali pakeisti metilinimas, nekeisdamas DNR sekos?

A

To paties DNR segmento aktyvumą

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Kur vyksta DNR metilinimas?

A

Geno promotoriniame regione

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Ką sąlygoja metilinimas geno promotoriuje?

A

nuslopintą geno transkripciją

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

kam būtinas DNR metilinimas?

A

normaliam vystymuisi

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

su kokiais procesais yra susijęs DNR metilinimas? (5)

A 
genominiu imprintingu
x chromosomų inaktyvacija
pertvarkomų elementų slopinimu
senėjinu
kancerogeneze
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

kurios DNR bazės gali būti metilinamos?

A

A ir C

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

kaip veikia DNR metiltransferazės?

A

atpažįsta specifinę 2-8 bp seką;

katalizuoja metilo gr pernešimą nuo kofaktoriaus SAM ant sekos C arba A

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

2 DNR metiltransferazių klasės pagal metilinamo atomo prigimtį (katalizuojamos reakcijos mechanizmą)

A
  1. C5-MTazės, metilina pirimidino žiedo C atomą, kai susidaro 5mC
  2. N-MTazės, modifikuoja egzociklinę C arba A aminogrupę, kai susidaro 4mC arba 6mA
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

pirmosios klasės DNR metiltransferazės

A

C5-MTazės

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

C5-MTazių funkcija

A

metilinti endociklinę C, susidarant 5mC

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

antros klasės DNR metiltransferazės

A

N-MTazės

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

N-MTazių funkcija

A

modifikuoja egzociklinę C arba A aminogrupę, susidarant 4mC ir 6mA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

kokios metilintos bazės aptinkamos prokariotuose?

A

visos trys - 5mC, 4mC ir 6mA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

kam priklauso dauguma metiltransferazių?

A

restrikcijos modifikacijos sistemoms (RM)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

kokius 2 fermentinius aktyvumus apima restrikcijos modifikacijos sistemos (RM)?

A

endonukleazinį;

DNR metiltransferazinį

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

restrikcijos modifikacijos sistemų veikimo principas

A

metiltransferazė modifikuoja specifinį 4-8 bp sekoje esantį C arba A ir taip apsaugo nuo endonukleazių suardymo (kas įvyktų, jei būtų nemodifikuotas C arba A)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Dam funkcijos (4)

A
  1. reguliuoja genų ekspresiją
  2. reg. replikacijos iniciaciją
  3. reg. nukleoido struktūrą
  4. po DNR replikacijos pažymi motininę grandinę ir nukreipia klaidingų suporuotų nukleotidų reparacijos sistemos aktyvumą į naujai susintetintą DNR grand.
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

3 skirtingi metilinto 5 citozino sekų variantai

A

CG
CHG (kur H atit. A, T ar C)
CHH (kur H atit. A, T ar C)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

DNR metilinimo eukariotuose etapai (3)

A
  1. de novo metilinimas (nemetilinta DNR –> metilinta DNR)
  2. DNR replikacija (metilinta DNR –> hemetilinta DNR)
  3. palaikantysis metilinimas (hemetilinta DNR –> metilinta DNR)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

žinduolių metiltransferazių šeimos (3)

A
  1. DNR MTazė Dnmt1
  2. Dnmt2 - MTazės be N-galinio domeno, panašios į bakterinius fermentus
  3. MTazės Dnmt3a, Dnmt3b ir DnmtL
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

DNR MTazės Dnmt1 bruožai

A

didžiausia;
reg. N-galinis domenas 2x didesnis už katalitinį;
atlieka palaikančio metilinimo vaidmenį;
jos geno inaktyvacija nužudo organizmą embriogenezėje

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

Dnmt3a, Dnmt3b bruožai

A

vienodai efektyviai metilina nemetilintą ir hemetilintą DNR;
ankstyvose vystymosi stadijose efektyviausi;
gali modifikuoti ir CpT bei CpA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

DnmtL bruožai

A

sąveikauja su nemetilintu H3 Lys4;

sąveikauja su Dnmt3a, ją aktyvuoja ir nukreipia į imprintingo reguliuojamus genus

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

kokiose ląstelėse ir vietose stuburiniuose dažniausiai atsiranda metilinimas?

A

somatinėse ląst., griežtai reguliuojamose vietose

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Q

kokiuose organizmuose randami mozaikinio tipo metilinimo modeliai?

A

augaluose, bestuburiuose ir grybuose

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
26
Q

ką parodo CpG žymėjime raidė p?

A

fosfodiesterine jungtį, jungiančią C su G

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
27
Q

CpG salų ilgis

A

300-3000 bp

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
28
Q

kas yra CG supresija?

A

reiškinys, kai visame genome CpG dažnis 1 proc., o CpG salose 6 proc.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
29
Q

3 pagr. CpG salos bruožai

A
  1. ilgesnė nei 200 bp
  2. C+G daugiau nei 50 proc.
  3. C+G dažnis daugiau nei 0,6 (?)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
30
Q

kur lokalizuota didžioji dalis CpG salų?

A

genų promotoriuose

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
31
Q

kur yra pasiskirsčiusios tos CpG salos, kurios atlieka alternatyvaus promotoriaus vaidmenį?

A

genų kūnuose

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
32
Q

kokios CpG dažniausiai būna normaliomis sąlygomis? (2)

A

nemetilintos

skatina chromatino modifikacijas

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
33
Q

kiek maždaug proc. CpG salų somatinėse ląst. yra metilintos ir kur jos yra?

A

10 proc.; tarpgeniniuose regionuose ar genų kūnuose

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
34
Q

kas yra CpG krantas?

A

vieta, nuo CpG salos nutolusi per 2 kb

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
35
Q

kas CpG iškyšulys?

A

vieta, nuo CpG kranto nutolusi per 2 kb, nuo salos 4 kb

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
36
Q

kas CpG tarpeklis?

A

mažai metilinta genomo vieta

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
37
Q

metilinimo funkcijos eukariotuose

A
  1. praplečia info kiekį, nekeisdamas sekos

2. slopina genų raišką

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
38
Q

2 būdai, kaip metilinimas daro įtaką genų raiškai

A
  1. tiesiogiai blokuoja transkripcijos aktyvatorių prisijungimą
  2. į metilintą lokusą pritraukia histonų acetilazes ar metiltransferazes tarpininkaujant metilcitoziną surišantiems baltymams
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
39
Q

kokios CpG salos būna aktyviai transkribuojamų genų promotoriuose?

A

nemetilintos

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
40
Q

2 būdai, kaip metilinimas slopina genų transkripciją

A
  1. fiziškai trukdo transkripcijos baltymams prisijungti prie geno;
  2. metilinta DNR susijungia su MBD ir neleidžia prisijungti transkripcijos veiksniams
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
41
Q

MBD funkcija

A

padeda prisijungti chromatino modeliavimo baltymams, šie modifikuoja histonus, taip kompaktizuodami chromatiną (tampa neaktyvus)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
42
Q

kur labiausiai veikia genų nutildymo mechanizmas?

A

regionuose su daug CpG dinukleotidų

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
43
Q

kas vyksta sąveikaujant DNR metiltransferazėms ir histonų metiltransferazėms?

A

į atitinkamą DNR lokusą yra pritraukiamos chromatino permodeliavimo sistemos

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
44
Q

ką daro kovalentinės histonų modifikacijos?

A

keičia chromatino kompaktiškumą, susidaro transkripciškai neaktyvus heterochromatinas;
keičia DNR prieinamumą transkripcijos baltymams

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
45
Q

kokią įtaką DNR metilinimas turi geno ekspresijai?

A

teigiamą

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
46
Q

DNR metilinimo funkcijos eukariotuose (9)

A
  1. gemalo vystymasis
  2. ląstelių diferenciacija
  3. X chromosomos inaktyvacija
  4. transpozonų ir retrovirusų elementų transkripcijos represija
  5. imprintingas
  6. vėžio, paveldimų neurodegeneracinių sindromų diagnostika, prognozės, terapija
  7. diabeto, šizofrenijos eiga
  8. dvynių atvejai
  9. organizmo ankstyvas ruošimas aplinkos sąlygoms
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
47
Q

TET funkcija

A

DNR demetilinimas oksidacinio hidroksilinimo būdu, hmC susidarymas (antrinė epigenetinė modifikacija)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
48
Q

kokie DNR procesai vyksta gametogenezėje ir embriogenezėje?

A

demetilinimas ir remetilinimas

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
49
Q

veiksniai, lemiantys chromatino struktūros pakitimus (5)

A
  1. potransliacinės histonų modifikacijos
  2. histonų variantai
  3. nukleosomų permodeliavimas
  4. DNR metilinimas
  5. RNR interferencija
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
50
Q

dažniausios 4 histonų modifikacijos

A

metilinimas
fosforilinimas
acetilinimas
ubikvitilinimas

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
51
Q

kokiais ryšiais prie aminorūgščių specialūs baltymai prijungia chem. grupes ar baltymus?

A

kovalentiniais

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
52
Q

kurios histonų modifikacijos gali reguliuoti genų raišką?

A

acetilinimas ir metilinimas

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
53
Q

2 vietos, kur gali vykti histonų modifikacija

A

N-galinėje uodegoje arba histonų klostėje

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
54
Q

kas įvyksta dėl histonų aminorūgščių sekos modifikacijų?

A

pakinta sąveika tarp histonų ir DNR;

pasikeičia nukleosomos struktūra

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
55
Q

kaip pakinta histonų susirišimas su DNR, kai jie tampa metilinti?

A

pagerėja (modifikacijos metu susidaro palankesnės sąlygos prisijungti chromatiną modifikuojantiems fermentams)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
56
Q

per kokius ląstelės gyvavimo tarpsnius vyksta histonų aminor. modifikavimas? (4)

A

chromatino susidarymą;
chromatino sričių genų transkripciją;
mitozę;
vystymąsi

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
57
Q

kas yra rašytojai?

A

baltymai, kovalentiškai prie histono prikabinantys žymę

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
58
Q

kas yra trintukai?

A

baltymai, nuo histono nukabinantys žymę

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
59
Q

kas yra skaitytojai?

A

baltymai, atpažįstantys žymė ir prie jos prisikabinantys

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
60
Q

4 rašytojų pvz

A

metiltransferazės
acetiltransferazės
kinazės
ubikvitino ligazės

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
61
Q

4 trintukų pvz

A

demetilazės
deacetilazės
deubikvitinazės
fosfatazės

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
62
Q

2 skaitytojų pvz

A 
chromo domenai (metilo)
bromo domenai (acetilo)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
63
Q

kaip dažniausiai modifikuojamos histonų N-galinės uodegos?

A

grįžtamu acetilo gr. prijungimo būdu (dažn. lizinas)

64
Q

kas yra HAT?

A

histonų acetiltransferazė

65
Q

kas yra HDAC?

A

histonų deacetilazė

66
Q

histonų acetilinimo rezultatai (3)

A

sumažinamas krūvio teigiamumas;
susilpninama histonų sąveika su DNR;
aktyvuojama transkripcija

67
Q

histonų deacetilinimo rez. (2)

A

sustiprinama histonų ir DNR sąveika;

sustabdoma transkripcija

68
Q

kas yra histonų kodas?

A

molekuliniai žymenys, kuriuos atpažįsta baltymai ir kitos molek., sąveikaujančios su chromatinu, dalyvauja chromatino valdyme.

69
Q

2 histonų kodo signalų rūšys

A
  1. trumpalaikiai

2. stabilūs

70
Q

trumpalaikių histono kodo signalų funkcija

A

reguliuoja individualių genų transkripciją (aktyvina/slopina)

71
Q

stabilių histono kodo signalų funkcija

A

palaiko epigenetiškai paveldėto chromatino būseną

72
Q

cis padėties pasireiškimas tarp histonų modifikacijų

A

viena modifikacija priklauso nuo kitos tame pačiame histone

73
Q

trans padėties pasireiškimas tarp histonų modifikacijų

A

viena modifikacija priklauso nuo kitos skirtinguose histonuose

74
Q

su kuo atrankiai jungiasi bromo domenas?

A

su acetilintais histonais

75
Q

su kuo atrankiai jungiasi chromo domenas?

A

su metilintu lizinu

76
Q

2 pagrindinės baltymų šeimos (nuo ATP priklausomi chromatiną permodeliuojantys kompleksai)

A

SWI/SNF

CHD

77
Q

kas yra SWI/SNF?

A

baltymai, turintys bromo domeną, sąveikaujantys su acetilintais histonais

78
Q

kas yra CHD?

A

baltymai, turintys chromo domeną, sąveikaujantys su metilintais histonais

79
Q

kas ląstelėje vykdo chromatino pertvarką?

A

nuo ATP priklausomos DNR translokazės

80
Q

kam reikalingi chromatiną pertvarkantys kompleksai? (3)

A
  1. genomo supakavimui
  2. specializuotų histonų sričių sukūrimui
  3. priėjimo prie genominės DNR užtikrinimui
81
Q

kaip chromatiną pertvarkantys kompleksai yra nukreipiami link chromatino? (2)

A
  1. jie pritraukiami transkripcijoje dalyvaujančių baltymų

2. atranki sąveika su modifikuotais histonais

82
Q

kokios 2 sąveikos būdingos tarp baltymų ir DNR nukleosomoje?

A
  1. elektrostatinė

2. nepolinė

83
Q

tarp ko vyksta elektrostatinė sąveika?

A

tarp histonų aminor. ir DNR fosforo r. liekanų

84
Q

tarp ko vyksta nepolinė sąveika?

A

tarp aminor. ir deoksiribozių

85
Q

kodėl DNR spiralei sunku 2x susisukti aplink histonų oktamerą?

A

nes reikia suspausti mažąjį griovelį

86
Q

kurias poras lengviau suspausti: A+T ar C+G?

A

A+T, esančias mažąjame griovyje

87
Q

kaip histonų oktameras prisitaiko, kad chromatinas labiau kompaktizuotųsi?

A

išsidėsto taip, kad labiau sąveikautų su A+T poromis

88
Q

kuo histonų baltymų variantai skiriasi nuo įprastų histonų? (3)

A

juos koduoja nealeliniai genai;
kitokios aminor. sekos;
kitokia nukleosomų struktūra

89
Q

šerdinių histonų pagr. variantai (5)

A

H2A.Z, H2A.X, macroH2A, H2A Bbd ir H3.3

90
Q

H2A.Z savybės

A

aptinkamas ties aktyviai transkribuojamais genais ir ten, kur slopinama genų raiška

91
Q

H2A.X savybės

A

ankstyvųjų DNR pažaidų jutiklis;
C gale fosforilinama serino aminor. liekana;
atsitiktinai išsidėstęs genome;
prie fosforilintų histonų telkiami reparacijos kompleksai

92
Q

macroH2A vieta

A

neaktyvi X chromosoma

93
Q

H2A.Bbd vieta

A

tokiose chromatino srityse, kur vyksta transkripcija

94
Q

H3.3 funkcija

A

aktyvina genų raišką

95
Q

kam vykstant replikacijai laikinai suardomos chromosomos?

A

tam, kad replikacijos šakutės galėtų judėti pirmyn.

96
Q

2 nukleosomų susidarymo keliai

A
  1. 2(H3H4)+H2A, H2B

2. aplink jau susiformavusį oktamerą apsiveja DNR ir susidaro nukleosoma

97
Q

kuriuo keliu vyksta naujų nukleosomų susidarymas?

A

pirmuoju (kiekvienas elementas prisijungia palaipsniui)

98
Q

kuriuo keliu vyksta chromatino pertvarka?

A

antruoju (DNR apsiveja jau susiformavusį oktamerą)

99
Q

3 chromatino pertvarkymo keliai

A
  1. oktameras slysta išilgai DNR;
  2. kinta atstumas tarp histonų oktamerų;
  3. oktameras išstumiamas iš nukleosomos (susidaro nenukleosominės struktūros tarpas chromatine)
100
Q

kas yra RNR interferencija?

A

geno raiškos slopinimas pasitelkiant RNR molekules, kurių sekos komplimentarios to geno sekoms.

101
Q

iRNR funkcija

A

matricos baltymų sintezė ribosomose

102
Q

rRNR funkcija

A

struktūrinių ir funkcijų ribosomų elementų reguliavimas

103
Q

miRNR funkcija

A

genų raiškos valdymas

104
Q

siRNR funkcija

A

genų raiškos valdymas

105
Q

3 svarbiausios mažųjų RNR klasės

A

miRNR
siRNR
piRNR

106
Q

kas yra miRNR?

A

viengrandė nekoduojanti endogeninė 20–25 nt RNR, kuri reguliuoja kitų organizmo genųekspresiją.

107
Q

kur galima rasti miRNR?

A

egzonuose, intronuose (70 proc. žinduoliuose), lncRNR

108
Q

kuri polimerazė dažniausiai dalyvauja miRNR transkripcijoje?

A

RNR pol II

109
Q

koks vidutinis miRNR pirminių transkriptų ilgis?

A

1000 nt

110
Q

kaip genome išsidėstę miRNR genai?

A

po vieną arba klasteriais

111
Q

kur gali būti miRNR?

A

geninėje ir tarpgeninėje chromosomos srityse

112
Q

kur vyksta pirmasis ir antrasis miRNR brandinimo etapai?

A

1 - branduolyje, 2 - citoplazmoje

113
Q

pirmojo miRNR brandinimo etapo įvykiai (6)

A
  1. iš nesubrendusios pri-miRNR susidaro stiebo-kilpos struktūra, stiebo ilgis 30-35 bp.
  2. Drosha atpažįsta ir skelia struktūrą dviejose vietose 11 bp atstumu nuo viengrandžių fragmentų.
  3. Atskeliama segtuko pavidalo ~70nt ilgio pre-miRNR. Po skėlimo pre-miRNR 3′gale lieka 2 nukleotidų iškyša, o 5′gale – fosfato grupė.
  4. Iškyšą atpažįsta baltymas eksportinas 5.
  5. Jeigu miRNR yra koduojamos intronuose, jų brendimas vyksta kartu su transkripcija, ją kontroliuoja p53 ir kitos molekulės.
  6. Po skėlimo pre-miRNR išnešamos į citozolį. Išnašai reikia eksportino5 ir GTP surišančio Ran baltymo. Pernešus pre-miRNR į citozolį, GTP hidrolizuojamas.
114
Q

kas yra Drosha?

A

dvigrandinei RNR atranki endonukleazė, priklausanti RNazės III tipo baltymų šeimai.

115
Q

antrojo miRNR brandinimo įvykiai (5)

A
  1. Citozolyje pre-miRNR ties kilpa skelia Dicer endonukleazė, susidaro ~22np dvigrandinė miRNR.
  2. tada miRNR prijungiama prie vieno iš Ago šeimos baltymų – susidaro RISC kompleksas
  3. Prisijungus AGO baltymams, vyksta RISC komplekso brendimas. Brendimo metu viena miRNR grandinė – vadinamoji keleivinė grandinė (angl. passenger strand) – atskiriama ir greitai suardoma, o kita grandinė – jau minėta vedančioji grandinė – paliekama.
  4. Subrendę RISC kompleksai prijungia taikinius – iRNR. Prijungimas vyksta dėl komplementarios sąveikos tarp miRNR ir iRNR molekulių.
  5. Svarbiausia miRNR dalis yra 5–8nt seka molekulės 5′gale, kuria ji prisijungia prie taikinio – iRNR molekulės 3′galo.
116
Q

2 RISC komplekso susimontavimo procesai

A
  1. dvigrandės miRNR jungimas

2. dvigrandės miRNR atskyrimas

117
Q

2 RISC komplekso veikimo principai

A
  1. skatina iRNR 3′galo deadenilinimą ir iRNR suardymą 2. slopina transliaciją iniciacijos ar elongacijos etapuose.
118
Q

AGO baltymų 3 poklasiai

A
  1. AGO
  2. PIWI
  3. WAGO
119
Q

iš kelių ir kokių domenų sudaryti AGO baltymai?

A

3 domenų:
PAZ (vedančiosios RNR grandinės sąveika su miRNR)
mid (sąveika su miRNR 3’ galu)
Piwi (skelia taikinį - iRNR)

120
Q

kuri grandinė pasirenkama kaip vedančioji, o kuri - kaip keleivinė?

A

ta grandinė, kurios 5’ galas mažiau stabilus, yra vedančioji ARBA ta, kurios pirmas nukleotidas yra U

121
Q

3 netipiški miRNR brandimo būdai

A
  1. be mikroprocesoriaus komplekso (Drosha)
  2. be Dicer
  3. su TUT baltymais
122
Q

prie kurio galo miRNR prisijungia stabiliau?

A

3’ UTR

123
Q

su kuo miRNR konkuruoja dėl prisijungimo vietų?

A

su RNR prisijungiančiais baltymais

124
Q

kas yra grūdo seka?

A

nukleotidų 2-7 padėtyse seka, kuri yra pagrindinė, kai miRNR yra tik iš dalies komplementari iRNR taikiniui

125
Q

kas yra siRNR?

A

21 nt molekulės, dažniausiai nekoduojamos genome.

126
Q

iš ko susidaro siRNR?

A

iš virusų RNR,
įterptos į ląstelę dvigrandės RNR,
genome koduojamų transpozonų transkriptų,
priešprasmių ir prasminių tos pačios genomo srities RNR porų,
ilgų, stiebo-kilpos struktūros transkriptų.

127
Q

miRNR ir siRNR palyginimas

A

miRNR endogeninė, atpažįsta daug taikinių.
siRNR egzogeninė, atpažįsta specifinius taikinius.
abi 21-25 nt ilgio

128
Q

kaip susidaro dvigrandė RNR?

A

indukavus prasminės ir antiprasminės grandinių transkripciją

129
Q

kas citoplazmoje skelia dvigrandę RNR?

A

Dicer

130
Q

kas yra piRNR?

A

egzogeninės 24-30 nt molekulinės, brandinamos iš viengrandės RNR

131
Q

su kokiais baltymais jungiasi piRNR?

A

PIWI, būdingais lytinėms ląstelėms

132
Q

kokioms ląstelėms būdingi PIWI baltymai?

A

lytinėms

133
Q

piRNR funkcija

A

slopinti transpozoninius elementus lytinėse ląstelėse

134
Q

koks yra lncRNR ilgis?

A

ne mažiau 200 bp

135
Q

kur gali būti randamos lncRNR?

A

tarpgeninėse srityse, intronuose, egzonuose, enhanceriuose

136
Q

lncRNR transkripcijos savybės

A
  1. specifiniai chromatino žymenys
  2. turi specifinių transkripcijos faktorių prisijungimo vietas promotoriuose
  3. transkribuoja RNR pol II
  4. turi cap 5’ gale ir polyA 3’ gale
137
Q

lncRNR funkcijos

A
  1. chromatino permodeliavimas
  2. transkripcijos kontrolė
  3. potranskripcinis brendimo reguliavimas
138
Q

kaip lncRNR reguliuoja transkripciją?

A

jei skatina - pritraukia transkripcijos faktorius, jei slopina - neleidžia jiems prisijungti

139
Q

kas yra chromatino imunoprecipitacija?

A

metodas, naudojamas surasti sąveiką tarp baltymų ir nukleorūgšties ląstelėje

140
Q

kas nustatoma chromatino imunoprecipitacijos būdu?

A

ar transkripcijos faktoriai sąveikauja su tiriamu genu;

modifikuotų histonų vieta genome

141
Q

chromatino imunoprecipitacijos veikimo principas

A

konkretus baltymas susijungia su DNR (tam naudojamas formaldehidas) ir darinys izoliuojamas –> specifiniais antikūnais DNR atskiriama nuo konkretaus baltymo (ne mechaniškai) –> DNR identifikuojama (fragmentuojama naudojant ultragarsą ar nukleazes)

142
Q

kokiu būdu nustatomas DNR kiekis ChIP metodu?

A

elektroforeze agaro gelyje arba PGR

143
Q

kaip nutraukiami ryšiai tarp baltymų ir DNR ChIP’e?

A

inkubacija karščiu/ su proteinaze K/ su fenoliochloroformu

144
Q

kodėl N-ChIP’e nenaudojamas formaldehidas?

A

nes DNR histonai yra natūraliai susijungę

145
Q

N-ChIP pliusai (2)

A
  1. efektyvu

2. DNR gali būti analizuojama be PGR

146
Q

X-ChIP pliusai (3)

A
  1. plačiai tyrinėja baltymus
  2. tyrimui reikia mažiau ląstelių ir antikūnų
  3. mažesnė chromatino persitvarkymo galimybė
147
Q

N-ChIP minusai (2)

A
  1. tiriami tik histonai

2. galimi chromatino persitvarkymai

148
Q

X-ChIP minusai (3)

A
  1. Neefektyvi imunopresipitacija
  2. Reikalinga PGR
  3. Baltymo – DNR komplekso išgryninimas – brangi ir ilgai trunkanti procedūra
149
Q

kokiais metodais po ChIP’o analizuojama DNR? (3)

A
  1. PGR
  2. mikrogardelės
  3. sekvenavimas
150
Q

jei 2ame miRNR brendimo etape grandinės nevisai komplementarios, tai..?

A

dažniausiai vyksta kirpimas, transkripcija sustabdoma

151
Q

jei 2ame miRNR brendimo etape grandinės visiškai komplementarios, tai..?

A

miRNR švari, transkripcija vyksta

152
Q

kas yra mirtronai?

A

miRNR, koduojamos geno viduje

153
Q

miRNR taikinių reguliavimo mechanizmai (4)

A
  1. taikinio vietos nustatymas
  2. konkurencija dėl prisijungimo su RBP
  3. miRISC kofaktoriai
  4. AGO modifikacija
154
Q

kas yra p-body?

A

RNR baltymų sankaupos citozolyje

155
Q

kuo skiriasi iRNR ir ncRNR?

A

viena koduoja baltymus, kita ne;
abi turi polyA ir cap (panašumas);
iRNR ilgesnė

156
Q

koks metodas naudojamas tirti lncRNR, miRNR?

A

atvirkštinė transkripcija

157
Q

2 būdai, kaip prailginti miRNR?

A
  1. adapteriais

2. specifine seka

epigenetics (3 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions