HC1 General introduction and sequences Flashcards
Wat is het doel van Bio-informatica?
Het verwerken en interpreteren van biologische gegevens. Bijv. DNA-sequenties, eiwitstructuren en genexpressieprofielen.
Wat is alignment (mapping)?
Manier om te kijken hoe erg sequenties op elkaar lijken en waar ze op elkaar lijken.
Wat is substitution?
Substitution is een mogelijke concessie waarbij er 2 nucleotiden zijn die niet overeen komen. Maar je kiest er toch voor dit naast elkaar te zetten, dit is dus een geaccepteerde fout.
Wat is een gap?
Dit is een gat wat je introduceert bij de alignement, je gaat er dus vanuit der er een insertie/deletie heeft plaats gevonden.
Wanneer gebruik je global alignment?
Doe je wanneer je 2 DNA-sequenties hebt die (bijna) even lang zijn. Je gaat er ook van uit dat deze op dezelfde plaats in het genoom passen.
Wanneer gebruik je local alignment?
Hierbij heb je een langere en kortere sequentie die je met elkaar wil alignen. Hierbij mag je aan de uiteinden zoveel gaps introduceren als je maar wilt, zonder dat dit als concessie gezien wordt.
Wat is een alignment matrix?
Manier om handmatig een alignment uit te voeren. Hierbij is een pijltje naar links of rechts een gap (insertie/deletie) en een pijltje naar rechtsonder een mismatch (substitution) of een match.
Wat is een full dot matrix?
Dit is een manier om een alignment uit te voeren, dit gaat in een tabel waarbij je een dot neer zet op de plek waar je dezelfde nucleotide hebt staan. Hierbij kan je de eis stellen dat er een minimale hoeveelheid dots (k) moet hebben om dit een kandidaat te laten zijn voor een alignment.
Wat is de definitie of de alignment score.
S = nm wm + ns ws + ng wg
Hierin in is (met gebruikelijke scores):
S -> alignment score
nm -> # matches
wm -> match score (1 of 2)
ns -> # mismatches
ws -> mismatch score (-1 of -2)
ng -> # gaps
wg -> gap score (-1 of -2)
Wat is Needleman-Wunch?
Een methode die wordt gebruikt voor een global alignment. Deze methode maakt gebruikt van een alignment matrix en alignment socre.
Wat is Smith-Waterman?
Een alignment methode, die gebruikt wordt voor een local alignment.
De alignment kan stoppen voor het einde van de sequence je wilt de hoogste score zoeken van de matrix.
Wat is een affine gap penalty?
Dit is een verbeterd model voor het berekenen van strafpunten bij echt invoegen van gaps in een sequentie-uitlijning. Het kost dus meer om een een gap te maken dan een bestaande gap te verlengen.
Dit kan gebruikt worden bij zowel Needleman-Wunch en Smit-Waterman.
Dit is biologisch realistisch omdat het vaak meer energie kost om een nieuwe gap te introduceren dan om een bestaande te verlengen in DNA,RNA of eiwitsequenties.
Wat is Blast?
Dit algoritme werkt met de eerder besproken dot matrixen: op beide assen een sequentie en daar waar de sequenties overeenkomen zet je een kruisje. Omdat een computer heel goed is in kleine stukjes sequentie opzoeken in grote stukken sequentie, werkt het algoritme heel snel.
De eerste stap is zo goed moglijk k-mers te plaatsen in de grote sequentie, waarbij je dus geen gaps of mismatches toestaat. Hierna breid je de alignments uit op dezelfde manier als Neeldeman-Wunch en Smith-Waterman.
Wat is immunoprecipitatie?
Dit is een relatief oude techniek waarbij je naar antistoffen kijkt. Hier bij kijk je specifiek naar antistoffen voor bepaalde eiwitten. Deze antistoffen kan je gebruiken om iets te meten. te meten. Tegenwoordig wordt er vooral gekeken naar welke eiwitten op welke plek op het DNA of RNA vastbinden. Dit doe je door het DNA of RNA te isoleren, een stofje bij gooien zodat er een crosslink (covalente binding) ontstaan, antistoffen erbij doen die specifiek het eiwit waar je naar opzoek bent herkennen , en met die antistoffen kan je de eiwitten + het stukje DNA waar het eiwit aan gebonden is eruit halen, sequencen en kijken waar het DNA op het genoom past en dus eiwit DNA interacties bestuderen.
