Genteknologiska verktyg

Question 1

Vilka är de 3 huvudstegen i DNAextraktion?

Answer 1

Lysera
Ta bort proteiner och andra kontaminanter
samla DNA

Question 2

Vad finns det för olika strategier för DNAextraktion?

Answer 2

lösningsbaserat
spinkolonner
magnetkulor

Question 3

hur kan DNAextraktionen kvalitetssäkras?

Answer 3

Renhet (och koncentration): absorbans 230-320nm (nanodrop)
Exakt koncentration: färg som binder dubbelsträngat DNA (qubit)
Integritet: gelelektrofores

Question 4

hur kan antal GC räknas ut?

Answer 4

genom att undersöka smältpunkten, GC har en starkare bindning än AT eftersom de har 3 vätebindningar mellan sig jämfört med 2 stycken hos AT

Question 5

Vad är FISH metoden?

Answer 5

prober som är komplementära till humant genom binder in och färgar kromosomer, då kan förändringar i kromosomer upptäckas såsom deletion, translokationer och dupikationer. ej beroende av att cellerna är i delningsskede.

Question 6

Beskriv principen bakom southern blot

Answer 6

DNA klyvs av restriktionsenzym och separeras mha gelelektrofores. Sedan förs detta över på ett nitrocellulosafilter som sedan blir exponerat för en radioaktivprobe som binder till specifik gen. Filtret läggs sedan under röntgen strålning där endast den radioaktiva proben (genen) kommer att synas.

Question 7

Vad är northern blotting?

Answer 7

Samma princip som southern blot men använder RNA istället för DNA och behöver ej denatureras.

Question 8

Vad är western blotting?

Answer 8

Samma princip som southern blot men används för proteiner, använder antikropp som probe

Question 9

Vad är principen bakom mikroarray?

Answer 9

Chip med många kopior av samma DNAsekvens finns i olika brunnar, om sekvensen finns hos DNAt så kommer dessa att hybridisera med sekvenserna i brunnarna, koncentrationen kan då beräknas. Kan detekteras genom att använda primer märkta med flourescerens.

Question 10

När används mikroarray?

Answer 10

Vid genetiska avvikelser som är små för att detektera i mikroskop. oftast vid intellektuella funktionsnedsättningar i samband med autism/dysmorfa drag

Question 11

vad är qPCR?

Answer 11

Samma metod som PCR men DNAsekvensen kvantifieras efter varje cykel genom att märka primerna med en flourescerande molekyl som kan detekteras. Antal detekterade flourescens=antal strängar av mål-DNA

Question 12

Vad är ddPCR?

Answer 12

PCR som detekterar reaktionen i små droppar. om det sker en reaktion så kommer det av ge utslag på maskinen. För att få reda på koncentrationen så kan resultatet jämföras med kända koncentrationer av reaktionen.

Question 13

vad är ett restriktionsenzym?

Answer 13

Ett enzym som klyver DNA vid specifik plats. Oftast palindroma sekvenser.

Question 14

Hur kan klyvningen ske med restriktionsenzym?

Answer 14

sticky ends: vektorer, genkloning (ligas binder sedan ihop strängarna)
blunt ends

Question 15

vad kan restriktionsenzymer användas till?

Answer 15

genkloning, vektorer, undersökning vid polymorfism (RFLP), genotypning, southern blot

Question 16

Vad är CRISPR/Cas9?

Answer 16

programerar vilken sekvens som endonukleasen, Cas9, ska klyva. Detta sker genom att ha CRISPR (clustered regurarly interspaced short palindromic repeats) som modell. Cas 9 plockar ut sekvens från CRISPR och letar efter förekomst av sekvensen i DNA

Question 17

Vad är sangersekvensering?

Answer 17

sekvens av DNA amplifieras
tillsätts i burkar med en kvävebaser och en kvävebas med stoppsignal (saknar OH-grupp) och flourescerande probe. resulterar i sekvenser av olika längd som sedan kan separeras mha gelelektrofores, längre sekvenser=mer negativa

Question 18

Vad är pyrosekvensering?

Answer 18

Universell primer används för att påbörja amplifiering

En nukleotidtyp tillsätts åt gången, om den passar så kommer det att ske en ljusproducerande enzymatisk reaktion

Question 19

Vilka områden är svåra att sekvensera?

Answer 19

GC-rika områden
tandem repeats
pseudogener
fragmenteringsbias