Genomik Und Moderne Methoden Flashcards
Welche Strukturen kommen in einem Chromosom vor?
- kurzer Arm mit Heterochromatin (besonders angereichert)
- Centromer
- langer Arm mit Enchromatin
- Telomer
Welche Arten von Sequenzen sind in Chromosomen enthalten und wofür sind sie da?
- unikale Seq. : Strukturgene
- mittelrepititive Seq: Gene für ribosomale RNAs, Transposons
- hochrepetititive Seq: Satelliten-DNA
Wofür steht FISH?
Floureszenz in situ Hybridisierung
Wozu wird FISH genutzt?
- physikalische Kartierung von DNA
- Nachweis von spezifischer DNA -> Wo?
Wofür wird FISH angewendet?
- Integration genetischer und physikalischer Karten
- Kartierung von zB BACs, YACs, Cosmiden
- vergleichende Chromosomenevolution
- Analyse von Chromosomenabberationen für pränatale Diagnostik
- Genomstruktur und Genomvergleiche
- Diagnostik
- Züchtungsforschung
Wie wird FISH angewendet?
- Hybridisierung bekannter, markierter DNA-Fragmente mit präparierten Chromosomen
Prinzip der FISH (1)
- Singuläre DNA wird mit Sonde markiert
- Nachweis durch Hybridisierung mit fixierten Chromosomen
a) Hybridisierungssignal nach FISH und Nachweis unikales Gen (leuchtet an einer Stelle grün)
B) Painting des entsprechenden Chromosoms (repititive DNA)
Multicolor FISH
- bei unikaler DNA kann dańdurch der Abstand genau gemessen werde
- bei repetitiver DNA können Chromosomen genau verfolgt werden
Woraus bestehen interkalare Chromosomenregionen?
Aus prominenten Satelliten-DNA-Sequenzen
Was sind Retrotransposons?
Mittelrepititive Bestandteile pflanzlicher Chromosomen
LTR-Retrotransposons
Eher in Centromeren
Non-LTR Retrotransposons
Häufig in vielen Regionen des Chromosoms
Wie kommt man zu Nematoden-resistenten Zuckerrüben?
Durch terminale Rekombination mithilfe eines Fragments aus Beta procumbens
Wofür werden Microarray-Studien durchgeführt?
Zur Transkriptom-Analyse (Oligonukleotid-Array-Chips)
Was ist ein Transkriptom?
Summe aller zu einem bestimmten Zeitpunkt in einer Zelle transkribierten, also die Gesamtheit aller in einer Zelle hergestellten RNA-Moleküle.
Wobei hilft die Chiphybridisierung?
Beim Herausfinden des Ortes der jeweiligen Gene, zB welche Gene zu Krebs führen können
Wie kann man Fehler bei der Chiphybridisierung vermeiden?
Für jedes Gen 2-4 Oligostücke auf Platte, wenn mind 2 Oligos leuchten zählt es
Was lässt sich zur Expressionsstärke bei der Chiphybridisierung sagen und was muss man generell beachten?
- Zur Expressionsstärke gibt es Standards (Kalibrierung an der Ecke)
- man muss vorher das Gesamtgenom bereits kennen
Auf was basiert das CRISPR/Cas System?
RNA geführter Abbau von fremden Nukleinsäuren
Wofür steht CRISPR?
Clustered Regularly Interspaced Shprt Palindromic Repeats
Warum zählen CRISPR bearbeitete Organismen nicht zu transgenen Organismen?
Weil kein fremdes Erbgut in das Genom eingefügt wird, sondern lediglich gezielte Mutationen hervorgerufen werden.
- in vitro assemblierte gRNA-Cas9 Komplexe werden transfiziert
Was benötigt das Cripsr-Cas System?
- synthetic Single guide RNA (sgRNA), welche aus der spacer Sequenz und der tracrRNA kombiniert ist
- Cas9-Protein für die Endonuklease-Aktivität
Wofür sind die Spacer ?
- zur Lagerung von potentiellen viralen Zielen
- spezifisch für bestimmte Pathogene
- chronologische Timeline
-> Zusammen mit Repeatsequenz: crDNA
Was ist die tracrRNA?
Trans-encoded small CRISPR RNA
Beispiel: Brassinosteroid insensitive 2, Homolog aus Salat als Zielgen
- Spacer-Sequenz aus dem Zielgen wird in synthetische Guide RNA eingebaut
- Guide RNA wird in vitro mit einem Überschuss heterolog produziertem Cas9 gemischt
- funktionale Endonukleasen assemblieren
