Geno 3 Flashcards
Principal biomarcador presente hasta en el 80% de los pacientes con Artritis reumatoide.
Factor Reumatoide
Mecanismo imputado a la mayoría de Loci identificados por estudios de GWAS en AR.
Acción en Cis
Alelos que difieren en su intron 19 se asociación a riesgo para diabetes tipo 1.
CLEC16A
Su hipermetilación se asocia a riesgo para AR
.
FOXO1
Tipo celular inicialmente y mayormente alterado en el Carcinoma de células pequeñas pulmonar.
Neuroendocrinas
Incremento de riesgo promedio por locus asociado a AR.
11%.
Si el riesgo basal para artritis reumatoide de la población es del 0.5%, ¿Cuál sería el riesgo para una persona que posee 5 loci de riesgo con OR promedio cada uno de ellos?
0.775%
Tipo celular inicialmente y mayormente alterado en el adenocarcinoma pulmonar
alveolar tipo 2
Riesgo promedio para alelos de riesgo en DM en población Hispana.
7%
Principales genes causales de Sx de cáncer de mama ovario hereditario.
-BRCA1 y BRCA2
Si el riesgo para la población general de tener diabetes mellitus tipo 2 es del 30% Cual sería el riesgo para una persona hispana que posee 10 alelos de riesgo promedio para DM2
51%
Su proposito fue secuenciar secuencias nucleotidicas que regulan la expresión génica
Proyecto encode
Una mayor sumatoria de loci de riesgo para DM2 se asocia a:
Individuos con DM2 sin Obesidad
Su proposito fue secuenciar la totalidad del DNA codificante para proteinas de un especimen humano.
-Proyecto Genoma Humano
Principal fundamento sobre el que recaen los resultados de los estudios de GWAS
Análisis de Haplotipos que presentan un alto desequilibrio de ligamiento que se han transmitido a lo largo de la historia de la humanidad usualmente por análisis imputativo de SNPs.
Caso clínico 1. Masculino de 10 años de edad con discapacidad intelectual leve, crisis convulsivas, no dismorfológico, movimientos estereotipados, intereses restringidos y ritualismos (Cuenta los cabellos que encuentra en el piso de cada cuarto al que entra), poca tolerancia al contacto físico no fija la mirada, no disfruta ni ofrece muestras de afecto (Besos o abrazos). Diagnóstico Clínico.
TEA
POrcentaje de regiones deserticas o pobres de genes en el genoma humano
-20%
Prueba directa y objetiva para confirmar su sospecha clínica
No hay, es un diagnóstico exclusivamente clínico
POrcentaje de genes que codifican a proteinas que compartimos con moscas o gusanos
-%
40%
Porcentaje de pacientes con la forma no sindromática en la que es posible identificar mutaciones favorecedoras de este diagnóstico.
30-20%
POrcentaje de DNA que codifica a proteinas
-%
2
Tipo de mutación más frecuentemente asociada en este diagnóstico.
LGD de novo
Femenino de 60 años de edad con deterioro cognitivo de 10 años de evolución que ha terminado en demencia. Antecedentes familiares con marcada agregación familiar. Tías y tíos por ambas ramas afectados, Así como 2 hermanos afectados con edades de presentación llamativamente tempranas. Diagnóstico Clínico
Alzheimer
Porcentaje que representa dentro de todas las demencias de causa conocida.
60-80%
Ciencia ómica que analiza la totalidad de relaciones entre las biomoléculas deuna celula, tejido, organo, sistema de una especie.
Interactómica
Principal antecedente personal identificado en formas hereditarias y multifactoriales de su sospecha diagnóstica
Envejecimiento
Principal hallazgo histopatológico que se considera el eje fundamental y necesario en este padecimiento.
Agregados Beta amiloide
Ciencia ómica que analiza la totalidad de cambios heredables que reguln la Expresión génica distintos a las modificaciónes nucleotidicas
Epigenomica
Porcentaje de las formas hereditarias autosómicas dominantes de su diagnóstico de sospecha.
5%
Genotipo asociado con hasta un riesgo incrementado de 14.9 veces por mutaciones en el Gen APOE (En los incisos la E representa Epsilon)
E4/E4
Alteración epigenética asociada a riesgo incrementado para este padecimiento.
Desacetilación de Histonas
Masculino de 20 años de edad quien cuenta con antecedente de infecciones de repetición que durante los últimos 6 meses han iniciado a ser de agentes infecciosos oportunistas. En los antecedentes personales se refiere poligamia, promiscuidad y nulos hábitos en la utilización de métodos anticonceptivos desde el inicio de la vida sexual activa a los 17 años de edad. Niega transfusiones o tatuajes. Conteo de linfocitos T CD4+ referidos por debajo de limites normales, pero por encima de 250 células por mm3. Diagnóstico clínico.
HIV
Prueba directa y objetiva para confirmar su sospecha clínica
Carga Viral por PCR Tiempo Real
Ciencia ómica que analiza la totalidad de la secuencias de proteínas de una
Proteómica
Porcentaje de la varianza de la carga viral ocasionada por factores genéticos del huésped.
30%
Porcentaje de la varianza de la carga viral ocasionada por factores ambientales o no genéticos.
70%
Ciencia ómica que analiza la totalidad de la secuencias de RNA de una especie.
Transcriptómica
Ciencia ómica que analiza la totalidad de la secuencias de DNA de una especie.
Genómica
Gen más frecuentemente mutado en hipercolesterolemia familiar en México
LDLR
Variable genómica del hospedero que favorece cierta variabilidad genotípica viral mientras que inhibe a otra.
Respuesta inmunológica
Variable genómica del virus que favorece su variabilidad genotípica.
Baja fidelidad de la transcriptasa reversa
- ## Caracteristicas inmunohitoquimicas de los tumores de Mama tipo Luminal A
Positivo para cualquier receptor hormonal sea para estrógenos sea para progestágenos negativo para HER2 y tinción
Serotipo más prevalente a nivel mundial.
M
Caracteristicas inmunohitoquimicas de los tumores de Mama tipo Luminal B
Positivo para cualquier receptor hormonal sea para estrógenos sea para progestágenos negativo para HER2 y tinción
Subtipo M asociado a la progresión más rápida de la enfermedad.
D
Genotipo Asociado a progresión lenta de la infección del VIH. (Delta se simboliza con Triangulo y significa deleción)
CCR5Delta32 Heterocigoto
- Grupo sanguíneo de protección
O
Genotipo Asociado a inmunidad contra la infección del VIH. (Delta se simboliza con Triangulo y significa deleción)
CCR5Delta32 Homocigoto
Caso Familiar. Historia Real. Familia Integrada por padres e hijas Madre de 60 años de edad con antecedentes de DM2 HTA IRC y diálisis peritoneal realizada cerca de un año, Fractura de humero con manejo conservador de 1 mes de evolución. Masculino de 65 años con HTA sin tratamiento y Gota, mismo que inicia con cuadro gripal el 20 de diciembre del 2020. Para el 23 de diciembre su pareja muere de manera súbita, se niega dificultad respiratoria tos o fiebre. El cuadro del masculino progresa a dificultad respiratoria, tos no productiva, fiebre de 39 grados. Saturaciones que llegan a 88 sin apoyo ventilatorio, y con la administración de concentrador de oxigeno alcanza una saturación por arriba de 95% a 2 litros por minuto. de Para el 24 de diciembre ambas hermanas de 22 y 28 años con cuadro gripal, la hermana de 28 inicia con dificultad respiratoria de medianos esfuerzo y saturaciones de 90. Para el 22 de enero y tras 3 días de acceso gotoso manejado con colchicina el masculino muere con cuadro de dolor abdominal agudo de 12 horas de evolución. Diagnóstico Clínico
Covid-19
Prueba directa y objetiva para confirmar su sospecha clínica
RT PCR Región especifica para SARS Cov-2
La hipercolesterolemia familiar (Únicamente en base al articulo revisado)
Heterogeneidad de Locus
Hiperlipidemia más frecuente en méxico
Hiperlipidemia combinada familiar
Grupo sanguíneo de Riesgo
A
Población original (Etnia) cuyo población presenta el mayor genotipo de riesgo (R230C/C230C
Mayas
. Si el riesgo basal de fallecer para adultos mayores es del 20% cual seria el riesgo ajustado para un individuo con grupo sanguíneo A Usando su Odd Ratio promedio
29
Con que heredabilidad contribuye el alelo R230C
12
Si el riesgo basal de fallecer para adultos mayores es del 20% cual sería el riesgo ajustado para un individuo con grupo sanguíneo O Usando su Odd Ratio promedio
13
Correlación endofenotipica del alelo R230C
Disminución del 4% o mayores de cifras de HDL por un decremento de la actividad del transportador ABC-A1
Gen cuyo alelo R230C se asocia a la presentación de hipoalfalipoproteinemia
ABCA1
La hipertrigliceridemia muestra diferencias entre diferencias de nivel socioeconómico y educativo
Falso
La hipertrigliceridemia muestra diferencias entre genero, distribucióngeográfica y medios rurales de urbanos
Cierto
Principio que permite utilizar estudios de asociación genómica completa
Desequilibrio de Ligamiento
Polimorfismos que utilizan los estudios de GWAs
SNPs
Secuencias nucleotídicas que permiten la amplificación de un genoma en paralelo con un solo ensayo de PCR
Adaptadores que hibriden a primers universales.
Paso esencial en un ensayo de NGS que consiste en la clonación genómica invitro.
Reacción de PCR multiple modificada.
Paso esencial en un ensayo de NGS que consiste en la alineación de las secuencias amplificadas y secuenciadas para la búsqueda de mutaciones puntuales
Análisis bioinformático.
Paso esencial en un ensayo de NGS que consiste en la digestión parcial con DNAsas inespecificas del genoma a analizar y la consiguiente adición de oligonucleotidos que hibriden en los extremos de las rupturas de doble cadena resultantes.
Generación de librerias.
Aplicación bioinformática al producto de miles de reacciónes de NGS de pacientes con (x) enfermedad para compararla con los productos de millonesde controles sanos.
Estudios de Asociación de Genoma completo (GWAS)
Aplicación bioinformática al producto de una reacción de NGS para analizar la totalidad de las secuencias nucleotidicas resultantes
Secuenciación de Genoma Completo (WGS)
Aplicación bioinformática al producto de una reacción de NGS para analizar latotalidad de las regiones codificantes de una persona.
Secuenciación de Exoma Completo (WES)
Ensayo químico que consiste en la secuenciación en paralelo de un genoma.
Secuenciación masiva de nueva generación (NGS)
Dislipidemia más frecuente en México
Hipoalfalipoproteinemia
Gen asociado a cáncer de mama y en estado homocigoto ataxia
telangiectasia
ATM
Gen asociado a cáncer de mama y en mutación germinal al síndrome
de Cowden y al síndrome Bannayan Riley Ruvalcaba
PTEN
Translocación asociada a pronóstico favorable de leucemia linfoblastica aguda de celulas B
Cromosoma filadelfia o cromosoma 9 y 6
Gen asociado en más del 70% en todos los tipos de cáncer y que en
caso de una mutación germinal se asocia al síndrome de Lifraumeni
P53
-Correceptor al generar corte proteolítico a la proteína S activando y
permitiendo la interiorización viral
TMPRSS2
- Producto genico viral que utiliza SARS Cov 2 para el reconocimiento de su ligando y posterior interiorización
Respuesta:
Proteína S
Esta interpretación bioinformática por diseño no se puede individulizar
NGS
Coreceptor al generar corte proteolitico a la proteína S activando y permitiendo la interiorización viral.
Respuesta:
TMPRSS2
Gen asociado no solo a heredabilidad en covid-19 sino también en demencia
: ApoE
- Principal receptor que utiliza SARS Cov 2 para iniciar el reconocimiento de la celula blanco y su posterior interiorización
Respuesta:
ACE2
Sus alelos no solo se asocian a heredabilidad en Covid-19 sino que tambien en el 30% de la heredabilidad de artritis reumatoide y otros trastornos autoinmunes como la diabetes tipo.
Respuesta: HLA
Variante de preocupación prevalente durante la mayor parte de 2021
Respuesta:
Delta
Variante de preocupación que hasta hora ha mostrado experimental y epidemiológicamente la mayor transmisibilidad e infectividad
: Omicron
EN los mas recientes metanalisis se confirma su participación en la heredabilidad de Covid-19. El alelo O es protector y el A de riesgo.
Respuesta:
ABO
Técnica molecular que consiste en amplificar todo el genoma paralelamente en la misma reacción química y su posterior lectura nucleotido por nucleotido de los fragmentos amplificados
Respuesta:
Secuenciación masiva de nueva generación
Técnica molecular que consiste en amplificar todo el genoma paralelamente en la misma reacción química y su posterior lectura nucleotido por nucleotido de los fragmentos amplificados
Respuesta:
Secuenciación masiva de nueva generación
Polimorfismos mayores a 1000 pares de bases usualmente producto de recombinación homologa no alélica y cuyo papel en la farmaco/toxicogenómica se ha ampliamente demostrado.
Respuesta:
CNVs
Dominio especifico de la proteina S que reconoce a ACE
Respuesta:
RBD
Gen asociado en más del 70% de todo el cancer y que mutación germinal en este se asocia a RASopatías
Respuesta: RAS
Comparación basándose en SNPs entre miles de casos y millones de controles para buscar asociaciones de loci de riesgo con alto desequilibrio de ligamiento
Respuesta:
GWAS
Sacando de fuera el panel génico, si mi objetivo fuera genotipificar una hipoacusia neurosensorial con claro patrón autosómico recesivo y entiendo la alta expresividad variable, heterogeneidad genética y de locus del fenotipo elegido y que las mutaciones descritas se encontraran en un 100% en regiones exónicas… ¿Cuál seria la prueba a elegir tomando en cuenta costo, sensibilidad, especificidad y rapidez? Yo quiero la mas rápida, barata, sensible y especifica posible.
Respuesta: WES
Superfamilia génica asociada al metabolismo de farmacos cuyos alelos con perdida o ganancia de funcion se asocian a variaciones de los efectos adversos o a la dificultad de alcanzar las dosis terapeuticas.
Respuesta:
CYP450
- Proyecto que consistió en la secuenciación de miles de exomas de miles de personas
Respuesta: Proyecto 100,000 genomas
Gen ligado al X que no escapa a la inactivación del X y correlaciona en parte con la diferencia de severidad por género. Pertenece a la Familia Toll
Respuesta:
TLR7
