Génétique moléculaire glossaire Flashcards
ADN
Acide désoxyribonucléique. C’est le nom donné à la molécule
qui est le support de l’information génétique. Usage:On peut purifier
l’ADN d’une cellule ou d’un échantillon de cellules, mais on ne dira
pas qu’on purifie le génome, ni un gène. On peut isoler l’ADN d’un
empreinte digitale, ou celui présent sur un morceau de tissus.
ADN libre circulant
Petits fragments d’ADN retrouvés dans le
compartiment plasmatique sanguin (extracellulaire) et provenant des
cellules détruites de façon normale ou pathologique.
Allèle
Si un segment du génome (ou d’un gène ou d’un
chromosome) est présent dans la population avec plus d’une variante
dans sa séquence d’ADN, chacune des variantes de ce segment (ou
séquence) est appelée ALLÈLE. Si il y a 10 variantes possibles d’un
même segment d’ADN dans la population, alors on dit qu’il y a 10
allèles pour cette position dans le génome. Les variantes peuvent être
des mutations d’un seul nucléotide (alors il ne peut y avoir plus de 4
allèles), mais elles peuvent être aussi des variantes de segments
d’ADN beaucoup plus longs (alors il peut y avoir des dizaines d’allèles
dans la population). Comme chaque individu ne reçoit que deux
copies (un peut différentes) de chacun des chromosomes, dans un
génome, on ne peut en général observer que deux allèles différents
pour une position donnée.
Cadre de lecture
une des trois phases possibles de lecture de
l’enchaînement des triplets sur un brin d’ADN. Lorsqu’il ne renferme
pas de codon de terminaison, on dit qu’il est ouvert; dans le cas
contraire, on dit qu’il est fermé.
Centimorgan cM
Unité de mesure de distance génétique entre
deux loci. Un cM correspond environ à une fréquence de1% de
recombinaison (une recombinaison toutes les 100 méioses).
Centromère
constriction des chromosomes séparant le bras court
p) du bras long (q
Chromosome
Le génome d’une cellule (par extension d’un individu
ou d’une espèce) est divisé dans un certain nombre constant (pour
chaque espèce) de segments d’ADN de longueur variables et qui sont
appelés chromosomes. Les chromosomes se condensent durant la
mitose et ils sont visibles au microscope optique. Chez l’humain il y a
22 chromosomes non-sexuels appelés autosomes (et numérotés de 1
à 22), et 2 chromosomes sexuels (X ou Y). Chaque génome haploïde
possède 23 chromosomes (les 22 autosomes différents et un des
deux chromosomes sexuels). Chaque individu possède 46
chromosomes dans chaque cellule (génome diploïde) soit de copies
légèrement différentes de chacun des 22 autosomes, et deux
chromosomes sexuels (deux X pour les femmes et un X plus un Y
pour les hommes). On peut visualiser les chromosomes dans le
noyau de chaque cellule interphasique (qui n’est pas en train de se diviser) comme des bouts de corde ayant des longueurs différentes et
flottant dans une sphère remplie de liquide. Usage: Chaque gène est
localisé sur un des chromosomes (numéro 1 à 22 ou X ou Y). Chaque
chromosome ayant un numéro différent contient des gènes différents.
Les deux copies semblables d’un chromosome de même numéro
dans une cellule (ou un individu ou une espèce) sont appelés
chromosomes homologues. Ce sont les chromosomes qui sont
impliqués dans la recombinaison méiotique.
Cis (configuration)
Se dit de gènes ou de marqueurs situés sur le
même chromosome.
Délétion
perte d’une ou plusieurs paires de bases consécutives
sans rupture de continuité de la molécule d’ADN.
Déséquilibre de liaison
situation dans laquelle deux allèles
correspondant à deux locus distincts d’un même chromosome sont
plus fréquemment associés en cis dans une même population que ne
le voudrait le hasard (voir Équilibre). Une telle association allélique
préférentielle est favorisée par: a) la proximité physique des locus; b)
le caractère récent de la mutation ayant produit l’un des allèles; c)
l’existence d’un avantage sélectif.
Diagnostic génotypique direct
Analyse permettant de détecter
directement au niveau de l’ADN les mutations responsables d’une pathologie
Diagnostic génotypique indirect
Analyse permettant de pister
un gène muté dans une famille à l’aide de l’étude familiale de
plusieurs marqueurs génétiques flanquant le gène affecté.
Diagnostic génotypique semi-direct
Analyse permettant de
pister un gène muté dans une famille à l’aide de l’étude familiale de
plusieurs marqueurs génétiques juxta- ou intra- géniques donc plus
spécifiques et sensibles que ceux utilisés en diagnostic indirect
Diploide
Jeu de chromosomes où chaque autosome est en double
exemplaire et comportant deux chromosomes sexuels (état 2n)
Distance génétique
sur une carte génétique désigne un intervalle
entre deux locus, calculé d’après la fréquence des recombinaisons observées
Domestiques (gènes)
Gènes
spécifiant des protéines nécessaires à des fonctions communes à
toutes les cellules, et dont l’expression est par conséquent ubiquitaire (enzymes de la glycolyse)
Dominant
Se dit d’un allèle ou d’une mutation qui, à l’état
hétérozygote, conditionne le phénotype.
Enzyme de restrictions
endonucléase bactérienne clivant
spécifiquement les deux brins d’ADN au niveau d’une séquence, en
général, palindromique, parfaitement définie (de 4 à 8 nucléotides).
Équilibre de liaisons
Se dit de l’absence d’association allélique
préférentielle pour deux locus d’un même chromosome, attestée par
une distribution en cis conforme aux lois statistiques du hasard.
Exon
Séquences d’ADN, codantes ou non, dispersées dans le gène et persistant sur l’ARN messager mûr après maturation du
transcrit primaire.
Exome
Se dit de toutes les séquences codantes du génome
Gène
Ensemble de séquences contigües d’ADN contenant
l’information pour la production régulée d’un ARN particulier
(transcription) ou d’une chaîne polypeptidique particulière
(transcription-traduction). Usage: on va dire qu’on étudie un gène,
qu’on séquence un gène, qu’il y a une mutation dans un gène.
Génome
Terme utilisé pour décrire l’ensemble du bagage génétique
d’une espèce, d’un individu [constitutif] ou d’une cellule. Cela
comprend tous les gènes ainsi que les séquences d’acides nucléiques
ne faisant pas partie des gènes. Usage: On va utiliser ce terme pour
décrire ce qu’on étudie : “le génome humain”, “séquencer le génome
d’un individu”, “comparer les génomes de deux espèces ou deux
individus ou deux cellules”. On peut parler du génome “haploïde”
(dans les gamètes, 1n), ou du génome “diploïde” (2n) dans les autres
cellules, ou même tétraploïde (au début de la méiose, au stade 4n).
Génotype
Constitution génétique d’un individu.
Germinale (cellules)
en génétique, désigne les gamètes et leurs précurseurs
Haploïdes
Jeu de chromosomes dans lequel il n’existe qu’un seul
exemplaire de chaque autosome et un seul chromosome
sexuel (état n). Les gamètes sont des cellules haploïdes.
hétérogénéité génétique
désigne les maladies génétiques où
des anomalies multiples de l’ADN peuvent aboutir à une même
pathologie, par polyallélisme (plusieurs mutations différentes peuvent
affecter alternativement un même gène), par non-allélisme (des
gènes différents peuvent être alternativement touchés), ou par
polygénisme (des mutations siégeant simultanément sur plusieurs
gènes participent conjointement au déterminisme pathologique).
Hétérozygotie
Situation génotypique où deux locus homologues
d’une même paire de chromosomes portent chacun un allèle différent.
Homozygotie
Présence du même allèle sur les deux
chromosomes d’une même paire chromosomique.
Informativité
Hétérozygote d’un RFLP permettant de distinguer les
deux chromosomes d’une même paire, et en particulier de repérer un
locus morbide sur l’un des deux.
Introns
Séquence d’ADN transcrite et secondairement éliminée
par épissage au cours de la maturation des ARN.
Liaison génétique (linkage)
Coségrégation de deux ou
plusieurs allèles de marqueurs différents au cours des générations en
raison de la proximité physique de leurs locus respectifs sur le génome
Locus génétique
Partie du génome correspondant à un endroit
précis et pouvant contenir tout aussi bien un gène qu’une séquence intergénétique
Marqueur génétique
toute variation de séquence de l’ADN
(polymorphisme ou mutation) créant des allèles différents à un même
locus. On peut toujours détecter ces allèles différents au niveau de
l’ADN, mais seulement parfois au niveau de l’ARNm (s’il est dans un
exon) ou au niveau de la protéine (s’il est dans un exon ).
Mosaïque génétique
se dit de la situation exceptionnelle où
toutes les cellule d’un individu n’ont pas la même constitution génétique
Mutation constitutive
Mutation présente dans toutes les cellules
d’un individu donc, par définition, héritée de l’un des parents.
Mutation faux-sens
Mutation de l’ADN, située dans un exon, et
entraînant la substitution d’un codon par un autre résultant ultimement
en la substitution d’un acide aminé pour un autre dans la protéine codée par le gène
Mutation germinale
Mutation survenant dans la lignée des cellules
germinales et ayant la propriété d’être transmissible aux générations suivantes
Mutation non-sens
Mutation de l’ADN, située dans un exon, et
entraînant l’apparition d’un codon de terminaison.
Mutation muette
Mutation de
l’ADN, située dans un exon, et entraînant la substitution d’un codon
par un codon synonyme (i.e. codant pour le même acide aminé) donc
ne modifiant pas la séquence d’acide aminés de la protéine codée par le gène
Mutation
Mutation survenant dans une cellule nongerminale et ne pouvant se transmettre qu’aux cellules filles de la
cellule où elle est survenue. (ex: mutation somatique causant le
cancer)
Néomutation
Se dit d’une nouvelle mutation dans le sens où on ne
la retrouve pas de façon constitutive chez les parents.
Pénétrance
Pourcentage des sujets porteurs d’un gène dominant et
exprimant la maladie.
Phénotype
Manifestation apparente de la constitution du génome
sous la forme d’un trait morphologique, d’un syndrome clinique, d’une
variation qualitative ou quantitative du produit final d’expression d’un
gène (protéine).
Polyallélisme
Mutations différentes affectant un même gène - donc
alléliques - et déterminant une maladie dont l’expression clinique peut
varier selon le type de lésion. Exemple: les bêta-thalassémies; les
myopathies de Duchenne et de Becker.
Polymorphisme
Variation d’une séquence donnée (séquence de
nucléotides ou d’acides aminés) dans la population générale générant
deux ou plus allèles différents d’un locus donné.
Polymorphisme de nucléotide simple (« Single nucleotide
polymorphism » – SNP)
polymorphisme correspondant au
changement d’une seule base dans la séquence nucléotidique
Récessif
Se dit d’un allèle ou d’une mutation n’influencant pas le
phénotype à l’état d’hétérozygote.
RFLP
«Restriction Fragment Lenght Polymorphism» correspond à
un endroit du génome où l’on retrouve, dans la population générale,
des fragments de restriction (ADN) de taille différente selon les
individus, habituellement dûs à la présence ou non d’un site de
restriction polymorphique à l’une des extrémités du fragment de
restriction.
Séquencage de nouvelle génération ou séquencage
massivement parallèle
Se dit des méthodes de séquencage des
acides nucléiques à très haut débit et permettant de séquencer
l’équivalent du génome humain entier en quelques jours.
Site de restrictions
Petite séquence sur la molécule d’ADN
reconnue par une enzyme de restriction et coupée par celle-ci, in
vitro.
Sonde
Séquence d’acide nucléique, généralement d’au moins 15
nucléotides, homologue à une séquence d’ADN ou d’ARN, avec
laquelle elle s’hybride de façon stable et spécifique par réassociation
entre bases complémentaires.
Télomère
désigne les extrémités des chromosomes
variant du nombre de copies
Sorte de polymorphisme (ou de
mutation) où on n’observe pas le nombre normal de deux allèles (un
allèle pour les séquence du chromosome Y et X
chez l’homme) pour une séquence d’ADN donnée.
Zygote
Cellule diploïde résultant de la fusion des deux gamètes
parentaux.
